# 0 Query: pF1KA1763, 1308 aa
# 1 CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308 aa)
# 2 CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1235 aa)
# 3 CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1260 aa)
# 4 CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288 aa)
# 5 CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288 aa)
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exp sw-scr id% from to
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5 0 6216 70.0 1 1284
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1 ( 1) MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
2 ( 3) ...........................NYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
3 ( 1) MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
4 ( 1) MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
5 ( 1) MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDSPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
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1 ( 61) LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
2 ( 36) LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
3 ( 61) LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
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1 ( 121) KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
2 ( 96) KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
3 ( 121) KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
4 ( 121) KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
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1 ( 181) SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
2 ( 156) SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
3 ( 181) SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
4 ( 181) SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
5 ( 181) SEVVYFDGQSALLYTLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
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2 ( 216) LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
3 ( 241) LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
4 ( 241) LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
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1 ( 301) FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
2 ( 276) FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
3 ( 301) FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
4 ( 301) SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
5 ( 301) SSNLDLNFEISFGGILSPGRSRAFTRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
//
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1 ( 361) SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
2 ( 288) SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
3 ( 313) SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
4 ( 361) SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
5 ( 361) SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELQRGSGSFV
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1 ( 421) LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
2 ( 348) LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
3 ( 373) LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
4 ( 421) LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
5 ( 421) LFLKDGKLKLSLFQAGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
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1 ( 481) GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
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3 ( 433) GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
4 ( 480) AV-LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
5 ( 480) AV-LIDSGDTYYFGGCLGNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
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1 ( 541) DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
2 ( 468) DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
3 ( 493) DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
4 ( 539) DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
5 ( 539) DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
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1 ( 601) GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
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3 ( 553) GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
4 ( 599) GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFA
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1 ( 659) YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
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3 ( 611) YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
4 ( 659) YAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTSWGGSLPD
5 ( 659) YAAGAGQLRAAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTSWGGSLPD
//
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1 ( 719) LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
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3 ( 671) LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
4 ( 719) AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAY
5 ( 719) AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGQNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDTGQPHSEADY
//
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1 ( 779) KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
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3 ( 731) KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
4 ( 779) TLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
5 ( 779) TLGPLLCRGDKSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
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1 ( 839) FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
2 ( 766) FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
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4 ( 839) FIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
5 ( 839) FIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
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0 ( 899) TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
1 ( 899) TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
2 ( 826) TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
3 ( 851) TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
4 ( 899) MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
5 ( 899) MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
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1 ( 959) RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
2 ( 886) RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
3 ( 911) RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
4 ( 959) AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
5 ( 959) AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
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1 ( 1019) LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
2 ( 946) LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
3 ( 971) LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
4 ( 1019) TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
5 ( 1019) TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
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1 ( 1079) RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
2 ( 1006) RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
3 ( 1031) RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
4 ( 1079) RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVNQSTKKQVILSSGTEFNAV
5 ( 1079) RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVNQSAKKQVILSSGTEFNAV
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*
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1 ( 1139) KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
2 ( 1066) KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
3 ( 1091) KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
4 ( 1139) KSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGRAAPLKAALRPSGPSRVTVRGHVA
5 ( 1139) KSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGCAAPLKAALRPSGPSRVTVRGHVA
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1 ( 1199) E-SSCMAQPGTDATSRE---RTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFIL
2 ( 1126) E-SSCMAQPGTDATSRE---RTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFIL
3 ( 1151) E-SSCMAQPGTDATSRE---RTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFIL
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5 ( 1199) PMARCAAGAASGSPARELAPRLAGGAGRSGPVDEGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVEIFIL
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1 ( 1255) LCITAIAVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
2 ( 1182) LCITAIAVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
3 ( 1207) LCITAIAVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
4 ( 1259) LCITAIAIRIYQQRKLRKENESKVSK............................
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