seq1 = pF1KA0474.tfa, 2043 bp
seq2 = pF1KA0474/gi568815597r_21497960.tfa (gi568815597r:21497960_21719075), 221116 bp

>pF1KA0474 2043
>gi568815597r:21497960_21719075 (Chr1)

(complement)

1-18  (99044-99061)   100% ->
19-66  (100004-100051)   100% ->
67-105  (101104-101142)   100% ->
106-291  (101585-101770)   100% ->
292-395  (104987-105090)   100% ->
396-474  (105370-105448)   100% ->
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844-999  (108801-108956)   100% ->
1000-1071  (109430-109501)   100% ->
1072-1158  (110140-110226)   100% ->
1159-1296  (110726-110863)   100% ->
1297-1428  (112879-113010)   100% ->
1429-1506  (115164-115241)   100% ->
1507-1616  (116163-116272)   100% ->
1617-1730  (117279-117392)   100% ->
1731-1854  (119459-119582)   100% ->
1855-1957  (120574-120676)   100% ->
1958-2043  (121036-121121)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGAGAAGATGCAG         GGAAGCAGGATGGATGAACAACG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  99044 ATGATTGAGAAGATGCAGGTG...CAGGGAAGCAGGATGGATGAACAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGCTCCTTCCCGCCGCCCCTCAAA         ACAGAGGAGGACTACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100027 CTGCTCCTTCCCGCCGCCCCTCAAAGTA...CAGACAGAGGAGGACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TTCCATACCCGAGCGTGCACGAG         GTCTTGGGGCGAGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101120 TTCCATACCCGAGCGTGCACGAGGTA...CAGGTCTTGGGGCGAGAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 CCCTTCCCCCTCATCCTGCTGCCCCAGTTTGGGGGCTACTGGATTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101603 CCCTTCCCCCTCATCCTGCTGCCCCAGTTTGGGGGCTACTGGATTGAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CACCAACCACGAAATCACCAGCATCCCCGAGACAGAGCCACTGCAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101653 CACCAACCACGAAATCACCAGCATCCCCGAGACAGAGCCACTGCAGTCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCACAACCAAGGTGAAGCTCGAGTGCAACCCCACAGCCCGCATCTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 CCACAACCAAGGTGAAGCTCGAGTGCAACCCCACAGCCCGCATCTACCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGCACTTTCTCGGCAAG         GAGCATTTCAATTACTACTCACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101753 AAGCACTTTCTCGGCAAGGTG...CAGGAGCATTTCAATTACTACTCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGACGCTGCCCTCGGCCACCTTGTCTTCTCACTCAAGTACGATGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105010 GGACGCTGCCCTCGGCCACCTTGTCTTCTCACTCAAGTACGATGTCATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGACCAAGAGCACCTGCGGCTGCTGCTCAG         GACCAAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105060 GGGACCAAGAGCACCTGCGGCTGCTGCTCAGGTG...CAGGACCAAGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CGGACATACCATGATGTCATCCCCATCTCCTGCCTCACCGAGTTCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105380 CGGACATACCATGATGTCATCCCCATCTCCTGCCTCACCGAGTTCCCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTTGTCCAGATGGCAAAG         TTGGTGTGTGAAGACGTCAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105430 TGTTGTCCAGATGGCAAAGGTG...CAGTTGGTGTGTGAAGACGTCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGATCGGTTCTATCCTGTGCTCTACCCCAAG         GCTTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105869 TGGATCGGTTCTATCCTGTGCTCTACCCCAAGGTA...CAGGCTTCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CTCATCGTCACCTTTGACGAGCATGTCATCAGCAATAACTTCAAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106976 CTCATCGTCACCTTTGACGAGCATGTCATCAGCAATAACTTCAAGTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGTCATTTATCAGAAGCTTGGGCAG         ACCTCCGAGGAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107026 CGTCATTTATCAGAAGCTTGGGCAGGTG...CAGACCTCCGAGGAAGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TCTTCAGCACCAATGAGGAAAGTCCCGCTTTCGTGGAGTTCCTTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107276 TCTTCAGCACCAATGAGGAAAGTCCCGCTTTCGTGGAGTTCCTTGAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTTGGCCAGAAGGTCAAACTGCAGGACTTTAAGGG         GTTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107326 CTTGGCCAGAAGGTCAAACTGCAGGACTTTAAGGGGTG...CAGGTTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGGAGGCCTGGACGTGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAATCTGTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107501 AGGAGGCCTGGACGTGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAATCTGTGTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCAACTTCCGCAACAAGGAGATCATGTTTCACGTGTCCACCAAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107551 GCAACTTCCGCAACAAGGAGATCATGTTTCACGTGTCCACCAAGCTGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TACACGGAAGGGGACGCCCAGCAG         TTGCAGCGGAAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107601 TACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGGTA...CAGTTGCAGCGGAAGCGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CATCGGGAACGACATCGTGGCTGTGGTCTTCCAGGATGAGAACACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108818 CATCGGGAACGACATCGTGGCTGTGGTCTTCCAGGATGAGAACACTCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCGTGCCCGACATGATCGCGTCCAACTTCCTGCATGCCTACGTCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108868 