seq1 = pF1KA0267.tfa, 2007 bp
seq2 = pF1KA0267/gi568815575f_135885503.tfa (gi568815575f:135885503_136144721), 259219 bp

>pF1KA0267 2007
>gi568815575f:135885503_136144721 (ChrX)

1-325  (100001-100325)   100% ->
326-429  (109284-109387)   100% ->
430-507  (112606-112683)   100% ->
508-584  (112980-113056)   100% ->
585-697  (113354-113466)   100% ->
698-803  (116606-116711)   100% ->
804-939  (124940-125075)   100% ->
940-1051  (127441-127552)   97% ->
1052-1140  (127847-127935)   100% ->
1141-1254  (131143-131256)   100% ->
1255-1366  (137084-137195)   100% ->
1367-1520  (138828-138981)   100% ->
1521-1551  (144630-144660)   100% ->
1552-1631  (147912-147991)   100% ->
1632-1737  (154574-154679)   100% ->
1738-2007  (158950-159219)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGGCGCGGCTGGCGGCGGGCACCCCTCCGCCGTGGCGTCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGGCGCGGCTGGCGGCGGGCACCCCTCCGCCGTGGCGTCGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCCCCGAGCCCGCAGGCTCATGCGGCCCCTTTGGTTGCTCCTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCCCCGAGCCCGCAGGCTCATGCGGCCCCTTTGGTTGCTCCTCGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCGTCTTTGACTGGGCAGGGGCTTCGGACGGCGGCGGCGGAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCGTCTTTGACTGGGCAGGGGCTTCGGACGGCGGCGGCGGAGAGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGCCATGGACGAGGAGATCGTGTCCGAGAAGCAAGCCGAGGAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGCCATGGACGAGGAGATCGTGTCCGAGAAGCAAGCCGAGGAGAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGGCAGGACAGCGCCAACCTGCTCATCTTCATCCTGCTGCTCACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGGCAGGACAGCGCCAACCTGCTCATCTTCATCCTGCTGCTCACCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATTCTCACAATCTGGCTCTTCAAGCACCGCCGGGCCCGCTTCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATTCTCACAATCTGGCTCTTCAAGCACCGCCGGGCCCGCTTCCTGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAACCGGCCTGGCTATGATTTATG         GTCTTTTGGTGGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100301 GAAACCGGCCTGGCTATGATTTATGGCA...CAGGTCTTTTGGTGGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGCTTCGGTATGGCATTCATGTTCCGAGTGATGTAAATAATGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109300 TGTGCTTCGGTATGGCATTCATGTTCCGAGTGATGTAAATAATGTGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAGCTGTGAAGTGCAGTCAAGTCCAACTACCTTACTG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109350 TGAGCTGTGAAGTGCAGTCAAGTCCAACTACCTTACTGGTA...CAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTTTTGATCCAGAAGTATTTTTCAACATATTACTTCCTCCTATCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112609 ACTTTTGATCCAGAAGTATTTTTCAACATATTACTTCCTCCTATCATATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTATGCAGGTTATAGCCTGAAAAGG         AGACATTTTTTTCGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112659 TTATGCAGGTTATAGCCTGAAAAGGGTA...CAGAGACATTTTTTTCGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCTTGGGTCTATCCTAGCATACGCTTTTCTTGGAACAGCAATTTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112996 ATCTTGGGTCTATCCTAGCATACGCTTTTCTTGGAACAGCAATTTCTTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCGTTATTGG         GTCAATAATGTATGGCTGTGTAACGCTGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113046 TTCGTTATTGGGTA...CAGGTCAATAATGTATGGCTGTGTAACGCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGGTAACGGGACAACTTGCAGGAGATTTTTACTTTACAGATTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113384 GAAGGTAACGGGACAACTTGCAGGAGATTTTTACTTTACAGATTGCCTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTTGGTGCCATTGTATCAGCAACTGATCCAG         TGACTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113434 TGTTTGGTGCCATTGTATCAGCAACTGATCCAGGTA...TAGTGACTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTGCTATATTCCACGAGCTTCAAGTTGATGTTGAACTCTATGCACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116614 CTTGCTATATTCCACGAGCTTCAAGTTGATGTTGAACTCTATGCACTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTTGGTGAAAGTGTCCTCAATGATGCTGTTGCCATAGTGCTGTCCTC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116664 TTTTGGTGAAAGTGTCCTCAATGATGCTGTTGCCATAGTGCTGTCCTCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804        CTCAATAGTGGCATACCAGCCAGCTGGAGACAACAGTCACACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116714 A...TAGCTCAATAGTGGCATACCAGCCAGCTGGAGACAACAGTCACACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGATGTCACAGCGATGTTCAAGTCTATTGGGATCTTCCTTGGAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124983 TTTGATGTCACAGCGATGTTCAAGTCTATTGGGATCTTCCTTGGAATCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGTGGATCTTTTGCAATGGGTGCTGCTACTGGAGTGGTGACA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125033 CAGTGGATCTTTTGCAATGGGTGCTGCTACTGGAGTGGTGACAGCT...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940   GCTTTAGTGACAAAGTTCACCAAATTACGGGAGTTCCAGTTGTTGGAG
