seq1 = pF1KA0256.tfa, 3168 bp
seq2 = pF1KA0256/gi568815583r_48892247.tfa (gi568815583r:48892247_49137771), 245525 bp

>pF1KA0256 3168
>gi568815583r:48892247_49137771 (Chr15)

(complement)

1-24  (91473-91496)   100% ->
25-203  (100003-100181)   100% ->
204-528  (102114-102438)   100% ->
529-664  (104672-104807)   100% ->
665-894  (109090-109319)   100% ->
895-919  (109604-109628)   100% ->
920-1035  (110292-110407)   100% ->
1036-1116  (120144-120224)   100% ->
1117-1284  (120757-120924)   100% ->
1285-1426  (121071-121212)   100% ->
1427-1596  (124955-125124)   100% ->
1597-1729  (125909-126041)   100% ->
1730-1892  (128394-128556)   100% ->
1893-2113  (136675-136895)   100% ->
2114-2268  (137785-137939)   100% ->
2269-2488  (141186-141405)   100% ->
2489-3168  (144846-145525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGAGCCCCCACGGAGCAG         AATGTCAAGCTGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  91473 ATGGACCGAGCCCCCACGGAGCAGGTA...AAGAATGTCAAGCTGTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAGGTGGAGCCATTTATTCCCCAGAAGAAGAGTCCTGATACATTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 TGAGGTGGAGCCATTTATTCCCCAGAAGAAGAGTCCTGATACATTTATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCCTATGGCTCTCCCAAATGATAATGGAAGTGTTTCTGGTGTGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 TCCCTATGGCTCTCCCAAATGATAATGGAAGTGTTTCTGGTGTGGAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTCCAATTCCCAGCTACCTGATTACTTGTTACCCATTTGTGCAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 ACTCCAATTCCCAGCTACCTGATTACTTGTTACCCATTTGTGCAGGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGTCCAATAG         ACAGTTTCCTTTATATAACAATGATATAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100170 CCAGTCCAATAGGTA...CAGACAGTTTCCTTTATATAACAATGATATAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GATGGCAACAACCCAATCCAAACCCTACTGGACCATACTTTGCCTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102143 GATGGCAACAACCCAATCCAAACCCTACTGGACCATACTTTGCCTATCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTATATCTGCTCAGCCGCCTGTTTCTACAGAGTATACATATTATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102193 ATTATATCTGCTCAGCCGCCTGTTTCTACAGAGTATACATATTATCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGCCAGCACCATGTGCCCAGGTTATGGGTTTCTATCATCCTTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102243 GATGCCAGCACCATGTGCCCAGGTTATGGGTTTCTATCATCCTTTTCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACCTTACTCCAACACCTTTCAGGCTGCAAATACTGTAAATGCTATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102293 CACCTTACTCCAACACCTTTCAGGCTGCAAATACTGTAAATGCTATCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGAATGCACTGAGCGTCCAAGTCAGCTTGGACAGGTCTTCCCATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 ACAGAATGCACTGAGCGTCCAAGTCAGCTTGGACAGGTCTTCCCATTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCCATCGAAGCAGAAACAGTAACAGAGGATCAGTGGTCCCAAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102393 CAGCCATCGAAGCAGAAACAGTAACAGAGGATCAGTGGTCCCAAAAGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529      CAACAGCTTTTACAACAGCACATAAAAAGCAAAAGGCCGCTGGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102443 ..CAGCAACAGCTTTTACAACAGCACATAAAAAGCAAAAGGCCGCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAAATGTAGCTACTCAGAAAGAAACAAATGCAGCAGGTCCTGATAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104717 AAAAATGTAGCTACTCAGAAAGAAACAAATGCAGCAGGTCCTGATAGTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ATCAAAAATTGTGCTTCTGGTAGATGCTTCACAGCAAACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104767 ATCAAAAATTGTGCTTCTGGTAGATGCTTCACAGCAAACTGGTA...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATTTCCCATCAGATATCGCTAACAAGTCTCTCTCAGAGACCACTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109090 ATTTCCCATCAGATATCGCTAACAAGTCTCTCTCAGAGACCACTGCAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGCTCTGGAAGTCCAAGGGCAGGAGAAGAAGAGCATCCCACCCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109140 ATGCTCTGGAAGTCCAAGGGCAGGAGAAGAAGAGCATCCCACCCTACTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGAATCTTCTAGTGAGCAGGGGGCTAGTGAAGCCGACATTGACAGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109190 TGAATCTTCTAGTGAGCAGGGGGCTAGTGAAGCCGACATTGACAGTGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGGTTACTGCAGTCCCAAACACAGCAACAACCAGCCTGCAGCAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109240 GTGGTTACTGCAGTCCCAAACACAGCAACAACCAGCCTGCAGCAGGGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTGAGAAATCCTGATTCTGGGACCATGAAT         CATGTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109290 TTGAGAAATCCTGATTCTGGGACCATGAATGTA...TAGCATGTGGAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATCTATGTGTGCAG         GTGGTGTAAATTGGTCCAATGTAACTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109615 ATCTATGTGTGCAGGTA...TAGGTGGTGTAAATTGGTCCAATGTAACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCAGGCAACTCAGAAAAAACCTTGGATGGAAAAAAATCAGACATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110319 GCCAGGCAACTCAGAAAAAACCTTGGATGGAAAAAAATCAGACATTTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAGGTGGAAGGCAAACTGAACAAAGAAATAATTCACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110369 AGAGGTGGAAGGCAAACTGAACAAAGAAATAATTCACAGGTA...CAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAAGATGGGTTTCAAGAACTAAATGAGAATGGAAATGCTAAGGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120146 