seq1 = pF1KA0109.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KA0109/gi568815595f_184076994.tfa (gi568815595f:184076994_184283613), 206620 bp

>pF1KA0109 1305
>gi568815595f:184076994_184283613 (Chr3)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-340  (101864-102129)   100% ->
341-423  (103176-103258)   100% ->
424-565  (103845-103991)   95% ->
566-707  (104092-104233)   100% ->
708-827  (104703-104822)   100% ->
828-963  (104919-105054)   100% ->
964-1061  (105158-105255)   100% ->
1062-1173  (105764-105875)   100% ->
1174-1305  (106489-106620)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGGAGGCTTATTCATCTATAATCACAAGGGGGAGGTGCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGGAGGCTTATTCATCTATAATCACAAGGGGGAGGTGCTCATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGAGTCTACCGAGATGACATCGG         GAGGAACGCAGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 CCGAGTCTACCGAGATGACATCGGGTG...CAGGAGGAACGCAGTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTTCGGGTCAATGTTATCCATGCCCGGCAGCAGGTGCGCAGCCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101881 CCTTTCGGGTCAATGTTATCCATGCCCGGCAGCAGGTGCGCAGCCCCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAACATTGCTCGCACCAGCTTCTTCCACGTTAAGCGGTCCAACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101931 ACCAACATTGCTCGCACCAGCTTCTTCCACGTTAAGCGGTCCAACATTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGCAGCAGTCACCAAGCAGAATGTCAACGCTGCCATGGTCTTCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 GCTGGCAGCAGTCACCAAGCAGAATGTCAACGCTGCCATGGTCTTCGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTCTATAAGATGTGTGACGTGATGGCTGCCTACTTTGGCAAGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 TCCTCTATAAGATGTGTGACGTGATGGCTGCCTACTTTGGCAAGATCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGAAAACATCAAGAACAATTTTGTGCTCATATATGAGCTGCTGGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102081 GAGGAAAACATCAAGAACAATTTTGTGCTCATATATGAGCTGCTGGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341         AGATTCTAGACTTTGGCTACCCACAGAATTCCGAGACAGGCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102131 TG...CAGAGATTCTAGACTTTGGCTACCCACAGAATTCCGAGACAGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGCTGAAAACCTTCATCACGCAGCAGGGCATCAAGAGTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103218 CGCTGAAAACCTTCATCACGCAGCAGGGCATCAAGAGTCAGGTA...CTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424     CAT CAGACAAAAGAAGAGCAGTCACAGATCACCAGCCAGGTAACT
        ----|||- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103845 CCCTCATGTAGACAAAAGAAGAGCAGTCACAGATCACCAGCCAGGTAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469 GGGCAGATTGGCTGGCGGCGAGAGGGTATCAAGTATCGTCGGAATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103895 GGGCAGATTGGCTGGCGGCGAGAGGGTATCAAGTATCGTCGGAATGAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519 CTTCCTGGATGTGCTGGAGAGTGTGAACCTGCTCATGTCCCCACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103945 CTTCCTGGATGTGCTGGAGAGTGTGAACCTGCTCATGTCCCCACAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566       GGCAGGTGCTGAGTGCCCATGTGTCGGGCCGGGTGGTGATGAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103995 ...CAGGGCAGGTGCTGAGTGCCCATGTGTCGGGCCGGGTGGTGATGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610 AGCTACCTGAGTGGCATGCCTGAATGCAAGTTTGGGATGAATGACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104136 AGCTACCTGAGTGGCATGCCTGAATGCAAGTTTGGGATGAATGACAAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660 TGTTATTGAAAAGCAGGGCAAAGGCACAGCTGATGAAACAAGCAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104186 TGTTATTGAAAAGCAGGGCAAAGGCACAGCTGATGAAACAAGCAAGAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708        CGGGAAGCAATCAATTGCCATTGATGACTGCACCTTCCACCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104236 G...CAGCGGGAAGCAATCAATTGCCATTGATGACTGCACCTTCCACCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTGTGCGACTCAGCAAGTTTGACTCTGAACGCAGCATCAGCTTTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104746 TGTGTGCGACTCAGCAAGTTTGACTCTGAACGCAGCATCAGCTTTATCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCAGATGGAGAGTTTGAGCTTATGAG         GTATCGCACAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104796 GCCAGATGGAGAGTTTGAGCTTATGAGGTG...AAGGTATCGCACAACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGGACATCATCCTTCCCTTCCGGGTGATCCCGCTAGTGCGAGAAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104933 AGGACATCATCCTTCCCTTCCGGGTGATCCCGCTAGTGCGAGAAGTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCACCAAACTGGAGGTCAAGGTGGTCATCAAGTCCAACTTTAAACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104983 CGCACCAAACTGGAGGTCAAGGTGGTCATCAAGTCCAACTTTAAACCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ACTGCTGGCTCAGAAGATCGAG         GTGAGGATCCCAACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105033 ACTGCTGGCTCAGAAGATCGAGGTG...TAGGTGAGGATCCCAACCCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGAACACAAGCGGGGTGCAGGTGATCTGCATGAAGGGGAAGGCCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105177 TGAACACAAGCGGGGTGCAGGTGATCTGCATGAAGGGGAAGGCCAAGTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAGGCCAGCGAGAATGCCATCGTGTGGAA         GATCAAGCGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105227 AAGGCCAGCGAGAATGCCATCGTGTGGAAGTG...CAGGATCAAGCGCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGCAGGCATGAAGGAATCGCAGATCAGCGCAGAGATTGAGCTTCTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105776 GGCAGGCATGAAGGAATCGCAGATCAGCGCAGAGATTGAGCTTCTGCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCAACGACAAGAAGAAATGGGCTCGACCCCCCATTTCCATGAACTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105826 CCAACGACAAGAAGAAATGGGCTCGACCCCCCATTTCCATGAACTTTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174          GTGCCATTCGCGCCCTCTGGCCTCAAGGTGCGCTACTTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105876 GTA...CAGGTGCCATTCGCGCCCTCTGGCCTCAAGGTGCGCTACTTGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGTGTTTGAACCGAAGCTGAACTACAGCGACCATGATGTCATCAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106530 GGTGTTTGAACCGAAGCTGAACTACAGCGACCATGATGTCATCAAATGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGCGCTACATTGGCCGCAGTGGCATTTATGAAACTCGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106580 TGCGCTACATTGGCCGCAGTGGCATTTATGAAACTCGCTGC