seq1 = pF1KA0698.tfa, 2673 bp
seq2 = pF1KA0698/gi568815575f_66089683.tfa (gi568815575f:66089683_66366669), 276987 bp

>pF1KA0698 2673
>gi568815575f:66089683_66366669 (ChrX)

1-262  (99996-100256)   99% ->
263-431  (102448-102616)   100% ->
432-568  (103820-103956)   100% ->
569-700  (105416-105547)   100% ->
701-912  (108001-108212)   100% ->
913-1063  (109196-109346)   100% ->
1064-1276  (110858-111070)   100% ->
1277-1490  (113682-113895)   100% ->
1491-1630  (117513-117652)   98% ->
1631-1762  (118433-118564)   100% ->
1763-1869  (165353-165459)   100% ->
1870-2095  (166423-166648)   100% ->
2096-2235  (169158-169297)   100% ->
2236-2398  (170418-170580)   100% ->
2399-2443  (173962-174006)   100% ->
2444-2673  (176758-176987)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATGCAATCAATGGCTTTGTTTTTGGGAATTTACCTGAGCTGAACAT
         ||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 TTGCA GCAATCAATGGCTTTGTTTTTGGGAATTTACCTGAGCTGAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTGCACAGAAACGTGTGGCCTGGCACTTGTTTGGCATGGGCAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GTGTGCACAGAAACGTGTGGCCTGGCACTTGTTTGGCATGGGCAATGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGATGTCCACACAGCATTTTTCCATGGACAGATGCTGACTACCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 TTGATGTCCACACAGCATTTTTCCATGGACAGATGCTGACTACCCGTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCACACTGATGTGGCTAACATCTTTCCAGCCACCTTTGTGACTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 CACCACACTGATGTGGCTAACATCTTTCCAGCCACCTTTGTGACTGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATGGTGCCCTGGGAACCTGGTACCTGGTTAATTAGCTGCCAAGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 GATGGTGCCCTGGGAACCTGGTACCTGGTTAATTAGCTGCCAAGTGAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCACTTTCGAG         ATGGCATGCAGGCACTCTACAAGGTCAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100245 GTCACTTTCGAGGTG...CAGATGGCATGCAGGCACTCTACAAGGTCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTTGCTCCATGGCCCCTCCTGTGGACCTGCTCACAGGCAAAGTTCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102477 TCTTGCTCCATGGCCCCTCCTGTGGACCTGCTCACAGGCAAAGTTCGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTACTTCATTGAGGCCCATGAGATTCAATGGGACTATGGCCCGATGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 GTACTTCATTGAGGCCCATGAGATTCAATGGGACTATGGCCCGATGGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGATGGGAGTACTGGGAAGAATTTGAGAGAGCCAGGCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102577 ATGATGGGAGTACTGGGAAGAATTTGAGAGAGCCAGGCAGGTA...CAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCTCAGATAAGTTTTTCCAGAAGAGCTCCAGCCGAATTGGGGGCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103821 ATCTCAGATAAGTTTTTCCAGAAGAGCTCCAGCCGAATTGGGGGCACTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGAAAGTGCGATATGAAGCCTTTCAAGATGAGACATTCCAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103871 CTGGAAAGTGCGATATGAAGCCTTTCAAGATGAGACATTCCAAGAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCATTTGGAGGAAGATAGGCATCTTGGAATCCTGG         GGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103921 TGCATTTGGAGGAAGATAGGCATCTTGGAATCCTGGGTG...CAGGGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGATCCGGGCTGAGGTGGGTGACACCATTCAGGTGGTCTTCTACAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105421 GTGATCCGGGCTGAGGTGGGTGACACCATTCAGGTGGTCTTCTACAACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCCTCCCAGCCATTCAGCATGCAGCCCCATGGGGTCTTTTATGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105471 TGCCTCCCAGCCATTCAGCATGCAGCCCCATGGGGTCTTTTATGAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTATGAAGGCACTGTGTACAATGATG         GCTCATCTTACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105521 ACTATGAAGGCACTGTGTACAATGATGGTG...CAGGCTCATCTTACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCTTGGTTGCCAAGCCCTTTGAGAAAGTAACATACCGCTGGACAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108015 GGCTTGGTTGCCAAGCCCTTTGAGAAAGTAACATACCGCTGGACAGTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCTCATGCCGGTCCCACTGCTCAGGATCCTGCTTGTCTCACTTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108065 