seq1 = pF1KA0683.tfa, 2511 bp
seq2 = pF1KA0683/gi568815582f_1394282.tfa (gi568815582f:1394282_1609933), 215652 bp

>pF1KA0683 2511
>gi568815582f:1394282_1609933 (Chr16)

1-335  (100001-100335)   99% ->
336-613  (101065-101342)   100% ->
614-682  (102755-102823)   100% ->
683-830  (103080-103227)   100% ->
831-933  (104950-105052)   100% ->
934-1002  (105815-105883)   100% ->
1003-1144  (106066-106207)   100% ->
1145-1281  (106282-106418)   100% ->
1282-1361  (107139-107218)   100% ->
1362-1472  (107382-107492)   100% ->
1473-1561  (107766-107854)   100% ->
1562-1653  (108032-108123)   100% ->
1654-1770  (108364-108480)   100% ->
1771-1842  (108650-108721)   100% ->
1843-2034  (111129-111320)   100% ->
2035-2126  (111957-112048)   100% ->
2127-2226  (112671-112770)   100% ->
2227-2291  (113025-113089)   100% ->
2292-2407  (113320-113435)   100% ->
2408-2511  (115549-115652)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCAGCACCCTCACGGGTTCGACTCGCCGTCCGGGAAGCCATTCA
        ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCAGCACCCTCAGAGGTTCGACTCGCCGTCCGGGAAGCCATTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCTCTCGTCTTCGGAGGATGGCGGCCACATCTTCTGCACCCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCTCTCGTCTTCGGAGGATGGCGGCCACATCTTCTGCACCCTGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGAAGCGGTATCTCGGTGAGATGGAGCCTCCAGCGCTCCCGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGAAGCGGTATCTCGGTGAGATGGAGCCTCCAGCGCTCCCGAGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGAGGAGTTTGCCTCGGCCCACTTCTCGCCTGTCCTCAGATGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGAGGAGTTTGCCTCGGCCCACTTCTCGCCTGTCCTCAGATGTCTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCAGGCTGAGCCCAGCCTGGCTGGAGCTGCTGCCCCATGGCCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCAGGCTGAGCCCAGCCTGGCTGGAGCTGCTGCCCCATGGCCGCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAGCTGTGGGCCAGCTTCTTCCTGGAGGGCCCGGCGGACCAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGAGCTGTGGGCCAGCTTCTTCCTGGAGGGCCCGGCGGACCAAGCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTGTTGATGGAGACCATCGAGGGTGCTGCGGG         CCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100301 CTGGTGTTGATGGAGACCATCGAGGGTGCTGCGGGGTG...CAGCCCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCCGGCTGATGAAGATGGCGCGGCTGCTGGCCAGATTCCTGCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101071 CTTCCGGCTGATGAAGATGGCGCGGCTGCTGGCCAGATTCCTGCGCGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCGGCTGGCAGTGCTGATGGAGGCGCAGTGTCGGCAGCAGACGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101121 GCCGGCTGGCAGTGCTGATGGAGGCGCAGTGTCGGCAGCAGACGCAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCTTCATCCTGCTCCGGGAGACGCTGCTGGGCAAGGTGGTGGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101171 GGCTTCATCCTGCTCCGGGAGACGCTGCTGGGCAAGGTGGTGGCCCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGATCACCTGGGCAACCGCCTGCAGCAGGAGAACTTGGCCGAGTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101221 CGATCACCTGGGCAACCGCCTGCAGCAGGAGAACTTGGCCGAGTTCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCAGAACTACTTCCGCCTGCTCGGCGAGGAGGTCGTCCGGGTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 CCCAGAACTACTTCCGCCTGCTCGGCGAGGAGGTCGTCCGGGTGCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCGGTTGTGGACTCTCTCCAAG         GTGGCCTGGATTCCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101321 GCGGTTGTGGACTCTCTCCAAGGTG...CAGGTGGCCTGGATTCCTCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCCTTCGTGTCTCAGGTCCTTGGGAAAGCCTGTGTCCACGGGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102774 GTCCTTCGTGTCTCAGGTCCTTGGGAAAGCCTGTGTCCACGGGAGGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683          AGGAGATCCTGGGCGTGCTGGTACCCCGGCTGGCAGCGCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102824 GTG...CAGAGGAGATCCTGGGCGTGCTGGTACCCCGGCTGGCAGCGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCCAGGGCAGCTACCTGCACCAGCGCGTCTGCTGGCGCCTGGTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103121 