seq1 = pF1KA0726.tfa, 2868 bp
seq2 = pF1KA0726/gi568815586f_7030649.tfa (gi568815586f:7030649_7258061), 227413 bp

>pF1KA0726 2868
>gi568815586f:7030649_7258061 (Chr12)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-187  (102376-102498)   100% ->
188-383  (102925-103120)   100% ->
384-592  (104679-104887)   100% ->
593-742  (105156-105305)   100% ->
743-928  (105558-105743)   100% ->
929-1210  (106181-106462)   100% ->
1211-1323  (107307-107419)   100% ->
1324-1486  (110594-110756)   100% ->
1487-1540  (111438-111491)   100% ->
1541-1698  (112221-112378)   100% ->
1699-1847  (112515-112663)   100% ->
1848-2074  (118324-118550)   100% ->
2075-2245  (118875-119045)   100% ->
2246-2391  (119896-120041)   100% ->
2392-2527  (120280-120415)   100% ->
2528-2730  (126841-127043)   100% ->
2731-2868  (127293-127430)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCTCCTGCTGCTGCCCCTTCTGCTGGCCTCTCTGCTCGCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCTCCTGCTGCTGCCCCTTCTGCTGGCCTCTCTGCTCGCGTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTGTAACAAAG         CCAACAAGCACAAGCCATGGATTGAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTGTAACAAAGGTG...CAGCCAACAAGCACAAGCCATGGATTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGTACCAGGGCATCGTCATGGAGAATGACAACACGGTCCTACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102403 CAGAGTACCAGGGCATCGTCATGGAGAATGACAACACGGTCCTACTGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACCACTCTTTGCCTTGGACAAGGATGCCCCGCTGCGCTATGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102453 CCACCACTCTTTGCCTTGGACAAGGATGCCCCGCTGCGCTATGCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GTGAGATCTGCGGCTTCCGGCTCCATGGGTCTGGGGTGCCCTTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102503 ..CAGGTGAGATCTGCGGCTTCCGGCTCCATGGGTCTGGGGTGCCCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCTGTGATCCTTGACAAGGCGACAGGAGAGGGGCTGATCCGGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 AGGCTGTGATCCTTGACAAGGCGACAGGAGAGGGGCTGATCCGGGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCCTGTGGACTGCGAGGCCCAGAAGGAACACACCTTCACCATCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 GAGCCTGTGGACTGCGAGGCCCAGAAGGAACACACCTTCACCATCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTATGACTGTGGCGAGGGCCCCGACGGGGCCAACACCAAGAAGTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103070 CTATGACTGTGGCGAGGGCCCCGACGGGGCCAACACCAAGAAGTCCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 A         GGCCACTGTGCATGTGCGGGTCAACGATGTGAACGAGTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103120 AGTG...CAGGGCCACTGTGCATGTGCGGGTCAACGATGTGAACGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCCAGTGTTTGTGGAACGGCTGTATCGTGCGGCTGTGACAGAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104719 GCCCCAGTGTTTGTGGAACGGCTGTATCGTGCGGCTGTGACAGAGGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGTACGATCGCATCCTGCGGGTGGAAGCCATTGACGGTGACTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104769 GCTGTACGATCGCATCCTGCGGGTGGAAGCCATTGACGGTGACTGCTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCAGTACAGCCAGATCTGCTACTATGAGATTCTCACACCCAACACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104819 CCCAGTACAGCCAGATCTGCTACTATGAGATTCTCACACCCAACACCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCTCATTGACAATGACG         GGAACATTGAGAACACAGAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104869 TTCCTCATTGACAATGACGGTG...CAGGGAACATTGAGAACACAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGCAGTACAGTGGTGAGAGGCTCTATAAGTTTACAGTGACAGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105178 GCTGCAGTACAGTGGTGAGAGGCTCTATAAGTTTACAGTGACAGCTTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTGTGGGAAGAAGCGGGCAGCAGATGATGCTGAGGTGGAGATTCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105228 ACTGTGGGAAGAAGCGGGCAGCAGATGATGCTGAGGTGGAGATTCAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCCCACCTGTAAACCCAGCTGGCAAG         GCTGGAACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105278 AAGCCCACCTGTAAACCCAGCTGGCAAGGTG...CAGGCTGGAACAAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCGAATATGCACCAGGTGCTGGGAGCTTGGCTTTGTTCCCTGGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105571 GATCGAATATGCACCAGGTGCTGGGAGCTTGGCTTTGTTCCCTGGTATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCTGGAGACCTGTGATGAACCACTCTGGAACATTCAGGCCACCATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105621 