seq1 = pF1KA0089.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KA0089/gi568815595f_32006712.tfa (gi568815595f:32006712_32265907), 259196 bp

>pF1KA0089 1053
>gi568815595f:32006712_32265907 (Chr3)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-225  (121365-121542)   99% ->
226-366  (131876-132016)   100% ->
367-505  (133517-133655)   99% ->
506-618  (139911-140023)   99% ->
619-852  (152165-152398)   100% ->
853-959  (152857-152963)   100% ->
960-1053  (159103-159196)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGGCGCCCCTGAAAGTGTGCATCGTGGGCTCGGGGAACTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCAGCGGCGCCCCTGAAAGTGTGCATCGTGGGCTCGGGGAACTGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       GGGTTCAGCTGTTGCAAAAATAATTGGTAATAACGTCAAGAAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 ...TAGGGGTTCAGCTGTTGCAAAAATAATTGGTAATAATGTCAAGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAGAAATTTGCCTCCACAGTCAAGATGTGGGTCTTTGAAGAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121409 TTCAGAAATTTGCCTCCACAGTCAAGATGTGGGTCTTTGAAGAAACAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGCAGAAAACTGACAGACATCATAAATAATGACCATGAAAATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121459 AATGGCAGAAAACTGACAGACATCATAAATAATGACCATGAAAATGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATCTTCCTGGACACAAGCTGCCAGAAAATGTG         GTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121509 ATATCTTCCTGGACACAAGCTGCCAGAAAATGTGGTA...CAGGTTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTCAAATCTTAGCGAGGCTGTGCAGGATGCAGACCTGCTGGTGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131883 TGTCAAATCTTAGCGAGGCTGTGCAGGATGCAGACCTGCTGGTGTTTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCCCCACCAGTTCATTCACAGAATCTGTGATGAGATCACTGGGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131933 ATTCCCCACCAGTTCATTCACAGAATCTGTGATGAGATCACTGGGAGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCCAAGAAAGCGCTGGGAATCACCCTCATCAAG         GGCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131983 GCCCAAGAAAGCGCTGGGAATCACCCTCATCAAGGTA...TAGGGCATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGAGGGCCCCGAGGGGCTGAAACTCATTTCTGACATCATCCGTGAGAAG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 133524 ACGAGGGCCCCGAGGGGCTGAAGCTCATTTCTGACATCATCCGTGAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGGTATTGACATCAGTGTGCTGATGGGAGCCAACATTGCCAATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133574 ATGGGTATTGACATCAGTGTGCTGATGGGAGCCAACATTGCCAATGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCTGCAGAGAAGTTCTGTGAGACCACCATCG         GCAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 133624 GGCTGCAGAGAAGTTCTGTGAGACCACCATCGGTA...CAGGCAGCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAATGGAGAACGGCCTTCTCTTCAAAGAACTTCTGCAGACTCCAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139920 TAATGGAGAACGGCCTTCTCTTCAAAGAACTTCTGCAGACTCCAAATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGAATTACGGTGGTTGATGATGCAGACACTGTTGAACTCTGTGGTGCGCT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139970 CGAATTACCGTGGTTGATGATGCAGACACTGTTGAACTCTGTGGTGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAG         AACATCGTAGCTGTGGGAGCTGGGTTCTGCGACGGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140020 TAAGGTA...CAGAACATCGTAGCTGTGGGAGCTGGGTTCTGCGACGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCGCTGTGGAGACAACACCAAAGCGGCCGTCATCCGCCTGGGACTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152202 TCCGCTGTGGAGACAACACCAAAGCGGCCGTCATCCGCCTGGGACTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAATGATTGCTTTTGCCAGGATCTTCTGCAAAGGCCAAGTGTCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152252 GAAATGATTGCTTTTGCCAGGATCTTCTGCAAAGGCCAAGTGTCTACAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACCTTCCTAGAGAGCTGCGGGGTGGCCGACCTGATCACCACCTGTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152302 CACCTTCCTAGAGAGCTGCGGGGTGGCCGACCTGATCACCACCTGTTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAGGGCGGAACCGCAGGGTGGCCGAGGCCTTCGCCAGAACTGGGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 152352 GAGGGCGGAACCGCAGGGTGGCCGAGGCCTTCGCCAGAACTGGGAAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853       ACCATTGAAGAGTTGGAGAAGGAGATGCTGAATGGGCAAAAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152402 ...AAGACCATTGAAGAGTTGGAGAAGGAGATGCTGAATGGGCAAAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAAGGACCGCAGACTTCTGCTGAAGTGTACCGCATCCTCAAACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152901 CCAAGGACCGCAGACTTCTGCTGAAGTGTACCGCATCCTCAAACAGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GACTACTGGACAA         GTTTCCATTGTTTACTGCAGTGTATCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 152951 GACTACTGGACAAGTA...TAGGTTTCCATTGTTTACTGCAGTGTATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTGCTACGAAAGCAGACCAGTTCAAGAGATGTTGTCTTGTCTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159131 ATCTGCTACGAAAGCAGACCAGTTCAAGAGATGTTGTCTTGTCTTCAGAG

   1100     .    :    .
   1038 CCATCCAGAGCATACA
        ||||||||||||||||
 159181 CCATCCAGAGCATACA