seq1 = pF1KA0555.tfa, 2397 bp
seq2 = pF1KA0555/gi568815593r_147501764.tfa (gi568815593r:147501764_147771806), 270043 bp

>pF1KA0555 2397
>gi568815593r:147501764_147771806 (Chr5)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-627  (110362-110859)   100% ->
628-837  (121260-121469)   100% ->
838-936  (123333-123431)   100% ->
937-1083  (126811-126957)   100% ->
1084-1224  (127609-127749)   100% ->
1225-1281  (130043-130099)   100% ->
1282-1401  (130984-131103)   100% ->
1402-1530  (132047-132175)   100% ->
1531-1614  (134759-134842)   100% ->
1615-1713  (139029-139127)   100% ->
1714-1812  (140296-140394)   100% ->
1813-1866  (142061-142114)   100% ->
1867-1932  (142991-143056)   100% ->
1933-2001  (148118-148186)   100% ->
2002-2079  (151064-151141)   100% ->
2080-2283  (153693-153896)   100% ->
2284-2349  (159436-159501)   100% ->
2350-2397  (169996-170043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAGAAAGGGCGAAATAAGGGCGAGAAGCCCGAGGCACTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAAGAAAGGGCGAAATAAGGGCGAGAAGCCCGAGGCACTCATTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCTTCAAGCTGCCAATGAAGACCTCAGGACCAAGCTCACAGACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCTTCAAGCTGCCAATGAAGACCTCAGGACCAAGCTCACAGACATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATAGAGCTGCATCAAGAGAAGTCCAAG         GTATCAAAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 AGATAGAGCTGCATCAAGAGAAGTCCAAGGTG...TAGGTATCAAAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAGAGAGAAGACTCAAGAAGCGAAGAGGATTCGTGAGCTGGAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110374 GAAAGAGAGAAGACTCAAGAAGCGAAGAGGATTCGTGAGCTGGAGCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGCACACGGTGCTGGTGACAGAACTCAAAGCCAAGCTCCATGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110424 CAAGCACACGGTGCTGGTGACAGAACTCAAAGCCAAGCTCCATGAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATGAAGGAGCTGCAGGCTGTGAGGGAGAACCTTATCAAGCAGCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110474 AGATGAAGGAGCTGCAGGCTGTGAGGGAGAACCTTATCAAGCAGCACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGAAATGTCAAGGACGGTGAAGGTACGTGATGGAGAGATCCAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110524 CAGGAAATGTCAAGGACGGTGAAGGTACGTGATGGAGAGATCCAGAGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGTCTGCTCTCTGTGCTCTCCGCGACGGCAGCAGTGACAAAGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110574 CAAGTCTGCTCTCTGTGCTCTCCGCGACGGCAGCAGTGACAAAGTAAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGCGCTCACCATTGAGGCCCGGGAGGAGGCCCGGAAACTGTTTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110624 CAGCGCTCACCATTGAGGCCCGGGAGGAGGCCCGGAAACTGTTTGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCGCCTTAAGCTCTTACAGGAAATTGCGGACCTGAAAACGGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110674 GAGCGCCTTAAGCTCTTACAGGAAATTGCGGACCTGAAAACGGCCAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGGTGGACGAGGCTCTGAGCAATATGATCCAAGCAGATAAAATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110724 GCAGGTGGACGAGGCTCTGAGCAATATGATCCAAGCAGATAAAATCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGGGGACCTTCGGAGTGAGCATCAGTCCCACCAAGAAGCCATCTCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110774 CTGGGGACCTTCGGAGTGAGCATCAGTCCCACCAAGAAGCCATCTCGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCAAGTGGGAGTCGGAGCGGGATATTCGGAGGCTG         ATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110824 ATCAAGTGGGAGTCGGAGCGGGATATTCGGAGGCTGGTT...CAGATGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAAATCAAAGCCAAGGACAGGATCATCTTTTCCCTGGAAAAGGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121265 TGAAATCAAAGCCAAGGACAGGATCATCTTTTCCCTGGAAAAGGAACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGACCCAGACAGGCTATGTACAGAAACTCCAACTTCAGAAGGAGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121315 