seq1 = pF1KA0104.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KA0104/gi568815596f_75546808.tfa (gi568815596f:75546808_75755282), 208475 bp

>pF1KA0104 876
>gi568815596f:75546808_75755282 (Chr2)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-221  (100295-100412)   100% ->
222-340  (105335-105453)   100% ->
341-475  (105716-105850)   100% ->
476-657  (107929-108110)   100% ->
658-876  (108257-108475)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTGCATTGCAGCGGGGCACTGGGCTGCAATGGGCCTAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCTGCATTGCAGCGGGGCACTGGGCTGCAATGGGCCTAGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTTTCCAAGCCGCCAGGACTCTGCTCCCCCCGCCGGCCTCTATCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTTTCCAAGCCGCCAGGACTCTGCTCCCCCCGCCGGCCTCTATCGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCA         GGGTCCACGCGGGGCCTGTCCGGCAGCAGAGCACTGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGTA...CAGGGGTCCACGCGGGGCCTGTCCGGCAGCAGAGCACTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTCCGAGCCCGGTGCGTTCCAACCGCCGCCGAAACCGGTCATCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100333 CCTTCCGAGCCCGGTGCGTTCCAACCGCCGCCGAAACCGGTCATCGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGCACCGCCCCGTGGAACCGGAACGCAG         GTTCTTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100383 CAAGCACCGCCCCGTGGAACCGGAACGCAGGTG...CAGGTTCTTGAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAATTCATTCCTCGAAGGGGAAGAACAGATCCTCTGAAATTTCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105346 CTGAATTCATTCCTCGAAGGGGAAGAACAGATCCTCTGAAATTTCAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAGAAAAGATATGTTAGAAAGGAGAAAAGTACTCCACATTCCAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105396 GAAAGAAAAGATATGTTAGAAAGGAGAAAAGTACTCCACATTCCAGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTATGTTG         GAAGTATTCTTCGTGTTACTACAGCTGACCCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105446 CTATGTTGGTC...TAGGAAGTATTCTTCGTGTTACTACAGCTGACCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCCAGTGGAAAAATCAGCCAGTTTCTGGGGATTTGCATTCAGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105749 ATGCCAGTGGAAAAATCAGCCAGTTTCTGGGGATTTGCATTCAGAGATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAGAGGACTTGGAGCTACTTTCATCCTTAGGAATGTTATCGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105799 GGAAGAGGACTTGGAGCTACTTTCATCCTTAGGAATGTTATCGAAGGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         GTGTCGAGATTTGCTTTGAACTTTATAATCCTCGGGTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105849 AGGTA...TAGGTGTCGAGATTTGCTTTGAACTTTATAATCCTCGGGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAGATTCAGGTGGTCAAATTAGAGAAACGGCTGGATGATAGCTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107968 AGGAGATTCAGGTGGTCAAATTAGAGAAACGGCTGGATGATAGCTTGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTTACGAGATGCCCTTCCTGAATATAGCACTTTTGATGTGAATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108018 TACTTACGAGATGCCCTTCCTGAATATAGCACTTTTGATGTGAATATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCAGTAGTACAAGAGCCTAACCAAAAAGTTCCTGTTAATGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108068 GCCAGTAGTACAAGAGCCTAACCAAAAAGTTCCTGTTAATGAGGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   CTGAAAGTAAAAATGAAGCCTAAGCCCTGGTCTAAACGCTGGGAACGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108255 AGCTGAAAGTAAAAATGAAGCCTAAGCCCTGGTCTAAACGCTGGGAACGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAAATTTTAATATTAAAGGAATCAGATTTGATCTTTGTTTAACTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108305 CCAAATTTTAATATTAAAGGAATCAGATTTGATCTTTGTTTAACTGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAAATGAAAGAAGCTCAGAAGTGGAATCAGCCATGGCTTGAATTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108355 GCAAATGAAAGAAGCTCAGAAGTGGAATCAGCCATGGCTTGAATTTGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGATGAGGGAATATGATACTTCAAAAATTGAAGCTGCAATATGGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108405 TGATGAGGGAATATGATACTTCAAAAATTGAAGCTGCAATATGGAAGGAA

    900     .    :    .    :
    856 ATTGAAGCGTCGAAAAGGTCT
        |||||||||||||||||||||
 108455 ATTGAAGCGTCGAAAAGGTCT