seq1 = pF1KA0946.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KA0946/gi568815586f_76664237.tfa (gi568815586f:76664237_76950982), 286746 bp

>pF1KA0946 1896
>gi568815586f:76664237_76950982 (Chr12)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-197  (133198-133301)   100% ->
198-320  (141081-141203)   100% ->
321-398  (144807-144884)   100% ->
399-543  (145477-145621)   100% ->
544-608  (150910-150974)   100% ->
609-771  (151621-151783)   100% ->
772-897  (158170-158295)   100% ->
898-1040  (162672-162814)   100% ->
1041-1143  (164154-164256)   100% ->
1144-1266  (177748-177870)   100% ->
1267-1329  (178683-178745)   100% ->
1330-1423  (181473-181566)   100% ->
1424-1507  (182360-182443)   100% ->
1508-1665  (183997-184154)   100% ->
1666-1760  (185140-185234)   100% ->
1761-1896  (186611-186746)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGGGAGGAGGGATTTAACACCAAGATGGCGGACGGCCCGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGGGAGGAGGGATTTAACACCAAGATGGCGGACGGCCCGGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACGATACCGAAGCGGGCTGTGTGCCCCTTCTCCACCCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GTACGATACCGAAGCGGGCTGTGTGCCCCTTCTCCACCCAGAGGTG...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GAAATCAAACCCCAAAGCCATTATAACCATGGATATGGTGAACCTCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133196 AGGAAATCAAACCCCAAAGCCATTATAACCATGGATATGGTGAACCTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACGGAAAACTCATATTGATGATTACAGCACATGGGACATAGTCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133246 GGACGGAAAACTCATATTGATGATTACAGCACATGGGACATAGTCAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACACA         ATATGGAATATATGAACGCTGTCGAGAATTGGTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133296 TACACAGTA...TAGATATGGAATATATGAACGCTGTCGAGAATTGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCAGGTTATGATGTACGGCAACCGGACAAAGAAAATGTTACCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141116 AAGCAGGTTATGATGTACGGCAACCGGACAAAGAAAATGTTACCCTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATTGGGCTGCCATCAATAACAGAATAGATTTAGTCAA         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 141166 CATTGGGCTGCCATCAATAACAGAATAGATTTAGTCAAGTA...TAGATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTATATTTCGAAAGGTGCTATTGTGGATCAACTTGGAGGGGACCTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144810 CTATATTTCGAAAGGTGCTATTGTGGATCAACTTGGAGGGGACCTGAATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAACTCCATTGCACTGGGCCACAAG         ACAAGGCCATCTATCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 144860 CAACTCCATTGCACTGGGCCACAAGGTT...TAGACAAGGCCATCTATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGTTGTGCAACTAATGAAATATGGTGCAGATCCTTCATTAATTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145493 ATGGTTGTGCAACTAATGAAATATGGTGCAGATCCTTCATTAATTGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAGGATGTAGCTGTATTCATCTGGCTGCTCAGTTCGGACATACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145543 AGAAGGATGTAGCTGTATTCATCTGGCTGCTCAGTTCGGACATACCTCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTTGCTTATCTCATAGCAAAAGGACAG         GATGTAGATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 145593 TTGTTGCTTATCTCATAGCAAAAGGACAGGTA...CAGGATGTAGATATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGATCAGAATGGAATGACGCCTTTAATGTGGGCAGCATATAGAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150922 ATGGATCAGAATGGAATGACGCCTTTAATGTGGGCAGCATATAGAACACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAG         TGTGGATCCAACTAGATTGCTTTTAACATTCAATGTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150972 TAGGTA...CAGTGTGGATCCAACTAGATTGCTTTTAACATTCAATGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGTTAACCTTGGTGACAAGTATCACAAAAACACTGCTCTGCATTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151659 CAGTTAACCTTGGTGACAAGTATCACAAAAACACTGCTCTGCATTGGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGCTAGCAGGGAATACCACAGTCATTAGCCTTCTTCTGGAAGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151709 GTGCTAGCAGGGAATACCACAGTCATTAGCCTTCTTCTGGAAGCTGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAATGTTGATGCCCAGAATATCAAG         GGCGAATCAGCGCTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 151759 TAATGTTGATGCCCAGAATATCAAGGTA...CAGGGCGAATCAGCGCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTTGGCAAAACAGAGAAAAAATGTGTGGATGATCAACCACTTACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158186 ATTTGGCAAAACAGAGAAAAAATGTGTGGATGATCAACCACTTACAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCAAGGCAAGCAAAAGGATATGACAATCCGTCCTTCCTTAGAAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158236 