seq1 = pF1KA0094.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KA0094/gi568815594f_98895754.tfa (gi568815594f:98895754_99161314), 265561 bp

>pF1KA0094 1158
>gi568815594f:98895754_99161314 (Chr4)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-166  (133114-133165)   100% ->
167-279  (138477-138589)   100% ->
280-340  (139647-139707)   100% ->
341-432  (143621-143712)   100% ->
433-516  (145290-145373)   100% ->
517-655  (147496-147634)   100% ->
656-787  (149426-149557)   100% ->
788-931  (152980-153123)   100% ->
932-997  (162000-162065)   100% ->
998-1158  (165401-165561)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGTGGAGACGCGGGTGTGCGAGACAGACGGCTGCAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCGTGGAGACGCGGGTGTGCGAGACAGACGGCTGCAGCAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAAGCTCCAGTGTCCCACTTGCATCAAGCTGGGCATCCAGGGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCAAGCTCCAGTGTCCCACTTGCATCAAGCTGGGCATCCAGGGCTCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCTGCTCGCAG         GAATGTTTTAAAGGAAGTTGGGCTACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCTGCTCGCAGGTA...TAGGAATGTTTTAAAGGAAGTTGGGCTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAAGTTACTACATAAGAAAGCAA         AAGATGAAAAGGCGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133141 CACAAGTTACTACATAAGAAAGCAAGTA...CAGAAGATGAAAAGGCGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGAGAAGTGTCTTCCTGGACTGTGGAAGGTGATATTAATACTGACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138493 GCGAGAAGTGTCTTCCTGGACTGTGGAAGGTGATATTAATACTGACCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGCAGGTTATCGATATACTGGTAAACTCAGACCACATTATCCACTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 138543 GGGCAGGTTATCGATATACTGGTAAACTCAGACCACATTATCCACTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       ATGCCAACAAGGCCAGTGCCAAGTTATATTCAAAGACCAGATTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138593 ...TAGATGCCAACAAGGCCAGTGCCAAGTTATATTCAAAGACCAGATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTGATCATCCCTTAG         GAATGTCTGAATCTGAACAGGCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 139691 TGCTGATCATCCCTTAGGTA...CAGGAATGTCTGAATCTGAACAGGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTAAAGGTACTTCTCAGATTAAATTACTCTCATCTGAAGATATAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143645 TTAAAGGTACTTCTCAGATTAAATTACTCTCATCTGAAGATATAGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGCGACTTGTATGTAGG         CTTGCTAGAGAAGTTTTGGATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 143695 ATGCGACTTGTATGTAGGGTA...CAGCTTGCTAGAGAAGTTTTGGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCTGCCGGCATGATTAAACCAGGTGTAACTACTGAAGAAATAGATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145313 TGCTGCCGGCATGATTAAACCAGGTGTAACTACTGAAGAAATAGATCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGTACACTTA         GCATGTATTGCAAGAAATTGCTACCCTTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 145363 CTGTACACTTAGTA...TAGGCATGTATTGCAAGAAATTGCTACCCTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCCTGAATTATTATAATTTCCCAAAGTCTTGTTGTACCTCAGTGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147526 CCCCTGAATTATTATAATTTCCCAAAGTCTTGTTGTACCTCAGTGAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTCATTTGCCATGGAATACCAGACAGAAGGCCCTTACAAGAAGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147576 AGTCATTTGCCATGGAATACCAGACAGAAGGCCCTTACAAGAAGGTGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGTTAATG         TGGATATCACTCTTTATCGCAATGGTTATCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 147626 TTGTTAATGGTA...CAGTGGATATCACTCTTTATCGCAATGGTTATCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGGGACCTGAATGAGACATTTTTTGTTGGAGAAGTGGATGATGGAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149458 GGGGACCTGAATGAGACATTTTTTGTTGGAGAAGTGGATGATGGAGCACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAACTTGTTCAGACCACATATGAGTGCCTGATGCAAGCCATTGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149508 GAAACTTGTTCAGACCACATATGAGTGCCTGATGCAAGCCATTGATGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788          TGAAGCCTGGTGTTCGGTACAGAGAATTGGGAAACATTATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149558 GTC...CAGTGAAGCCTGGTGTTCGGTACAGAGAATTGGGAAACATTATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGAAGCATGCCCAAGCAAATGGGTTTTCAGTTGTTCGAAGCTATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153021 CAGAAGCATGCCCAAGCAAATGGGTTTTCAGTTGTTCGAAGCTATTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCATGGAATCCACAAGCTTTTTCATACAGCTCCCAATGTACCCCACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153071 GCATGGAATCCACAAGCTTTTTCATACAGCTCCCAATGTACCCCACTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTA         AAAATAAAGCAGTTGGAGTGATGAAGTCGGGCCATGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153121 CTAGTA...CAGAAAATAAAGCAGTTGGAGTGATGAAGTCGGGCCATGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTTACAATTGAGCCAATGATTTGTGAAG         GCGGATGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 162038 TTTACAATTGAGCCAATGATTTGTGAAGGTG...AAGGCGGATGGCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGAAACCTGGCCAGATGGTTGGACTGCGGTGACAAGAGACGGAAAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165414 TGAAACCTGGCCAGATGGTTGGACTGCGGTGACAAGAGACGGAAAGCGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGCTCAGTTTGAGCACACCCTCCTGGTCACAGACACTGGCTGTGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165464 CTGCTCAGTTTGAGCACACCCTCCTGGTCACAGACACTGGCTGTGAAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1111 CTAACCCGGCGACTTGACAGTGCACGGCCTCACTTCATGTCTCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165514 CTAACCCGGCGACTTGACAGTGCACGGCCTCACTTCATGTCTCAATTT