seq1 = pF1KA0917.tfa, 1926 bp
seq2 = pF1KA0917/gi568815584f_30522339.tfa (gi568815584f:30522339_30834858), 312520 bp

>pF1KA0917 1926
>gi568815584f:30522339_30834858 (Chr14)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-132  (105871-105941)   100% ->
133-221  (108139-108227)   100% ->
222-312  (111609-111699)   100% ->
313-435  (115787-115909)   100% ->
436-523  (117439-117526)   100% ->
524-613  (120978-121067)   100% ->
614-669  (127190-127245)   100% ->
670-755  (128227-128312)   100% ->
756-855  (131151-131250)   100% ->
856-995  (147918-148057)   100% ->
996-1086  (150919-151009)   100% ->
1087-1160  (151586-151659)   100% ->
1161-1242  (152646-152727)   100% ->
1243-1339  (172435-172531)   100% ->
1340-1410  (177850-177920)   100% ->
1411-1490  (179958-180037)   100% ->
1491-1553  (183485-183547)   100% ->
1554-1629  (185652-185727)   100% ->
1630-1683  (193586-193639)   100% ->
1684-1736  (196987-197039)   100% ->
1737-1770  (199546-199579)   100% ->
1771-1836  (200156-200221)   100% ->
1837-1905  (212452-212520)   100% ->
1906-1926  (213248-213268)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGGCAGCGACAGCAGCAGCAGCAGCCAGTATTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGGCGGCAGCGACAGCAGCAGCAGCAGCCAGTATTCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGGCAGACAG         TGGCTTTGAAGCGTATGTTGAATTTCAATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGGCAGACAGGTA...CAGTGGCTTTGAAGCGTATGTTGAATTTCAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCTCATATTAAAAACAGCACAGGAGAACCAGTATGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105901 TGCCTCATATTAAAAACAGCACAGGAGAACCAGTATGGAAGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTACTCATTTATGACAGATTTGGCCAAGATATAATCTCTCCTCTGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108139 GTACTCATTTATGACAGATTTGGCCAAGATATAATCTCTCCTCTGCTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGAAGGAGCTAAGAGACATGGGAATCACTCTGCATCT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108189 TGTGAAGGAGCTAAGAGACATGGGAATCACTCTGCATCTGTG...TAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTTACACTCTGATCGAGATCCTATTCCAGATGTTCCTGCAGTATACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111611 TTTTACACTCTGATCGAGATCCTATTCCAGATGTTCCTGCAGTATACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTAATGCCAACTGAAGAAAATATTGACAGAATGTGCCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111661 GTAATGCCAACTGAAGAAAATATTGACAGAATGTGCCAGGTA...TAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCTTCGAAATCAACTATATGAATCATATTATTTAAATTTTATTTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115789 TCTTCGAAATCAACTATATGAATCATATTATTTAAATTTTATTTCTGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTTCAAGAAGTAAACTGGAAGATATTGCAAATGCAGCGTTAGCAGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115839 TTTCAAGAAGTAAACTGGAAGATATTGCAAATGCAGCGTTAGCAGCTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGTAACACAAGTAGCCAAG         GTTTTTGACCAATATCTCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115889 GCAGTAACACAAGTAGCCAAGGTA...TAGGTTTTTGACCAATATCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTTTATTACTTTGGAAGATGATATGTTTGTATTATGTAATCAAAATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117459 TTTTATTACTTTGGAAGATGATATGTTTGTATTATGTAATCAAAATAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCTTGTTTCATATCGTG         CCATTAACAGGCCAGATATCACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 117509 AGCTTGTTTCATATCGTGGTA...TAGCCATTAACAGGCCAGATATCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACACGGAAATGGAAACTGTTATGGACACTATAGTTGACAGCCTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121001 GACACGGAAATGGAAACTGTTATGGACACTATAGTTGACAGCCTCTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTTTTTTGTTACTCTGG         GTGCTGTTCCTATAATCAGATGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121051 CTTTTTTGTTACTCTGGGTA...TAGGTGCTGTTCCTATAATCAGATGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAAGAGGAACAGCAGCAGAAATGGTAGCAGTG         AAACTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127214 CAAGAGGAACAGCAGCAGAAATGGTAGCAGTGGTA...CAGAAACTAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAGAAACTTCGAGAAAATCTAAGAGATGCAAGAAACAGTCTTTTTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128236 AAGAAACTTCGAGAAAATCTAAGAGATGCAAGAAACAGTCTTTTTACAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGATACACTTGGAGCTGGCCAATTCAG         CTTCCAGAGGCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128286 TGATACACTTGGAGCTGGCCAATTCAGGTA...CAGCTTCCAGAGGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TATTAGTCCTTGTTGACAGAAACATAGATTTGGCAACTCCTTTACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131165 TATTAGTCCTTGTTGACAGAAACATAGATTTGGCAACTCCTTTACATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ACTTGGACATATCAAGCATTGGTGCACGATGTACTG         GATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 131215 