seq1 = pF1KA0231.tfa, 2409 bp
seq2 = pF1KA0231/gi568815597f_89482651.tfa (gi568815597f:89482651_89693040), 210390 bp

>pF1KA0231 2409
>gi568815597f:89482651_89693040 (Chr1)

1-2139  (100001-102139)   100% ->
2140-2409  (110121-110390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTACACTAACTGAGCTAAAATGCTTAGCAGATGCCCAGTCATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTACACTAACTGAGCTAAAATGCTTAGCAGATGCCCAGTCATCTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACATCTTAAAACCATGGTGGGACGTCTTCTGGTATTACATCACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACATCTTAAAACCATGGTGGGACGTCTTCTGGTATTACATCACACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATGCTGCTGGTGGCCGTGCTGGCCGGAGCTCTCCAGCTGACGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATGCTGCTGGTGGCCGTGCTGGCCGGAGCTCTCCAGCTGACGCAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGTTCTGTGCTGTCTTCCATGCAAAGTGGAATTTGACAATCACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGGTTCTGTGCTGTCTTCCATGCAAAGTGGAATTTGACAATCACTGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGCCTTGGGACATCCTGAAAGCCAGCATGAACACATCCTCTAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTGCCTTGGGACATCCTGAAAGCCAGCATGAACACATCCTCTAATCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGACACCGCTTCCGCTCCCCCTCCGAATTCAGAATGACCTCCACCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGACACCGCTTCCGCTCCCCCTCCGAATTCAGAATGACCTCCACCGACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTACTCCTATATTGATGCCGTCTGTTACGAGAAACAGCTCCATTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTACTCCTATATTGATGCCGTCTGTTACGAGAAACAGCTCCATTGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCAAAGTTTTTCCCCTATCTGGTGCTCTTGCACACGCTCATCTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCAAAGTTTTTCCCCTATCTGGTGCTCTTGCACACGCTCATCTTTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTGCAGCAACTTTTGGCTTCACTACCCCAGTACCAGTTCCAGGCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTGCAGCAACTTTTGGCTTCACTACCCCAGTACCAGTTCCAGGCTCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CATTTTGTGGCCATCCTTCACAAGTGCTTCGATTCTCCATGGACCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CATTTTGTGGCCATCCTTCACAAGTGCTTCGATTCTCCATGGACCACCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCCCTTTCAGAAACAGTGGCTGAGCAGTCAGTGAGGCCTCTGAAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCCCTTTCAGAAACAGTGGCTGAGCAGTCAGTGAGGCCTCTGAAACTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAAGTCCAAGATTTTGCTTTCGTCCTCAGGGTGTTCAGCTGACATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAAGTCCAAGATTTTGCTTTCGTCCTCAGGGTGTTCAGCTGACATAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCGGCAAACAGTCATTGCCCTACCCACAGCCAGGTTTGGAGTCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCGGCAAACAGTCATTGCCCTACCCACAGCCAGGTTTGGAGTCAGCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATAGAAAGCCCAACTTCCAGTGTCCTGGACAAGAAGGAGGGTGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATAGAAAGCCCAACTTCCAGTGTCCTGGACAAGAAGGAGGGTGAACAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAAGCCATCTTTGAAAAAGTGAAAAGATTCCGCATGCATGTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAAGCCATCTTTGAAAAAGTGAAAAGATTCCGCATGCATGTGGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGGACATCATTTATAGAGTATATCTGAAACAGATAATAGTCAAAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGGACATCATTTATAGAGTATATCTGAAACAGATAATAGTCAAAGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTTGTTTGTGCTCATCATAACTTATGTTCCATATTTTTTAACCCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTTGTTTGTGCTCATCATAACTTATGTTCCATATTTTTTAACCCACATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTCTTGAAATCGACTGTTCAGTTGATGTGCAGGCTTTTACAGGATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTCTTGAAATCGACTGTTCAGTTGATGTGCAGGCTTTTACAGGATATAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGCTACCAGTGTGTCTATTCCTTGGCAGAAATCTTTAAGGTCCTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGCTACCAGTGTGTCTATTCCTTGGCAGAAATCTTTAAGGTCCTGGCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATTTTATGTCATTTTGGTTATACTTTATGGTCTGACCTCTTCCTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATTTTATGTCATTTTGGTTATACTTTATGGTCTGACCTCTTCCTACAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGTGGTGGATGCTGAGGAGTTCCCTGAAGCAATATTCCTTTGAGGCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGTGGTGGATGCTGAGGAGTTCCCTGAAGCAATATTCCTTTGAGGCGTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGAGAAAAAAGCAACTACAGTGACATCCCTGATGTCAAGAATGACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGAGAAAAAAGCAACTACAGTGACATCCCTGATGTCAAGAATGACTTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTCATCCTTCATCTGGCTGATCAGTATGATCCTCTTTATTCCAAACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTCATCCTTCATCTGGCTGATCAGTATGATCCTCTTTATTCCAAACGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCTCCATATTCCTATCAGAGGTCAGTGAGAACAAACTGAAACAGATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCTCCATATTCCTATCAGAGGTCAGTGAGAACAAACTGAAACAGATCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTCAATAATGAATGGACAGTTGAGAAACTGAAAAGTAAGCTTGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTCAATAATGAATGGACAGTTGAGAAACTGAAAAGTAAGCTTGTGAAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGCCCAGGACAAGATAGAACTGCATCTTTTTATGCTCAACGGTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGCCCAGGACAAGATAGAACTGCATCTTTTTATGCTCAACGGTCTTCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACAATGTCTTTGAGTTAACTGAAATGGAAGTGCTAAGCCTGGAGCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACAATGTCTTTGAGTTAACTGAAATGGAAGTGCTAAGCCTGGAGCTTATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCAGAGGTGAAGCTGCCCTCTGCAGTCTCACAGCTGGTCAACCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CCAGAGGTGAAGCTGCCCTCTGCAGTCTCACAGCTGGTCAACCTCAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCTTCGTGTGTACCATTCATCTCTGGTCGTAGACCATCCTGCACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCTTCGTGTGTACCATTCATCTCTGGTCGTAGACCATCCTGCACTGGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TTCTAGAGGAGAATTTAAAAATCCTCCGCCTGAAATTTACTGAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TTCTAGAGGAGAATTTAAAAATCCTCCGCCTGAAATTTACTGAAATGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AAAATCCCACGCTGGGTATTTCACCTCAAGAATCTCAAGGAACTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AAAATCCCACGCTGGGTATTTCACCTCAAGAATCTCAAGGAACTTTATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TTCGGGCTGTGTTCTCCCTGAACAGTTGAGTACTATGCAGTTGGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TTCGGGCTGTGTTCTCCCTGAACAGTTGAGTACTATGCAGTTGGAGGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TTCAGGACTTAAAAAATCTAAGGACCCTGTACTTGAAGAGCAGCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TTCAGGACTTAAAAAATCTAAGGACCCTGTACTTGAAGAGCAGCCTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CGGATCCCACAAGTTGTTACAGACCTCCTGCCTTCATTGCAGAAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CGGATCCCACAAGTTGTTACAGACCTCCTGCCTTCATTGCAGAAACTGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CCTTGATAATGAGGGAAGCAAACTGGTTGTGTTGAACAACTTGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CCTTGATAATGAGGGAAGCAAACTGGTTGTGTTGAACAACTTGAAAAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TGGTCAATCTGAAAAGCCTAGAACTGATCAGCTGTGACCTGGAACGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TGGTCAATCTGAAAAGCCTAGAACTGATCAGCTGTGACCTGGAACGCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CCACATTCCATTTTCAGCCTGAATAATTTGCATGAGTTAGACCTAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CCACATTCCATTTTCAGCCTGAATAATTTGCATGAGTTAGACCTAAGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 AAATAACCTTAAAACTGTGGAAGAGATCATTAGCTTTCAGCATCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 AAATAACCTTAAAACTGTGGAAGAGATCATTAGCTTTCAGCATCTTCAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 ATCTTTCCTGCTTAAAGTTGTGGCACAATAACATTGCTTATATTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 ATCTTTCCTGCTTAAAGTTGTGGCACAATAACATTGCTTATATTCCTGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CAGATTGGGGCATTATCTAACCTAGAGCAGCTCTCTTTGGACCATAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CAGATTGGGGCATTATCTAACCTAGAGCAGCTCTCTTTGGACCATAATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 TATTGAGAATCTGCCCTTGCAGCTTTTCCTATGCACTAAACTACATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 TATTGAGAATCTGCCCTTGCAGCTTTTCCTATGCACTAAACTACATTATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 TGGATCTAAGCTATAACCACTTGACCTTCATTCCAGAAGAAATCCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 TGGATCTAAGCTATAACCACTTGACCTTCATTCCAGAAGAAATCCAGTAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CTGAGTAATTTGCAGTACTTTGCTGTGACCAACAACAAT         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102101 CTGAGTAATTTGCAGTACTTTGCTGTGACCAACAACAATGTA...CAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 TGAGATGCTACCAGATGGGCTGTTTCAGTGCAAAAAGCTGCAGTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110123 TGAGATGCTACCAGATGGGCTGTTTCAGTGCAAAAAGCTGCAGTGTTTAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 TTTTGGGGAAAAATAGCTTGATGAATTTGTCCCCTCATGTGGGTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110173 TTTTGGGGAAAAATAGCTTGATGAATTTGTCCCCTCATGTGGGTGAGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 TCAAACCTTACTCATCTGGAGCTCATTGGTAATTACCTGGAAACACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110223 TCAAACCTTACTCATCTGGAGCTCATTGGTAATTACCTGGAAACACTTCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 TCCTGAACTAGAAGGATGTCAGTCCCTAAAACGGAACTGTCTGATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110273 TCCTGAACTAGAAGGATGTCAGTCCCTAAAACGGAACTGTCTGATTGTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 AGGAGAACTTGCTCAATACTCTTCCTCTCCCTGTAACAGAACGTTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110323 AGGAGAACTTGCTCAATACTCTTCCTCTCCCTGTAACAGAACGTTTACAG

   2400     .    :    .
   2392 ACGTGCTTAGACAAATGT
        ||||||||||||||||||
 110373 ACGTGCTTAGACAAATGT