# 0 Query: pF1KB9131, 579 aa
# 1 CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 (579 aa)
# 2 CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 (614 aa)
# 3 CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 (361 aa)
# 4 CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 (523 aa)
# 5 CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22 (468 aa)
//
exp sw-scr id% from to
1 1.1e-207 3895 100.0 1 579
2 2.2e-88 1783 51.1 9 611
3 2e-19 462 45.8 46 187
4 1.6e-18 843 33.0 13 496
5 1.7e-18 595 28.6 87 448
//
0 ( 1) MEVNAGGVIAYISSSSSA---SSPASCHSEGSENSFQSSSSSVPSS-PNSSNSDTNGNPK
1 ( 1) MEVNAGGVIAYISSSSSA---SSPASCHSEGSENSFQSSSSSVPSS-PNSSNSDTNGNPK
2 ( 9) ...NTGGVITYIGSSGSSPSRTSPESLYSDNSNGSFQSLTQGCPTYFPPSPTGSLTQDPA
3 ( -) ............................................................
4 ( 13) ............................................SE-PGSSGADAAAGSR
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 57) NGDLANIEGILKNDRIDCSMKTSKSSA--------P-G--M-------------T---KS
1 ( 57) NGDLANIEGILKNDRIDCSMKTSKSSA--------P-G--M-------------T---KS
2 ( 66) RS-FGSIPPSLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPP-G--SLQVAMEDSSRVSPS---KS
3 ( 46) ......................SRSSS--------P-PSLL-------------D---QL
4 ( 28) ETPL-NQESARKSEPPAPVRRQSYSST--------SRG--I-------------SVTKKT
5 ( 87) ...................................P-GS-V-------------D---ES
//
0 ( 90) HSGVTKFS--GMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKKCLKNENCS
1 ( 90) HSGVTKFS--GMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKKCLKNENCS
2 ( 119) TSNITKLN--GMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKRCLKNENCS
3 ( 59) QMGCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERS--CK
4 ( 64) HTSQIE------IIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQSNATYS-CPRQKNCL
5 ( 94) PSGA-------LNIECRICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKC--DRSCK
//
0 ( 148) IMRMNRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLIEMQSAMKTMMNSQ-----
1 ( 148) IMRMNRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLIEMQSAMKTMMNSQ-----
2 ( 177) IVRINRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMN-LANNQ-----
3 ( 117) IQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLK
4 ( 117) IDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQ---KHRMQQQ-----
5 ( 145) IQKKNRNKCQYCRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDS------
//
0 ( 203) -FSGHLQNDTLVEHHEQTALPAQEQLRPKP---------QLEQENIKSSSPPSSDFAKEE
1 ( 203) -FSGHLQNDTLVEHHEQTALPAQEQLRPKP---------QLEQENIKSSSPPSSDFAKEE
2 ( 231) -LSSQCPLETSPTQHP-TPGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQ-LTPPRSPSPEPTVED
3 ( 177) AFSKHIYNAYL.................................................
4 ( 169) ------QRD----HQQQ---PGEAE----P---------LTPTYNISANG----------
5 ( 199) -----------------------------------------ETADLKS-------LAKR-
//
0 ( 253) VIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENSAESMQPQRGERIPKNMEQYNLNHDHCGNGLSSHFPCS
1 ( 253) VIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENSAESMQPQRGERIPKNMEQYNLNHDHCGNGLSSHFPCS
2 ( 288) VISQVARAHREIFTYAHDKLGSSPGNFNANHASGSPPATTPHRWENQGCPPAPNDNNTLA
3 ( -) ............................................................
4 ( 193) ----LTELHDDL--------SNYIDGHTPE-GSKADSAVSSFYLDIQPS--------P-D
5 ( 210) ----IYEAYLKNFNMNKVKA-------------RVILS-------------GKASNNP--
//
0 ( 313) ESQQH---LNGQFKGRNIMHYPNGHAICIANGHCMNFSNAYTQRVCDRVPIDGFSQNENK
1 ( 313) ESQQH---LNGQFKGRNIMHYPNGHAICIANGHCMNFSNAYTQRVCDRVPIDGFSQNENK
2 ( 348) -AQRHNEALNGLRQAPS--SYPPTWPPGPAHHSCHQ-SNSNGHRLC---PTHVYAAPEGK
3 ( -) ............................................................
4 ( 231) QSGLD---ING-IKPEPICDYTPASGFF---PYC-SFTNGETSPTVSMAELEHLAQNISK
5 ( 238) -----------PF----VIH--DMETLCMAE-----------KTLVAKLVANGI---QNK
//
0 ( 370) ---N-----SYLCNTGGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEFAK
1 ( 370) ---N-----SYLCNTGGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEFAK
2 ( 401) APAN-----SPRQGNSKNVLLACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAK
3 ( -) ............................................................
4 ( 283) ---SHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAK
5 ( 267) ---E-----AEV-----RIFHCCQCTS---------------------VETVTELTEFAK
//
0 ( 422) RIPGFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGAG-
1 ( 422) RIPGFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGAG-
2 ( 456) HIPGFRDLSQHDQVTLLKAGTFEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQELGAMGMG-
3 ( -) ............................................................
4 ( 340) RIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYF-DGKYASPDVFKSLGCE-
5 ( 293) AIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGF-ITREFLKSLRKPF
//
0 ( 481) -DLLNSMFEFSEKLNALQLSDEEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIRALRTL
1 ( 481) -DLLNSMFEFSEKLNALQLSDEEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIRALRTL
2 ( 515) -DLLSAMFDFSEKLNSLALTEEELGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRAL
3 ( -) ............................................................
4 ( 398) -DFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHV
5 ( 352) CDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLH
//
0 ( 540) IMKNHPNEASIFTKLLLKLPDLRSLNNMHSEELLAFK-VHP
1 ( 540) IMKNHPNEASIFTKLLLKLPDLRSLNNMHSEELLAFK-VHP
2 ( 574) VLKNRPLETSRFTKLLLKLPDLRTLNNMHSEKLLSFR-V..
3 ( -) .........................................
4 ( 457) LQKNH-REDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYP
5 ( 412) LQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIK-...
//