seq1 = pF1KA0834.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KA0834/gi568815591f_90609542.tfa (gi568815591f:90609542_91218177), 608636 bp

>pF1KA0834 1353
>gi568815591f:90609542_91218177 (Chr7)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-315  (117026-117271)   100% ->
316-410  (138140-138234)   100% ->
411-490  (181032-181111)   100% ->
491-585  (253634-253728)   100% ->
586-648  (289750-289812)   100% ->
649-772  (308060-308183)   100% ->
773-893  (346156-346276)   100% ->
894-987  (374607-374700)   100% ->
988-1051  (436356-436419)   100% ->
1052-1100  (469891-469939)   100% ->
1101-1240  (503001-503140)   100% ->
1241-1353  (508524-508636)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACGGTTACTTTGGCTGCAATGCTGCTGCAGAGCCCGGTTACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACGGTTACTTTGGCTGCAATGCTGCTGCAGAGCCCGGTTACTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGTGGGAACTCCACAG         ATATGTGTCACAAAGATGTCTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCGTGGGAACTCCACAGGCA...CAGATATGTGTCACAAAGATGTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACGGAACTGCCAGGGAATGGACTCAGTGATCAAACCCCTGGACACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117048 CACGGAACTGCCAGGGAATGGACTCAGTGATCAAACCCCTGGACACAATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAGGATAAAAAAGTCAGAGTTCAGAGGACACAGAGCACTTTTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117098 CCTGAGGATAAAAAAGTCAGAGTTCAGAGGACACAGAGCACTTTTGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTGAGAAACCAGCTAATCAAGTAAAGAGGGTGCATTCTGAGAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117148 ATTTGAGAAACCAGCTAATCAAGTAAAGAGGGTGCATTCTGAGAACAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTGCATTAACTTTAAGACCTCCTCCACTGGCAAAGAGTCACCTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117198 CTTGCATTAACTTTAAGACCTCCTCCACTGGCAAAGAGTCACCTAAAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGCGGCACTCCAGCCCCAGCTCG         CCAACAAGTCCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117248 AGGCGGCACTCCAGCCCCAGCTCGGTA...TAGCCAACAAGTCCCAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAAAAGCTGACTCATATGAAAAGCTGGAAAAACTAGGGGAAGGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138157 TGGAAAAGCTGACTCATATGAAAAGCTGGAAAAACTAGGGGAAGGATCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCTACAGTATACAAAGGGAAAAGCAA         GGTAAATGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138207 ATGCTACAGTATACAAAGGGAAAAGCAAGTA...CAGGGTAAATGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGTAGCTCTGAAGGTGATCAGGCTGCAGGAAGAAGAAGGGACACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181045 TTGGTAGCTCTGAAGGTGATCAGGCTGCAGGAAGAAGAAGGGACACCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACAGCTATCAGGGAAG         CTTCTCTTTTAAAAGGACTAAAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 181095 CACAGCTATCAGGGAAGGTA...CAGCTTCTCTTTTAAAAGGACTAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCTAACATAGTGCTACTTCATGACATCATCCATACCAAGGAGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253658 ATGCTAACATAGTGCTACTTCATGACATCATCCATACCAAGGAGACGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACTTGTGTTTGAATATGTG         CACACTGATTTATGTCAGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 253708 ACACTTGTGTTTGAATATGTGGTA...TAGCACACTGATTTATGTCAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATGGACAAGCACCCTGGGGGGCTGCATCCAGATAATGTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 289770 CATGGACAAGCACCCTGGGGGGCTGCATCCAGATAATGTGAAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   TTGTTTTTATTTCAGTTGCTGCGAGGTCTGTCTTACATCCACCAGCGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308058 AGTTGTTTTTATTTCAGTTGCTGCGAGGTCTGTCTTACATCCACCAGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATATTTTGCACAGAGACCTGAAACCACAGAACCTTCTGATCAGTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308108 TATATTTTGCACAGAGACCTGAAACCACAGAACCTTCTGATCAGTGACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGGGAGTTAAAGCTGGCAGATTTCG         GTCTTGCAAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 308158 GGGGGAGTTAAAGCTGGCAGATTTCGGTA...CAGGTCTTGCAAGAGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AATCCGTCCCTAGCCACACATACTCCAACGAAGTGGTTACCTTGTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346171 AATCCGTCCCTAGCCACACATACTCCAACGAAGTGGTTACCTTGTGGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGACCTCCAGATGTCCTTCTAGGCTCAACAGAATATTCCACCTGCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346221 AGACCTCCAGATGTCCTTCTAGGCTCAACAGAATATTCCACCTGCCTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATGTG         GGGAGTAGGTTGCATCTTTGTTGAAATGATCCAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346271 CATGTGGTG...TAGGGGAGTAGGTTGCATCTTTGTTGAAATGATCCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGTTGCTGCTTTTCCAGGAATGAAAGACATTCAGGATCAACTTGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374642 GAGTTGCTGCTTTTCCAGGAATGAAAGACATTCAGGATCAACTTGAACGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATATTTCTG         GTTCTTGGAACACCAAATGAGGACACATGGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 374692 ATATTTCTGGTA...TAGGTTCTTGGAACACCAAATGAGGACACATGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGAGTTCATTCTTTACCACATTTTAAGCCAG         AACGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 436388 TGGAGTTCATTCTTTACCACATTTTAAGCCAGGTA...CAGAACGCTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCCTGTACAGCTCTAAAAACCTTAGACAAGCATGGAATAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 469900 CCCTGTACAGCTCTAAAAACCTTAGACAAGCATGGAATAAGTA...TAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTCAGCTATGTGAACCATGCAGAGGACCTGGCCTCCAAGCTCCTACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503002 CTCAGCTATGTGAACCATGCAGAGGACCTGGCCTCCAAGCTCCTACAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTCCCCAAAGAACAGACTGTCGGCACAGGCTGCCTTGAGCCACGAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503052 TTCCCCAAAGAACAGACTGTCGGCACAGGCTGCCTTGAGCCACGAGTATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTAGTGACCTGCCGCCACGGCTATGGGAACTCACCGACA         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 503102 TTAGTGACCTGCCGCCACGGCTATGGGAACTCACCGACAGTG...CAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TCTTCTATTTTTACTGTCCCAAATGTGAGATTGCAACCAGAAGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 508526 TCTTCTATTTTTACTGTCCCAAATGTGAGATTGCAACCAGAAGCTGGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAGCATGCGGGCCTTTGGGAAAAACAATAGTTATGGCAAAAGTCTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 508576 AAGCATGCGGGCCTTTGGGAAAAACAATAGTTATGGCAAAAGTCTATCAA

   1450     .    :
   1343 ACAGCAAGCAC
        |||||||||||
 508626 ACAGCAAGCAC