seq1 = pF1KA0531.tfa, 2871 bp
seq2 = pF1KA0531/gi568815596f_148775618.tfa (gi568815596f:148775618_149111673), 336056 bp

>pF1KA0531 2871
>gi568815596f:148775618_149111673 (Chr2)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-217  (146520-146610)   100% ->
218-291  (153664-153737)   100% ->
292-396  (161667-161771)   100% ->
397-445  (165993-166041)   100% ->
446-501  (166318-166373)   100% ->
502-589  (167056-167143)   100% ->
590-714  (171282-171406)   100% ->
715-819  (174222-174326)   100% ->
820-968  (174697-174845)   100% ->
969-1117  (186354-186502)   100% ->
1118-1293  (197719-197894)   100% ->
1294-1362  (203305-203373)   100% ->
1363-1569  (205738-205944)   100% ->
1570-1716  (208003-208149)   100% ->
1717-1905  (215393-215581)   100% ->
1906-2023  (218804-218921)   100% ->
2024-2100  (221647-221723)   100% ->
2101-2210  (222783-222892)   100% ->
2211-2312  (224806-224907)   100% ->
2313-2373  (225105-225165)   100% ->
2374-2445  (229776-229847)   100% ->
2446-2550  (232346-232450)   100% ->
2551-2767  (234518-234734)   100% ->
2768-2871  (235953-236056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATCCAGCCGAATGCAGCATCAAAGTGATGTGCCGGTTCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATCCAGCCGAATGCAGCATCAAAGTGATGTGCCGGTTCCGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCAACGAAGCGGAGATCCTCCGCGGGGACAAATTCATCCCCAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCAACGAAGCGGAGATCCTCCGCGGGGACAAATTCATCCCCAAATTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCGATGAGACCGTGGTGATCGGG         CAAGGGAAGCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 AAGGCGATGAGACCGTGGTGATCGGGGTA...TAGCAAGGGAAGCCATAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCTTCGACAGAGTGCTACCTCCCAACACGACCCAAGAGCAGGTTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146535 GTCTTCGACAGAGTGCTACCTCCCAACACGACCCAAGAGCAGGTTTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCATGTGCGAAGCAAATTGTCAAAG         ATGTCCTTGAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 146585 TGCATGTGCGAAGCAAATTGTCAAAGGTA...CAGATGTCCTTGAAGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAACGGGACGATTTTTGCGTATGGGCAGACTTCATCAGGAAAAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153679 ATAACGGGACGATTTTTGCGTATGGGCAGACTTCATCAGGAAAAACCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCATGGAG         GGGAAGCTGCATGACCCCCAGCTCATGGGGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 153729 ACCATGGAGGTA...TAGGGGAAGCTGCATGACCCCCAGCTCATGGGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCCCACGAATTGCCCATGATATCTTTGACCATATCTACTCCATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161699 CATCCCACGAATTGCCCATGATATCTTTGACCATATCTACTCCATGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAACCTGGAGTTTCACATAAAG         GTTTCCTATTTTGAGATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 161749 AGAACCTGGAGTTTCACATAAAGGTA...TAGGTTTCCTATTTTGAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACTTGGACAAAATAAGGGACTTACTTGATG         TATCCAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 166011 TACTTGGACAAAATAAGGGACTTACTTGATGGTA...TAGTATCCAAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAACTTGGCTGTTCATGAAGATAAAAACAGAGTCCCGTATGTAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 166328 CAACTTGGCTGTTCATGAAGATAAAAACAGAGTCCCGTATGTAAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      GGGTGCACTGAGCGGTTTGTGTCGAGCCCTGAGGAAGTCATGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166378 ..CAGGGGTGCACTGAGCGGTTTGTGTCGAGCCCTGAGGAAGTCATGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTAATAGATGAAGGCAAAGCAAACCGACACGTGGCTGTGACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 167101 GTAATAGATGAAGGCAAAGCAAACCGACACGTGGCTGTGACAAGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590   ACATGAATGAACACAGCTCTAGAAGTCACAGTATCTTCCTGATAAATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171280 AGACATGAATGAACACAGCTCTAGAAGTCACAGTATCTTCCTGATAAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTAAACAAGAGAATGTAGAGACTGAAAAAAAACTCAGTGGGAAACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171330 TTAAACAAGAGAATGTAGAGACTGAAAAAAAACTCAGTGGGAAACTTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTGGTTGATTTGGCTGGGAGCGAAAAG         GTCAGCAAAACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 171380 TTGGTTGATTTGGCTGGGAGCGAAAAGGTA...TAGGTCAGCAAAACTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGCCGAGGGAGCTGTTCTTGACGAAGCTAAAAATATCAATAAGTCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174236 TGCCGAGGGAGCTGTTCTTGACGAAGCTAAAAATATCAATAAGTCTTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTGCTCTTGGAAATGTGATCTCTGCTTTGGCAGAAGGGACA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174286 CTGCTCTTGGAAATGTGATCTCTGCTTTGGCAGAAGGGACAGTA...