seq1 = pF1KA0464.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KA0464/gi568815597f_161970178.tfa (gi568815597f:161970178_162457184), 487007 bp

>pF1KA0464 972
>gi568815597f:161970178_162457184 (Chr1)

1-105  (100001-100105)   100% ==
177-270  (317166-317259)   100% ->
271-329  (330471-330529)   100% ->
330-438  (362840-362948)   100% ->
439-580  (373658-373799)   100% ->
581-747  (385010-385176)   100% ->
748-972  (386783-387007)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTAGCAAAACCAAGTACAACCTTGTGGACGATGGGCACGACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTAGCAAAACCAAGTACAACCTTGTGGACGATGGGCACGACCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCCCTTGCACAACGAGGACGCCTTCCAGCACGGCATCTGCTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCCCTTGCACAACGAGGACGCCTTCCAGCACGGCATCTGCTTTGAGG

    100     .
    101 CCAAG
        |||||
 100101 CCAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    177 GTATGAGTTTAAAGCCAAGAACATCAAGAAGAAGAAAGTGAGCATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317166 GTATGAGTTTAAAGCCAAGAACATCAAGAAGAAGAAAGTGAGCATTATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227 TTTCAGTGGATGGAGTGAAAGTGATTCTGAAGAAGAAGAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 317216 TTTCAGTGGATGGAGTGAAAGTGATTCTGAAGAAGAAGAAAAAGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271    AAAAAGGAATGGACGTGGGATGAGAGCAAGATGCTGGTGATGCAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330468 CAGAAAAAGGAATGGACGTGGGATGAGAGCAAGATGCTGGTGATGCAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    318 CCCCATCTACAG         GATCTTCTATGTCTCTCATGATTCCCAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 330518 CCCCATCTACAGGTA...TAGGATCTTCTATGTCTCTCATGATTCCCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359 ACTTGAAGATCTTCAGCTATATCGCTCGAGATGGTGCCAGCAATATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362869 ACTTGAAGATCTTCAGCTATATCGCTCGAGATGGTGCCAGCAATATCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409 AGGTGTAACGTCTTTAAATCCAAGAAGAAG         AGCCAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 362919 AGGTGTAACGTCTTTAAATCCAAGAAGAAGGTA...CAGAGCCAAGCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 GAGAATCGTTCGGACGGTGGGGCAGGCCTTTGAGGTCTGCCACAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373669 GAGAATCGTTCGGACGGTGGGGCAGGCCTTTGAGGTCTGCCACAAGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 GCCTGCAGCACACGCAGCAGAATGCAGATGGCCAGGAAGATGGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373719 GCCTGCAGCACACGCAGCAGAATGCAGATGGCCAGGAAGATGGAGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 GAGAGGAACAGCAACAGCTCAGGAGACCCAG         GCCGCCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 373769 GAGAGGAACAGCAACAGCTCAGGAGACCCAGGTA...CAGGCCGCCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 CACTGGAGCCGAGAGGGCCTCCACGGCCACTGCAGAGGAGACTGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385020 CACTGGAGCCGAGAGGGCCTCCACGGCCACTGCAGAGGAGACTGACATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 ATGCGGTGGAGGTCCCACTTCCAGGGAATGATGTCCTGGAATTCAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385070 ATGCGGTGGAGGTCCCACTTCCAGGGAATGATGTCCTGGAATTCAGCCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 GGTGTGACTGATCTAGATGCTGTAGGGAAGGAAGGAGGCTCTCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385120 GGTGTGACTGATCTAGATGCTGTAGGGAAGGAAGGAGGCTCTCACACAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 CTCCAAG         GTTTCGCACCCCCAGGAGCCCATGCTGACAGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385170 CTCCAAGGTA...CAGGTTTCGCACCCCCAGGAGCCCATGCTGACAGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 CACCCAGGATGCTGCTCCCTTCTTCTTCCTCGAAGCCTCCAGGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386817 CACCCAGGATGCTGCTCCCTTCTTCTTCCTCGAAGCCTCCAGGCCTGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 ACAGAGACACCGCTGTCCACTCACCACCAGATGCAGCTCCTCCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386867 ACAGAGACACCGCTGTCCACTCACCACCAGATGCAGCTCCTCCAGCAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 CCTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGACACAAGTGGCTGTGGCCCAGGTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386917 CCTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGACACAAGTGGCTGTGGCCCAGGTTCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    932 TCAGCCTCCTCCCTACTTCGCAGGCTCCACTCTCATGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386967 TCAGCCTCCTCCCTACTTCGCAGGCTCCACTCTCATGGGCT