seq1 = pF1KA0041.tfa, 2334 bp
seq2 = pF1KA0041/gi568815595r_195179331.tfa (gi568815595r:195179331_195542847), 363517 bp

>pF1KA0041 2334
>gi568815595r:195179331_195542847 (Chr3)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-111  (150701-150758)   100% ->
112-231  (160826-160945)   100% ->
232-285  (161786-161839)   100% ->
286-344  (197531-197589)   100% ->
345-528  (200194-200377)   100% ->
529-573  (205872-205916)   100% ->
574-669  (209725-209820)   100% ->
670-744  (215889-215963)   100% ->
745-857  (222035-222147)   100% ->
858-909  (234011-234062)   100% ->
910-1010  (235525-235625)   100% ->
1011-1116  (236232-236337)   100% ->
1117-1325  (240674-240882)   100% ->
1326-1395  (241204-241273)   100% ->
1396-1487  (245567-245658)   100% ->
1488-1672  (246956-247140)   100% ->
1673-1765  (248037-248129)   100% ->
1766-1953  (250396-250583)   100% ->
1954-2063  (251033-251142)   100% ->
2064-2174  (253617-253727)   100% ->
2175-2236  (256991-257052)   100% ->
2237-2334  (263420-263517)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATGACTGTGGATTTCGAGGAGTGTCTGAAGGACTCGCCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGATGACTGTGGATTTCGAGGAGTGTCTGAAGGACTCGCCCCGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAG         GGCAGCTTTGGAAGAAGTAGAAGGTGATGTGGCAGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGTA...TAGGGCAGCTTTGGAAGAAGTAGAAGGTGATGTGGCAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAACTAAAACTTGATAAG         CTTGTGAAACTTTGTATTGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 150739 TGGAACTAAAACTTGATAAGGTA...CAGCTTGTGAAACTTTGTATTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGATTGATACTGGAAAAGCCTTTTGTGTTGCAAATAAACAGTTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160847 ATGATTGATACTGGAAAAGCCTTTTGTGTTGCAAATAAACAGTTCATGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGGATTCGAGACCTGGCTCAGTATTCTAGTAATGATGCTGTCGTTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 160897 TGGGATTCGAGACCTGGCTCAGTATTCTAGTAATGATGCTGTCGTTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         ACAAGTTTGACCAAGTTTTCTGACAGTCTTCAAGAAATGATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160947 TT...TAGACAAGTTTGACCAAGTTTTCTGACAGTCTTCAAGAAATGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATTTTCACACA         ATCCTGTTTGACCAAACTCAGAGATCAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 161828 AATTTTCACACAGTA...TAGATCCTGTTTGACCAAACTCAGAGATCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TAAGGCACAGCTTCAGAACTTTGTTAAAGA         AGATCTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 197560 TAAGGCACAGCTTCAGAACTTTGTTAAAGAGTA...TAGAGATCTTAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AATTCAAAGATGCCAAGAAGCAATTCGAAAAAGTCAGTGAAGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200205 AATTCAAAGATGCCAAGAAGCAATTCGAAAAAGTCAGTGAAGAAAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AATGCGTTAGTAAAAAATGCCCAAGTACAAAGAAACAAACAACATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200255 AATGCGTTAGTAAAAAATGCCCAAGTACAAAGAAACAAACAACATGAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGAAGAAGCCACCAACATTCTGACAGCAACAAGAAAATGTTTCCGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200305 TGAAGAAGCCACCAACATTCTGACAGCAACAAGAAAATGTTTCCGACACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGCCCTCGATTATGTGCTTCAG         ATTAATGTTCTTCAATCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 200355 TAGCCCTCGATTATGTGCTTCAGGTA...CAGATTAATGTTCTTCAATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAAAGGAGATCAGAAATCCTAAAATCA         ATGTTGTCATTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 205890 AAAAGGAGATCAGAAATCCTAAAATCAGTA...TAGATGTTGTCATTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTATGCCCATTTGGCCTTCTTTCATCAAGGATATGATCTGTTTAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209739 