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAAACACATGTGCCATACCGGGACAGCAAGATGACTCGGATTCTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174697 AAAACACATGTGCCATACCGGGACAGCAAGATGACTCGGATTCTTCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTCTTTGGGTGGGAACTGCAGAACCACCATCGTCATTTGCTGTTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174747 CTCTTTGGGTGGGAACTGCAGAACCACCATCGTCATTTGCTGTTCTCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGTCTTCAATGAGGCTGAGACCAAGTCCACACTGATGTTCGGACAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 174797 CTGTCTTCAATGAGGCTGAGACCAAGTCCACACTGATGTTCGGACAGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969         AGCTAAGACCATCAAGAATACAGTCTCTGTGAACCTAGAACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174847 TA...CAGAGCTAAGACCATCAAGAATACAGTCTCTGTGAACCTAGAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GACAGCAGAAGAATGGAAGAAGAAATATGAAAAAGAGAAAGAGAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186396 GACAGCAGAAGAATGGAAGAAGAAATATGAAAAAGAGAAAGAGAAAAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGACTTTGAAGAATGTTATCCAGCATCTGGAGATGGAGCTAAACAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186446 AGACTTTGAAGAATGTTATCCAGCATCTGGAGATGGAGCTAAACAGGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGGAATG         GAGAAGCTGTGCCTGAGGATGAACAGATCAGTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186496 AGGAATGGTA...CAGGAGAAGCTGTGCCTGAGGATGAACAGATCAGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAAGGACCAGAAGAACCTGGAGCCTTGTGATAACACCCCCATCATAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197753 CAAGGACCAGAAGAACCTGGAGCCTTGTGATAACACCCCCATCATAGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATATTGCTCCTGTTGTTGCTGGCATCTCTACAGAGGAGAAAGAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197803 ATATTGCTCCTGTTGTTGCTGGCATCTCTACAGAGGAGAAAGAGAAGTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATGAGGAGATCTCCAGTCTCTACAGACAACTGGATGACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 197853 GATGAGGAGATCTCCAGTCTCTACAGACAACTGGATGACAAGGTC...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1294  GATGATGAAATTAACCAGCAGAGCCAGCTGGCTGAAAAGCTGAAGCAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203304 GGATGATGAAATTAACCAGCAGAGCCAGCTGGCTGAAAAGCTGAAGCAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGATGTTGGATCAGGATGAG         CTTTTAGCTTCCACAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 203354 AGATGTTGGATCAGGATGAGGTA...CAGCTTTTAGCTTCCACAAGAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GACTATGAGAAGATACAGGAGGAGCTGACACGTCTCCAGATTGAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205759 GACTATGAGAAGATACAGGAGGAGCTGACACGTCTCCAGATTGAAAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGCAGCCAAGGATGAGGTGAAAGAAGTTCTCCAGGCCCTGGAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205809 GGCAGCCAAGGATGAGGTGAAAGAAGTTCTCCAGGCCCTGGAGGAGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CTGTCAATTATGACCAGAAATCACAGGAAGTGGAGGATAAGACCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205859 CTGTCAATTATGACCAGAAATCACAGGAAGTGGAGGATAAGACCCGGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AATGAGCAGCTGACAGACGAGCTGGCCCAGAAAACG         ACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 205909 AATGAGCAGCTGACAGACGAGCTGGCCCAGAAAACGGTT...CAGACTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 ATTGACAACCACACAGAGAGAGCTGAGCCAGCTACAAGAGCTTAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208008 ATTGACAACCACACAGAGAGAGCTGAGCCAGCTACAAGAGCTTAGCAACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ACCAGAAGAAAAGGGCAACTGAGATCCTGAATTTGCTGTTGAAAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208058 ACCAGAAGAAAAGGGCAACTGAGATCCTGAATTTGCTGTTGAAAGATCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GGGGAGATAGGTGGAATTATTGGCACCAATGATGTGAAAACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 208108 GGGGAGATAGGTGGAATTATTGGCACCAATGATGTGAAAACTGTA...CA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1717  TTGGCAGATGTGAATGGAGTCATTGAGGAGGAGTTTACCATGGCCCGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215392 GTTGGCAGATGTGAATGGAGTCATTGAGGAGGAGTTTACCATGGCCCGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGTACATCAGCAAGATGAAGTCAGAGGTCAAGTCCCTGGTGAACCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215442 TGTACATCAGCAAGATGAAGTCAGAGGTCAAGTCCCTGGTGAACCGCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAACAGCTCGAGAGCGCCCAGATGGACTCCAACAGGAAGATGAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215492 