seq1 = pF1KA0872.tfa, 1641 bp
seq2 = pF1KA0872/gi568815582f_77091486.tfa (gi568815582f:77091486_77298305), 206820 bp

>pF1KA0872 1641
>gi568815582f:77091486_77298305 (Chr16)

1-148  (100001-100148)   100% ->
149-475  (101966-102292)   100% ->
476-1295  (102850-103669)   99% ->
1296-1443  (104050-104197)   100% ->
1444-1641  (106623-106820)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTCGGAGGAGACACTGCTGCCCCGGCCCCCGGGGGCGCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTCGGAGGAGACACTGCTGCCCCGGCCCCCGGGGGCGCGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGAGGACACGCAGTTCCCCAGTGAGGAAGCTAGAGAAGGTGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGAGGACACGCAGTTCCCCAGTGAGGAAGCTAGAGAAGGTGGAGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCACGCGGTCCCGCCGGATCCCGAAGACGAGGGCCTGGAGGAAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 TTCACGCGGTCCCGCCGGATCCCGAAGACGAGGGCCTGGAGGAAACAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        GATCCAAGGACAAGGACCAGCCACCCAGCCCATCACCACCGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 A...CAGGATCCAAGGACAAGGACCAGCCACCCAGCCCATCACCACCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGTCAGAGGCCCTGTCAAGCACCTCTCGGCTCTGGAGTCCTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102009 CCAGTCAGAGGCCCTGTCAAGCACCTCTCGGCTCTGGAGTCCTGCAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGAGAATAGTCCCACATGTAGCCCTGAGAGTAGCTCTGGAGGCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102059 CTGAGAATAGTCCCACATGTAGCCCTGAGAGTAGCTCTGGAGGCCAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGGACCCCAGTGATGAGGAGTGGCGCAGCCAGCGGAAGCATGTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102109 GGGGACCCCAGTGATGAGGAGTGGCGCAGCCAGCGGAAGCATGTGTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGAGTGAGGCTGGCAAGCCCATCTACTCGCGGTATGGTAGTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102159 GCTGAGTGAGGCTGGCAAGCCCATCTACTCGCGGTATGGTAGTGTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCTGTCGGCTACCATGGGTGTAATGACCGCCCTGGTGTCCTTTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102209 CGCTGTCGGCTACCATGGGTGTAATGACCGCCCTGGTGTCCTTTGTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTGCGGGAGATGCCATCCGTGCCATCTACGCTG         AGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102259 AGTGCGGGAGATGCCATCCGTGCCATCTACGCTGGTG...TAGAGGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGCTGGTGTTCCTACAACAGGGCCCACTGTTGCTCGTGGCCATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 CAAGCTGGTGTTCCTACAACAGGGCCCACTGTTGCTCGTGGCCATGTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGACTTCTCAGTCAGCAGCCCAGCTGCGGGGGGAGCTGCTAGCTGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102907 GGACTTCTCAGTCAGCAGCCCAGCTGCGGGGGGAGCTGCTAGCTGTGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCACAGATCGTGAGCACACTTACACGTGCAAGTGTCGCCCGCATCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102957 GCACAGATCGTGAGCACACTTACACGTGCAAGTGTCGCCCGCATCTTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACACAAGCAGAACTATGACCTCCGCCGCCTGCTGGCTGGTTCAGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103007 ACACAAGCAGAACTATGACCTCCGCCGCCTGCTGGCTGGTTCAGAGCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACTGGACCGACTTCTGGACAGTATGGAGCAGGACCCAGGAGCCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 CACTGGACCGACTTCTGGACAGTATGGAGCAGGACCCAGGAGCCCTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGGGTGCCGTGCGCTGTGTGCCCCTTGCCCGCCCGCTGCGAGACGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 