TGAAGATGGGTTTCAAGAACTAAATGAGAATGGAAATGCTAAGGATGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATATTCAACAAAAACTTTCTTCTAAAGTA         TTGGATGATTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120196 ATATTCAACAAAAACTTTCTTCTAAAGTAGTA...TAGTTGGATGATTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCTGAAAACTCACCAATCAATATAGTTCAGACTCCAATTCCTATTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120769 CCTGAAAACTCACCAATCAATATAGTTCAGACTCCAATTCCTATTACCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCAGTTCCCAAACGTGCAAAAAGTCAGAAGAAGAAAGCTTTAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120819 CTCAGTTCCCAAACGTGCAAAAAGTCAGAAGAAGAAAGCTTTAGCAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCTTGCCACAGCTCAAGAGTATTCAGAAATAAGTATGGAGCAAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120869 CCCTTGCCACAGCTCAAGAGTATTCAGAAATAAGTATGGAGCAAAAAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTACAG         GAAGCTTTATCAAAAGCAGCTGGAAAAAAGAATAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120919 TTACAGGTA...TAGGAAGCTTTATCAAAAGCAGCTGGAAAAAAGAATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AACACCTGTGCAGCTAGATTTAGGGGACATGTTAGCTGCTCTGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121106 AACACCTGTGCAGCTAGATTTAGGGGACATGTTAGCTGCTCTGGAAAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AACAGCAAGCAATGAAAGCACGGCAAATTACTAACACCAGACCTCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121156 AACAGCAAGCAATGAAAGCACGGCAAATTACTAACACCAGACCTCTGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TATACAG         TGGTTACTGCAGCTTCTTTTCACACTAAAGACTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121206 TATACAGGTG...TAGTGGTTACTGCAGCTTCTTTTCACACTAAAGACTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TACTAATAGAAAACCTTTAACCAAAAGTCAGCCCTGTTTGACATCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124989 TACTAATAGAAAACCTTTAACCAAAAGTCAGCCCTGTTTGACATCCTTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ATTCTGTGGACATTGCTTCTTCTAAAGCAAAAAAAGGAAAAGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125039 ATTCTGTGGACATTGCTTCTTCTAAAGCAAAAAAAGGAAAAGAGAAGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATTGCAAAACTAAAACGACCCACAGCACTTAAAAAG         GTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125089 ATTGCAAAACTAAAACGACCCACAGCACTTAAAAAGGTA...TAGGTTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTTAAAAGAAAGAGAGGAAAAGAAGGGGCGCTTAACTGTGGACCACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125914 TTTAAAAGAAAGAGAGGAAAAGAAGGGGCGCTTAACTGTGGACCACAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTTTGGGATCCGAGGAACCAACAGAAATGCACTTAGATTTTATTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125964 TTTTGGGATCCGAGGAACCAACAGAAATGCACTTAGATTTTATTGATGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTGCCACAGGAGATTGTTTCCCAGGAAG         ATACTGGACTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126014 TTGCCACAGGAGATTGTTTCCCAGGAAGGTA...CAGATACTGGACTAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CATGCCCAGTGATACTTCACTCTCTCCAGCAAGTCAGAACTCTCCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128407 CATGCCCAGTGATACTTCACTCTCTCCAGCAAGTCAGAACTCTCCATACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTATGACACCTGTGTCACAAGGCTCTCCTGCTAGTTCTGGAATAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128457 GTATGACACCTGTGTCACAAGGCTCTCCTGCTAGTTCTGGAATAGGCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CCAATGGCATCTTCAACAATAACCAAAATCCACAGCAAAAGATTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128507 CCAATGGCATCTTCAACAATAACCAAAATCCACAGCAAAAGATTTAGAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893          GTATTGTAATCAGGTTCTTTGTAAAGAGATTGATGAATGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128557 GTA...CAGGTATTGTAATCAGGTTCTTTGTAAAGAGATTGATGAATGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGACTCTTCTTCTCCAAGAGCTTGTCAGTTTCCAGGAACGCATCTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136716 TGACTCTTCTTCTCCAAGAGCTTGTCAGTTTCCAGGAACGCATCTACCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAAGATCCTGTAAGAGCAAAAGCAAGGAGACGACTCGTTATGGGTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136766 AAAGATCCTGTAAGAGCAAAAGCAAGGAGACGACTCGTTATGGGTCTAAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGAAGTTACCAAACATATGAAGTTAAACAAGATCAAGTGTGTTATAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136816 AGAAGTTACCAAACATATGAAGTTAAACAAGATCAAGTGTGTTATAATTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CTCCAAACTGTGAAAAAATCCAGTCAAAAG         GTGGTCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 136866 CTCCAAACTGTGAAAAAATCCAGTCAAAAGGTA...CAGGTGGTCTGGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GAGGCTCTCTATAATGTTATAGCCATGGCACGGGAACAAGAAATTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137796 GAGGCTCTCTATAATGTTATAGCCATGGCACGGGAACAAGAAATTCCTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TGTGTTTGCCCTTGGAAGGAAAGCTCTAGGACGCTGTGTGAACAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137846 TGTGTTTGCCCTTGGAAGGAAAGCTCTAGGACGCTGTGTGAACAAGCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TTCCTGTTAGCGTAGTGGGAATCTTCAACTACTTTGGTGCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 137896 TTCCTGTTAGCGTAGTGGGAATCTTCAACTACTTTGGTGCTGAGGTA...

