seq1 = pF1KA1002.tfa, 2520 bp
seq2 = pF1KA1002/gi568815586r_57154776.tfa (gi568815586r:57154776_57398170), 243395 bp

>pF1KA1002 2520
>gi568815586r:57154776_57398170 (Chr12)

(complement)

6-92  (99996-100081)   96% ->
93-152  (100784-100843)   100% ->
153-293  (101620-101760)   100% ->
294-402  (102664-102772)   100% ->
403-434  (109131-109162)   100% ->
435-488  (109261-109314)   100% ->
489-721  (114115-114347)   100% ->
722-894  (117641-117813)   100% ->
895-1137  (128177-128419)   100% ->
1138-1264  (128722-128848)   100% ->
1265-1425  (129089-129249)   100% ->
1426-1580  (129714-129868)   100% ->
1581-1681  (131340-131440)   100% ->
1682-1851  (139112-139281)   100% ->
1852-1999  (140034-140181)   100% ->
2000-2097  (141660-141757)   100% ->
2098-2182  (142097-142181)   100% ->
2183-2520  (143058-143395)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 GTCCAGAGACTCCAGCCAGGAATATACGGACTCCACTGGAATAGACCTAC
        || | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 GTTCT AGACTCCAGCCAGGAATATACGGACTCCACTGGAATAGACCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 ATGAATTTCTTGTAAATACACTGAAAAAGAACCCAAG         GGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100045 ATGAATTTCTTGTAAATACACTGAAAAAGAACCCAAGGTA...CAGGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97 AGAATGATGCTGCTAAAATTAGAACAGGAGATTCTGGAATTTATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 AGAATGATGCTGCTAAAATTAGAACAGGAGATTCTGGAATTTATTAATGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 CAACAA         TAATCAGTTCAAGAAGTTCCCTCAGATGACCTCAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 CAACAAGTA...CAGTAATCAGTTCAAGAAGTTCCCTCAGATGACCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188 ATCACCGGATGCTATTACACCGGGTAGCTGCCTATTTTGGGATGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101655 ATCACCGGATGCTATTACACCGGGTAGCTGCCTATTTTGGGATGGACCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238 AATGTTGATCAAACTGGGAAAGCTGTCATCATCAACAAAACTAGTAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101705 AATGTTGATCAAACTGGGAAAGCTGTCATCATCAACAAAACTAGTAACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 AAGAAT         CCCTGAACAGAGGTTCTCAGAACATATAAAGGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101755 AAGAATGTA...CAGCCCTGAACAGAGGTTCTCAGAACATATAAAGGATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329 AGAAGAATACAGAATTTCAACAGAGGTTCATTCTCAAGAGAGATGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102699 AGAAGAATACAGAATTTCAACAGAGGTTCATTCTCAAGAGAGATGATGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379 AGTATGGACCGAGATGATAACCAG         ACTGGCCAGAACGGATA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102749 AGTATGGACCGAGATGATAACCAGGTG...TAGACTGGCCAGAACGGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420 TCTAAATGACATCAG         ACTCTCCAAAGAAGCCTTTTCTTCTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109148 TCTAAATGACATCAGGTT...CAGACTCTCCAAAGAAGCCTTTTCTTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461 GCTCTCACAAGAGAAGGCAGATTTTTAG         GGGGAACCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109287 GCTCTCACAAGAGAAGGCAGATTTTTAGGTA...CAGGGGGAACCGTGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502 GGACTGAGCCGCACCTCAAGCAGCCGCCAGAGCAGCACAGACAGCGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114128 GGACTGAGCCGCACCTCAAGCAGCCGCCAGAGCAGCACAGACAGCGAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 CAAATCCCTGGAGCCACGCCCTTGGAGCAGCACAGACTCTGATGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114178 CAAATCCCTGGAGCCACGCCCTTGGAGCAGCACAGACTCTGATGGCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    602 TCCGGAGCATGCGACCCCCTGTCACCAAAGCTAGCAGCTTCAGTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114228 TCCGGAGCATGCGACCCCCTGTCACCAAAGCTAGCAGCTTCAGTGGAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652 TCTATCCTTACCCGAGGTGACAGCATCGGCAGCAGTAAAGGCGGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114278 TCTATCCTTACCCGAGGTGACAGCATCGGCAGCAGTAAAGGCGGCAGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702 