seq1 = pF1KA0744.tfa, 1770 bp
seq2 = pF1KA0744/gi568815591f_18485279.tfa (gi568815591f:18485279_18766524), 281246 bp

>pF1KA0744 1770
>gi568815591f:18485279_18766524 (Chr7)

1-22  (11025-11046)   100% ->
23-264  (100003-100244)   100% ->
265-406  (105067-105208)   100% ->
407-533  (106238-106364)   100% ->
534-655  (108630-108751)   100% ->
656-787  (144072-144203)   100% ->
788-903  (149349-149464)   100% ->
904-1026  (159393-159515)   100% ->
1027-1240  (162507-162720)   100% ->
1241-1458  (163188-163405)   100% ->
1459-1770  (180935-181246)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAGTATGATCAGCTCAG         TGGATGTGAAGTCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  11025 ATGCACAGTATGATCAGCTCAGGTA...TAGTGGATGTGAAGTCAGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCTGTGGGCCTGGAGCCCATCTCACCTTTAGACCTAAGGACAGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 TCCTGTGGGCCTGGAGCCCATCTCACCTTTAGACCTAAGGACAGACCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGATGATGATGCCCGTGGTGGACCCTGTTGTCCGTGAGAAGCAATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 GGATGATGATGCCCGTGGTGGACCCTGTTGTCCGTGAGAAGCAATTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAATTACTTCTTATCCAGCAGCAGCAACAAATCCAGAAGCAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 CAGGAATTACTTCTTATCCAGCAGCAGCAACAAATCCAGAAGCAGCTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATAGCAGAGTTTCAGAAACAGCATGAGAACTTGACACGGCAGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100172 GATAGCAGAGTTTCAGAAACAGCATGAGAACTTGACACGGCAGCACCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCAGCTTCAGGAGCATATCAAG         GAACTTCTAGCCATAAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100222 CTCAGCTTCAGGAGCATATCAAGGTA...CAGGAACTTCTAGCCATAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCAACAAGAACTCCTAGAAAAGGAGCAGAAACTGGAGCAGCAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105085 CAGCAACAAGAACTCCTAGAAAAGGAGCAGAAACTGGAGCAGCAGAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAACAGGAAGTAGAGAGGCATCGCAGAGAACAGCAGCTTCCTCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 AGAACAGGAAGTAGAGAGGCATCGCAGAGAACAGCAGCTTCCTCCTCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGGCAAAGATAGAGGACGAGAAA         GGGCAGTGGCAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105185 GAGGCAAAGATAGAGGACGAGAAAGTA...CAGGGGCAGTGGCAAGTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGTAAAGCAGAAGCTTCAAGAGTTCCTACTGAGTAAATCAGCAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 GAAGTAAAGCAGAAGCTTCAAGAGTTCCTACTGAGTAAATCAGCAACGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGACACTCCAACTAATGGAAAAAATCATTCCGTGAGCCGCCATCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106305 AGACACTCCAACTAATGGAAAAAATCATTCCGTGAGCCGCCATCCCAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTGGTACAC         GGCTGCCCACCACACATCATTGGATCAAAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106355 TCTGGTACACGTA...TAGGGCTGCCCACCACACATCATTGGATCAAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTCCACCCCTTAGTGGAACATCTCCATCCTACAAGTACACATTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108661 TCTCCACCCCTTAGTGGAACATCTCCATCCTACAAGTACACATTACCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCACAAGATGCAAAGGATGATTTCCCCCTTCGAAAAACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108711 AGCACAAGATGCAAAGGATGATTTCCCCCTTCGAAAAACTGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTCTGAGCCCAACTTGAAGGTGCGGTCCAGGTTAAAACAGAAAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144072 CCTCTGAGCCCAACTTGAAGGTGCGGTCCAGGTTAAAACAGAAAGTGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGAGGAGAAGCAGCCCCTTACTCAGGCGGAAGGATGGAAATGTTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144122 GAGAGGAGAAGCAGCCCCTTACTCAGGCGGAAGGATGGAAATGTTGTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCATTCAAGAAGCGAATGTTTGAGGTGACAG         AATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 144172 TTCATTCAAGAAGCGAATGTTTGAGGTGACAGGTA...CAGAATCCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAGTAGCAGTTCTCCAGGCTCTGGTCCCAGTTCACCAAACAATGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149358 