seq1 = pF1KA0838.tfa, 2007 bp
seq2 = pF1KA0838/gi568815596f_190781085.tfa (gi568815596f:190781085_191062983), 281899 bp

>pF1KA0838 2007
>gi568815596f:190781085_191062983 (Chr2)

1-386  (100001-100386)   100% ->
387-483  (114068-114164)   100% ->
484-605  (114520-114641)   100% ->
606-735  (119480-119609)   100% ->
736-815  (120863-120942)   100% ->
816-979  (123920-124083)   100% ->
980-1038  (129179-129237)   100% ->
1039-1071  (139940-139972)   100% ->
1072-1130  (140061-140119)   100% ->
1131-1197  (142833-142899)   100% ->
1198-1248  (143459-143509)   100% ->
1249-1425  (146222-146398)   100% ->
1426-1557  (149353-149484)   100% ->
1558-1650  (150461-150553)   100% ->
1651-1712  (172481-172542)   100% ->
1713-1789  (173500-173576)   100% ->
1790-1853  (173671-173734)   100% ->
1854-2007  (181746-181899)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCGGCTGCGAGGCTCGGGGATGCTGCGGGACCTGCTCCTGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCGGCTGCGAGGCTCGGGGATGCTGCGGGACCTGCTCCTGCGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGCCGGCGTGAGCGCGACTCTGCGGCGGGCACAGCCCTTGGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCGCCGGCGTGAGCGCGACTCTGCGGCGGGCACAGCCCTTGGTCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGCCGGCGTCCCCGAGGCGGGGGACGGCCGGCCGCGGGCCCGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGCCGGCGTCCCCGAGGCGGGGGACGGCCGGCCGCGGGCCCGGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGCGCGACTCCACCCGTGGTGGGGCGGGGGCGGCTGGCCGGCGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGCGCGACTCCACCCGTGGTGGGGCGGGGGCGGCTGGCCGGCGGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCGCGCGGGGCCTGTCCAGCTCTCCTTCGGAGATCTTGCAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCGCGCGGGGCCTGTCCAGCTCTCCTTCGGAGATCTTGCAGGAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAAGGGGAGCACGCATCCGCAGCCCGGGGTGTCGCCACCCGCTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAAGGGGAGCACGCATCCGCAGCCCGGGGTGTCGCCACCCGCTGCCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGGCGCCCGGCCCCAAGGACGGCCCCGGGGAGACGGACGCGTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGGCGCCCGGCCCCAAGGACGGCCCCGGGGAGACGGACGCGTTTGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCGAGGGCAAAGAGCTGGTGGCCTCAGGTGAAAA         TAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100351 CAGCGAGGGCAAAGAGCTGGTGGCCTCAGGTGAAAAGTG...TAGTAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAAAACAGGGTCTGTTACCTAGCTTGGAAGATTTGCTGTTCTATACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114073 TAAAACAGGGTCTGTTACCTAGCTTGGAAGATTTGCTGTTCTATACAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTGAAGGACAAGAGAAAATACCTGTTCATAAATTTATTACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114123 GCTGAAGGACAAGAGAAAATACCTGTTCATAAATTTATTACAGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484  GCACTCAAATCTACAGGATTGCGAACGTCTGATCCCAGGTTGAAAGAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114519 GGCACTCAAATCTACAGGATTGCGAACGTCTGATCCCAGGTTGAAAGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTATGGATATGTTAAGATTAACTCTTCAAACAACATCAGATGGTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114569 GTATGGATATGTTAAGATTAACTCTTCAAACAACATCAGATGGTGTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAGACAAAGATCTTTTTAAAAA         ATGTGTTCAGAGCAACAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114619 CTAGACAAAGATCTTTTTAAAAAGTA...CAGATGTGTTCAGAGCAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTTTTGTTGACACAAGCATTTAGAAGAAAGTTTGTGATTCCTGACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119498 TGTTTTGTTGACACAAGCATTTAGAAGAAAGTTTGTGATTCCTGACTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTCTTTTACCTCACACATTGATGAGTTATATGAAAGTGCTAAAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119548 TGTCTTTTACCTCACACATTGATGAGTTATATGAAAGTGCTAAAAAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTGGAGGAAAG         GTTGCAGATTATATTCCTCAACTGGCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119598 TCTGGAGGAAAGGTA...TAGGTTGCAGATTATATTCCTCAACTGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATTCAGTCCCGATTTGTGGGGTGTGTCTGTTTGTACAGTAGATGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120892 ATTCAGTCCCGATTTGTGGGGTGTGTCTGTTTGTACAGTAGATGGACAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 G         GCATTCTACTGGAGATACCAAAGTTCCCTTCTGTCTTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120942 GGTA...TAGGCATTCTACTGGAGATACCAAAGTTCCCTTCTGTCTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCCTGTGTAAAACCTTTGAAATATGCCATTGCTGTTAATGATCTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123960 TCCTGTGTAAAACCTTTGAAATATGCCATTGCTGTTAATGATCTTGGAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAATATGTGCATCGATATGTTGGAAAAGAGCCGAGTGGACTAAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124010 