seq1 = pF1KA0116.tfa, 873 bp
seq2 = pF1KA0116/gi568815595f_44876278.tfa (gi568815595f:44876278_45111336), 235059 bp

>pF1KA0116 873
>gi568815595f:44876278_45111336 (Chr3)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-159  (112863-112964)   100% ->
160-254  (113273-113367)   100% ->
255-420  (120810-120975)   100% ->
421-491  (125261-125331)   100% ->
492-615  (129014-129137)   100% ->
616-771  (131143-131298)   100% ->
772-873  (134958-135059)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCGTGACGCTGAGCGAGGCGGAGAAGGTGTACATCGTGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCGTGACGCTGAGCGAGGCGGAGAAGGTGTACATCGTGCATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCCAG         GAAGACCTCCGTGTGGATGGCCGTGGCTGTGAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCCAGGTA...TAGGAAGACCTCCGTGTGGATGGCCGTGGCTGTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTACCGATGTGTCGAAGTGGAAACTGATGTGGTGTCCAACACTAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112897 ACTACCGATGTGTCGAAGTGGAAACTGATGTGGTGTCCAACACTAGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCGCCAGGGTCAAGCTG         GGTCACACAGACATCTTGGTGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112947 TCCGCCAGGGTCAAGCTGGTG...CAGGGTCACACAGACATCTTGGTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTGAAAGCAGAAATGGGGACGCCGAAGCTGGAGAAACCAAATGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113296 AGTGAAAGCAGAAATGGGGACGCCGAAGCTGGAGAAACCAAATGAAGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTGGAGTTCTTTGTTGACTG         TTCAGCCAGTGCTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113346 ACTTGGAGTTCTTTGTTGACTGGTC...TAGTTCAGCCAGTGCTACCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAATTTGAAGGTAGAGGAGGTGATGACCTTGGCACCGAGATCGCTAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120829 GAATTTGAAGGTAGAGGAGGTGATGACCTTGGCACCGAGATCGCTAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCTATCGGATATTTAACAATAAAAGCAGTGTCGACTTAAAGACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120879 CCTCTATCGGATATTTAACAATAAAAGCAGTGTCGACTTAAAGACCCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATTAGTCCTCGGGAGCACTGCTGGGTTCTCTATGTGGATGTGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120929 GCATTAGTCCTCGGGAGCACTGCTGGGTTCTCTATGTGGATGTGCTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       CTTCTGGAATGTGGTGGAAATTTGTTTGATGCCATTTCCATTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120979 ...TAGCTTCTGGAATGTGGTGGAAATTTGTTTGATGCCATTTCCATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTAAAGGCTGCTCTCTTCAATACAAG         GATACCAAGGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125305 TGTAAAGGCTGCTCTCTTCAATACAAGGTA...CAGGATACCAAGGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGTTTTGGAGGATGAAGAGGGGTCGAAGGACATTGAATTGTCAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129028 GAGTTTTGGAGGATGAAGAGGGGTCGAAGGACATTGAATTGTCAGATGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTTATGACTGCATACGACTAAGTGTGGAGAATGTCCCCTGCATTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129078 CCTTATGACTGCATACGACTAAGTGTGGAGAATGTCCCCTGCATTGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTGTGCAAG         ATTGGCTATCGGCATGTGGTGGATGCTACTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129128 TCTGTGCAAGGTA...CAGATTGGCTATCGGCATGTGGTGGATGCTACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCAGGAGGAGGCCTGCTCGCTGGCCAGCTTGCTGGTGTCGGTGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131174 TTCAGGAGGAGGCCTGCTCGCTGGCCAGCTTGCTGGTGTCGGTGACCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGGGAGTTGTGACGTGCATGAGGAAAGTGGGGAAGGGCAGCCTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131224 AAGGGAGTTGTGACGTGCATGAGGAAAGTGGGGAAGGGCAGCCTGGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAGAGCATCTTCGAGATGATGGAG         ACTGGCAAGCGTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 131274 AGAGAGCATCTTCGAGATGATGGAGGTG...CAGACTGGCAAGCGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAAGGTACTGCATGCCTCCTTGCAGAGTGTTCTGCACAAGGAAGAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 134974 GCAAGGTACTGCATGCCTCCTTGCAGAGTGTTGTGCACAAGGAAGAAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    838 CTGGGGCCCAAGAGACAGAAAGTTGGATTCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135024 CTGGGGCCCAAGAGACAGAAAGTTGGATTCCTGGGA