CTGGGTGCCGTGCGCTGTGTGCCCCTTGCCCGCCCGCTGCGAGACGCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGGTGCGCTCCTCCGACGTTGCACAGCGCCTGGCCTGGCGCTGTCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 AGGTGCGCTCCTCCGACGTTGCACAGCGCCTGGCCTGGCGCTGTCAGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGCAGTAGGCGGTCGACTTATAACAGCAGCCCAGGAGCGGAATGTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 103207 TGGCAGTAGGCGGTCGACTTATAACAGCAGCCCAGGAGCGAAATGTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCCGAGTGCCGGCTGGACCCAGCTGACCTGCAGTTGCTGCTCGACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 GCCGAGTGCCGGCTGGACCCAGCTGACCTGCAGTTGCTGCTCGACTGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGGTGCACCAGCCTTTGCGGCGGGTGAGGCTTGGGCACCTGTGTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 GGGTGCACCAGCCTTTGCGGCGGGTGAGGCTTGGGCACCTGTGTGCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCCGCTTCAACCCTGATGGTTTTTTCTACGCCTACGTGGCCCGCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 CCCGCTTCAACCCTGATGGTTTTTTCTACGCCTACGTGGCCCGCCTGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCTATGCCTGTCTGCCTGCTGCTGCTTGGCACCCAACGTGAAGCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 GCTATGCCTGTCTGCCTGCTGCTGCTTGGCACCCAACGTGAAGCCTTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGCCATGGCCGCCTGCCGGCGCCTGGTCGAAGATGGGATGCATGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 103457 TGCCATGGCCGCCTGCCGGCGCCTGGTTGAAGATGGGATGCATGCCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGCCATGCGTGCCCTTGGGGAGGCTGCCAGCTTCTCTAATGCCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 GTGCCATGCGTGCCCTTGGGGAGGCTGCCAGCTTCTCTAATGCCTCATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCCAGTGCTCCTGCCTACAGCGTGCAGGCTGTCGGGGCGCCGGGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 GCCAGTGCTCCTGCCTACAGCGTGCAGGCTGTCGGGGCGCCGGGCCTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCACTTCCTGTATAAGCCGCTGGACATCCCTGACCACCACCGCCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 GCACTTCCTGTATAAGCCGCTGGACATCCCTGACCACCACCGCCAACTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCCAGTTTACCAG         CCCTGAGCTAGAGGCCCCCTACAGCAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103657 CCCAGTTTACCAGGTA...CAGCCCTGAGCTAGAGGCCCCCTACAGCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAGGAGGAGCGGCAGCGGCTGTCGGACCTGTACCACCGCCTGCATGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104078 GAGGAGGAGCGGCAGCGGCTGTCGGACCTGTACCACCGCCTGCATGCTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TCTCCACAGCACCTCCCGACCCCTGCGCCTCATTTACCACGTGGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104128 TCTCCACAGCACCTCCCGACCCCTGCGCCTCATTTACCACGTGGCTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGGAGACACTACTGGCCTGG         GTGACCTCCAAATTCGAGCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104178 AGGAGACACTACTGGCCTGGGTA...CAGGTGACCTCCAAATTCGAGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TATACCTGCCTCAGCCCTCTGGTGACCAAGGCAGGTGCAATCTTGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106644 TATACCTGCCTCAGCCCTCTGGTGACCAAGGCAGGTGCAATCTTGGTAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GACCAAACTCCTGCGCTGGGTGAAGAAAGAGGAGGACCGGCTCTTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106694 GACCAAACTCCTGCGCTGGGTGAAGAAAGAGGAGGACCGGCTCTTCATTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GTTACCCACCCAAGTACTCCACACCACCAGCCACCTCTACGGACCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106744 GTTACCCACCCAAGTACTCCACACCACCAGCCACCTCTACGGACCAAGCT

   1650     .    :    .    :    .
   1615 GCCCATAATGGCTTGTTCACTGGACTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 106794 GCCCATAATGGCTTGTTCACTGGACTC