AGACCCAGACAGGCTATGTACAGAAACTCCAACTTCAGAAGGAGGCTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACGAACAACTCTTTCTGGTCAAGGAGGCTGAGTGCAACATGAGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121365 GACGAACAACTCTTTCTGGTCAAGGAGGCTGAGTGCAACATGAGCAGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAAACGAGAAATTCCAGGAAGGGCAGGTGATGGTTCCGAACACTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121415 AAAACGAGAAATTCCAGGAAGGGCAGGTGATGGTTCCGAACACTGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTCCT         GATTTGCGAAGAAATCAAAAGAGAATAGCTGAATTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121465 GTCCTGTA...TAGGATTTGCGAAGAAATCAAAAGAGAATAGCTGAATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AATGCCACTATAAGAAAATTAGAAGACAGGAATACCTTGCTTGGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123369 AATGCCACTATAAGAAAATTAGAAGACAGGAATACCTTGCTTGGAGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ACGAAATGAACTG         TTAAAACGTGTGCGGGAAACCGAAAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123419 ACGAAATGAACTGGTG...CAGTTAAAACGTGTGCGGGAAACCGAAAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AATGTAAACCTCTCCTGGAAAGGAACAAGTGCCTCGCCAAGAGAAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126839 AATGTAAACCTCTCCTGGAAAGGAACAAGTGCCTCGCCAAGAGAAACGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAACTGATGGTGTCCTTGCAGCGCATGGAAGAAAAACTAAAAGCCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126889 GAACTGATGGTGTCCTTGCAGCGCATGGAAGAAAAACTAAAAGCCGTTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAAGGAAAATTCAGAAATG         AGAGAAAAAATAACATCCCATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126939 CAAGGAAAATTCAGAAATGGTG...CAGAGAGAAAAAATAACATCCCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CACCCCTGAAGAAATTAAAATCTCTGAATGACCTCGACCAAGCTAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127631 CACCCCTGAAGAAATTAAAATCTCTGAATGACCTCGACCAAGCTAATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAACAAGAAACAGAGTTTCTAAAACTTCAGGTCATTGAGCAACAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127681 GAACAAGAAACAGAGTTTCTAAAACTTCAGGTCATTGAGCAACAGAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TATTGATGAGCTCACAAGG         GACCGAGAAAAGCTCATCCGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 127731 TATTGATGAGCTCACAAGGGTA...CAGGACCGAGAAAAGCTCATCCGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAAGAAAGCATAGAAGAAGTTCCAAGCCAATTAAG         AGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130065 GAAGAAAGCATAGAAGAAGTTCCAAGCCAATTAAGGTA...TAGAGGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTTTTGGACCCGTTTATTGGCTATGATGAGGACTCTATGGATTCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130990 GTTTTGGACCCGTTTATTGGCTATGATGAGGACTCTATGGATTCAGAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATCATCCATGGCCTCATTTAGAACAGACAGAACACCAGCTACTCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131040 ATCATCCATGGCCTCATTTAGAACAGACAGAACACCAGCTACTCCTGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGACTTGGATGAA         AGTTTAGCAGCTGAAGAATCTGAACTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 131090 ATGACTTGGATGAAGTA...AAGAGTTTAGCAGCTGAAGAATCTGAACTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGATTTCGACAATTAACAAAAGAATATCAGGCCCTCCAAAGAGCATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132074 AGATTTCGACAATTAACAAAAGAATATCAGGCCCTCCAAAGAGCATATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCTCCTACAGGAGCAGACGGGAGGCATCATCGACGCTGAACGAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132124 CCTCCTACAGGAGCAGACGGGAGGCATCATCGACGCTGAACGAGAAGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AG         GCTCAAGAACAGCTCCAAGCAGAGGTGCTAAGGTATAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132174 AGGTT...CAGGCTCAAGAACAGCTCCAAGCAGAGGTGCTAAGGTATAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCCAAAATTGAAGACCTGGAAGCGACTCTGGCTCAGAAAGGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 134798 GCCAAAATTGAAGACCTGGAAGCGACTCTGGCTCAGAAAGGGCAGGTA..