seq1 = pF1KA0472.tfa, 2787 bp
seq2 = pF1KA0472/gi568815597r_205047561.tfa (gi568815597r:205047561_205311535), 263975 bp

>pF1KA0472 2787
>gi568815597r:205047561_205311535 (Chr1)

(complement)

1-265  (100001-100265)   100% ->
266-654  (123730-124118)   100% ->
655-1324  (141704-142373)   100% ->
1325-1557  (147581-147813)   100% ->
1558-1641  (148530-148613)   100% ->
1642-1818  (149324-149500)   100% ->
1819-1948  (150149-150278)   99% ->
1949-2105  (151266-151422)   100% ->
2106-2238  (151857-151989)   100% ->
2239-2352  (154150-154263)   100% ->
2353-2467  (160742-160856)   100% ->
2468-2602  (163197-163331)   100% ->
2603-2787  (163791-163975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCGACGGGGTGCCATGGGGCAGCGAGCCCGTCTCGGGTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGCGACGGGGTGCCATGGGGCAGCGAGCCCGTCTCGGGTCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGCGGCGGCGGAATGATCCGCGAGCTGTGCCGGGGCTTCGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGGCGGCGGCGGAATGATCCGCGAGCTGTGCCGGGGCTTCGGCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCCGCTACCTGGGACGGCTGCGACAGAACCTGCGCGAGACCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGCCGCTACCTGGGACGGCTGCGACAGAACCTGCGCGAGACCCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTTCCGCGACATCAAGTGCTCCCACAACCACACTTGTCTCTCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTTCCGCGACATCAAGTGCTCCCACAACCACACTTGTCTCTCCTCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACGGGCGGCGGCGGGGCCGAGCGCGGCCCTGCAGGCGATGTCGCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACGGGCGGCGGCGGGGCCGAGCGCGGCCCTGCAGGCGATGTCGCCGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGGCTGCAGGCGG         GCCAACTGAGCTGCATTTCCTTCCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGGCTGCAGGCGGGTA...CAGGCCAACTGAGCTGCATTTCCTTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTAAGGAAGAGAAGTACCTCCAGCAGATTGTGGACTGCCTCCCTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123756 CCTAAGGAAGAGAAGTACCTCCAGCAGATTGTGGACTGCCTCCCTTGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTGATCCTCGGCCAGGATTGTAACGTCAAGTGCCAGCTGTTGAATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123806 ACTGATCCTCGGCCAGGATTGTAACGTCAAGTGCCAGCTGTTGAATCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTGGGGGTGCAGGTGCTTCCCACCACCAAGCTGGGCAGTGAGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123856 TGTTGGGGGTGCAGGTGCTTCCCACCACCAAGCTGGGCAGTGAGGAGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTAAGCTTCGGCGCCTCCGCTTCACCTATGGGACTCAGACTCGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123906 TGTAAGCTTCGGCGCCTCCGCTTCACCTATGGGACTCAGACTCGGGTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGGCGCTCCCTGGACAGTATGAACTAGTGCACACGCTGGTTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123956 CCTGGCGCTCCCTGGACAGTATGAACTAGTGCACACGCTGGTTGCTCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGGCAACTGGGAGACCATCCCTGAGGAGGATCTGGAGGTCCAAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124006 AGGGCAACTGGGAGACCATCCCTGAGGAGGATCTGGAGGTCCAAGAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AATGAGGATGCTGCTCATGTTTTAGCGGAACTGGAGGTAACGATGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124056 AATGAGGATGCTGCTCATGTTTTAGCGGAACTGGAGGTAACGATGCACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCTCTCTTACAG         GAAGTGGACGTTGTGGTAGCACCATGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124106 TGCTCTCTTACAGGTA...CAGGAAGTGGACGTTGTGGTAGCACCATGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGGCCTCCGGCCCACAGTGGATGTTCTGGGTGACTTGGTGAATGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141732 AAGGCCTCCGGCCCACAGTGGATGTTCTGGGTGACTTGGTGAATGATTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTGCCTGTGATAACCTATGCACTCCACAAAGATGAACTCTCTGAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141782 TTGCCTGTGATAACCTATGCACTCCACAAAGATGAACTCTCTGAGAGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGAGCAAGAGCTTCAGGAAATCCGAAAGTATTTCTCCTTTCCTGTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141832 TGAGCAAGAGCTTCAGGAAATCCGAAAGTATTTCTCCTTTCCTGTATTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTTTCAAAGTGCCGAAACTGGGCTCGGAGATAATAGACTCCTCAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141882 