seq1 = pF1KA0072.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KA0072/gi568815589r_120717909.tfa (gi568815589r:120717909_120942909), 225001 bp

>pF1KA0072 1512
>gi568815589r:120717909_120942909 (Chr9)

(complement)

1-173  (100001-100173)   100% ->
174-318  (109454-109598)   100% ->
319-432  (110965-111078)   100% ->
433-561  (111451-111579)   100% ->
562-671  (113702-113811)   100% ->
672-814  (116003-116145)   100% ->
815-1006  (118225-118416)   100% ->
1007-1116  (121446-121555)   100% ->
1117-1257  (121931-122071)   100% ->
1258-1512  (124747-125001)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCAGGCTTTGGCGCTGCTGAGAGAGGTAGCGAGGCTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCCAGGCTTTGGCGCTGCTGAGAGAGGTAGCGAGGCTGGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCTGGAGGAGCTACGCGCGCTTCACTCCGTGCTGCAGGCAGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCTGGAGGAGCTACGCGCGCTTCACTCCGTGCTGCAGGCAGTGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACGAGCTTCGCCAGCAAGCGGCGGAGCTGCGCCTCGGCCCGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAACGAGCTTCGCCAGCAAGCGGCGGAGCTGCGCCTCGGCCCGCTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCTGCTTAACGAGAACCATAG         GGAAAAGACTACTTTGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100151 TCCCTGCTTAACGAGAACCATAGGTG...CAGGGAAAAGACTACTTTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTATCCATTCTGGAGAGATTGCTCCAAGCTATGGAACCGGTTCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109472 TGTATCCATTCTGGAGAGATTGCTCCAAGCTATGGAACCGGTTCACGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGGAACCTCAGGGTTGACCTGCAGAGGGGACTAATTCACCCTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109522 CCCGGAACCTCAGGGTTGACCTGCAGAGGGGACTAATTCACCCTGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGTAAAAATCCTCACTCTTTCCCAG         ATTGGAAGAATTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109572 TCTGTAAAAATCCTCACTCTTTCCCAGGTA...CAGATTGGAAGAATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAAATTCTGATGCTGTTACTGAGATTCTAAATAATGCTGAATTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110979 TGAAAATTCTGATGCTGTTACTGAGATTCTAAATAATGCTGAATTACTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACAAATTGTTTATTGCATTGGTGGAGAGAATCTATCTGTAGCAAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111029 AACAAATTGTTTATTGCATTGGTGGAGAGAATCTATCTGTAGCAAAAGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GCTATCAAATCCCTGTCAAGAATATCACTAACCCAAGCTGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111079 GTG...AAGGCTATCAAATCCCTGTCAAGAATATCACTAACCCAAGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGGAGGCTTTATTTGAAAGCAATCTGCTGGATGATTTGAAAAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111492 ACTGGAGGCTTTATTTGAAAGCAATCTGCTGGATGATTTGAAAAGTGTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAAACAAATGACATTGTTCGATACAGGGTGTATGAG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111542 TGAAAACAAATGACATTGTTCGATACAGGGTGTATGAGGTA...CAGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTATAGAGATTTCTTCCGTGTCACCAGAATCTTTAAACTACTGTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113705 ATTATAGAGATTTCTTCCGTGTCACCAGAATCTTTAAACTACTGTACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAGTGGATTGGTAACCCAGCTCCTGAGAGAGCTGACTGGTGAGGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113755 AAGTGGATTGGTAACCCAGCTCCTGAGAGAGCTGACTGGTGAGGATGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGTCAG         AGCCACCTGTATAGAAATGGTGACATCACTGGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113805 TGGTCAGGTG...TAGAGCCACCTGTATAGAAATGGTGACATCACTGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATACTCATCATGGGCGACAATATCTTGCTCAAGAAGGAGTAATTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116037 TATACTCATCATGGGCGACAATATCTTGCTCAAGAAGGAGTAATTGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATTTCTAATATAATTGTTGGGGCAGATTCAGACCCTTTCTCTAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116087 AATTTCTAATATAATTGTTGGGGCAGATTCAGACCCTTTCTCTAGCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCTGCCAG         GATTCGTGAAGTTTTTTGGAAACCTGGCTGTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116137 ATCTGCCAGGTA...TAGGATTCGTGAAGTTTTTTGGAAACCTGGCTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGATAGTCCTCAACAGATCTGTGAGCGTTATCCTATCTTTGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118257 ATGGATAGTCCTCAACAGATCTGTGAGCGTTATCCTATCTTTGTGGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGTCTTTGAAATGATAGAAAGTCAGGACCCCACTATGATTGGTGTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118307 AGTCTTTGAAATGATAGAAAGTCAGGACCCCACTATGATTGGTGTAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAGACACAGTTGGAATCTTGGGATCCAATGTTGAAGGAAAACAGGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118357 TAGACACAGTTGGAATCTTGGGATCCAATGTTGAAGGAAAACAGGTTTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGAAAACAG         GAACTCGCTTTGAACGCTTGCTTATGAGAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118407 CAGAAAACAGGTT...AAGGAACTCGCTTTGAACGCTTGCTTATGAGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGACATCAATCAAAGAATGCCCCAGTGGAGCTAAAAATTAGATGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121477 AGGACATCAATCAAAGAATGCCCCAGTGGAGCTAAAAATTAGATGTTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATGCAATTTCATCTCTTCTGTACTTACCA         CCTGAGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121527 ATGCAATTTCATCTCTTCTGTACTTACCAGTA...TAGCCTGAGCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTGATGACCTTCTGAGGATGACAGAATCCTGGTTTTCTTCTTTATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121943 ACTGATGACCTTCTGAGGATGACAGAATCCTGGTTTTCTTCTTTATCTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGATCCACTGGAGCTCTTCCGTGGCATTAGTAGTCAGCCCTTCCCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121993 GGATCCACTGGAGCTCTTCCGTGGCATTAGTAGTCAGCCCTTCCCTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TACACTGTGCTGCCTTAAAAGTGTTTACG         GCCATTGCAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122043 TACACTGTGCTGCCTTAAAAGTGTTTACGGTA...CAGGCCATTGCAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAACCCTGGGCTCAGAAACTTATGTTTAACAGTCCAGGTTTTGTAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124759 CAACCCTGGGCTCAGAAACTTATGTTTAACAGTCCAGGTTTTGTAGAATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGTGGTGGACCGGTCTGTGGAGCATGACAAAGCTTCAAAGGATGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124809 TGTGGTGGACCGGTCTGTGGAGCATGACAAAGCTTCAAAGGATGCCAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGAACTAGTGAAAGCACTTGCCAATTCCAAGACAATTGCAGAAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124859 ATGAACTAGTGAAAGCACTTGCCAATTCCAAGACAATTGCAGAAATCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGGAACCCAAATTATTTGAGGCTCAGAACTTACCTGAGTGAAGGGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124909 GGGAACCCAAATTATTTGAGGCTCAGAACTTACCTGAGTGAAGGGCCATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTATGTGAAACCTGTTTCCACGACAGCAGTAGAAGGAGCCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124959 CTATGTGAAACCTGTTTCCACGACAGCAGTAGAAGGAGCCGAA