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615     ATAGAAAAACAGGAGGCAGAAAATCACCGGTTACAACAAGAACTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134848 .TAGATAGAAAAACAGGAGGCAGAAAATCACCGGTTACAACAAGAACTAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGGACGCCAGAGACCAGAATGAGCTGCTGGAGTTTCGAAACCTAGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139075 AGGACGCCAGAGACCAGAATGAGCTGCTGGAGTTTCGAAACCTAGAGCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAA         GAGAGAGAGAGACGATCCCCTCCATTTAATCTCCAAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139125 GAAGTA...AAGGAGAGAGAGAGACGATCCCCTCCATTTAATCTCCAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TCACCCATTCTCAGATGGTGTGAGTGCTCTACAGATCTACTGTATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140334 TCACCCATTCTCAGATGGTGTGAGTGCTCTACAGATCTACTGTATGAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AAGGTGTTAAG         GATGTGAACATCCCTGATCTCATAAAGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140384 AAGGTGTTAAGGTA...CAGGATGTGAACATCCCTGATCTCATAAAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTTGATATCTTGGGTGATAATGGG         AATTTAAGAAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 142091 CTTGATATCTTGGGTGATAATGGGGTA...CAGAATTTAAGAAATGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ACAAGTGGCCATAATTCAGGCCAGCACTGTGCTGTCCCTGGCAGAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 143008 ACAAGTGGCCATAATTCAGGCCAGCACTGTGCTGTCCCTGGCAGAGAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933         TGGATCCAGCAGATTGAAGGAGCTGAGGCTGCCCTACACCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143058 TA...TAGTGGATCCAGCAGATTGAAGGAGCTGAGGCTGCCCTACACCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AAAATGATGGAATTGGAAAGTGACATG         GAACAGTTCTGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 148160 AAAATGATGGAATTGGAAAGTGACATGGTA...TAGGAACAGTTCTGCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AATAAAAGGCTATCTGGAGGAAGAACTAGACTACAGAAAACAAGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151078 AATAAAAGGCTATCTGGAGGAAGAACTAGACTACAGAAAACAAGCTCTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ACCAAGCATATATG         AGAATCCAGGAACTAGAAGCTACTTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 151128 ACCAAGCATATATGGTA...CAGAGAATCCAGGAACTAGAAGCTACTTTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TACAATGCTCTACAGCAAGAAACTGTTATCAAGTTTGGTGAATTATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153720 TACAATGCTCTACAGCAAGAAACTGTTATCAAGTTTGGTGAATTATTAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TGAAAAACAGCAAGAGGAGCTGAGGACGGCAGTAGAAAAGTTACGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153770 TGAAAAACAGCAAGAGGAGCTGAGGACGGCAGTAGAAAAGTTACGGCGGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AAATGCTGAGGAAGAGCAGAGAGTATGACTGTCAGATTCTTCAGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153820 AAATGCTGAGGAAGAGCAGAGAGTATGACTGTCAGATTCTTCAGGAGAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ATGGAGCTCTTACAGCAAGCCCATCAG         AGAATTCGTGACTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 153870 ATGGAGCTCTTACAGCAAGCCCATCAGGTG...CAGAGAATTCGTGACTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AGAAGATAAAACAGACATCCAGAAAAGACAAATAAAAGACTTAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159450 AGAAGATAAAACAGACATCCAGAAAAGACAAATAAAAGACTTAGAAGAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AG         TTTCTGTTTCTATTCTTGTTCTTCTCTCTTGCCTTTATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159500 AGGTA...CAGTTTCTGTTTCTATTCTTGTTCTTCTCTCTTGCCTTTATT

   2550     .
   2389 CTATGGCCT
        |||||||||
 170035 CTATGGCCT