seq1 = pF1KA0408.tfa, 2841 bp
seq2 = pF1KA0408/gi568815592r_127373284.tfa (gi568815592r:127373284_127616614), 243331 bp

>pF1KA0408 2841
>gi568815592r:127373284_127616614 (Chr6)

(complement)

1-1101  (100001-101101)   100% ->
1102-1326  (101568-101792)   100% ->
1327-1485  (103566-103724)   100% ->
1486-1557  (133631-133702)   100% ->
1558-2733  (140147-141322)   100% ->
2734-2841  (143224-143331)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCAGCCACCAATCGGGGGCGCTGCCCCTGCCACAGCAGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCAGCCACCAATCGGGGGCGCTGCCCCTGCCACAGCAGCAGCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCGCCGCTGCAGCCACTGAGGCTCGTCTGCACCCGGAGGGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCGCCGCTGCAGCCACTGAGGCTCGTCTGCACCCGGAGGGCAGCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGCAGCAGCGAGCTCAGTCACCCGCTAGACCGAGGGACAGTTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAAGCAGCAGCGAGCTCAGTCACCCGCTAGACCGAGGGACAGTTCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGACAGACAATCGCGGCCACCCGGTCCCCAGTGGGGGCCGGCACTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGACAGACAATCGCGGCCACCCGGTCCCCAGTGGGGGCCGGCACTAAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAATTCTGTTCGGCAGCAGCAGCTGCAGCAGCAGCAACAGCAGGGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAATTCTGTTCGGCAGCAGCAGCTGCAGCAGCAGCAACAGCAGGGTAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGACCGGGAGCCGCACGGGGCCGCCCGCCAGCATCCGAGGAGGCGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGACCGGGAGCCGCACGGGGCCGCCCGCCAGCATCCGAGGAGGCGGAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGGCCGAGAAGGCGACGCCCCTGGCGCCCAAAGGGGCCGCTCCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGGCCGAGAAGGCGACGCCCCTGGCGCCCAAAGGGGCCGCTCCGGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCCAGCCTGTGGCTGGTGCTGAAGCGGCCCCCGCCGCGACCCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCCAGCCTGTGGCTGGTGCTGAAGCGGCCCCCGCCGCGACCCTGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTTGGGCGGCAGGAGGCCCGGACCGCCCGAGGAGCCGCCTCGGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTTGGGCGGCAGGAGGCCCGGACCGCCCGAGGAGCCGCCTCGGGAGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGTCCGTGCCCTCGAAACTCGGGGAACCCCCTCCGCTCGGAGAAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGTCCGTGCCCTCGAAACTCGGGGAACCCCCTCCGCTCGGAGAAGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGAGGGGGCGGGGAAGGAGGAGGAGCCGGCGGCGGCTCCGGGGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGAGGGGGCGGGGAAGGAGGAGGAGCCGGCGGCGGCTCCGGGGAAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGGGGGCGCTCCGCAGCCGCCGCCGCCCAGGGGCTGGCGAGGGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGGGGGCGCTCCGCAGCCGCCGCCGCCCAGGGGCTGGCGAGGGAAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTACGCGCTCAGCAGAGGGGCGGCAGCGGCGGGGAGGGGGCCTCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTACGCGCTCAGCAGAGGGGCGGCAGCGGCGGGGAGGGGGCCTCCCCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCCATCCTCCTCTTCTGCGGGCAAAACCCCAGGAACCGGCAGCAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCATCCTCCTCTTCTGCGGGCAAAACCCCAGGAACCGGCAGCAGAAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGGAAGCGGCGTTGCGGGGGGCGGCAGCGGTGGTGGAGGGAGCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCGGAAGCGGCGTTGCGGGGGGCGGCAGCGGTGGTGGAGGGAGCTACTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAGAAGGATGTCTGCAGTCTGAGCTCATCCAGTTCCATCTCAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAGAAGGATGTCTGCAGTCTGAGCTCATCCAGTTCCATCTCAAGAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCGGGCGGCAGCGGCGGCGGCCGCGGCTCAGATGCACGCTAAGAACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCGGGCGGCAGCGGCGGCGGCCGCGGCTCAGATGCACGCTAAGAACGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCGGCAGCAGTAGCCGCAGCTCCCCGGTGTCTGGCCCCCCTGCCGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCGGCAGCAGTAGCCGCAGCTCCCCGGTGTCTGGCCCCCCTGCCGTTTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGACCCTGGCCGTCGCCTCCGCCTCCCCAATGGCGGCGGCGGCGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGACCCTGGCCGTCGCCTCCGCCTCCCCAATGGCGGCGGCGGCGGAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCCCCAGCAGAGCGCAGAGGGCAGCGCGAGCGGCGGGGGCATGCAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCCCCAGCAGAGCGCAGAGGGCAGCGCGAGCGGCGGGGGCATGCAGGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAGCGCCCCCTTCGTCGCAGCCGCACCCGCAGCAGCTCCAAGAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAGCGCCCCCTTCGTCGCAGCCGCACCCGCAGCAGCTCCAAGAGCAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAAATGCAAGAGGAGATGGAGAAGCTGCGAGAGGAAAACGAGACTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAAATGCAAGAGGAGATGGAGAAGCTGCGAGAGGAAAACGAGACTCTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 G         AACGAGATCGATGAGCTGAGAACCGAGATGGACGAGATGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGTG...CAGAACGAGATCGATGAGCTGAGAACCGAGATGGACGAGATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGGACACTTTCTTCGAGGAGGATGCCTGTCAACTGCAGGAAATGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 GGGACACTTTCTTCGAGGAGGATGCCTGTCAACTGCAGGAAATGCGCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAGTTGGAGAGAGCCAACAAAAACTGCCGGATCCTGCAGTACCGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101658 GAGTTGGAGAGAGCCAACAAAAACTGCCGGATCCTGCAGTACCGCCTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CAAAGCCGAGCGCAAAAGGCTCCGCTACGCCCAGACCGGGGAAATCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101708 CAAAGCCGAGCGCAAAAGGCTCCGCTACGCCCAGACCGGGGAAATCGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GGGAGCTGTTGCGCAGCCTGGAGCAGGACCTCAAG         GTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101758 GGGAGCTGTTGCGCAGCCTGGAGCAGGACCTCAAGGTC...CAGGTTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAGGATGTATCTGTGAGACTTCACCATGAATTAGAAAATGTGGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103572 AAGGATGTATCTGTGAGACTTCACCATGAATTAGAAAATGTGGAAGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GAGAACAACAACAGAAGATGAAAATGAGAAACTGAGGCAACAGCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103622 GAGAACAACAACAGAAGATGAAAATGAGAAACTGAGGCAACAGCTCATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AAGTTGAAATTGCAAAGCAAGCTTTACAGAATGAACTGGAAAAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 AAGTTGAAATTGCAAAGCAAGCTTTACAGAATGAACTGGAAAAAATGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GAG         TTATCCTTAAAAAGAAGAGGAAGCAAAGATTTGCCAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103722 GAGGTT...CAGTTATCCTTAAAAAGAAGAGGAAGCAAAGATTTGCCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 ATCTGAAAAAAAGGCTCAACAGACTCCCACAGAG         GAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 133669 ATCTGAAAAAAAGGCTCAACAGACTCCCACAGAGGTA...GAGGAGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ATGAAGATCTGAAGTGCCAGCTGCAGTTTGTTAAGGAAGAAGCCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140154 ATGAAGATCTGAAGTGCCAGCTGCAGTTTGTTAAGGAAGAAGCCGCTTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ATGAGAAAGAAAATGGCCAAGATTGATAAAGAAAAGGACAGATTTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140204 ATGAGAAAGAAAATGGCCAAGATTGATAAAGAAAAGGACAGATTTGAACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CGAGCTCCAGAAGTACAGATCCTTTTATGGGGATCTGGACAGTCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140254 CGAGCTCCAGAAGTACAGATCCTTTTATGGGGATCTGGACAGTCCTTTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CCAAAGGAGAAGCCGGAGGCCCTCCCAGCACTAGGGAGGCCGAGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140304 CCAAAGGAGAAGCCGGAGGCCCTCCCAGCACTAGGGAGGCCGAGCTCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CTACGGCTAAGGCTGGTGGAGGAAGAAGCCAACATCCTGGGCAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140354 CTACGGCTAAGGCTGGTGGAGGAAGAAGCCAACATCCTGGGCAGGAAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CGTCGAACTGGAGGTGGAGAACAGAGGCCTGAAGGCGGAACTGGACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140404 CGTCGAACTGGAGGTGGAGAACAGAGGCCTGAAGGCGGAACTGGACGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TTAGGGGCGATGACTTCAACGGCTCGGCCAACCCGCTCATGAGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140454 