TCGTGCCCGACATGATCGCGTCCAACTTCCTGCATGCCTACGTCGTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAGGCTGAGGGCGGGGGCCCTGATGGCCCCCTCTACAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108918 CAGGCTGAGGGCGGGGGCCCTGATGGCCCCCTCTACAAGGTG...CAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTCTGTCACTGCAAGAGATGATGTGCCCTTCTTTGGACCCCCCCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109432 CTCTGTCACTGCAAGAGATGATGTGCCCTTCTTTGGACCCCCCCTCCCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACCCCGCTGTGTTCAGGAAG         GGGCCTGAGTTCCAGGAATTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109482 ACCCCGCTGTGTTCAGGAAGGTG...CAGGGGCCTGAGTTCCAGGAATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TTGCTGACAAAGCTGATCAATGCTGAATATGCCTGCTACAAGGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110161 TTGCTGACAAAGCTGATCAATGCTGAATATGCCTGCTACAAGGCAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTTTGCCAAACTGGAG         GAGCGGACGCGGGCCGCCCTCCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110211 GTTTGCCAAACTGGAGGTG...CAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCTCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AGACGCTCTATGAGGAACTACACATCCACAGCCAGTCCATGATGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110751 AGACGCTCTATGAGGAACTACACATCCACAGCCAGTCCATGATGGGCTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GGCGGCGACGAGGACAAGATGGAGAATGGCAGTGGGGGCGGCGGCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110801 GGCGGCGACGAGGACAAGATGGAGAATGGCAGTGGGGGCGGCGGCTTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGAGTCTTTCAAG         CGGGTCATCCGGAGCCGCAGCCAGTCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110851 TGAGTCTTTCAAGGTG...CAGCGGGTCATCCGGAGCCGCAGCCAGTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TGGATGCCATGGGGCTGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGTGTCCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112907 TGGATGCCATGGGGCTGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGTGTCCACCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CACAGCGGGAGCTTCGCGCCCAACAACCCCGACCTGGCCAAGGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112957 CACAGCGGGAGCTTCGCGCCCAACAACCCCGACCTGGCCAAGGCGGCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AATA         TCATTGCTTATTCCTGGGAAAAGTGCGAGTAGATTCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113007 AATAGTG...CAGTCATTGCTTATTCCTGGGAAAAGTGCGAGTAGATTCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GACGCCGGGGCAGTGCCATAGGCATAGGAACCGTGGAAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115201 GACGCCGGGGCAGTGCCATAGGCATAGGAACCGTGGAAGAGGTT...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TCACTGATTGTCCCTGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGTCGGGCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116163 TCACTGATTGTCCCTGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGTCGGGCCCGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CGGCTCCCGCCGCAGCAGCGCCATTGGCATCGAGAACATACAGGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116213 CGGCTCCCGCCGCAGCAGCGCCATTGGCATCGAGAACATACAGGAGGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGGAGAAGAG         GGAGAGCCCTCCGGCTGGTCAGAAGACCCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116263 AGGAGAAGAGGTG...CAGGGAGAGCCCTCCGGCTGGTCAGAAGACCCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GACAGCGGGCACGTCTCACAGGAGCCCAAGTCGGAGAACTCATCCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117310 GACAGCGGGCACGTCTCACAGGAGCCCAAGTCGGAGAACTCATCCACTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GAGCTCCCCAGAGATGCCCACGACCAAGAACAG         AGCGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117360 GAGCTCCCCAGAGATGCCCACGACCAAGAACAGGTT...CAGAGCGGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 CCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCTCAAGGACTTCTCCCGCTCCTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119467 CCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCTCAAGGACTTCTCCCGCTCCTCGTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 AGTGCCAGCAGCTTCGCCAGCGTGGTGGAGGAGACGGAGGGTGTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119517 AGTGCCAGCAGCTTCGCCAGCGTGGTGGAGGAGACGGAGGGTGTGGACGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 AGAGGACACAGGCCTG         GAGAGCGTGTCATCCTCAGGAACAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119567 AGAGGACACAGGCCTGGTG...CAGGAGAGCGTGTCATCCTCAGGAACAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 CCCACAAGCGGGACTCCTTCATCTATAGCACGTGGCTGGAGGACAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120599 CCCACAAGCGGGACTCCTTCATCTATAGCACGTGGCTGGAGGACAGTGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 AGCACCACTAGTGGGGGCAGCTCCCCAG         ACGCCGGCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120649 AGCACCACTAGTGGGGGCAGCTCCCCAGGTA...CAGACGCCGGCAAGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 GGGGGACCCTGCGTGTCCCGAGATCAAGATCCAGCTGGAAGCATCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121049 GGGGGACCCTGCGTGTCCCGAGATCAAGATCCAGCTGGAAGCATCTGAGC

   2200     .    :    .    :
   2021 AGCACATGCCCCAGCTGG GCTGT
        ||||||||||||||||||- |-||
 121099 AGCACATGCCCCAGCTGGTAC GT