GCAAGGCAAGCAAAAGGATATGACAATCCGTCCTTCCTTAGAAAGCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCTGATAAG         GAATTTCGGCAGAAAGTAATGTTAGGAACTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 158286 AGCTGATAAGGTA...CAGGAATTTCGGCAGAAAGTAATGTTAGGAACTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTTTCCTAGTTATTTGGCTGGTTGGGTTTATAGCAGACCTAAATATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162703 CTTTCCTAGTTATTTGGCTGGTTGGGTTTATAGCAGACCTAAATATTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTTGGCTCATTAAAGGGCTAATGTATGGTGGTGTTTGGGCTACAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162753 TCTTGGCTCATTAAAGGGCTAATGTATGGTGGTGTTTGGGCTACAGTACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTTTCTTTCAAA         ATCCTTTTTCGATCATTCAATGCATAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 162803 GTTTCTTTCAAAGTA...CAGATCCTTTTTCGATCATTCAATGCATAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CATTGCCCCTTGGGATATATTTGGCAACCAAATTCTGGATGTATGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164183 CATTGCCCCTTGGGATATATTTGGCAACCAAATTCTGGATGTATGTGACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGGTTCTTCTGGTTTTGGAATGAT         CTCAACTTTTTATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 164233 TGGTTCTTCTGGTTTTGGAATGATATC...CATCTCAACTTTTTATTTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCATCTTCCATTCCTTGCCAATAGTGTTGCACTTTTCTACAATTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177765 CCATCTTCCATTCCTTGCCAATAGTGTTGCACTTTTCTACAATTTTGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AATCTTGGAAATCAGATCCAGGGATTATTAAAGCAACAGAAGAGCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177815 AATCTTGGAAATCAGATCCAGGGATTATTAAAGCAACAGAAGAGCAAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAAAAG         ACAATAGTTGAACTTGCAGAGACAGGAAGTCTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177865 AAAAAGGTA...CAGACAATAGTTGAACTTGCAGAGACAGGAAGTCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCTCAGTATATTCTGCAGTACCTGTTTG         ATACGAAAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 178718 CCTCAGTATATTCTGCAGTACCTGTTTGGTA...CAGATACGAAAACCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGAGGTCCAAACATTGTGGTGTGTGCAACCGCTGTATAGCAAAATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181486 TGAGGTCCAAACATTGTGGTGTGTGCAACCGCTGTATAGCAAAATTTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CATCATTGCCCATGGGTGGGTAACTGTGTAG         GTGCAGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 181536 CATCATTGCCCATGGGTGGGTAACTGTGTAGGTA...CAGGTGCAGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCATAGATATTTTATGGGCTACCTATTCTTCTTGCTTTTTATGATCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182370 CCATAGATATTTTATGGGCTACCTATTCTTCTTGCTTTTTATGATCTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GGATGATTTATGGTTGTATATCTT         ACTGGGGACTCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 182420 GGATGATTTATGGTTGTATATCTTGTG...TAGACTGGGGACTCCACTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GAGACCACTTACACCAAGGATGGATTTTGGACATACATTACTCAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184014 GAGACCACTTACACCAAGGATGGATTTTGGACATACATTACTCAGATTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CACGTGTTCACCTTGGATGTTTTGGATGTTCCTGAACAGTGTTTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184064 CACGTGTTCACCTTGGATGTTTTGGATGTTCCTGAACAGTGTTTTCCACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCATGTGGGTGGCTGTATTACTCATGTGTCAGATGTACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 184114 TCATGTGGGTGGCTGTATTACTCATGTGTCAGATGTACCAGGTA...TAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ATATCATGTTTAGGTATTACTACAAATGAAAGAATGAATGCCAGGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185140 ATATCATGTTTAGGTATTACTACAAATGAAAGAATGAATGCCAGGAGATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAAGCACTTTAAAGTCACAACAACGTCTATTGAAAGCCCATTCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 185190 CAAGCACTTTAAAGTCACAACAACGTCTATTGAAAGCCCATTCAAGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761     CCATGGATGTGTAAGAAATATTATAGACTTCTTTGAATTTCGATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185240 .TAGCCATGGATGTGTAAGAAATATTATAGACTTCTTTGAATTTCGATGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TGTGGCCTCTTTCGTCCTGTTATCGTGGACTGGACCAGGCAGTATACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186657 TGTGGCCTCTTTCGTCCTGTTATCGTGGACTGGACCAGGCAGTATACAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AGAATATGACCAAATATCAGGATCTGGGTACCAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186707 AGAATATGACCAAATATCAGGATCTGGGTACCAGCTGGTG