ACCCAGGGCAGCTACCTGCACCAGCGCGTCTGCTGGCGCCTGGTGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGTGCCGGACCGGGCCATGGAGGCTGTGCTGACCGGGCTGGTGGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103171 AGTGCCGGACCGGGCCATGGAGGCTGTGCTGACCGGGCTGGTGGAGGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CACTGGG         GCCTGAGGTCCTTTCGAGACTGCTGGGGAACCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103221 CACTGGGGTA...CAGGCCTGAGGTCCTTTCGAGACTGCTGGGGAACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGGTGAAGAACAAGAAGGCCCAGTTTGTGATGACCCAGAAGCTTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104984 GTGGTGAAGAACAAGAAGGCCCAGTTTGTGATGACCCAGAAGCTTCTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTACAGTCCCGGCTCACG         ACGCCCATGCTGCAGAGCCTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105034 CTTACAGTCCCGGCTCACGGTG...CAGACGCCCATGCTGCAGAGCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGGCCATCTGGCCATGGACAGCCAGCGGCGCCCGCTCCTGCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105837 TGGGCCATCTGGCCATGGACAGCCAGCGGCGCCCGCTCCTGCTGCAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003       GTGCTGAAGGAGCTGTTGGAGACGTGGGGCAGCAGCAGTGCCAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105887 ...CAGGTGCTGAAGGAGCTGTTGGAGACGTGGGGCAGCAGCAGTGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCGCCACACTCCCCTGCCGCAGCAGCGCCACGTCAGCAAGGCTGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106110 CCGCCACACTCCCCTGCCGCAGCAGCGCCACGTCAGCAAGGCTGTCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCTGCCTGGCGCAACTCGGGGAGCCGGAACTGCGGGACAGCCGGGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106160 TCTGCCTGGCGCAACTCGGGGAGCCGGAACTGCGGGACAGCCGGGATGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145        AACTGCTGGCCAGCATGATGGCGGGCGTGAAGTGCCGCCTGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106210 G...CAGAACTGCTGGCCAGCATGATGGCGGGCGTGAAGTGCCGCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAGTAGCCTGCCCCCCGTGCGACGCCTGGGCATGATCGTGGCAGAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106325 CAGTAGCCTGCCCCCCGTGCGACGCCTGGGCATGATCGTGGCAGAGGTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTAGTGCCCGGATCCACCCCGAGGGGCCTCCCCTGAAATTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106375 TTAGTGCCCGGATCCACCCCGAGGGGCCTCCCCTGAAATTCCAGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282    TACGAAGAGGATGAACTGAGCCTCGAGCTGCTGGCCTTGGCCTCCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107136 TAGTACGAAGAGGATGAACTGAGCCTCGAGCTGCTGGCCTTGGCCTCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCAGCCTGCGGGTGACGGCGCCTCGGAGGCGGG         CACGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107186 CCAGCCTGCGGGTGACGGCGCCTCGGAGGCGGGGTG...AAGCACGTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCGTTCCAGCCACGGCAGAGCCCCCTGCAGAGACCCCCGCAGAGATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107390 TCGTTCCAGCCACGGCAGAGCCCCCTGCAGAGACCCCCGCAGAGATCGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GATGGCGGCGTCCCCCAAGCACAGCTGGCGGGCTCTGACTCGGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107440 GATGGCGGCGTCCCCCAAGCACAGCTGGCGGGCTCTGACTCGGACCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAG         CGATGATGAGTTTGTCCCCTACGACATGTCGGGGGACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107490 CAGGTA...CAGCGATGATGAGTTTGTCCCCTACGACATGTCGGGGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GAGAGCTGAAGAGCAGCAAGGCTCCTGCCTACGTCCGGGACTGCGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 GAGAGCTGAAGAGCAGCAAGGCTCCTGCCTACGTCCGGGACTGCGTGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 G         CCCTGACCACGTCTGAGGACATAGAGCGCTGGGAGGCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 GGTG...CAGCCCTGACCACGTCTGAGGACATAGAGCGCTGGGAGGCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCTGCGGGCCCTTGAGGGCCTGGTCTACAGGAGCCCCACAGCCACTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108072 