seq1 = pF1KA0409.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KA0409/gi568815587r_6500149.tfa (gi568815587r:6500149_6703502), 203354 bp

>pF1KA0409 1368
>gi568815587r:6500149_6703502 (Chr11)

(complement)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-463  (101288-101651)   100% ->
464-917  (101901-102354)   100% ->
918-1047  (102448-102577)   100% ->
1048-1154  (102728-102834)   100% ->
1155-1251  (102921-103017)   100% ->
1252-1368  (103238-103354)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGAAGAGCCTGAGTGGGCCGAGGCGGCCCCAGTAGCCGCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGAAGAGCCTGAGTGGGCCGAGGCGGCCCCAGTAGCCGCGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGCCCGTAATCTCACGACCTCCGCCTGCGGCCTCCTCGCAAAACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 TGGGCCCGTAATCTCACGACCTCCGCCTGCGGCCTCCTCGCAAAACAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GGCTCCAAGCGCCGCCAGCTCTTGGCCACATTACGGGCCCTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGGGCTCCAAGCGCCGCCAGCTCTTGGCCACATTACGGGCCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGCAGCATCTCTTTCCCAGCATCCCCCCAGCCTATGTATAAGTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 GAGGCAGCATCTCTTTCCCAGCATCCCCCCAGCCTATGTATAAGTGACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGGAGGAGGAGGAGGAAAGGAAGAAGAAATGCCCCAAAAAGGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 TGAGGAGGAGGAGGAGGAAAGGAAGAAGAAATGCCCCAAAAAGGCATCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCCAGTGCCTCTGCTGAAGTAGGGAAGAAAGGGAAGAAGAAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101430 TTGCCAGTGCCTCTGCTGAAGTAGGGAAGAAAGGGAAGAAGAAATGTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAACAGGGCCCACCTTGCAGTGACTCTGAGGAAGAAGTAGAAAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 AAACAGGGCCCACCTTGCAGTGACTCTGAGGAAGAAGTAGAAAGGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAATGCCACAAACAGGCTCTTGTTGGCAGTGACTCTGCTGAAGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 GAAATGCCACAAACAGGCTCTTGTTGGCAGTGACTCTGCTGAAGATGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAGAAAGAGGAAATGCCAGAAACATGCCCCTATAAATTCAGCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101580 AAAGAAAGAGGAAATGCCAGAAACATGCCCCTATAAATTCAGCCCAGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGACAATGTTGACCAAACAG         GTCCCAAAGCCTGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101630 CTGGACAATGTTGACCAAACAGGTA...TAGGTCCCAAAGCCTGGAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAGTACTACAAATGATCCACCAAAGCAAAGCCCTGGGTCCACTTCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101920 TAGTACTACAAATGATCCACCAAAGCAAAGCCCTGGGTCCACTTCCCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACCCCCTCATACATTAAGCCGCAAGCAGTGGCGGAACCGGCAAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 AACCCCCTCATACATTAAGCCGCAAGCAGTGGCGGAACCGGCAAAAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGAGAAGATGTAAGAACAAGTTTCAGCCACCTCAGGTGCCAGACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 AAGAGAAGATGTAAGAACAAGTTTCAGCCACCTCAGGTGCCAGACCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCAGCTGAGGCCCCCACAGAGAAGACAGAGGTGTCTCCTGTTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 CCCAGCTGAGGCCCCCACAGAGAAGACAGAGGTGTCTCCTGTTCCCAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGACAGCCATGAGGCTCGGGCAGGGGCTTTGCGAGCCCGCATGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102120 CAGACAGCCATGAGGCTCGGGCAGGGGCTTTGCGAGCCCGCATGGCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CGGCTGGATGGGGCCCGATTTCGCTACCTCAATGAACAGTTGTACTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102170 CGGCTGGATGGGGCCCGATTTCGCTACCTCAATGAACAGTTGTACTCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCCCAGCAGTGCTGCACAGCGTCTCTTCCAGGAAGACCCTGAGGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102220 GCCCAGCAGTGCTGCACAGCGTCTCTTCCAGGAAGACCCTGAGGCTTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTCTCTACCACCGCGGCTTCCAGAGCCAAGTGAAGAAGTGGCCACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102270 TTCTCTACCACCGCGGCTTCCAGAGCCAAGTGAAGAAGTGGCCACTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCAGTGGACCGCATCGCCAGGGATCTTCGCCAGCG         GCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102320 CCAGTGGACCGCATCGCCAGGGATCTTCGCCAGCGGTG...CAGGCCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ATCCCTAGTGGTGGCTGACTTCGGCTGTGGGGATTGCCGCTTGGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 ATCCCTAGTGGTGGCTGACTTCGGCTGTGGGGATTGCCGCTTGGCTTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTATCCGGAACCCTGTGCATTGCTTTGACTTGGCTTCTCTGGACCCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102504 GTATCCGGAACCCTGTGCATTGCTTTGACTTGGCTTCTCTGGACCCTAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTCACTGTGTGTGACATGGCCCAG         GTTCCTCTGGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102554 GTCACTGTGTGTGACATGGCCCAGGTA...CAGGTTCCTCTGGAGGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GTCTGTGGATGTGGCTGTGTTTTGCCTTTCACTGATGGGAACCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102745 GTCTGTGGATGTGGCTGTGTTTTGCCTTTCACTGATGGGAACCAACATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GGGACTTCCTAGAGGAGGCAAATAGAGTACTGAAGCCAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102795 GGGACTTCCTAGAGGAGGCAAATAGAGTACTGAAGCCAGGGTA...CAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGTCTCCTGAAAGTGGCTGAGGTCAGCAGCCGCTTTGAGGATGTTCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 GGTCTCCTGAAAGTGGCTGAGGTCAGCAGCCGCTTTGAGGATGTTCGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTTTCTGCGGGCTGTGACCAAGCTAGGCTTCAAGATTGTCTCCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102972 CTTTCTGCGGGCTGTGACCAAGCTAGGCTTCAAGATTGTCTCCAAGGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252      GACCTGACCAACAGCCATTTCTTCTTGTTTGATTTCCAAAAGACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103022 ..TAGGACCTGACCAACAGCCATTTCTTCTTGTTTGATTTCCAAAAGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGGCCCCCTCTGGTAGGGCCCAAGGCTCAGCTTTCAGGCCTGCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 GGGCCCCCTCTGGTAGGGCCCAAGGCTCAGCTTTCAGGCCTGCAGCTTCA

   1400     .    :    .    :
   1347 GCCATGTCTCTACAAGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||
 103333 GCCATGTCTCTACAAGCGCAGG