AAACAGCTCGAGAGCGCCCAGATGGACTCCAACAGGAAGATGAATGCCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CGAGCGGGAGCTGGCAGCCTGCCAGCTGCTCATCTCCCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 215542 CGAGCGGGAGCTGGCAGCCTGCCAGCTGCTCATCTCCCAGGTG...AAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 ACGAAGCCAAGATCAAGTCTCTGACAGACTACATGCAGAACATGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218805 ACGAAGCCAAGATCAAGTCTCTGACAGACTACATGCAGAACATGGAACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AAGAGGAGGCAGCTAGAAGAGTCCCAGGACTCGCTCAGCGAAGAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218855 AAGAGGAGGCAGCTAGAAGAGTCCCAGGACTCGCTCAGCGAAGAGCTGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AAAGCTCCGAGCCCAGG         AAAAAATGCACGAAGTCAGCTTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 218905 AAAGCTCCGAGCCCAGGGTA...CAGAAAAAATGCACGAAGTCAGCTTCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AGGATAAGGAGAAGGAACATCTGACGCGGTTGCAGGATGCTGAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221671 AGGATAAGGAGAAGGAACATCTGACGCGGTTGCAGGATGCTGAAGAAATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AAG         AAGGCGCTGGAGCAGCAGATGGAGAGCCACCGGGAAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221721 AAGGTG...CAGAAGGCGCTGGAGCAGCAGATGGAGAGCCACCGGGAAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TCACCAGAAGCAGCTGTCCAGACTCCGAGACGAAATTGAGGAGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222821 TCACCAGAAGCAGCTGTCCAGACTCCGAGACGAAATTGAGGAGAAGCAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AAATCATTGATGAGATTCGGGA         TTTGAATCAGAAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 222871 AAATCATTGATGAGATTCGGGAGTG...CAGTTTGAATCAGAAACTGCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 CTGGAACAGGAGAAGCTTAGTTCTGATTATAACAAGCTGAAAATAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224825 CTGGAACAGGAGAAGCTTAGTTCTGATTATAACAAGCTGAAAATAGAGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 CCAAGAGAGAGAAATGAAGCTGGAAAAGCTCTT         ATTGCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 224875 CCAAGAGAGAGAAATGAAGCTGGAAAAGCTCTTGTG...CAGATTGCTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ACGATAAAAGGGAACAAGCCAGAGAAGACCTCAAAGGGCTGGAGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225113 ACGATAAAAGGGAACAAGCCAGAGAAGACCTCAAAGGGCTGGAGGAGACA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 GTG         TCTAGAGAATTGCAGACACTGCACAACCTTCGGAAACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225163 GTGGTA...CAGTCTAGAGAATTGCAGACACTGCACAACCTTCGGAAACT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 CTTTGTCCAGGATCTGACCACCCGAGTTAAAAAA         AGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 229814 CTTTGTCCAGGATCTGACCACCCGAGTTAAAAAAGTG...CAGAGTGTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 AGTTGGACAACGATGATGGAGGGGGCAGTGCTGCCCAGAAGCAGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232353 AGTTGGACAACGATGATGGAGGGGGCAGTGCTGCCCAGAAGCAGAAAATT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 TCCTTCTTGGAGAATAACCTGGAGCAGCTCACCAAAGTTCACAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 232403 TCCTTCTTGGAGAATAACCTGGAGCAGCTCACCAAAGTTCACAAGCAGGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551        CTGGTCCGGGACAACGCAGACCTGCGCTGTGAACTGCCCAAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232453 A...CAGCTGGTCCGGGACAACGCAGACCTGCGCTGTGAACTGCCCAAGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 TGGAGAAGCGGCTGCGTGCCACGGCGGAGCGCGTCAAGGCTCTGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234561 TGGAGAAGCGGCTGCGTGCCACGGCGGAGCGCGTCAAGGCTCTGGAGAGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GCGCTGAAGGAGGCCAAGGAGAACGCCATGCGGGACCGTAAGCGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234611 GCGCTGAAGGAGGCCAAGGAGAACGCCATGCGGGACCGTAAGCGCTACCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2694 GCAGGAGGTGGATCGTATCAAGGAGGCCGTGCGGGCCAAGAACATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234661 GCAGGAGGTGGATCGTATCAAGGAGGCCGTGCGGGCCAAGAACATGGCCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 GAAGGGCCCATTCAGCCCAGATCG         CCAAGCCCATCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 234711 GAAGGGCCCATTCAGCCCAGATCGGTA...CAGCCAAGCCCATCCGCCCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2785 GGACACTACCCGGCCTCATCTCCAACGGCCGTCCATGCCATTCGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235970 GGACACTACCCGGCCTCATCTCCAACGGCCGTCCATGCCATTCGAGGGGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .
   2835 AGGAGGCAGCTCTTCAAATTCCACTCACTACCAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236020 AGGAGGCAGCTCTTCAAATTCCACTCACTACCAGAAA