CCCTCATGCCGGTCCCACTGCTCAGGATCCTGCTTGTCTCACTTGGATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTTCTCTGCTGCAGATCCCATAAGAGACACAAATTCTGGCCTGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108115 ACTTCTCTGCTGCAGATCCCATAAGAGACACAAATTCTGGCCTGGTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCGCTGCTGGTGTGCAGGGCTGGTGCCTTGGGTGCAGATGGCAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108165 CCGCTGCTGGTGTGCAGGGCTGGTGCCTTGGGTGCAGATGGCAAGCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        AAAGGGGTGGATAAAGAATTCTTTCTTCTCTTCACTGTGTTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108215 A...CAGAAAGGGGTGGATAAAGAATTCTTTCTTCTCTTCACTGTGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATGAGAACAAGAGCTGGTACAGCAATGCCAATCAAGCAGCTGCTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109239 ATGAGAACAAGAGCTGGTACAGCAATGCCAATCAAGCAGCTGCTATGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GATTTCCGACTGCTTTCAGAGGATATTGAGGGCTTCCAAGACTCCAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109289 GATTTCCGACTGCTTTCAGAGGATATTGAGGGCTTCCAAGACTCCAATCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATGCATG         CCATTAATGGGTTTCTGTTCTCTAACCTGCCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109339 GATGCATGGTA...CAGCCATTAATGGGTTTCTGTTCTCTAACCTGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGCTGGACATGTGCAAGGGTGACACAGTGGCCTGGCACCTGCTCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110891 GGCTGGACATGTGCAAGGGTGACACAGTGGCCTGGCACCTGCTCGGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGCACAGAGACTGATGTGCATGGAGTCATGTTCCAGGGCAACACTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110941 GGCACAGAGACTGATGTGCATGGAGTCATGTTCCAGGGCAACACTGTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTTCAGGGCATGAGGAAGGGTGCAGCTATGCTCTTTCCTCATACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110991 GCTTCAGGGCATGAGGAAGGGTGCAGCTATGCTCTTTCCTCATACCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCATGGCCATCATGCAGCCTGACAACCTTG         GGACATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111041 TCATGGCCATCATGCAGCCTGACAACCTTGGTA...CAGGGACATTTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATTTATTGCCAGGCAGGCAGCCATCGAGAAGCAGGGATGAGGGCAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113693 ATTTATTGCCAGGCAGGCAGCCATCGAGAAGCAGGGATGAGGGCAATCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TAATGTCTCCCAGTGTCCTGGCCACCAAGCCACCCCTCGCCAACGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113743 TAATGTCTCCCAGTGTCCTGGCCACCAAGCCACCCCTCGCCAACGCTACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AAGCTGCAAGAATCTACTATATCATGGCAGAAGAAGTAGAGTGGGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113793 AAGCTGCAAGAATCTACTATATCATGGCAGAAGAAGTAGAGTGGGACTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TGCCCTGACCGGAGCTGGGAACGGGAATGGCACAACCAGTCTGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113843 TGCCCTGACCGGAGCTGGGAACGGGAATGGCACAACCAGTCTGAGAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAG         TTACGGTTACATTTTCCTGAGCAACAAGGATGGGCTCC
        |||>>>...>>>||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113893 CAGGTA...TAGTTATGGTTACATTTTCCTGAGCAACAAGGATGGGCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGGGTTCCAGATACAAGAAAGCTGTATTCAGGGAATACACTGATGGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 117551 TGGGTTCCAGATACAAGAAAGCTGTATTCAGGGAATACACTGATGGTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TTCAGGATCCCTCGGCCAAGGACTGGACCAGAAGAACACTTGGGAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117601 TTCAGGATCCCTCGGCCAAGGACTGGACCAGAAGAACACTTGGGAATCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GG         GTCCACTTATCAAAGGTGAAGTTGGTGATATCCTGACTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117651 GGGTA...TAGGTCCACTTATCAAAGGTGAAGTTGGTGATATCCTGACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGTATTCAAGAATAATGCCAGCCGCCCCTACTCTGTGCATGCTCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118472 TGGTATTCAAGAATAATGCCAGCCGCCCCTACTCTGTGCATGCTCATGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GTGCTAGAATCTACTACTGTCTGGCCACTGGCTGCTGAGCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118522 GTGCTAGAATCTACTACTGTCTGGCCACTGGCTGCTGAGCCTGGTG...T

