seq1 = pF1KA0567.tfa, 2880 bp
seq2 = pF1KA0567/gi568815595f_193514722.tfa (gi568815595f:193514722_193792124), 277403 bp

>pF1KA0567 2880
>gi568815595f:193514722_193792124 (Chr3)

1-32  (78657-78688)   100% ->
33-351  (100002-100320)   100% ->
352-448  (100953-101049)   100% ->
449-556  (102457-102564)   99% ->
557-624  (104148-104215)   100% ->
625-678  (116891-116944)   100% ->
679-783  (120697-120801)   100% ->
784-870  (122474-122560)   100% ->
871-984  (123231-123344)   100% ->
985-1065  (128044-128124)   100% ->
1066-1140  (128254-128328)   100% ->
1141-1212  (128652-128723)   100% ->
1213-1312  (128807-128906)   100% ->
1313-1443  (129254-129384)   100% ->
1444-1516  (130832-130904)   100% ->
1517-1589  (131007-131079)   100% ->
1590-1705  (132344-132459)   100% ->
1706-1770  (133349-133413)   100% ->
1771-1847  (134074-134150)   100% ->
1848-2013  (140141-140306)   100% ->
2014-2166  (142359-142511)   99% ->
2167-2275  (144166-144274)   100% ->
2276-2355  (144761-144840)   100% ->
2356-2496  (148101-148241)   100% ->
2497-2613  (150159-150275)   100% ->
2614-2707  (151575-151668)   100% ->
2708-2818  (152449-152559)   100% ->
2819-2880  (177342-177403)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCGACTACGTCGGGCCGCTGTGGCCTG         TGAGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  78657 ATGTGGCGACTACGTCGGGCCGCTGTGGCCTGGTA...CAGTGAGGTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGTCTTTAGTGAAACACAGCTCTGGAATAAAAGGAAGTTTACCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 CCAGTCTTTAGTGAAACACAGCTCTGGAATAAAAGGAAGTTTACCACTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAACTACATCTGGTTTCACGAAGCATTTATCATTCACATCATCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 AAAAACTACATCTGGTTTCACGAAGCATTTATCATTCACATCATCCTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAAAGCTTCAACGACCCCAATTAAGGACATCCTTTCAGCAGTTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 TTAAAGCTTCAACGACCCCAATTAAGGACATCCTTTCAGCAGTTCTCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGACAAACCTTCCTTTACGTAAACTGAAATTCTCTCCAATTAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 TCTGACAAACCTTCCTTTACGTAAACTGAAATTCTCTCCAATTAAATATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTACCAGCCTCGCAGGAATTTTTGGCCAGCAAGATTAGCTACGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100211 GCTACCAGCCTCGCAGGAATTTTTGGCCAGCAAGATTAGCTACGAGACTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTAAAACTTCGCTATCTCATACTAGGATCGGCTGTTGGGGGTGGCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 TTAAAACTTCGCTATCTCATACTAGGATCGGCTGTTGGGGGTGGCTACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCCAAAAAG         ACTTTTGATCAGTGGAAAGATATGATACCGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100311 AGCCAAAAAGGTG...TAGACTTTTGATCAGTGGAAAGATATGATACCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTTAGTGAATATAAATGGATTGTGCCTGACATTGTGTGGGAAATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100984 ACCTTAGTGAATATAAATGGATTGTGCCTGACATTGTGTGGGAAATTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTATATCGATTTTG         AGAAAATTAGAAAAGCCCTTCCTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| 
 101034 GAGTATATCGATTTTGGTT...CAGAGAAAATTAGAAAAGCCCTTCCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCAGAAGACCTTGTAAAGTTAGCACCAGACTTTGACAAGATTGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 TTCAGAAGACCTTGTAAAGTTAGCACCAGACTTTGACAAGATTGTTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTTAGCTTATTGAAGGACTTTTTTACCTCAG         GTTCTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102532 GCCTTAGCTTATTGAAGGACTTTTTTACCTCAGGTA...AAGGTTCTCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGAAACGGCGTTTAGAGCAACAGATCGTGGATCTGAAAGTGACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 GAAGAAACGGCGTTTAGAGCAACAGATCGTGGATCTGAAAGTGACAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTTAGAAAG         GTGTCAGACAAAGAGAAAATTGACCAACTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104206 TTTTAGAAAGGTA...TAGGTGTCAGACAAAGAGAAAATTGACCAACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGAAGAACTTCTGCACACTCAG         TTGAAGTATCAGAGAATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116922 AGGAAGAACTTCTGCACACTCAGGTA...CAGTTGAAGTATCAGAGAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGGAACGATTAGAAAAGGAGAACAAAGAATTGAGAAAATTAGTATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120715 TTGGAACGATTAGAAAAGGAGAACAAAGAATTGAGAAAATTAGTATTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAAGATGACAAAGGCATTCATCATAGAAAGCTTAAG         AAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120765 GAAAGATGACAAAGGCATTCATCATAGAAAGCTTAAGGTA...CAGAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTTTGATTGACATGTATTCTGAAGTTCTTGATGTTCTCTCTGATTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122478 CTTTGATTGACATGTATTCTGAAGTTCTTGATGTTCTCTCTGATTATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCAGTTATAATACGCAAGATCATCTGCCACGG         GTTGTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122528 GCCAGTTATAATACGCAAGATCATCTGCCACGGGTA...AAGGTTGTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGTTGGAGATCAGAGTGCTGGAAAGACTAGTGTGTTGGAAATGATTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123239 GGTTGGAGATCAGAGTGCTGGAAAGACTAGTGTGTTGGAAATGATTGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCTCGAATATTCCCAAGAGGATCTGGGGAGATGATGACACGTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123289 