seq1 = pF1KA0131.tfa, 2838 bp
seq2 = pF1KA0131/gi568815575r_153807732.tfa (gi568815575r:153807732_154026202), 218471 bp

>pF1KA0131 2838
>gi568815575r:153807732_154026202 (ChrX)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-272  (104394-104598)   100% ->
273-435  (104676-104838)   100% ->
436-498  (105044-105106)   100% ->
499-681  (105395-105577)   100% ->
682-810  (106920-107048)   100% ->
811-1032  (107150-107371)   100% ->
1033-1134  (112324-112425)   100% ->
1135-1326  (112603-112794)   100% ->
1327-1411  (112901-112985)   100% ->
1412-1439  (113152-113179)   100% ->
1440-1542  (113401-113503)   100% ->
1543-1603  (115014-115074)   100% ->
1604-1681  (115204-115281)   100% ->
1682-1816  (115369-115503)   99% ->
1817-1922  (115592-115697)   100% ->
1923-2156  (115799-116032)   100% ->
2157-2230  (116118-116191)   100% ->
2231-2414  (116279-116462)   100% ->
2415-2507  (116668-116760)   100% ->
2508-2607  (117034-117133)   100% ->
2608-2838  (118241-118471)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTCACGGGAAGCTGCGGCGGGAGCGGGGGCTGCAGGCTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCTCACGGGAAGCTGCGGCGGGAGCGGGGGCTGCAGGCTGAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGACGCAAGTCAAAG         AGATGCGCTGGCAGCTGAGCGAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGACGCAAGTCAAAGGTG...CAGAGATGCGCTGGCAGCTGAGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTGCGCTGCCTGGAGCTGCAGGGCGAGCTGCGGCGGGAGTTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104418 AGCTGCGCTGCCTGGAGCTGCAGGGCGAGCTGCGGCGGGAGTTGCTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGGCAGAGTTCATGCGGCGCCGCGCTGAGGTGGAGCTGGAATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104468 GAGCTGGCAGAGTTCATGCGGCGCCGCGCTGAGGTGGAGCTGGAATACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGGGCCTGGAAAAGCTGGCCGAGCGCTTCTCCAGCCGTGGAGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104518 CCGGGGCCTGGAAAAGCTGGCCGAGCGCTTCTCCAGCCGTGGAGGCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGGAGCAGCCGGGAGCACCAAAGCTTCCG         GAAGGAGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104568 TGGGGAGCAGCCGGGAGCACCAAAGCTTCCGGTA...CAGGAAGGAGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCTCCTGTCGCCCTTGCACTGCTGGGCGGTGCTGCTGCAGCACACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104686 TCCCTCCTGTCGCCCTTGCACTGCTGGGCGGTGCTGCTGCAGCACACGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCAGAGCCGGGAGAGCGCGGCCCTGAGTGAGGTGCTGGCCGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104736 GCAGCAGAGCCGGGAGAGCGCGGCCCTGAGTGAGGTGCTGGCCGGGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCCCAGCGCCTGAGTCACATTGCAGAGGACGTGGGGCGCCTGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104786 TGGCCCAGCGCCTGAGTCACATTGCAGAGGACGTGGGGCGCCTGGTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAG         AGCAGGGATCTGGAGCAGCAGCTGCAGGATGAGCTCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104836 AAGGTG...TAGAGCAGGGATCTGGAGCAGCAGCTGCAGGATGAGCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGTGGTCTCAGAGCTCCAGACG         GCCAAGAAGACGTACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105082 GGAGGTGGTCTCAGAGCTCCAGACGGTG...CAGGCCAAGAAGACGTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGCATATCACATGGAGAGCGTGAATGCCGAGGCCAAGCTCCGGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105411 AGGCATATCACATGGAGAGCGTGAATGCCGAGGCCAAGCTCCGGGAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCGGCAGGAGGAGAAGCGGGCAGGCCGGAGTGTCCCCACCACCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105461 GAGCGGCAGGAGGAGAAGCGGGCAGGCCGGAGTGTCCCCACCACCACCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGTGCCACTGAGGCAGGGCCCCTCCGCAAGAGCTCCCTCAAGAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105511 TGGTGCCACTGAGGCAGGGCCCCTCCGCAAGAGCTCCCTCAAGAAGGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGAGGCTGGTGGAGAAG         CGGCAGGCCAAGTTCATGGAGCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105561 GGAGGCTGGTGGAGAAGGTG...TAGCGGCAGGCCAAGTTCATGGAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAACTCAAGTGCACAAAGGCGCGCAACGAGTACCTGCTTAGCCTGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106944 AAACTCAAGTGCACAAAGGCGCGCAACGAGTACCTGCTTAGCCTGGCTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTCAACGCTGCTGTCAGTAACTACTACCTGCATGACGTCTTGGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106994 TGTCAACGCTGCTGTCAGTAACTACTACCTGCATGACGTCTTGGACCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGAC         TGCTGTGACACAGGGTTCCACCTGGCCCTGGGGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107044 TGGACGTG...CAGTGCTGTGACACAGGGTTCCACCTGGCCCTGGGGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGCTCCGGAGCTACACGGCCGCTGAGAGCCGCACCCAAGCCTCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107186 GTGCTCCGGAGCTACACGGCCGCTGAGAGCCGCACCCAAGCCTCCCAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCAGGGCCTGGGCAGCCTGGAAGAAGCTGTGGAGGCCCTGGATCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107236 GCAGGGCCTGGGCAGCCTGGAAGAAGCTGTGGAGGCCCTGGATCCTCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGACAAAGCCAAGGTTCTCGAGGTGCATGCTACCGTCTTCTGTCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107286 GGGACAAAGCCAAGGTTCTCGAGGTGCATGCTACCGTCTTCTGTCCCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCGCTTTGACTACCACCCCCATGATGGGGATGAG         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107336 CTGCGCTTTGACTACCACCCCCATGATGGGGATGAGGTG...CAGGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGATCTGCGTTGAAATGGAGCTGCGGGACGAGATTCTGCCCAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112329 TGAGATCTGCGTTGAAATGGAGCTGCGGGACGAGATTCTGCCCAGAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGAACATCCAGAGCCGCCTGGACCGACAGACCATTGAGACAGAGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112379 AGAACATCCAGAGCCGCCTGGACCGACAGACCATTGAGACAGAGGAGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135       GTGAACAAGACTCTGAAGGCGACACTGCAGGCCCTGCTGGAGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112429 ...CAGGTGAACAAGACTCTGAAGGCGACACTGCAGGCCCTGCTGGAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGTGGCCTCGGATGACGGGGATGTGCTTGATTCCTTCCAGACCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112647 GGTGGCCTCGGATGACGGGGATGTGCTTGATTCCTTCCAGACCAGCCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCACCGAGTCCCTCAAGTCCACCAGCTCAGACCCAGGCAGCCGGCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112697 CCACCGAGTCCCTCAAGTCCACCAGCTCAGACCCAGGCAGCCGGCAGGCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCCGGAGGCGCGGCCAGCAGCAGGAGACCGAAACCTTCTACCTCACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112747 GGCCGGAGGCGCGGCCAGCAGCAGGAGACCGAAACCTTCTACCTCACGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327        AAGCTCCAGGAGTATCTGAGTGGACGGAGCATCCTCGCCAAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112797 G...CAGAAGCTCCAGGAGTATCTGAGTGGACGGAGCATCCTCGCCAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGCAGGCCAAGCACGAGAAGCTGCAGGAGGCCCTTCAGCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112944 TGCAGGCCAAGCACGAGAAGCTGCAGGAGGCCCTTCAGCGAGGTG...CA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1412  GTGACAAGGAGGAGCAGGAGGTGTCTTG         GACCCAGTACAC
        >||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113151 GGTGACAAGGAGGAGCAGGAGGTGTCTTGGTG...CAGGACCCAGTACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACAGAGAAAATTCCAGAAGAGCCGCCAGCCCCGCCCCAGCTCCCAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113413 ACAGAGAAAATTCCAGAAGAGCCGCCAGCCCCGCCCCAGCTCCCAGTATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACCAGAGACTCTTTGGGGGAGACATGGAGAAGTTTATCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113463 ACCAGAGACTCTTTGGGGGAGACATGGAGAAGTTTATCCAGGTA...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGCTCAGGCCAGCCTGTGCCCCTGGTGGTGGAGAGCTGCATTCGCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115014 AGCTCAGGCCAGCCTGTGCCCCTGGTGGTGGAGAGCTGCATTCGCTTCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAACCTCAATG         GCCTGCAGCATGAAGGCATCTTCCGGGTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115064 CAACCTCAATGGTA...CAGGCCTGCAGCATGAAGGCATCTTCCGGGTAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CGGGTGCCCAGCTCCGGGTCTCAGAGATCCGTGATGCCTTCGAGAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115234 CGGGTGCCCAGCTCCGGGTCTCAGAGATCCGTGATGCCTTCGAGAGAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682        GGGAGGACCCACTGGTGGAGGGCTGCACTGCCCACGACCTGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 115284 G...CAGGGGAGGACCCACTGGTGGAGGGCTGCACTGCCCATGACCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTCGGTGGCCGGGGTGCTGAAGCTCTACTTCCGGAGCCTGGAGCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115412 CTCGGTGGCCGGGGTGCTGAAGCTCTACTTCCGGAGCCTGGAGCCCCCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCTTCCCCCCAGACCTGTTCGGCGAGCTGCTGGCTTCTTCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115462 TCTTCCCCCCAGACCTGTTCGGCGAGCTGCTGGCTTCTTCGGGTG...CA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1817  