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1763   GTGAGGTGGTCACTTATCAGTGGAACATCCCAGAGAGGTCTGGCCCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165351 AGGTGAGGTGGTCACTTATCAGTGGAACATCCCAGAGAGGTCTGGCCCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GGCCCAATGACTCTGCTTGTGTTTCCTGGATCTATTATTCTGCAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165401 GGCCCAATGACTCTGCTTGTGTTTCCTGGATCTATTATTCTGCAGTGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CCCATCAAG         GACATGTATAGTGGCCTGGTGGGGCCCTTGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 165451 CCCATCAAGGTA...CAGGACATGTATAGTGGCCTGGTGGGGCCCTTGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TATCTGCCAAAAGGGCATCCTGGAGCCCCATGGAGGACGGAGTGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166455 TATCTGCCAAAAGGGCATCCTGGAGCCCCATGGAGGACGGAGTGACATGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ATCGGGAATTTGCATTGTTGTTCTTGATTTTTGATGAAAATAAGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166505 ATCGGGAATTTGCATTGTTGTTCTTGATTTTTGATGAAAATAAGTCTTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TATTTGGAGGAAAATGTGGCAACCCATGGGTCCCAGGATCCAGGCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166555 TATTTGGAGGAAAATGTGGCAACCCATGGGTCCCAGGATCCAGGCAGTAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TAACCTACAGGATGAAACTTTCTTGGAGAGCAATAAAATGCATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 166605 TAACCTACAGGATGAAACTTTCTTGGAGAGCAATAAAATGCATGGTC...

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2096    CAATCAATGGGAAACTCTATGCCAACCTTAGGGGTCTTACCATGTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169155 CAGCAATCAATGGGAAACTCTATGCCAACCTTAGGGGTCTTACCATGTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CAAGGAGAACGAGTGGCCTGGTACATGCTGGCCATGGGCCAAGATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169205 CAAGGAGAACGAGTGGCCTGGTACATGCTGGCCATGGGCCAAGATGTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 TCTACACACCATCCACTTTCATGCAGAGAGCTTCCTCTATCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 169255 TCTACACACCATCCACTTTCATGCAGAGAGCTTCCTCTATCGGGTG...C

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2236   AATGGCGAGAACTACCGGGCAGATGTGGTGGATCTGTTCCCAGGGACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170416 AGAATGGCGAGAACTACCGGGCAGATGTGGTGGATCTGTTCCCAGGGACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 TTTGAGGTTGTGGAGATGGTGGCCAGCAACCCTGGGACATGGCTGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170466 TTTGAGGTTGTGGAGATGGTGGCCAGCAACCCTGGGACATGGCTGATGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CTGCCATGTGACTGACCATGTCCATGCTGGCATGGAGACCCTCTTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170516 CTGCCATGTGACTGACCATGTCCATGCTGGCATGGAGACCCTCTTCACTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 TTTTTTCTCGAACAG         AACACTTAAGCCCTCTCACCGTCATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 170566 TTTTTTCTCGAACAGGTA...CAGAACACTTAAGCCCTCTCACCGTCATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 ACCAAAGAGACTGAAAAAG         CAGTGCCCCCCAGAGACATTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 173988 ACCAAAGAGACTGAAAAAGGTA...CAGCAGTGCCCCCCAGAGACATTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 AGAAGGCAATGTGAAGATGCTGGGCATGCAGATCCCCATAAAGAATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176780 AGAAGGCAATGTGAAGATGCTGGGCATGCAGATCCCCATAAAGAATGTTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 AGATGCTGGCCTCTGTTTTGGTTGCCATTAGTGTCACCCTTCTGCTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176830 AGATGCTGGCCTCTGTTTTGGTTGCCATTAGTGTCACCCTTCTGCTCGTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GTTCTGGCTCTTGGTGGAGTGGTTTGGTACCAACATCGACAGAGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176880 GTTCTGGCTCTTGGTGGAGTGGTTTGGTACCAACATCGACAGAGAAAGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 ACGACGCAATAGGAGGTCCATCCTGGATGACAGCTTCAAGCTTCTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176930 ACGACGCAATAGGAGGTCCATCCTGGATGACAGCTTCAAGCTTCTGTCTT

   2800     .
   2666 TCAAACAG
        ||||||||
 176980 TCAAACAG