CCTGCGGGCCCTTGAGGGCCTGGTCTACAGGAGCCCCACAGCCACTCGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AG         GTGAGCGTGGAGCTGGCCAAGGTGCTTCTGCATCTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108122 AGGTG...CAGGTGAGCGTGGAGCTGGCCAAGGTGCTTCTGCATCTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGAAGACCTGTGTGGTGGGATTTGCAGGGCTGCGCCAGAGAGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108403 GAGAAGACCTGTGTGGTGGGATTTGCAGGGCTGCGCCAGAGAGCCCTGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGCCGTCACGGTCACAGACCCGGCCCCG         GTGGCCGACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108453 GGCCGTCACGGTCACAGACCCGGCCCCGGTG...CAGGTGGCCGACTATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGACCTCACAGTTCTATGCCCTCAACTACAGCCTCCGGCAGCGCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 TGACCTCACAGTTCTATGCCCTCAACTACAGCCTCCGGCAGCGCATGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ATCCTGGAT         GTGCTGACTCTGGCTGCCCAGGAGCTGTCTAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 ATCCTGGATGTA...CAGGTGCTGACTCTGGCTGCCCAGGAGCTGTCTAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCCTGGGTGCCTCGGGAGGACTCCCCAACCTGGCTCCCCAAGTCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111161 GCCTGGGTGCCTCGGGAGGACTCCCCAACCTGGCTCCCCAAGTCCCAACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCCCGTGCCTGCCAGAGGCAGCCGTCTCTCAGCCTGGCAGTGCCGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111211 CCCCGTGCCTGCCAGAGGCAGCCGTCTCTCAGCCTGGCAGTGCCGTGGCG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TCTGACTGGCGGGTGGTGGTGGAGGAGCGGATCAGAAGCAAGACCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111261 TCTGACTGGCGGGTGGTGGTGGAGGAGCGGATCAGAAGCAAGACCCAGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCTCTCCAAG         GGTGGCCCGAGGCAGGGCCCGGCAGGCAGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111311 GCTCTCCAAGGTT...CAGGGTGGCCCGAGGCAGGGCCCGGCAGGCAGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CCAGCAGATTCAACTCCGTGGCCGGCCACTTCTTCTTCCCCCTCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111988 CCAGCAGATTCAACTCCGTGGCCGGCCACTTCTTCTTCCCCCTCCTTCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CGCTTTGACAG         GCCTCTGGTGACCTTCGACCTCTTGGGAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112038 CGCTTTGACAGGTG...TAGGCCTCTGGTGACCTTCGACCTCTTGGGAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGACCAGCTGGTTCTCGGAAGGCTGGCGCACACCTTAGGGGCCCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112701 AGACCAGCTGGTTCTCGGAAGGCTGGCGCACACCTTAGGGGCCCTGATGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GCCTGGCTGTTAACACCACG         GTGGCTGTGGCCATGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112751 GCCTGGCTGTTAACACCACGGTG...CAGGTGGCTGTGGCCATGGGCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCCCTGCTGGAATTCGTGTGGGCCCTTCGCTTCCACATCGATGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113046 GCCCTGCTGGAATTCGTGTGGGCCCTTCGCTTCCACATCGATGCGTG...

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292    CTACGTGCGCCAGGGGCTGTTGTCGGCCGTCTCCTCCGTCCTGCTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113317 CAGCTACGTGCGCCAGGGGCTGTTGTCGGCCGTCTCCTCCGTCCTGCTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GCCTGCCTGCTGCGCGCCTGCTGGAGGACCTGATGGACGAGCTGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113367 GCCTGCCTGCTGCGCGCCTGCTGGAGGACCTGATGGACGAGCTGCTGGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 GCCCGGTCCTGGCTGGCGG         ACGTGGCTGAGAAAGACCCGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113417 GCCCGGTCCTGGCTGGCGGGTG...CAGACGTGGCTGAGAAAGACCCGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 CGAGGACTGCAGGACGCTGGCACTGAGGGCCCTGCTGCTTCTGCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115571 CGAGGACTGCAGGACGCTGGCACTGAGGGCCCTGCTGCTTCTGCAGAGAC

   2650     .    :    .    :    .    :
   2480 TCAAGAACAGGCTCCTCCCACCCGCGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 115621 TCAAGAACAGGCTCCTCCCACCCGCGTCTCCC