TCAGTAGCAGTTCTCCAGGCTCTGGTCCCAGTTCACCAAACAATGGGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTGGAAGTGTTACTGAAAATGAGACTTCGGTTTTGCCCCCTACCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149408 ACTGGAAGTGTTACTGAAAATGAGACTTCGGTTTTGCCCCCTACCCCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCGAG         CAAATGGTTTCACAGCAACGCATTCTAATTCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149458 TGCCGAGGTA...CAGCAAATGGTTTCACAGCAACGCATTCTAATTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGATTCCATGAACCTGCTAAGTCTTTATACCTCTCCTTCTTTGCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159427 AAGATTCCATGAACCTGCTAAGTCTTTATACCTCTCCTTCTTTGCCCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTACCTTGGGGCTTCCCGCAGTGCCATCCCAGCTCAAT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 159477 ATTACCTTGGGGCTTCCCGCAGTGCCATCCCAGCTCAATGTA...CAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCGAATTCACTCAAAGAAAAGCAGAAGTGTGAGACGCAGACGCTTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162509 TTCGAATTCACTCAAAGAAAAGCAGAAGTGTGAGACGCAGACGCTTAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGGTGTTCCTCTGCCTGGGCAGTATGGAGGCAGCATCCCGGCATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162559 AAGGTGTTCCTCTGCCTGGGCAGTATGGAGGCAGCATCCCGGCATCTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGCCACCCTCATGTTACTTTAGAGGGAAAGCCACCCAACAGCAGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162609 AGCCACCCTCATGTTACTTTAGAGGGAAAGCCACCCAACAGCAGCCACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCTCTCCTGCAGCATTTATTATTGAAAGAACAAATGCGACAGCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162659 GGCTCTCCTGCAGCATTTATTATTGAAAGAACAAATGCGACAGCAAAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTCTTGTAGCTG         GTGGAGTTCCCTTACATCCTCAGTCTCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 162709 TTCTTGTAGCTGGTA...CAGGTGGAGTTCCCTTACATCCTCAGTCTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGGCAACAAAAGAGAGAATTTCACCTGGCATTAGAGGTACCCACAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163217 TTGGCAACAAAAGAGAGAATTTCACCTGGCATTAGAGGTACCCACAAATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCCCCGTCACAGACCCCTGAACCGAACCCAGTCTGCACCTTTGCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163267 GCCCCGTCACAGACCCCTGAACCGAACCCAGTCTGCACCTTTGCCTCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCACGTTGGCTCAGCTGGTCATTCAACAGCAACACCAGCAATTCTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163317 GCACGTTGGCTCAGCTGGTCATTCAACAGCAACACCAGCAATTCTTGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AAGCAGAAGCAATACCAGCAGCAGATCCACATGAACAAA         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 163367 AAGCAGAAGCAATACCAGCAGCAGATCCACATGAACAAAGTA...TAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCTTTCGAAATCTATTGAACAACTGAAGCAACCAGGCAGTCACCTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180937 GCTTTCGAAATCTATTGAACAACTGAAGCAACCAGGCAGTCACCTTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAGCAGAGGAAGAGCTTCAGGGGGACCAGGCGATGCAGGAAGACAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180987 AAGCAGAGGAAGAGCTTCAGGGGGACCAGGCGATGCAGGAAGACAGAGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCCTCTAGTGGCAACAGCACTAGGAGCGACAGCAGTGCTTGTGTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181037 CCCTCTAGTGGCAACAGCACTAGGAGCGACAGCAGTGCTTGTGTGGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CACACTGGGACAAGTTGGGGCTGTGAAGGTCAAGGAGGAACCAGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181087 CACACTGGGACAAGTTGGGGCTGTGAAGGTCAAGGAGGAACCAGTGGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTGATGAAGATGCTCAGATCCAGGAAATGGAATCTGGGGAGCAGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181137 GTGATGAAGATGCTCAGATCCAGGAAATGGAATCTGGGGAGCAGGCTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TTTATGCAACAGGTAATAGGCAAAGATTTAGCTCCAGGATTTGTAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181187 TTTATGCAACAGGTAATAGGCAAAGATTTAGCTCCAGGATTTGTAATTAA

   1850     .    :
   1761 AGTCATTATC
        ||||||||||
 181237 AGTCATTATC