        >> |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127439 AGTCTTACGTGACAAAGTTCACCAAATTACGGGAGTTCCAGTTGTTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAGGCCTGTTCTTCTTGATGTCCTGGAGTACCTTCCTCTTGGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127489 ACAGGCCTGTTCTTCTTGATGTCCTGGAGTACCTTCCTCTTGGCTGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATGGGGCTTCACAG         GTGTAGTTGCAGTATTGTTTTGTGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127539 ATGGGGCTTCACAGGTA...TAGGTGTAGTTGCAGTATTGTTTTGTGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCACACAAGCACATTATACGTATAATAATTTGTCCACGGAGTCTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127874 TCACACAAGCACATTATACGTATAATAATTTGTCCACGGAGTCTCAGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGAACTAAACAG         TTGTTTGAGCTTCTCAATTTCTTGGCAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 127924 AGAACTAAACAGGTA...CAGTTGTTTGAGCTTCTCAATTTCTTGGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAATTTCATCTTCTCCTACATGGGGCTGACACTGTTCACCTTCCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131172 GAATTTCATCTTCTCCTACATGGGGCTGACACTGTTCACCTTCCAGAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGTCTTTAACCCAACATTTGTAGTAGGAGCATTT         GTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131222 ATGTCTTTAACCCAACATTTGTAGTAGGAGCATTTGTA...TAGGTTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTTTCTTGGGAAGAGCTGCCAATATTTACCCCTTGTCCCTCTTACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137090 ATTTTCTTGGGAAGAGCTGCCAATATTTACCCCTTGTCCCTCTTACTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTTGGGTAGAAGAAGTAAGATTGGATCAAATTTTCAACACATGATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137140 TTTGGGTAGAAGAAGTAAGATTGGATCAAATTTTCAACACATGATGATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGCTG         GCCTTCGTGGTGCAATGGCATTTGCCTTGGCCATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137190 TTGCTGGTA...TAGGCCTTCGTGGTGCAATGGCATTTGCCTTGGCCATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CGAGATACTGCCACTTATGCACGGCAAATGATGTTCAGCACCACGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138863 CGAGATACTGCCACTTATGCACGGCAAATGATGTTCAGCACCACGCTTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GATTGTGTTTTTTACCGTGTGGGTATTTGGTGGTGGCACCACTGCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138913 GATTGTGTTTTTTACCGTGTGGGTATTTGGTGGTGGCACCACTGCAATGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGTCATGCTTGCATATCAG         GGTTGGTGTTGATTCAGACCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 138963 TGTCATGCTTGCATATCAGGTA...TAGGGTTGGTGTTGATTCAGACCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAACACTTG         GGTGTTCCTGAAAATGAAAGGAGAACTACCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 144652 GAACACTTGGTA...CAGGGTGTTCCTGAAAATGAAAGGAGAACTACCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGCAGAGAGTGCTTGGCTTTTCCGGATGTGGTACAACTTTGATCATAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 147944 AGCAGAGAGTGCTTGGCTTTTCCGGATGTGGTACAACTTTGATCATAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1632        CTATCTGAAGCCTCTGCTGACCCACAGCGGGCCTCCGCTGACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147994 A...CAGCTATCTGAAGCCTCTGCTGACCCACAGCGGGCCTCCGCTGACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACAACACTCCCTGCCTGCTGTGGACCCATCGCCAGGTGCCTCACCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154617 ACAACACTCCCTGCCTGCTGTGGACCCATCGCCAGGTGCCTCACCAGCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCAGGCTTACGAA         AACCAGGAACAGTTGAAAGATGATGATT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 154667 CCAGGCTTACGAAGTA...TAGAACCAGGAACAGTTGAAAGATGATGATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CTGATCTTATTCTCAATGATGGTGACATCAGTTTGACATATGGAGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158978 CTGATCTTATTCTCAATGATGGTGACATCAGTTTGACATATGGAGATTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ACTGTGAACACTGAACCGGCCACATCCAGCGCCCCAAGGAGATTTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159028 ACTGTGAACACTGAACCGGCCACATCCAGCGCCCCAAGGAGATTTATGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAACAGTTCTGAAGATGCCTTGGATCGGGAGCTTGCATTTGGGGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159078 AAACAGTTCTGAAGATGCCTTGGATCGGGAGCTTGCATTTGGGGACCATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AACTGGTCATTCGAGGAACACGCCTGGTTCTTCCAATGGATGATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159128 AACTGGTCATTCGAGGAACACGCCTGGTTCTTCCAATGGATGATTCTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CCCCCGCTAAATTTGTTAGATAATACGAGACATGGTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159178 CCCCCGCTAAATTTGTTAGATAATACGAGACATGGTCCAGCC