seq1 = pF1KA0850.tfa, 1926 bp
seq2 = pF1KA0850/gi568815597r_185198038.tfa (gi568815597r:185198038_185409493), 211456 bp

>pF1KA0850 1926
>gi568815597r:185198038_185409493 (Chr1)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-281  (100322-100491)   100% ->
282-357  (100619-100694)   100% ->
358-531  (101832-102005)   100% ->
532-657  (102355-102480)   100% ->
658-765  (103851-103958)   100% ->
766-895  (107931-108060)   100% ->
896-1120  (108298-108522)   100% ->
1121-1242  (108936-109057)   100% ->
1243-1369  (109151-109277)   100% ->
1370-1501  (109364-109495)   100% ->
1502-1675  (109611-109784)   100% ->
1676-1926  (111206-111456)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCCCAATGGATATTTGATGTTTGAGGATGAAAATTTTATTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTCCCAATGGATATTTGATGTTTGAGGATGAAAATTTTATTGAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGTTGCCAAATTAAATGCCCTGAGGAAAAGTGGCCAGTTCTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGTTGCCAAATTAAATGCCCTGAGGAAAAGTGGCCAGTTCTGTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCGACTTCAG         GTCTGTGGCCATGAAATGTTAGCACACAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCGACTTCAGGTA...CAGGTCTGTGGCCATGAAATGTTAGCACACAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGTGCTAGCTTGCTGCAGTCCCTATTTATTTGAAATCTTTAATAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100352 GCAGTGCTAGCTTGCTGCAGTCCCTATTTATTTGAAATCTTTAATAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGTGATCCTCATGGAATTTCTCACGTTAAATTTGATGATCTCAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100402 TAGTGATCCTCATGGAATTTCTCACGTTAAATTTGATGATCTCAATCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCTGTTGAAGTCTTGTTGAATTATGCCTACACTGCTCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100452 AAGCTGTTGAAGTCTTGTTGAATTATGCCTACACTGCTCAGTA...TAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGAAAGCAGATAAGGAATTGGTAAAAGATGTTTATTCTGCAGCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100620 TTGAAAGCAGATAAGGAATTGGTAAAAGATGTTTATTCTGCAGCAAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGAAGATGGATCGAGTAAAGCAG         GTTTGTGGTGATTATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100670 GCTGAAGATGGATCGAGTAAAGCAGGTA...AAGGTTTGTGGTGATTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACTGTCTAGAATGGATGTTACCAGCTGCATCTCTTACCGAAATTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101848 TACTGTCTAGAATGGATGTTACCAGCTGCATCTCTTACCGAAATTTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTTGTATGGGAGACTCCCGTTTGTTGAATAAGGTTGATGCTTATATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101898 AGTTGTATGGGAGACTCCCGTTTGTTGAATAAGGTTGATGCTTATATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGCATTTGTTACAAATTTCTGAAGAGGAGGAGTTTCTTAAGCTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101948 GGAGCATTTGTTACAAATTTCTGAAGAGGAGGAGTTTCTTAAGCTTCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCTAAAG         TTGGAGGTAATGCTTGAAGATAATGTTTGCTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101998 GGCTAAAGGTA...TAGTTGGAGGTAATGCTTGAAGATAATGTTTGCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCAGCAATGGCAAATTATATACAAAGGTAATCAACTGGGTGCAGCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102388 CCCAGCAATGGCAAATTATATACAAAGGTAATCAACTGGGTGCAGCGTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCTGGGAGAATGGAGACAGTCTGGAAGAGCTGATGGAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102438 CATCTGGGAGAATGGAGACAGTCTGGAAGAGCTGATGGAAGAGGTT...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   GTTCAAACCTTGTACTACTCAGCTGATCACAAGCTGCTTGATGGGAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103849 AGGTTCAAACCTTGTACTACTCAGCTGATCACAAGCTGCTTGATGGGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTACTAGATGGACAGGCTGAGGTGTTTGGCAGTGATGATGACCACATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103899 CTACTAGATGGACAGGCTGAGGTGTTTGGCAGTGATGATGACCACATTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTTGTGCAG         AAAAAGCCACCACGTGAGAATGGCCATAAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103949 GTTTGTGCAGGTA...CAGAAAAAGCCACCACGTGAGAATGGCCATAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATAAGTAGCAGTTCAACTGGATGTCTCTCTTCTCCAAATGCTACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107962 AGATAAGTAGCAGTTCAACTGGATGTCTCTCTTCTCCAAATGCTACAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAAAGCCCTAAGCATGAGTGGAAAATCGTTGCTTCAGAAAAGACTTCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108012 