seq1 = pF1KA0879.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KA0879/gi568815592f_46039584.tfa (gi568815592f:46039584_46243637), 204054 bp

>pF1KA0879 1359
>gi568815592f:46039584_46243637 (Chr6)

1-826  (100001-100826)   100% ->
827-997  (101469-101639)   100% ->
998-1359  (103693-104054)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTATTAGTAATACTTTTGTTTTCTGGACTTATAACTGGTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTATTAGTAATACTTTTGTTTTCTGGACTTATAACTGGTTTTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTGACTCTTCCTCTAGTTTGCCACCTAAGTTACTACTAGTATCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTGACTCTTCCTCTAGTTTGCCACCTAAGTTACTACTAGTATCCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGCTTCAGAGCTGATTATCTGAAGAACTATGAATTTCCTCATCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGCTTCAGAGCTGATTATCTGAAGAACTATGAATTTCCTCATCTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATTTTATCAAAGAAGGTGTTTTGGTAGAGCATGTTAAAAATGTTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATTTTATCAAAGAAGGTGTTTTGGTAGAGCATGTTAAAAATGTTTTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACAAAAACATTTCCAAACCACTACAGTATTGTGACAGGCTTGTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACAAAAACATTTCCAAACCACTACAGTATTGTGACAGGCTTGTATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAAGCCATGGCATTGTGGCTAATTCCATGTATGATGCAGTCACAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAAGCCATGGCATTGTGGCTAATTCCATGTATGATGCAGTCACAAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTTTTCTGACTCTAATGACAAGGATCCTTTTTGGTGGAATGAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACTTTTCTGACTCTAATGACAAGGATCCTTTTTGGTGGAATGAGGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTATTTGGGTGACCAATCAGCTTCAGGAAAACAGATCAAGTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTATTTGGGTGACCAATCAGCTTCAGGAAAACAGATCAAGTGCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTATGTGGCCTGGTACTGATGTACCCATTCACGATACCATCTCTTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTATGTGGCCTGGTACTGATGTACCCATTCACGATACCATCTCTTCCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTATGAATTACAACTCCTCAGTGTCATTTGAGGAAAGACTAAATAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTATGAATTACAACTCCTCAGTGTCATTTGAGGAAAGACTAAATAATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TACTATGTGGCTAAACAATTCGAACCCACCAGTCACCTTTGCAACACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TACTATGTGGCTAAACAATTCGAACCCACCAGTCACCTTTGCAACACTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATTGGGAAGAACCAGATGCAAGTGGCCACAAATACGGACCTGAAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATTGGGAAGAACCAGATGCAAGTGGCCACAAATACGGACCTGAAGATAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAAACATGAGCAGAGTGTTGAAAAAAATAGATGATCTTATCGGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAAACATGAGCAGAGTGTTGAAAAAAATAGATGATCTTATCGGTGACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGTCCAAAGACTCAAGATGTTAGGGCTATGGGAAAATCTTAATGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGTCCAAAGACTCAAGATGTTAGGGCTATGGGAAAATCTTAATGTGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTACAAGTGATCATGGGATGACCCAGTGTTCTCAGGACAGACTGATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTACAAGTGATCATGGGATGACCCAGTGTTCTCAGGACAGACTGATAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGATTCCTGCATCGATCATTCATACTACACTCTTATAGATTTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGATTCCTGCATCGATCATTCATACTACACTCTTATAGATTTGAGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTTGCTGCAATACTTCCCAAAATAA         ATAGAACAGAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100801 AGTTGCTGCAATACTTCCCAAAATAAGTA...CAGATAGAACAGAGGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATAACAAACTGAAAAACTGTAGCCCTCATATGAATGTTTATCTCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101484 ATAACAAACTGAAAAACTGTAGCCCTCATATGAATGTTTATCTCAAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACATTCCTAACAGATTTTATTACCAACATAATGATCGAATTCAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101534 GACATTCCTAACAGATTTTATTACCAACATAATGATCGAATTCAGCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TATTTTGGTTGCCGATGAAGGCTGGACAATTGTGCTAAATGAATCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101584 TATTTTGGTTGCCGATGAAGGCTGGACAATTGTGCTAAATGAATCATCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAAAAT         TAGGTGACCATGGTTATGATAATTCTTTGCCTAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101634 AAAAATGTA...CAGTAGGTGACCATGGTTATGATAATTCTTTGCCTAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATGCATCCATTTCTAGCTGCCCACGGACCTGCATTTCACAAAGGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103728 ATGCATCCATTTCTAGCTGCCCACGGACCTGCATTTCACAAAGGCTACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCATAGCACAATTAACATTGTGGATATTTATCCAATGATGTGCCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103778 GCATAGCACAATTAACATTGTGGATATTTATCCAATGATGTGCCACATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGGGATTAAAACCACATCCCAATAATGGGACCTTTGGTCATACTAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103828 TGGGATTAAAACCACATCCCAATAATGGGACCTTTGGTCATACTAAGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTGTTAGTTGACCAGTGGTGCATTAATCTCCCAGAAGCCATCGCGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103878 TTGTTAGTTGACCAGTGGTGCATTAATCTCCCAGAAGCCATCGCGATTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TATCGGTTCACTCTTGGTGTTAACCATGCTAACATGCCTCATAATAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103928 TATCGGTTCACTCTTGGTGTTAACCATGCTAACATGCCTCATAATAATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGCAGAATAGACTTTCTGTACCTCGTCCATTTTCTCGACTTCAGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103978 TGCAGAATAGACTTTCTGTACCTCGTCCATTTTCTCGACTTCAGCTACAA

   1350     .    :    .    :    .
   1333 GAAGATGATGATGATCCTTTAATTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||
 104028 GAAGATGATGATGATCCTTTAATTGGG