AGCTGGAGGCCACAGCGGAGAGGGTGGAGCACGTGAGCCGCCTGCTGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115591 GAGCTGGAGGCCACAGCGGAGAGGGTGGAGCACGTGAGCCGCCTGCTGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCGGCTGCCCGCGCCGGTGCTGGTGGTTCTGCGCTACCTCTTCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115641 GCGGCTGCCCGCGCCGGTGCTGGTGGTTCTGCGCTACCTCTTCACCTTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TCAACCA         CCTGGCCCAGTACAGCGATGAGAACATGATGGAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115691 TCAACCAGTG...CAGCCTGGCCCAGTACAGCGATGAGAACATGATGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CCCTACAACCTGGCCGTGTGCTTCGGGCCCACGCTGCTACCGGTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115833 CCCTACAACCTGGCCGTGTGCTTCGGGCCCACGCTGCTACCGGTGCCCGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TGGGCAGGACCCGGTGGCGCTGCAGGGCCGGGTGAACCAGCTGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115883 TGGGCAGGACCCGGTGGCGCTGCAGGGCCGGGTGAACCAGCTGGTGCAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CGCTCATAGTGCAGCCCGATCGGGTCTTCCCGCCCCTGACCTCGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115933 CGCTCATAGTGCAGCCCGATCGGGTCTTCCCGCCCCTGACCTCGCTGCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGCCCCGTCTACGAGAAGTGCATGGCACCGCCTTCCGCCAGCTGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115983 GGCCCCGTCTACGAGAAGTGCATGGCACCGCCTTCCGCCAGCTGCCTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157          GGACGCCCAGCTGGAGAGCCTGGGGGCGGACAATGAGCCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116033 GTA...CAGGGACGCCCAGCTGGAGAGCCTGGGGGCGGACAATGAGCCGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGCTGGAAGCCGAGATGCCCGCACAGGAGGATG         ACCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116159 AGCTGGAAGCCGAGATGCCCGCACAGGAGGATGGTG...CAGACCTGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GGGGTCGTGGAGGCTGTGGCCTGCTTTGCCTACACGGGCCGCACAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116287 GGGGTCGTGGAGGCTGTGGCCTGCTTTGCCTACACGGGCCGCACAGCCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GGAGCTGAGCTTCCGGCGGGGGGACGTACTGCGGCTGCACGAGAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116337 GGAGCTGAGCTTCCGGCGGGGGGACGTACTGCGGCTGCACGAGAGGGCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CGAGCGACTGGTGGCGGGGGGAGCACAACGGCATGCGGGGCCTCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116387 CGAGCGACTGGTGGCGGGGGGAGCACAACGGCATGCGGGGCCTCATCCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CACAAGTATATCACGCTGCCCGCCGG         GACGGAGAAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116437 CACAAGTATATCACGCTGCCCGCCGGGTG...CAGGACGGAGAAGCAGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GGTGGGCGCAGGGCTGCAGACTGCAGGGGAGTCTGGGAGCAGTCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116683 GGTGGGCGCAGGGCTGCAGACTGCAGGGGAGTCTGGGAGCAGTCCCGAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 GCCTCCTGGCATCGGAGCTGGTCCACCG         GCCAGAGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116733 GCCTCCTGGCATCGGAGCTGGTCCACCGGTG...CAGGCCAGAGCCATGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 ACCTCACCTGAGGCCATGGGACCCTCTGGACACAGACGACGCTGCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117047 ACCTCACCTGAGGCCATGGGACCCTCTGGACACAGACGACGCTGCTTGGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 CCCAGCCTCCCCAGAGCAACACGTGGAGGTGGATAAG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117097 CCCAGCCTCCCCAGAGCAACACGTGGAGGTGGATAAGGTG...TAGGCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 TGGCACAGAACATGGACTCTGTGTTTAAGGAGCTCTTGGGAAAGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118245 TGGCACAGAACATGGACTCTGTGTTTAAGGAGCTCTTGGGAAAGACCTCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GTCCGCCAGGGCCTTGGGCCAGCATCTACCACCTCTCCCAGTCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118295 GTCCGCCAGGGCCTTGGGCCAGCATCTACCACCTCTCCCAGTCCTGGGCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 CCGAAGCCCAAAGGCCCCGCCCAGCAGCCGCCTGGGCAGGAACAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118345 CCGAAGCCCAAAGGCCCCGCCCAGCAGCCGCCTGGGCAGGAACAAAGGCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 TCTCCCGGGGCCCTGGGGCCCCAGCCTCACCCTCAGCTTCCCACCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118395 TCTCCCGGGGCCCTGGGGCCCCAGCCTCACCCTCAGCTTCCCACCCCCAG

   3000     .    :    .    :    .
   2812 GGCCTAGACACGACCCCCAAGCCACAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 118445 GGCCTAGACACGACCCCCAAGCCACAC