seq1 = pF1KA0471.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KA0471/gi568815597f_174700333.tfa (gi568815597f:174700333_175089998), 389666 bp

>pF1KA0471 1110
>gi568815597f:174700333_175089998 (Chr1)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-297  (111500-111628)   100% ->
298-390  (257125-257217)   100% ->
391-501  (268945-269055)   100% ->
502-606  (275746-275850)   100% ->
607-690  (278475-278558)   100% ->
691-762  (282502-282573)   100% ->
763-960  (288309-288506)   100% ->
961-1110  (289517-289666)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAAGGGGTGCCCTGCCCAGCCCCAGCTGCTAAGCTCACACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAAGGGGTGCCCTGCCCAGCCCCAGCTGCTAAGCTCACACCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCAAAAAGTCCCAGGACATGCACGACGAGAGGAGCAAGCTGGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCAAAAAGTCCCAGGACATGCACGACGAGAGGAGCAAGCTGGTGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTATGCGTGTCGAGTGCTGGAACTTCTGGGGATGGGGCATCGTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTATGCGTGTCGAGTGCTGGAACTTCTGGGGATGGGGCATCGTCTGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCCTCGGCTTCTGGCG         ACCTCAAAGGAAGACCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCCTCGGCTTCTGGCGGTG...CAGACCTCAAAGGAAGACCTTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTGATTTTGAAGGTGCTTTAAAGTTCTTTAGAGTTCAGCTTCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111523 GGCTGATTTTGAAGGTGCTTTAAAGTTCTTTAGAGTTCAGCTTCCAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATACAGGGCAGAGGAAAATGCAAGAAGACTGATGGAGCAGGCTTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111573 GATACAGGGCAGAGGAAAATGCAAGAAGACTGATGGAGCAGGCTTGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTAAA         GTACCAACCAAGAAGCTGAAGAAATATGAGAAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111623 ATTAAAGTA...CAGGTACCAACCAAGAAGCTGAAGAAATATGAGAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATATCAGACAATGCGAGAGAGTCAGCTGCAACAGGAAGACCCAATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257160 ATATCAGACAATGCGAGAGAGTCAGCTGCAACAGGAAGACCCAATGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GATACAAG         AGGGAGAACCGAAGATTACAGGAGGCCAGCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 257210 GATACAAGGTA...CAGAGGGAGAACCGAAGATTACAGGAGGCCAGCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGTTGGAACAAGAGAATGATGACCTTGCCCATGAACTAGTAACAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268978 AGGTTGGAACAAGAGAATGATGACCTTGCCCATGAACTAGTAACAAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATTGCTCTACGGAATGACTTGGATCAG         GCAGAAGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 269028 AATTGCTCTACGGAATGACTTGGATCAGGTA...CAGGCAGAAGACAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGATGTGTTGAATAAAGAGCTCCTTTTGACCAAACAGAGGCTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275759 CAGATGTGTTGAATAAAGAGCTCCTTTTGACCAAACAGAGGCTGGTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTGAAGAGGAGAAGAGGAAGCAAGAGGAAGAGACTGCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 275809 ACTGAAGAGGAGAAGAGGAAGCAAGAGGAAGAGACTGCCCAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  CTAAAAGAAGTCTTCAGGAAACAGCTAGAGAAGGCAGAATATGAAATAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278474 GCTAAAAGAAGTCTTCAGGAAACAGCTAGAGAAGGCAGAATATGAAATAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAAGACTACAGCTATCATTGCTGAGTATAAACAG         ATCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 278524 AGAAGACTACAGCTATCATTGCTGAGTATAAACAGGTA...TAGATCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCGCAGTTGAGTACCAGGCTGGAGAAACAGCAAGCAGCCAGCAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282508 TCGCAGTTGAGTACCAGGCTGGAGAAACAGCAAGCAGCCAGCAAGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGGAAGTGGTAAAG         GGTAAGATGATGGCATGCAAACACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 282558 GCTGGAAGTGGTAAAGGTA...TAGGGTAAGATGATGGCATGCAAACACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAGTGACATTTTCAGCAAGGAGGGTGCTTTGAAACTAGCAGCCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288334 GCAGTGACATTTTCAGCAAGGAGGGTGCTTTGAAACTAGCAGCCACAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGAGAGGACCAGGGAATTGAAACAGATGATGAGAAGGACTCACTTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288384 AGAGAGGACCAGGGAATTGAAACAGATGATGAGAAGGACTCACTTAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGCTGAGAGAGATGGAACTGGAACTGGCACAAACCAAACTGCAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288434 GCAGCTGAGAGAGATGGAACTGGAACTGGCACAAACCAAACTGCAGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGAGGCCAAGTGTAAAATTCAG         GAACTTGAACATCAGAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 288484 TGGAGGCCAAGTGTAAAATTCAGGTT...TAGGAACTTGAACATCAGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGAGCCCTTATGAATGAAATCCAAGCTGCGAAAAACTCTTGGTTTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289535 GGAGCCCTTATGAATGAAATCCAAGCTGCGAAAAACTCTTGGTTTAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACCCTGAACTCTATCAAAACGGCCACGGGCACCCAGCCATTGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289585 AACCCTGAACTCTATCAAAACGGCCACGGGCACCCAGCCATTGCAGCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :
   1079 CACCGGTCACCCAGCCACCCAAGGAGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 289635 CACCGGTCACCCAGCCACCCAAGGAGAGCACA