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2269    AGCCTGTTTAATAAATTAGTAGAACTCACTGAGGAGGCCAGGAAAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141183 CAGAGCCTGTTTAATAAATTAGTAGAACTCACTGAGGAGGCCAGGAAAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 ATATAAAGATATGGTTGCAGCAATGGAACAGGAGCAGGCTGAGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141233 ATATAAAGATATGGTTGCAGCAATGGAACAGGAGCAGGCTGAGGAAGCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 TAAAGAATGTGAAGAAGGTACCACACCACATGGGACATTCTCGGAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141283 TAAAGAATGTGAAGAAGGTACCACACCACATGGGACATTCTCGGAATCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TCTGCAGCAAGTGCCATTTCTTTCTGCAGTGTTATTTCTGAACCGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141333 TCTGCAGCAAGTGCCATTTCTTTCTGCAGTGTTATTTCTGAACCGATCTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TGAAGTAAATGAAAAGGAATATG         AAACAAATTGGAGAAACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 141383 TGAAGTAAATGAAAAGGAATATGGTA...TAGAAACAAATTGGAGAAACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 TGGTGGAAACTTCAGATGGACTGGAAGCATCAGAAAATGAGAAAGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144864 TGGTGGAAACTTCAGATGGACTGGAAGCATCAGAAAATGAGAAAGAGGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TCCTGTAAGCACAGCACTTCTGAAAAACCCAGTAAACTTCCATTTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144914 TCCTGTAAGCACAGCACTTCTGAAAAACCCAGTAAACTTCCATTTGACAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 ACCCCCAATTGGTAAGCAGCCATCATTAGTGGCTACAGGCAGTACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144964 ACCCCCAATTGGTAAGCAGCCATCATTAGTGGCTACAGGCAGTACTACCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CAGCTACAAGTGCTGGGAAATCCACAGCAAGTGATAAAGAGGAAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145014 CAGCTACAAGTGCTGGGAAATCCACAGCAAGTGATAAAGAGGAAGTGAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 CCAGATGACCTGGAATGGGCCTCACAGCAGAGTACAGAGACTGGCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145064 CCAGATGACCTGGAATGGGCCTCACAGCAGAGTACAGAGACTGGCTCTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 GGATGGCAGTTGCCGAGATCTTTTGAATTCCTCCATCACCAGCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145114 GGATGGCAGTTGCCGAGATCTTTTGAATTCCTCCATCACCAGCACCACCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 GCACTCTTGTACCTGGCATGCTTGAAGAAGAAGAAGATGAAGATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145164 GCACTCTTGTACCTGGCATGCTTGAAGAAGAAGAAGATGAAGATGAGGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 GAGGAGGAAGATTATACTCATGAACCCATATCTGTAGAAGTGCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145214 GAGGAGGAAGATTATACTCATGAACCCATATCTGTAGAAGTGCAGCTCAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 TAGTAGAATTGAGTCTTGGGTCTCAGAGACCCAGAGAACTATGGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145264 TAGTAGAATTGAGTCTTGGGTCTCAGAGACCCAGAGAACTATGGAAACCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2957 TTCAGCTTGGAAAAACCCTTAATGGTTCTGAGGAAGACAATGTAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145314 TTCAGCTTGGAAAAACCCTTAATGGTTCTGAGGAAGACAATGTAGAGCAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3007 AGTGGAGAAGAGGAAGCAGAGGCGCCTGAGGTGCTGGAGCCAGGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145364 AGTGGAGAAGAGGAAGCAGAGGCGCCTGAGGTGCTGGAGCCAGGGATGGA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3057 CAGTGAGGCATGGACTGCTGACCAGCAGGCCAGTCCTGGGCAGCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145414 CAGTGAGGCATGGACTGCTGACCAGCAGGCCAGTCCTGGGCAGCAGAAGT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3107 CCAGCAACTGCAGCTCGCTCAACAAAGAGCACTCTGATTCTAATTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145464 CCAGCAACTGCAGCTCGCTCAACAAAGAGCACTCTGATTCTAATTACACA

   3300     .    :
   3157 ACGCAAACTACG
        ||||||||||||
 145514 ACGCAAACTACG