seq1 = pF1KA0487.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KA0487/gi568815597f_148648953.tfa (gi568815597f:148648953_148849495), 200543 bp

>pF1KA0487 540
>gi568815597f:148648953_148849495 (Chr1)

1-540  (100001-100543)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGAAGTTCAAGCCCAACCAGACGCGGACCTACGACCGCGAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGAAGTTCAAGCCCAACCAGACGCGGACCTACGACCGCGAGGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAAGCGGGCGGCGTGCCTGTGCTTCCGGAGCGAGCAGGAGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAAGCGGGCGGCGTGCCTGTGCTTCCGGAGCGAGCAGGAGGACGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGGTGAGTAGCAGCCGGTACCCAGACCAGTGGATTGTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGGTGAGTAGCAGCCGGTACCCAGACCAGTGGATTGTCCCAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAGGAATGGAACCCGAGGAGGAACCTGGCGGTGCTGCCGTGAGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAGGAATGGAACCCGAGGAGGAACCTGGCGGTGCTGCCGTGAGGGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTATGAGGAGGCTGGAGTCAAAGGAAAACTAGGCAGACTTCTGGGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTATGAGGAGGCTGGAGTCAAAGGAAAACTAGGCAGACTTCTGGGCATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TT  G AGAACCAAGACCGAAAGCACAGAACATATGTTTATGTTCTAACA
        ||--|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGAGCAGAACCAAGACCGAAAGCACAGAACATATGTTTATGTTCTAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 GTCACTGAAATATTAGAAGATTGGGAAGATTCTGTTAATATTGGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCACTGAAATATTAGAAGATTGGGAAGATTCTGTTAATATTGGAAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 GAGAGAGTGGTTCAAAGTAGAAGATGCTATCAAAGTTCTCCAGTGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGAGAGTGGTTCAAAGTAGAAGATGCTATCAAAGTTCTCCAGTGTCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398 AACCTGTACATGCAGAGTATCTGGAAAAGCTAAAGCTGGGTTGTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AACCTGTACATGCAGAGTATCTGGAAAAGCTAAAGCTGGGTTGTTCCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 GCCAATGGAAATTCTACAGTCCCTTCCCTTCCGGATAATAATGCCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAATGGAAATTCTACAGTCCCTTCCCTTCCGGATAATAATGCCTTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :
    498 TGTAACCGCTGCACAGACCTCTGGGTTGCCATCTAGTGTAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTAACCGCTGCACAGACCTCTGGGTTGCCATCTAGTGTAAGA