CAAAGCCCTAAGCATGAGTGGAAAATCGTTGCTTCAGAAAAGACTTCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896         ATAACACTTACTTGTGCCTGGCTGTGCTGGATGGTATATTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108062 TA...CAGATAACACTTACTTGTGCCTGGCTGTGCTGGATGGTATATTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGTCATTTTTCTTCATGGGAGAAACAGCCCACAGAGCTCACCAACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108340 GTGTCATTTTTCTTCATGGGAGAAACAGCCCACAGAGCTCACCAACAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTCCAAAACTAAGTAAGAGTTTAAGCTTTGAGATGCAACAAGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108390 ACTCCAAAACTAAGTAAGAGTTTAAGCTTTGAGATGCAACAAGATGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AATCGAAAAGCCCATGTCTCCTATGCAGTACGCACGATCTGGTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108440 AATCGAAAAGCCCATGTCTCCTATGCAGTACGCACGATCTGGTCTGGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGCAGAGATGAATGGCAAACTCATAGCTGCAG         GTGGCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108490 CAGCAGAGATGAATGGCAAACTCATAGCTGCAGGTA...CAGGTGGCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACAGAGAGGAATGTCTTCGAACAGTCGAATGCTATAATCCACATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 AACAGAGAGGAATGTCTTCGAACAGTCGAATGCTATAATCCACATACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCACTGGTCCTTTCTTGCTCCCATGAGAACACCAAGAGCCCGATTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108994 TCACTGGTCCTTTCTTGCTCCCATGAGAACACCAAGAGCCCGATTTCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGCTGTACTCATG         GGCCAGCTCTATGTGGTAGGTGGATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109044 TGGCTGTACTCATGGTA...TAGGGCCAGCTCTATGTGGTAGGTGGATCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATGGCCACTCAGATGACCTGAGTTGTGGAGAGATGTATGATTCAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109178 AATGGCCACTCAGATGACCTGAGTTGTGGAGAGATGTATGATTCAAACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGATGACTGGATTCCTGTTCCAGAATTGAGAACTAACCGTTGTAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109228 AGATGACTGGATTCCTGTTCCAGAATTGAGAACTAACCGTTGTAATGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370          GAGTGTGTGCTCTGAATGGAAAGTTATACATCGTTGGTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109278 GTA...TAGGAGTGTGTGCTCTGAATGGAAAGTTATACATCGTTGGTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCTGATCCATATGGTCAAAAAGGACTGAAAAATTGTGATGTATTTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109405 TCTGATCCATATGGTCAAAAAGGACTGAAAAATTGTGATGTATTTGATCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGTAACAAAGTTGTGGACAAGCTGTGCCCCTCTTAACATTC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109455 TGTAACAAAGTTGTGGACAAGCTGTGCCCCTCTTAACATTCGTA...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGAGACACCAGTCTGCAGTCTGTGAGCTTGGTGGTTATTTGTACATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109611 GGAGACACCAGTCTGCAGTCTGTGAGCTTGGTGGTTATTTGTACATAATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGAGGTGCAGAATCTTGGAATTGTCTGAACACAGTAGAACGATACAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109661 GGAGGTGCAGAATCTTGGAATTGTCTGAACACAGTAGAACGATACAATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGAAAATAATACCTGGACTTTAATTGCACCCATGAATGTGGCTAGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109711 TGAAAATAATACCTGGACTTTAATTGCACCCATGAATGTGGCTAGGCGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GAGCTGGAGTGGCTGTTCTTAATG         GAAAACTGTTTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109761 GAGCTGGAGTGGCTGTTCTTAATGGTG...TAGGAAAACTGTTTGTATGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGTGGCTTTGATGGTTCTCATGCCATCAGTTGTGTGGAAATGTATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111223 GGTGGCTTTGATGGTTCTCATGCCATCAGTTGTGTGGAAATGTATGATCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AACTAGAAATGAATGGAAGATGATGGGAAATATGACTTCACCAAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111273 AACTAGAAATGAATGGAAGATGATGGGAAATATGACTTCACCAAGGAGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ATGCTGGGATTGCAACTGTAGGGAACACCATTTATGCAGTGGGAGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111323 ATGCTGGGATTGCAACTGTAGGGAACACCATTTATGCAGTGGGAGGATTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GATGGCAATGAATTTCTGAATACGGTGGAAGTCTATAACCTTGAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111373 GATGGCAATGAATTTCTGAATACGGTGGAAGTCTATAACCTTGAGTCAAA

   2000     .    :    .    :    .    :
   1893 TGAATGGAGCCCCTATACAAAGATTTTCCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111423 TGAATGGAGCCCCTATACAAAGATTTTCCAGTTT