AAGCTCGAATATTCCCAAGAGGATCTGGGGAGATGATGACACGTTCTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTTAAG         GTGACTCTGAGTGAAGGTCCTCACCATGTGGCCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123339 GTTAAGGTA...CAGGTGACTCTGAGTGAAGGTCCTCACCATGTGGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTTAAAGATAGTTCTCGGGAGTTTGATCTTACCAAAGAAGAAGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 128079 ATTTAAAGATAGTTCTCGGGAGTTTGATCTTACCAAAGAAGAAGATGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      CTTGCAGCATTAAGACATGAAATAGAACTTCGAATGAGGAAAAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128129 ..TAGCTTGCAGCATTAAGACATGAAATAGAACTTCGAATGAGGAAAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTGAAAGAAGGCTGTACCGTTAGCCCTGAG         ACCATATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 128299 GTGAAAGAAGGCTGTACCGTTAGCCCTGAGGTA...TAGACCATATCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAATGTAAAAGGCCCTGGACTACAGAGGATGGTGCTTGTTGACTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128663 AAATGTAAAAGGCCCTGGACTACAGAGGATGGTGCTTGTTGACTTACCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTGTGATTAAT         ACTGTGACATCAGGCATGGCTCCTGACACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 128713 GTGTGATTAATGTA...AAGACTGTGACATCAGGCATGGCTCCTGACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGGAAACTATTTTCAGTATCAGCAAAGCTTACATGCAGAATCCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128837 AAGGAAACTATTTTCAGTATCAGCAAAGCTTACATGCAGAATCCTAATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CATCATACTGTGTATTCAAG         ATGGATCTGTGGATGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128887 CATCATACTGTGTATTCAAGGTA...CAGATGGATCTGTGGATGCTGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GCAGTATTGTTACAGACTTGGTCAGTCAAATGGACCCTCATGGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129275 GCAGTATTGTTACAGACTTGGTCAGTCAAATGGACCCTCATGGAAGGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ACCATATTCGTTTTGACCAAAGTAGACCTGGCAGAGAAAAATGTAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129325 ACCATATTCGTTTTGACCAAAGTAGACCTGGCAGAGAAAAATGTAGCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCCAAGCAGG         ATTCAGCAGATAATTGAAGGAAAGCTCTTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129375 TCCAAGCAGGGTG...TAGATTCAGCAGATAATTGAAGGAAAGCTCTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CAATGAAAGCTTTAGGTTATTTTGCTGTTGTAACAGGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 130863 CAATGAAAGCTTTAGGTTATTTTGCTGTTGTAACAGGAAAAGGTA...CA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1517  GGAACAGCTCTGAAAGCATTGAAGCTATAAGAGAATATGAAGAAGAGTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131006 GGGAACAGCTCTGAAAGCATTGAAGCTATAAGAGAATATGAAGAAGAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TTTTCAGAATTCAAAGCTCCTAAA         GACAAGCATGCTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131056 TTTTCAGAATTCAAAGCTCCTAAAGTA...TAGGACAAGCATGCTAAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CACACCAAGTGACTACAAGAAATTTAAGCCTTGCAGTATCAGACTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132361 CACACCAAGTGACTACAAGAAATTTAAGCCTTGCAGTATCAGACTGCTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TGGAAAATGGTACGAGAGTCTGTTGAACAACAGGCTGATAGTTTCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132411 TGGAAAATGGTACGAGAGTCTGTTGAACAACAGGCTGATAGTTTCAAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706         CAACACGTTTTAACCTTGAAACTGAATGGAAGAATAACTATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132461 TA...CAGCAACACGTTTTAACCTTGAAACTGAATGGAAGAATAACTATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CTCGCCTGCGGGAACTTGACCGG         AATGAACTATTTGAAAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133391 CTCGCCTGCGGGAACTTGACCGGGTA...TAGAATGAACTATTTGAAAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GCTAAAAATGAAATCCTTGATGAAGTTATCAGTCTGAGCCAGGTTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134092 GCTAAAAATGAAATCCTTGATGAAGTTATCAGTCTGAGCCAGGTTACACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 AAAACATTG         GGAGGAAATCCTTCAACAATCTTTGTGGGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 134142 AAAACATTGGTA...CAGGGAGGAAATCCTTCAACAATCTTTGTGGGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 GAGTATCAACTCATGTGATTGAAAACATCTACCTTCCAGCTGCGCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140173 GAGTATCAACTCATGTGATTGAAAACATCTACCTTCCAGCTGCGCAGACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ATGAATTCAGGAACTTTTAACACCACAGTGGATATCAAGCTTAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140223 ATGAATTCAGGAACTTTTAACACCACAGTGGATATCAAGCTTAAACAGTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GACTGATAAACAACTTCCTAATAAAGCAGTAGAG         GTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140273 GACTGATAAACAACTTCCTAATAAAGCAGTAGAGGTT...TAGGTTGCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 GGGAGACCCTACAAGAAGAATTTTCCCGCTTTATGACAGAACCGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142366 GGGAGACCCTACAAGAAGAATTTTCCCGCTTTATGACAGAACCGAAAGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 AAAGAGCATGATGACATATTTGATAAACTTAAAGAGGCCGTTAAGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 142416 AAAGAGCATGATGACATATTTGATAAACTTAAAGAGGCTGTTAAGGAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 AAGTATTAAACGACACAAGTGGAATGACTTTGCGGAGGACAGCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 142466 AAGTATTAAACGACACAAGTGGAATGACTTTGCGGAGGACAGCTTGGTA.

