seq1 = pF1KA0487.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KA0487/gi568815586f_93278323.tfa (gi568815586f:93278323_93499376), 221054 bp

>pF1KA0487 540
>gi568815586f:93278323_93499376 (Chr12)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-210  (116287-116397)   100% ->
211-255  (117167-117211)   100% ->
256-340  (120449-120533)   100% ->
341-540  (120855-121054)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGAAGTTCAAGCCCAACCAGACGCGGACCTACGACCGCGAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGAAGTTCAAGCCCAACCAGACGCGGACCTACGACCGCGAGGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAAGCGGGCGGCGTGCCTGTGCTTCCGGAGCGAGCAGGAGGACGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CAAGAAGCGGGCGGCGTGCCTGTGCTTCCGGAGCGAGCAGGAGGACGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GTGCTGCTGGTGAGTAGCAGCCGGTACCCAGACCAGTGGATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...CAGGTGCTGCTGGTGAGTAGCAGCCGGTACCCAGACCAGTGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCAGGAGGAGGAATGGAACCCGAGGAGGAACCTGGCGGTGCTGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116329 GTCCCAGGAGGAGGAATGGAACCCGAGGAGGAACCTGGCGGTGCTGCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGGAAGTTTATGAGGAG         GCTGGAGTCAAAGGAAAACTAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116379 GAGGGAAGTTTATGAGGAGGTG...TAGGCTGGAGTCAAAGGAAAACTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGACTTCTGGGCATATTTGAG         AACCAAGACCGAAAGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117189 GCAGACTTCTGGGCATATTTGAGGTG...CAGAACCAAGACCGAAAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAACATATGTTTATGTTCTAACAGTCACTGAAATATTAGAAGATTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120467 AGAACATATGTTTATGTTCTAACAGTCACTGAAATATTAGAAGATTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATTCTGTTAATATTG         GAAGGAAGAGAGAGTGGTTCAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120517 AGATTCTGTTAATATTGGTA...TAGGAAGGAAGAGAGAGTGGTTCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAGAAGATGCTATCAAAGTTCTCCAGTGTCATAAACCTGTACATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120879 TAGAAGATGCTATCAAAGTTCTCCAGTGTCATAAACCTGTACATGCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATCTGGAAAAGCTAAAGCTGGGTTGTTCCCCAGCCAATGGAAATTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120929 TATCTGGAAAAGCTAAAGCTGGGTTGTTCCCCAGCCAATGGAAATTCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTCCCTTCCCTTCCGGATAATAATGCCTTGTTTGTAACCGCTGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120979 AGTCCCTTCCCTTCCGGATAATAATGCCTTGTTTGTAACCGCTGCACAGA

    550     .    :    .    :    .
    515 CCTCTGGGTTGCCATCTAGTGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||
 121029 CCTCTGGGTTGCCATCTAGTGTAAGA