GCCTGGAGACCTGTGATGAACCACTCTGGAACATTCAGGCCACCATAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCAGACCAGCCATGTGGCCAAGGGCTGTGACCGTGACAACTACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105671 CTGCAGACCAGCCATGTGGCCAAGGGCTGTGACCGTGACAACTACTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCGGGCGCTGCGGAAACTCTGTG         GTGCTGCCACTGGGGAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105721 GCGGGCGCTGCGGAAACTCTGTGGTA...CAGGTGCTGCCACTGGGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGATCTGTTGCCCATGCCTGGCCCCAATGCCAACTGGACAGCAGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106199 TGGATCTGTTGCCCATGCCTGGCCCCAATGCCAACTGGACAGCAGGACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCGGTGCACTACAGCCAGGACAGCAGCCTGATCTACTGGTTCAATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106249 TCGGTGCACTACAGCCAGGACAGCAGCCTGATCTACTGGTTCAATGGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAGGCTGTGCAGGTGCCCCTGGGTGGCCCCAGTGGGCTGGGCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106299 CCAGGCTGTGCAGGTGCCCCTGGGTGGCCCCAGTGGGCTGGGCTCTGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCCAGGACAGCCTCAGTGACCACTTCACCCTGTCCTTCTGGATGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106349 CCCAGGACAGCCTCAGTGACCACTTCACCCTGTCCTTCTGGATGAAGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGCGTAACTCCCAACAAGGGCAAGAAGGAAGAGGAAACCATCGTATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106399 GGCGTAACTCCCAACAAGGGCAAGAAGGAAGAGGAAACCATCGTATGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CACTGTCCAGAATG         AGGACGGCTTCTCTCACTACTCGCTGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106449 CACTGTCCAGAATGGTG...CAGAGGACGGCTTCTCTCACTACTCGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTGTCCACGGCTGTAGGATTGCCTTCCTCTACTGGCCCCTGCTTGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107334 CTGTCCACGGCTGTAGGATTGCCTTCCTCTACTGGCCCCTGCTTGAGAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCCGCCCAGTCAAGTTCCTCTGGAAGCTGGAGCAG         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107384 GCCCGCCCAGTCAAGTTCCTCTGGAAGCTGGAGCAGGTG...CAGGTCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGATGATGAGTGGCACCACTACGCTCTGAACCTCGAGTTCCCCACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110599 TGATGATGAGTGGCACCACTACGCTCTGAACCTCGAGTTCCCCACAGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CACTCTATACCGACGGCATCTCCTTCGACCCTGCCCTCATCCATGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110649 CACTCTATACCGACGGCATCTCCTTCGACCCTGCCCTCATCCATGACAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGCCTCATCCACCCACCCCGAAGGGAGCCTGCTCTCATGATTGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110699 GGCCTCATCCACCCACCCCGAAGGGAGCCTGCTCTCATGATTGGGGCCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTGGACTG         AGGAGAAGAACAAAGAGAAGGAAAAGGGAGACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110749 CTGGACTGGTA...CAGAGGAGAAGAACAAAGAGAAGGAAAAGGGAGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACAGTACAGACACCACCCAAG         GAGACCCTTTGTCGATCCAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111471 ACAGTACAGACACCACCCAAGGTA...TAGGAGACCCTTTGTCGATCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CACTACTTCCATGGCTACCTGGCTGGTTTCAGCGTGCGCTCAGGTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112241 CACTACTTCCATGGCTACCTGGCTGGTTTCAGCGTGCGCTCAGGTCGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGAGAGCCGCGAGGTCATCGAGTGCCTCTATGCATGTCGGGAGGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112291 GGAGAGCCGCGAGGTCATCGAGTGCCTCTATGCATGTCGGGAGGGGCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ACTATAGGGATTTCGAGAGCCTGGGCAAAGGCATGAAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112341 ACTATAGGGATTTCGAGAGCCTGGGCAAAGGCATGAAGGTA...CAGGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CACGTGAACCCCTCACAGTCCCTGCTCACCCTGGAGGGGGATGATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112518 CACGTGAACCCCTCACAGTCCCTGCTCACCCTGGAGGGGGATGATGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GACCTTCAACCATGCCCTGCAGCATGTGGCTTACATGAACACTCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112568 GACCTTCAACCATGCCCTGCAGCATGTGGCTTACATGAACACTCTGCGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTGCCACGCCCGGCGTCAGGCCCCTGCGCCTCACCACTGCTGTCAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112618 TTGCCACGCCCGGCGTCAGGCCCCTGCGCCTCACCACTGCTGTCAAGTG.