TTTTCAAAGTGCCGAAACTGGGCTCGGAGATAATAGACTCCTCAACCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGAATGGAGAGCGAAAGATCACCGCTTTATCGCCAGCTAATTGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141932 AGAATGGAGAGCGAAAGATCACCGCTTTATCGCCAGCTAATTGACCTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTATCTGAGCAGCAGTCACTGGAACTGTGGGGCTCCTGGCCAGGATACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141982 CTATCTGAGCAGCAGTCACTGGAACTGTGGGGCTCCTGGCCAGGATACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAGCTCAGAGCATGTTGGTGGAACAGAGTGAAAAGCTGAGACACTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142032 AAGCTCAGAGCATGTTGGTGGAACAGAGTGAAAAGCTGAGACACTTGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACATTTTCTCACCAGGTGTTACAGACTCGCCTGGTGGATGCAGCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142082 ACATTTTCTCACCAGGTGTTACAGACTCGCCTGGTGGATGCAGCCAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTGAACCTGGTGCACTGCCACTGCCTTGACATCTTTATTAACCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142132 CCTGAACCTGGTGCACTGCCACTGCCTTGACATCTTTATTAACCAGGCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTGACATGCAGCGGGACCTGCAGATCACTCCCAAACGTCTGGAATATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142182 TTGACATGCAGCGGGACCTGCAGATCACTCCCAAACGTCTGGAATATACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CGAAAAAAGGAGAATGAGTTGTATGAATCATTGATGAATATTGCCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142232 CGAAAAAAGGAGAATGAGTTGTATGAATCATTGATGAATATTGCCAACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AAAGCAGGAGGAAATGAAGGATATGATTGTTGAGACACTTAATACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142282 AAAGCAGGAGGAAATGAAGGATATGATTGTTGAGACACTTAATACCATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGGAGGAACTTCTGGATGATGCTACTAACATGGAGTTTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 142332 AGGAGGAACTTCTGGATGATGCTACTAACATGGAGTTTAAAGGTA...TA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325  ACGTCATTGTCCCTGAGAATGGAGAACCAGTAGGCACCAGAGAGATCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147580 GACGTCATTGTCCCTGAGAATGGAGAACCAGTAGGCACCAGAGAGATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 ATGCTGCATCCGACAGATCCAGGAACTCATCATCTCCCGACTTAATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147630 ATGCTGCATCCGACAGATCCAGGAACTCATCATCTCCCGACTTAATCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CAGTGGCTAATAAGCTGATCAGCTCAGTGGATTACCTGAGGGAAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147680 CAGTGGCTAATAAGCTGATCAGCTCAGTGGATTACCTGAGGGAAAGCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GTCGGAACCCTGGAACGATGTCTGCAGAGCCTGGAGAAGTCTCAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147730 GTCGGAACCCTGGAACGATGTCTGCAGAGCCTGGAGAAGTCTCAGGATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CTCAGTTCACATCACCAGTAATTATCTCAAACAG         ATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 147780 CTCAGTTCACATCACCAGTAATTATCTCAAACAGGTA...CAGATCTTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ATGCTGCCTATCATGTTGAAGTCACGTTTCACTCAGGGTCGTCAGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148537 ATGCTGCCTATCATGTTGAAGTCACGTTTCACTCAGGGTCGTCAGTTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AGGATGCTATGGGAGCAAATCAAACAG         ATCATCCAGCGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 148587 AGGATGCTATGGGAGCAAATCAAACAGGTA...TAGATCATCCAGCGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CACATGGGTGAGCCCACCTGCCATCACTCTGGAATGGAAGAGGAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149338 CACATGGGTGAGCCCACCTGCCATCACTCTGGAATGGAAGAGGAAGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CCCAGGAAGCCATTGAGAGCCTCAGCGCCTCCAAATTGGCTAAGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149388 CCCAGGAAGCCATTGAGAGCCTCAGCGCCTCCAAATTGGCTAAGAGCATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TGCAGCCAATTCCGGACTCGGCTCAATAGTTCCCACGAGGCTTTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149438 TGCAGCCAATTCCGGACTCGGCTCAATAGTTCCCACGAGGCTTTTGCAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CTCCTTGCGGCAG         CTGGAAGCTGGCCACTCAGGCCGGTTAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 149488 