GGGAAGGATCTCCAGGCCAG         GTATGGCACTAGGTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114328 GGGAAGGATCTCCAGGCCAGGTA...TAGGTATGGCACTAGGTGCCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743 AAGTGTGCAACCAGGTCACCTCATCCCAGTCTGTCCGGGGGCTTCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117662 AAGTGTGCAACCAGGTCACCTCATCCCAGTCTGTCCGGGGGCTTCTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793 TGTACTGCCCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACTTCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117712 TGTACTGCCCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACTTCCTGCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 CCCACCCACGCCTCAGCAACAGCCACCCTTGAATAATCACATGATCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117762 CCCACCCACGCCTCAGCAACAGCCACCCTTGAATAATCACATGATCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 AG         GCAGATGACCTCAGCAACCCCTTTGGACAAATGAGCCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117812 AGGTG...CAGGCAGATGACCTCAGCAACCCCTTTGGACAAATGAGCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 AGTCGCCAAGGTTCTACTGAAGCAGCTGACCCATCTGCAGCTCTATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128216 AGTCGCCAAGGTTCTACTGAAGCAGCTGACCCATCTGCAGCTCTATTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 GACCCCACTTATCTCCCAGCACCCTCAGCAGACTAGCTTCATCATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128266 GACCCCACTTATCTCCCAGCACCCTCAGCAGACTAGCTTCATCATGGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 CCACGGGTCAGCCCCTCCCCACTTCCAACTATTCCACCTCTAGCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128316 CCACGGGTCAGCCCCTCCCCACTTCCAACTATTCCACCTCTAGCCATGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CCACCTACTCAGCAAGTTCTGCCACCCCAGGGGTACATGCAGCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128366 CCACCTACTCAGCAAGTTCTGCCACCCCAGGGGTACATGCAGCCCCCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ACAG         ATCCAGGTTTCTTACTATCCCCCTGGACAATATCCTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128416 ACAGGTG...TAGATCCAGGTTTCTTACTATCCCCCTGGACAATATCCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 ACTCCAACCAGCAATATCGACCTCTCTCTCACCCGGTGGCCTATAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128759 ACTCCAACCAGCAATATCGACCTCTCTCTCACCCGGTGGCCTATAGCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CAACGTGGTCAGCAGCTGCCTCAGCCATCCCAGCAGCCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 128809 CAACGTGGTCAGCAGCTGCCTCAGCCATCCCAGCAGCCTGGTA...TAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 TTTACAGCCCATGATGCCTAACCAGCAGCAGGCGGCTTACCAAGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129090 TTTACAGCCCATGATGCCTAACCAGCAGCAGGCGGCTTACCAAGGCATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 TTGGGGTCCAGCAGCCACAGAACCAGGGCCTGCTCAGCAGCCAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129140 TTGGGGTCCAGCAGCCACAGAACCAGGGCCTGCTCAGCAGCCAGAGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AGCATGGGGGGCCAGATGCAAGGCCTGGTGGTTCAGTACACTCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129190 AGCATGGGGGGCCAGATGCAAGGCCTGGTGGTTCAGTACACTCCACTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TTCTTACCAA         GTTCCAGTGGGTAGTGACTCGCAAAATGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129240 TTCTTACCAAGTG...CAGGTTCCAGTGGGTAGTGACTCGCAAAATGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TCCAGCCGCCTTTCCAGCAACCCATGCTGGTCCCTGTGAGCCAGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129745 TCCAGCCGCCTTTCCAGCAACCCATGCTGGTCCCTGTGAGCCAGTCTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CAAGGAGGCCTCCCAGCAGCGGGGGTACCAGTGTACTATAGCATGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129795 CAAGGAGGCCTCCCAGCAGCGGGGGTACCAGTGTACTATAGCATGATCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 ACCTGCTCAGCAGAACGGTACGAG         CCCTTCTGTAGGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 129845 ACCTGCTCAGCAGAACGGTACGAGGTG...CAGCCCTTCTGTAGGGTTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 