TTAGGGGCGATGACTTCAACGGCTCGGCCAACCCGCTCATGAGGGAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AGCGAATCCCTGTCGGAGCTGCGGCAGCACCTGCAGCTGGTGGAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140504 AGCGAATCCCTGTCGGAGCTGCGGCAGCACCTGCAGCTGGTGGAAGACGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 GACGGAGCTGCTGCGGAGGAACGTGGCCGACCTGGAGGAGCAGAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140554 GACGGAGCTGCTGCGGAGGAACGTGGCCGACCTGGAGGAGCAGAACAAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 GCATCACGGCGGAGCTCAACAAGTACAAGTACAAGTCCGGCGGCCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140604 GCATCACGGCGGAGCTCAACAAGTACAAGTACAAGTCCGGCGGCCACGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 AGCGCGCGGCACCACGACAACGCCAAGACCGAGGCCCTGCAGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140654 AGCGCGCGGCACCACGACAACGCCAAGACCGAGGCCCTGCAGGAGGAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 GAAGGCGGCGCGCCTGCAGATCAACGAGCTCAGCGGCAAGGTCATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140704 GAAGGCGGCGCGCCTGCAGATCAACGAGCTCAGCGGCAAGGTCATGCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 TGCAGTACGAGAACCGCGTGCTTATGTCCAACATGCAGCGCTACGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140754 TGCAGTACGAGAACCGCGTGCTTATGTCCAACATGCAGCGCTACGACCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 GCCTCGCACCTGGGCATCCGCGGCAGCCCCCGCGACAGCGACGCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140804 GCCTCGCACCTGGGCATCCGCGGCAGCCCCCGCGACAGCGACGCCGAGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 CGACGCGGGCAAGAAGGAGAGCGACGACGACTCGCGGCCTCCGCACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140854 CGACGCGGGCAAGAAGGAGAGCGACGACGACTCGCGGCCTCCGCACCGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 AGCGCGAAGGGCCCATCGGCGGCGAGAGCGACTCGGAGGAGGTGCGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140904 AGCGCGAAGGGCCCATCGGCGGCGAGAGCGACTCGGAGGAGGTGCGCAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 ATCCGCTGCCTCACGCCCACTCGCTCCTTCTACCCGGCGCCCGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140954 ATCCGCTGCCTCACGCCCACTCGCTCCTTCTACCCGGCGCCCGGGCCCTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 GCCCAAGAGCTTCTCCGATCGGCAGCAGATGAAGGACATCCGCTCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141004 GCCCAAGAGCTTCTCCGATCGGCAGCAGATGAAGGACATCCGCTCGGAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2465 CCGAGCGCCTGGGCAAGACCATCGACCGGCTCATCGCCGACACGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141054 CCGAGCGCCTGGGCAAGACCATCGACCGGCTCATCGCCGACACGAGCACC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2515 ATCATCACCGAGGCGCGCATCTACGTGGCCAACGGGGACCTGTTCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141104 ATCATCACCGAGGCGCGCATCTACGTGGCCAACGGGGACCTGTTCGGACT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2565 CATGGACGAGGAGGACGACGGCAGCCGCATCCGGGAGCACGAGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141154 CATGGACGAGGAGGACGACGGCAGCCGCATCCGGGAGCACGAGCTGCTCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2615 ACCGCATCAACGCTCAGATGAAGGCCTTCCGCAAGGAGCTGCAGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141204 ACCGCATCAACGCTCAGATGAAGGCCTTCCGCAAGGAGCTGCAGACCTTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2665 ATCGACCGCCTCGAGGTGCCCAAGTCTGCGGACGACCGCGGCGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141254 ATCGACCGCCTCGAGGTGCCCAAGTCTGCGGACGACCGCGGCGCCGAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2715 GCCCATTTCCGTGAGTCAG         ATGTTCCAGCCTATCATTTTAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 141304 GCCCATTTCCGTGAGTCAGGTA...CAGATGTTCCAGCCTATCATTTTAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2756 TTATTCTCATTCTTGTATTATTTTCATCACTTTCTTACACAACAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143246 TTATTCTCATTCTTGTATTATTTTCATCACTTTCTTACACAACAATATTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .
   2806 AAACTTGTCTTCCTTTTTACACTGTTTTTTGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143296 AAACTTGTCTTCCTTTTTACACTGTTTTTTGTACTG