CTCCTTGCGGCAGGTT...CAGCTGGAAGCTGGCCACTCAGGCCGGTTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AGAAAACGGAAGATCTATGGCTGAGGGTTCGGAAAGATCATGCTCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150177 AGAAAACGGAAGATCTATGGCTGAGGGTTCGGAAAGATCATGCTCCCCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CTGGCCCGCCTTTCTCTGGAAAGCCGTTCTTTACAGGATGTCTTGCTTCA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 150227 CTGGCCCGCCTTTCTCTGGAAAGCTGTTCTTTACAGGATGTCTTGCTTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 TC         GTAAACCTAAACTGGGACAGGAACTGGGCCGGGGCCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150277 TCGTG...TAGGTAAACCTAAACTGGGACAGGAACTGGGCCGGGGCCAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 ATGGTGTGGTATACCTGTGTGACAACTGGGGAGGACACTTCCCTTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151305 ATGGTGTGGTATACCTGTGTGACAACTGGGGAGGACACTTCCCTTGTGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTCAAATCAGTTGTCCCTCCAGATGAGAAGCACTGGAATGATCTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151355 CTCAAATCAGTTGTCCCTCCAGATGAGAAGCACTGGAATGATCTGGCTTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 GGAATTTCACTATATGAG         GTCTCTGCCGAAGCATGAGCGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 151405 GGAATTTCACTATATGAGGTG...CAGGTCTCTGCCGAAGCATGAGCGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 TGGTGGATCTCCATGGTTCAGTCATTGACTACAACTATGGTGGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151880 TGGTGGATCTCCATGGTTCAGTCATTGACTACAACTATGGTGGTGGCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 AGCATTGCTGTGCTCCTCATTATGGAGCGGCTACACCGGGATCTCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151930 AGCATTGCTGTGCTCCTCATTATGGAGCGGCTACACCGGGATCTCTACAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 AGGGCTGAAG         GCTGGGCTGACCCTGGAGACACGTTTGCAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 151980 AGGGCTGAAGGTA...AAGGCTGGGCTGACCCTGGAGACACGTTTGCAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TAGCACTAGATGTGGTGGAGGGAATCCGCTTCCTGCACAGCCAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154181 TAGCACTAGATGTGGTGGAGGGAATCCGCTTCCTGCACAGCCAGGGACTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 GTCCATCGTGATATCAAACTGAAAAATGTGCTG         CTGGATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 154231 GTCCATCGTGATATCAAACTGAAAAATGTGCTGGTA...CAGCTGGATAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 GCAGAACCGTGCCAAGATCACTGACTTAGGATTCTGCAAGCCAGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160750 GCAGAACCGTGCCAAGATCACTGACTTAGGATTCTGCAAGCCAGAGGCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 TGATGTCAGGCAGCATTGTGGGGACACCAATCCATATGGCCCCTGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160800 TGATGTCAGGCAGCATTGTGGGGACACCAATCCATATGGCCCCTGAACTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 TTCACAG         GGAAGTACGATAATTCCGTGGATGTCTACGCTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160850 TTCACAGGTA...CAGGGAAGTACGATAATTCCGTGGATGTCTACGCTTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 TGGAATTCTTTTCTGGTATATCTGCTCAGGCTCTGTCAAGCTCCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163231 TGGAATTCTTTTCTGGTATATCTGCTCAGGCTCTGTCAAGCTCCCTGAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 CATTTGAGAGGTGTGCTAGCAAAGACCATCTCTGGAACAATGTGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163281 CATTTGAGAGGTGTGCTAGCAAAGACCATCTCTGGAACAATGTGCGGAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 G         GGGCTCGCCCAGAACGTCTTCCTGTGTTTGATGAGGAGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163331 GGTA...TAGGGGCTCGCCCAGAACGTCTTCCTGTGTTTGATGAGGAGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2643 CTGGCAGTTGATGGAAGCCTGTTGGGATGGCGACCCCTTGAAGAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163831 CTGGCAGTTGATGGAAGCCTGTTGGGATGGCGACCCCTTGAAGAGGCCTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 TCTTGGGCATTGTCCAGCCCATGCTCCAGGGCATCATGAATCGGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163881 TCTTGGGCATTGTCCAGCCCATGCTCCAGGGCATCATGAATCGGCTCTGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2743 AAGTCCAATTCTGAGCAGCCAAACAGAGGACTAGATGATTCTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163931 AAGTCCAATTCTGAGCAGCCAAACAGAGGACTAGATGATTCTACT