TGAATATGTGCATCGATATGTTGGAAAAGAGCCGAGTGGACTAAGATTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACAAACTATTTTTGAATGAAGATG         ATAAACCACATAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124060 ACAAACTATTTTTGAATGAAGATGGTA...CAGATAAACCACATAATCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATGGTAAATGCTGGAGCAATTGTTGTGACTTCACTAATAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 129196 ATGGTAAATGCTGGAGCAATTGTTGTGACTTCACTAATAAAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039  CAAGGAGTAAATAATGCTGAAAAATTTGACTAT         GTCATGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 139939 GCAAGGAGTAAATAATGCTGAAAAATTTGACTATGTA...TAGGTCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTTTTTGAATAAGATGGCTGGTAATGAATATGTTGGATTCAGTAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140068 AGTTTTTGAATAAGATGGCTGGTAATGAATATGTTGGATTCAGTAATGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AC         GTTTCAGTCTGAAAGAGAAAGTGGAGATCGAAATTTTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140118 ACGTG...CAGGTTTCAGTCTGAAAGAGAAAGTGGAGATCGAAATTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AATAGGATATTACTTAAAAGAAAAGAAG         TGTTTTCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 142872 AATAGGATATTACTTAAAAGAAAAGAAGGTT...TAGTGTTTTCCAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCACAGACATGGTTGGTATATTAGACTTCTACTTCCAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 143472 GCACAGACATGGTTGGTATATTAGACTTCTACTTCCAGGTA...TAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGCTCCATTGAAGTGACTTGTGAATCAGCCAGTGTGATGGCTGCGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146225 TGCTCCATTGAAGTGACTTGTGAATCAGCCAGTGTGATGGCTGCGACACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCTAATGGTGGTTTCTGCCCAATTACTGGTGAAAGAGTACTGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146275 GGCTAATGGTGGTTTCTGCCCAATTACTGGTGAAAGAGTACTGAGCCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGCAGTTCGAAATACATTGAGTTTGATGCATTCCTGTGGCATGTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146325 AAGCAGTTCGAAATACATTGAGTTTGATGCATTCCTGTGGCATGTATGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCTCAGGGCAGTTTGCTTTCCAT         GTTGGTCTTCCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 146375 TTCTCAGGGCAGTTTGCTTTCCATGTA...TAGGTTGGTCTTCCTGCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATCTGGAGTTGCTGGGGGCATTCTTTTAGTTGTCCCCAATGTTATGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149370 ATCTGGAGTTGCTGGGGGCATTCTTTTAGTTGTCCCCAATGTTATGGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGATGTGCTGGTCTCCTCCTCTGGATAAGATGGGCAACAGTGTTAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149420 TGATGTGCTGGTCTCCTCCTCTGGATAAGATGGGCAACAGTGTTAAGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATTCACTTTTGTCAC         GATCTTGTTTCTCTGTGTAATTTCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 149470 ATTCACTTTTGTCACGTA...CAGGATCTTGTTTCTCTGTGTAATTTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TAACTATGATAATTTGAGACACTTTGCAAAAAAACTTGATCCTCGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150487 TAACTATGATAATTTGAGACACTTTGCAAAAAAACTTGATCCTCGAAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAGGTGGTGATCAAAGG         GTAAAGTCAGTGATAAATCTTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 150537 AAGGTGGTGATCAAAGGGTA...CAGGTAAAGTCAGTGATAAATCTTTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TTTGCTGCATATACTGGAGATGTGTCTGCACTTCGAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 172505 TTTGCTGCATATACTGGAGATGTGTCTGCACTTCGAAGGTA...CAGATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGCTTTGTCAGCTATGGACATGGAACAGCGGGACTATGATTCTAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173503 TGCTTTGTCAGCTATGGACATGGAACAGCGGGACTATGATTCTAGAACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CACTCCATGTAGCTGCTGCAGAGG         GTCATGTTGAAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 173553 CACTCCATGTAGCTGCTGCAGAGGGTA...TAGGTCATGTTGAAGTTGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AAATTTTTGCTGGAAGCCTGCAAAGTAAACCCTTTCCCCAAGGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 173688 AAATTTTTGCTGGAAGCCTGCAAAGTAAACCCTTTCCCCAAGGACAGGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1854       GTGGAATAACACTCCCATGGATGAAGCACTGCACTTTGGACACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173738 ...TAGGTGGAATAACACTCCCATGGATGAAGCACTGCACTTTGGACACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 ATGATGTATTTAAAATTCTCCAAGAATACCAAGTCCAGTACACACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181790 ATGATGTATTTAAAATTCTCCAAGAATACCAAGTCCAGTACACACCTCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGAGATTCTGACAACGGGAAGGAAAATCAAACCGTCCATAAGAATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181840 GGAGATTCTGACAACGGGAAGGAAAATCAAACCGTCCATAAGAATCTTGA

   2150     .    :
   1998 TGGATTGTTG
        ||||||||||
 181890 TGGATTGTTG