GTATGCCCATTTGGCCTTCTTTCATCAAGGATATGATCTGTTTAGTGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGGACCCTACATGAAGGATCTTGGTGCACAG         TTGGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 209789 TTGGACCCTACATGAAGGATCTTGGTGCACAGGTA...CAGTTGGATCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGGTTGTGGATGCAGCAAAGGAGAAAAGAGAAATGGAGCAAAAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215898 CTGGTTGTGGATGCAGCAAAGGAGAAAAGAGAAATGGAGCAAAAACATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CACCATTCAACAAAAG         GATTTCTCCAGTGATGATTCTAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 215948 CACCATTCAACAAAAGGTA...TAGGATTTCTCCAGTGATGATTCTAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TAGAATATAACGTAGATGCTGCAAATGGCATAGTTATGGAAGGATATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222060 TAGAATATAACGTAGATGCTGCAAATGGCATAGTTATGGAAGGATATCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTCAAACGAGCCAGCAATGCCTTCAAAACTTGGAACAG         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 222110 TTCAAACGAGCCAGCAATGCCTTCAAAACTTGGAACAGGTA...TAGGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CTGGTTTTCAATACAGAATAATCAGTTGGTTTACCAGAAAAAATTTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 234014 CTGGTTTTCAATACAGAATAATCAGTTGGTTTACCAGAAAAAATTTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910         GATAATCCGACTGTGGTAGTTGAAGACCTCAGGCTTTGCACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234064 TA...TAGGATAATCCGACTGTGGTAGTTGAAGACCTCAGGCTTTGCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GTGAAACATTGTGAAGACATAGAGCGACGATTCTGCTTTGAGGTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235567 GTGAAACATTGTGAAGACATAGAGCGACGATTCTGCTTTGAGGTGGTCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCCAACAAA         AAGTTGCATGCTCCAGGCAGATTCCGAAAAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 235617 GCCAACAAAGTA...TAGAAGTTGCATGCTCCAGGCAGATTCCGAAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TGCGCCAGGCATGGATTAAGGCTGTTCAGACCAGTATTGCTACTGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236264 TGCGCCAGGCATGGATTAAGGCTGTTCAGACCAGTATTGCTACTGCTTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 AGAGAGAAGGGTGATGAATCAGAG         AAGCTGGATAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 236314 AGAGAGAAGGGTGATGAATCAGAGGTT...TAGAAGCTGGATAAGAAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ATCTCCATCCACAGGAAGCCTAGATTCTGGAAATGAGTCCAAAGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240691 ATCTCCATCCACAGGAAGCCTAGATTCTGGAAATGAGTCCAAAGAGAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TATTGAAAGGAGAAAGTGCGCTTCAGCGGGTCCAGTGTATCCCTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240741 TATTGAAAGGAGAAAGTGCGCTTCAGCGGGTCCAGTGTATCCCTGGCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GCCAGCTGTTGTGACTGTGGCCTGGCAGATCCACGGTGGGCCAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240791 GCCAGCTGTTGTGACTGTGGCCTGGCAGATCCACGGTGGGCCAGCATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CCTGGGCATCACCTTGTGTATCGAGTGCTCCGGAATTCACCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 240841 CCTGGGCATCACCTTGTGTATCGAGTGCTCCGGAATTCACCGGTG...TA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326  GAGCCTTGGGGTTCATTTTTCAAAAGTACGATCTTTAACTTTAGACACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241203 GGAGCCTTGGGGTTCATTTTTCAAAAGTACGATCTTTAACTTTAGACACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TGGGAGCCAGAACTTTTAAAG         CTTATGTGTGAGTTGGGGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 241253 TGGGAGCCAGAACTTTTAAAGGTA...CAGCTTATGTGTGAGTTGGGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGATGTTATAAATCGAGTTTATGAAGCTAATGTGGAAAAAATGGGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245587 TGATGTTATAAATCGAGTTTATGAAGCTAATGTGGAAAAAATGGGAATAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 AGAAACCCCAACCAGGACAAAG         ACAGGAGAAGGAGGCATAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 245637 AGAAACCCCAACCAGGACAAAGGTA...CAGACAGGAGAAGGAGGCATAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ATCAGAGCAAAATATGTGGAGAGGAAATTTGTGGATAAATATTCTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246975 ATCAGAGCAAAATATGTGGAGAGGAAATTTGTGGATAAATATTCTATATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 ATTATCACCTCCTGAGCAGCAAAAAAAGTTTGTCTCTAAAAGTTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247025 ATTATCACCTCCTGAGCAGCAAAAAAAGTTTGTCTCTAAAAGTTCTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AAAAGAGGCTGAGCATTTCTAAATTTGGGCCAGGGGACCAAGTCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247075 AAAAGAGGCTGAGCATTTCTAAATTTGGGCCAGGGGACCAAGTCAGAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TCTGCCCAAAGTTCAG         TCAGAAGTAATGACAGTGGAATTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 247125 TCTGCCCAAAGTTCAGGTA...CAGTCAGAAGTAATGACAGTGGAATTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GCAGAGCTCTGATGATGGAAGAGAATCTTTACCCTCCACGGTGTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248062 GCAGAGCTCTGATGATGGAAGAGAATCTTTACCCTCCACGGTGTCAGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 ATAGTTTATATGAGCCTG         AAGGAGAAAGGCAAGATTCTTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 248112 ATAGTTTATATGAGCCTGGTG...CAGAAGGAGAAAGGCAAGATTCTTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ATGTTTCTTGACTCGAAACATCTTAATCCAGGACTTCAGCTTTATAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250419 ATGTTTCTTGACTCGAAACATCTTAATCCAGGACTTCAGCTTTATAGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 GTCATATGAAAAAAACCTTCCTAAAATGGCTGAGGCTTTGGCTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250469 GTCATATGAAAAAAACCTTCCTAAAATGGCTGAGGCTTTGGCTCATGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 CAGACGTGAACTGGGCCAATTCAGAGGAAAACAAAGCGACACCACTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250519 CAGACGTGAACTGGGCCAATTCAGAGGAAAACAAAGCGACACCACTTATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 CAGGCTGTATTAGGG         GGCTCTTTGGTGACGTGTGAGTTCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 250569 CAGGCTGTATTAGGGGTA...AAGGGCTCTTTGGTGACGTGTGAGTTCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CCTACAGAATGGTGCTAATGTCAACCAAAGAGATGTCCAAGGGCGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251059 CCTACAGAATGGTGCTAATGTCAACCAAAGAGATGTCCAAGGGCGGGGAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CATTGCACCATGCCACCGTCTTAGGGCACACAGG         GCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 251109 CATTGCACCATGCCACCGTCTTAGGGCACACAGGGTA...CAGGCAGGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 TGTTTATTCCTAAAACGAGGTGCCAATCAACATGCCACTGATGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253624 TGTTTATTCCTAAAACGAGGTGCCAATCAACATGCCACTGATGAAGAAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 GAAAGACCCTTTGAGCATAGCTGTGGAAGCAGCCAATGCTGATATAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253674 GAAAGACCCTTTGAGCATAGCTGTGGAAGCAGCCAATGCTGATATAGTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 CCTT         GTTACGTTTAGCAAGAATGAATGAAGAGATGCGGGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253724 CCTTGTA...TAGGTTACGTTTAGCAAGAATGAATGAAGAGATGCGGGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 TCAGAAGGACTTTATGGACAGCCAG         GTGATGAAACTTATCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 257028 TCAGAAGGACTTTATGGACAGCCAGGTC...CAGGTGATGAAACTTATCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 GGACATATTTCGTGATTTTTCCCAAATGGCATCCAATAATCCAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263436 GGACATATTTCGTGATTTTTCCCAAATGGCATCCAATAATCCAGAGAAAC

   2500     .    :    .    :    .    :
   2303 TAAATCGTTTCCAGCAAGATTCACAGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 263486 TAAATCGTTTCCAGCAAGATTCACAGAAATTC