ACTTGGACATATCAAGCATTGGTGCACGATGTACTGGTA...TAGGATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CCATTTAAACAGGGTTAATTTGGAAGAATCTTCAGGAGTGGAAAACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147923 CCATTTAAACAGGGTTAATTTGGAAGAATCTTCAGGAGTGGAAAACTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CAGCTGGTGCTAGACCAAAGAGAAAAAACAAGAAGTCTTATGATTTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147973 CAGCTGGTGCTAGACCAAAGAGAAAAAACAAGAAGTCTTATGATTTAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCGGTTGATAAATTTTGGCAAAAACATAAAGGAAG         TCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 148023 CCGGTTGATAAATTTTGGCAAAAACATAAAGGAAGGTA...TAGTCCATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CCCAGAAGTTGCAGAATCAGTTCAGCAAGAACTAGAATCTTACAGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150925 CCCAGAAGTTGCAGAATCAGTTCAGCAAGAACTAGAATCTTACAGAGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGGAAGATGAGGTCAAACGACTTAAAAGCATTATG         GGACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 150975 AGGAAGATGAGGTCAAACGACTTAAAAGCATTATGGTA...AAGGGACTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAAGGGGAAGATGAAGGAGCCATAAGTATGCTTTCTGACAATACCGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151592 GAAGGGGAAGATGAAGGAGCCATAAGTATGCTTTCTGACAATACCGCTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCTAACATCAGCTGTTAG         TTCTTTGCCAGAACTCCTTGAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 151642 GCTAACATCAGCTGTTAGGTA...CAGTTCTTTGCCAGAACTCCTTGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAAAAAGACTTATTGATCTCCATACAAATGTTGCCACTGCTGTTTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152669 AAAAAAGACTTATTGATCTCCATACAAATGTTGCCACTGCTGTTTTAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CATATAAAG         GCAAGAAAATTGGATGTATATTTTGAATATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 152719 CATATAAAGGTA...CAGGCAAGAAAATTGGATGTATATTTTGAATATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 AGAAAAAATAATGAGCAAAACTACTCTGGATAAATCTCTTCTAGATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172467 AGAAAAAATAATGAGCAAAACTACTCTGGATAAATCTCTTCTAGATATAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TATCAGACCCTGATG         CAGGAACTCCAGAAGATAAAATGAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 172517 TATCAGACCCTGATGGTA...CAGCAGGAACTCCAGAAGATAAAATGAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TTGTTTCTTATCTATTATATAAGCACACAGCAAGCACCTTCTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 177876 TTGTTTCTTATCTATTATATAAGCACACAGCAAGCACCTTCTGAGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411     GCTGATTTGGAGCAATATAAAAAAGCTTTAACTGATGCAGGATGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177926 .CAGGCTGATTTGGAGCAATATAAAAAAGCTTTAACTGATGCAGGATGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 ACCTTAATCCTTTACAATATATCAAACAGTGGAA         GGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 180004 ACCTTAATCCTTTACAATATATCAAACAGTGGAAGTA...TAGGGCTTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 ACCAAGATGGCCTCAGCTCCGGCCAGCTATGGCAGCACTACCACTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183492 ACCAAGATGGCCTCAGCTCCGGCCAGCTATGGCAGCACTACCACTAAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 AATGGG         TCTTTTATCACGAGTCATGAATACAGGATCACAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183542 AATGGGGTA...TAGTCTTTTATCACGAGTCATGAATACAGGATCACAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TTGTGATGGAAGGAGTGAAGAACCTGGTTTTGAAACAGCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 185687 TTGTGATGGAAGGAGTGAAGAACCTGGTTTTGAAACAGCAAGTA...CAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630 AATCTACCTGTTACTCGTATTTTGGACAATCTTATGGAGATGAAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193586 AATCTACCTGTTACTCGTATTTTGGACAATCTTATGGAGATGAAGTCAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 CCCC         GAAACTGATGACTATAGATATTTTGATCCCAAAATGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193636 CCCCGTG...TAGGAAACTGATGACTATAGATATTTTGATCCCAAAATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1721 TGCGGGGCAATGACAG         CTCAGTTCCCAGAAATAAAAATCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 197024 TGCGGGGCAATGACAGGTA...CAGCTCAGTTCCCAGAAATAAAAATCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1762 TTCCAAGAG         GCCATTGTTTTTGTGGTGGGAGGAGGCAACTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 199571 TTCCAAGAGGTA...TAGGCCATTGTTTTTGTGGTGGGAGGAGGCAACTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1803 CATTGAATATCAGAATCTTGTTGACTACATAAAG         GGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 200188 CATTGAATATCAGAATCTTGTTGACTACATAAAGGTA...CAGGGGAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844 AAGGCAAACACATTTTATATGGCTGCAGTGAGCTTTTTAATGCTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212459 AAGGCAAACACATTTTATATGGCTGCAGTGAGCTTTTTAATGCTACACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1894 TTCATAAAACAG         TTGTCACAACTTGGACAAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 212509 TTCATAAAACAGGTA...TAGTTGTCACAACTTGGACAAAAG