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2167      AGGGTTATTCAACACAATGCTTTGGAAGACCGATCCATATCTGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142516 ..CAGAGGGTTATTCAACACAATGCTTTGGAAGACCGATCCATATCTGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 AAACAGCAATGGGATGCAGCTATTTATTTTATGGAAGAGGCTCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144211 AAACAGCAATGGGATGCAGCTATTTATTTTATGGAAGAGGCTCTGCAGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 TCGTCTCAAGGATA         CTGAAAATGCAATTGAAAACATGGTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 144261 TCGTCTCAAGGATAGTA...TAGCTGAAAATGCAATTGAAAACATGGTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 GTCCAGACTGGAAAAAGAGGTGGTTATACTGGAAGAATCGGACCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144788 GTCCAGACTGGAAAAAGAGGTGGTTATACTGGAAGAATCGGACCCAAGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 CAG         TGTGTTCACAATGAAACCAAGAATGAATTGGAGAAGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144838 CAGGTA...AAGTGTGTTCACAATGAAACCAAGAATGAATTGGAGAAGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2394 GTTGAAATGTAATGAGGAGCACCCAGCTTATCTTGCAAGTGATGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148139 GTTGAAATGTAATGAGGAGCACCCAGCTTATCTTGCAAGTGATGAAATAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444 CCACAGTCCGGAAGAACCTTGAATCCCGAGGAGTAGAAGTAGATCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148189 CCACAGTCCGGAAGAACCTTGAATCCCGAGGAGTAGAAGTAGATCCAAGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2494 TTG         ATTAAGGATACTTGGCATCAAGTTTATAGAAGACATTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148239 TTGGTA...TAGATTAAGGATACTTGGCATCAAGTTTATAGAAGACATTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2535 TTTAAAAACAGCTCTAAACCATTGTAACCTTTGTCGAAGAGGTTTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150197 TTTAAAAACAGCTCTAAACCATTGTAACCTTTGTCGAAGAGGTTTTTATT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2585 ACTACCAAAGGCATTTTGTAGATTCTGAG         TTGGAATGCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 150247 ACTACCAAAGGCATTTTGTAGATTCTGAGGTA...CAGTTGGAATGCAAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2626 GATGTGGTCTTGTTTTGGCGTATACAGCGCATGCTTGCTATCACCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151587 GATGTGGTCTTGTTTTGGCGTATACAGCGCATGCTTGCTATCACCGCAAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2676 TACTTTAAGGCAACAACTTACAAATACTGAAG         TTAGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 151637 TACTTTAAGGCAACAACTTACAAATACTGAAGGTA...CAGTTAGGCGAT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2717 TAGAGAAAAATGTTAAAGAGGTATTGGAAGATTTTGCTGAAGATGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152458 TAGAGAAAAATGTTAAAGAGGTATTGGAAGATTTTGCTGAAGATGGTGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2767 AAGAAGATTAAATTGCTTACTGGTAAACGCGTTCAACTGGCGGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152508 AAGAAGATTAAATTGCTTACTGGTAAACGCGTTCAACTGGCGGAAGACCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2817 CA         AGAAAGTTAGAGAAATTCAAGAAAAACTTGATGCTTTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152558 CAGTG...CAGAGAAAGTTAGAGAAATTCAAGAAAAACTTGATGCTTTCA

   3100     .    :    .    :
   2858 TTGAAGCTCTTCATCAGGAGAAA
        |||||||||||||||||||||||
 177381 TTGAAGCTCTTCATCAGGAGAAA