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848      GTGCTTCAGCGAAGAGTCCTGCGTCTCCATCCCTGAAGTGGAGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112668 ..TAGGTGCTTCAGCGAAGAGTCCTGCGTCTCCATCCCTGAAGTGGAGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CTACGTGGTCGTCCTTCAGCCTGACGCCCCCCAGATCCTGCTGAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118369 CTACGTGGTCGTCCTTCAGCCTGACGCCCCCCAGATCCTGCTGAGTGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CTGCTCATTTTGCCCGCCCAGCTGTGGACTTTGAGGGAACCAACGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118419 CTGCTCATTTTGCCCGCCCAGCTGTGGACTTTGAGGGAACCAACGGCGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CCTTTGTTCCCTGATCTTCAAATCACCTGCTCCATTTCTCACCAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118469 CCTTTGTTCCCTGATCTTCAAATCACCTGCTCCATTTCTCACCAGGTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGCCAAAAAGGATGAGAGTTGGCAGGGCACAG         TGACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118519 GGCCAAAAAGGATGAGAGTTGGCAGGGCACAGGTA...CAGTGACAGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CACGCATGTCGGATGAGATTGTGCACAACCTGGATGGCTGTGAAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118884 CACGCATGTCGGATGAGATTGTGCACAACCTGGATGGCTGTGAAATTTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CTGGTGGGGGATGACCTGGATCCCGAGCGGGAAAGCCTGCTCCTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118934 CTGGTGGGGGATGACCTGGATCCCGAGCGGGAAAGCCTGCTCCTGGACAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 AACCTCTCTGCAGCAGCGGGGGCTGGAGCTCACCAACACATCTGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118984 AACCTCTCTGCAGCAGCGGGGGCTGGAGCTCACCAACACATCTGCCTACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TCACTATTGCTG         GGGTGGAGAGCATCACTGTGTATGAAGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119034 TCACTATTGCTGGTC...CAGGGGTGGAGAGCATCACTGTGTATGAAGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 ATCCTGAGGCAGGCTCGTTATCGGCTGCGACACGGAGCTGCCCTCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119925 ATCCTGAGGCAGGCTCGTTATCGGCTGCGACACGGAGCTGCCCTCTACAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CAGGAAGTTCCGGCTTTCCTGCTCGGAAATGAATGGCCGTTACTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119975 CAGGAAGTTCCGGCTTTCCTGCTCGGAAATGAATGGCCGTTACTCCAGCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 ATGAATTCATCGTGGAG         GTCAATGTCCTGCACAGCATGAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120025 ATGAATTCATCGTGGAGGTA...CAGGTCAATGTCCTGCACAGCATGAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 CGGGTTGCCCACCCCAGCCACGTGCTCAGCTCCCAGCAGTTCCTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120304 CGGGTTGCCCACCCCAGCCACGTGCTCAGCTCCCAGCAGTTCCTGCACCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TGGTCACCAGCCCCCGCCTGAGATGGCTGGACACAGCCTAGCCAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120354 TGGTCACCAGCCCCCGCCTGAGATGGCTGGACACAGCCTAGCCAGCTCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 ACAGAAACTCCA         TGATACCCAGCGCCGCAACCCTCATCATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120404 ACAGAAACTCCAGTA...CAGTGATACCCAGCGCCGCAACCCTCATCATT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 GTGGTGTGCGTGGGCTTCCTGGTGCTCATGGTCGTCCTGGGCCTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126870 GTGGTGTGCGTGGGCTTCCTGGTGCTCATGGTCGTCCTGGGCCTGGTGCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 CATCCATTCCCTTCACCGCCGCGTCTCAGGGGCCGGCGGGCCTCCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126920 CATCCATTCCCTTCACCGCCGCGTCTCAGGGGCCGGCGGGCCTCCAGGGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CCTCCAGTGACCCCAAGGACCCAGACCTCTTCTGGGATGACTCAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126970 CCTCCAGTGACCCCAAGGACCCAGACCTCTTCTGGGATGACTCAGCTCTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 ACCATCATTGTGAACCCCATGGAG         TCCTACCAGAATCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127020 ACCATCATTGTGAACCCCATGGAGGTG...CAGTCCTACCAGAATCGGCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 GTCCTGTGTGACGGGGGCTGTTGGGGGCCAGCAGGAGGATGAGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127310 GTCCTGTGTGACGGGGGCTGTTGGGGGCCAGCAGGAGGATGAGGACAGCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 GTGACTCGGAGGTGGCCGATTCCCCCAGCAGCGACGAGAGACGCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127360 GTGACTCGGAGGTGGCCGATTCCCCCAGCAGCGACGAGAGACGCATCATC

   3000     .    :    .    :
   2848 GAGACCCCCCCACACCGCTAC
        |||||||||||||||||||||
 127410 GAGACCCCCCCACACCGCTAC