TGCAACCCCCTGGCTCTGAGCAGTACCAGATGCCTCAGTCTCCCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131357 TGCAACCCCCTGGCTCTGAGCAGTACCAGATGCCTCAGTCTCCCTCTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 TGCAGTCCACCACAGATGCCACAGCAGTACTCAG         GAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131407 TGCAGTCCACCACAGATGCCACAGCAGTACTCAGGTA...CAGGAGTGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 ACCTTCTGGACCAGGTGTAGTGGTCATGCAGCTGAATGTCCCTAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139119 ACCTTCTGGACCAGGTGTAGTGGTCATGCAGCTGAATGTCCCTAATGGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 CCCAGCCCCCTCAGAACCCATCCATGGTCCAGTGGAGTCATTGTAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139169 CCCAGCCCCCTCAGAACCCATCCATGGTCCAGTGGAGTCATTGTAAATAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 TACAGCATGGACCAGCGGGGGCAGAAGCCTGGAGACCTGTACAGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139219 TACAGCATGGACCAGCGGGGGCAGAAGCCTGGAGACCTGTACAGTCCTGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CAGCAGCCCCCAG         GCCAACACACAAATGAGCAGCAGCCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 139269 CAGCAGCCCCCAGGTG...CAGGCCAACACACAAATGAGCAGCAGCCCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TCACATCTCCTACCCAGTCTCCAGCACCCTCTCCTGTCACCAGCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140062 TCACATCTCCTACCCAGTCTCCAGCACCCTCTCCTGTCACCAGCCTCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 AGTGTCTGCACAGGACTCAGTCCCCTGCCTGTCCTCACACAGTTCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140112 AGTGTCTGCACAGGACTCAGTCCCCTGCCTGTCCTCACACAGTTCCCCCG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GCCTGGGGGTCCAGCACAGG         GTGATGGGCGCTACTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 140162 GCCTGGGGGTCCAGCACAGGGTA...TAGGTGATGGGCGCTACTCCCTTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 TGGGCCAGCCATTACAGTACAATCTGTCCATCTGCCCTCCCTTGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141681 TGGGCCAGCCATTACAGTACAATCTGTCCATCTGCCCTCCCTTGCTCCAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 GGCCAGTCAACTTACACGGTGCACCAG         GGACAGAGTGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 141731 GGCCAGTCAACTTACACGGTGCACCAGGTA...AAGGGACAGAGTGGACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 GAAGCATGGAAACCGGGGCAAGAGACAAGCACTCAAATCTGCCTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142111 GAAGCATGGAAACCGGGGCAAGAGACAAGCACTCAAATCTGCCTCCACTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 ACCTGGGGACAGCAGATGTTG         TCCTGGGGCGGGTGCTGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 142161 ACCTGGGGACAGCAGATGTTGGTG...CAGTCCTGGGGCGGGTGCTGGAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 GTGACAGATCTCCCTGAGGGCATCACCCGTACTGAGGCGGACAAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143078 GTGACAGATCTCCCTGAGGGCATCACCCGTACTGAGGCGGACAAACTCTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 CACGCAGCTCGCCATGTCTGGCGCCAAGATCCAGTGGCTCAAGGATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143128 CACGCAGCTCGCCATGTCTGGCGCCAAGATCCAGTGGCTCAAGGATGCTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 AGGGGCTGCCTGGAGGGGGTGGGGGGGACAACAGTGGGACTGCTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143178 AGGGGCTGCCTGGAGGGGGTGGGGGGGACAACAGTGGGACTGCTGAGAAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 GGCCGCCACTCGGACCTCGCTGCCTTGTACACCATTGTGGCTGTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143228 GGCCGCCACTCGGACCTCGCTGCCTTGTACACCATTGTGGCTGTGTTCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 CAGCCCCCTGGCTGCCCAAAATGCCTCCCTTCGTCTCAACAACTCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143278 CAGCCCCCTGGCTGCCCAAAATGCCTCCCTTCGTCTCAACAACTCCGTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 GTCGCTTCAAACTTCGAATGGCCAAAAAGAACTATGACCTGAGGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143328 GTCGCTTCAAACTTCGAATGGCCAAAAAGAACTATGACCTGAGGATCCTG

   2650     .    :    .
   2503 GAGCGAGCCAGCTCCCAA
        ||||||||||||||||||
 143378 GAGCGAGCCAGCTCCCAA