FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3543, 1216 aa 1>>>pF1KE3543 1216 - 1216 aa - 1216 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.0803+/-0.00124; mu= -15.8183+/- 0.075 mean_var=578.3750+/-119.822, 0's: 0 Z-trim(115.8): 48 B-trim: 497 in 2/53 Lambda= 0.053330 statistics sampled from 16321 (16364) to 16321 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.779), E-opt: 0.2 (0.503), width: 16 Scan time: 6.420 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110) 812 78.3 1.2e-13 CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1127) 812 78.3 1.2e-13 CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1050) 768 74.9 1.2e-12 CCDS47720.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1016) 762 74.4 1.6e-12 >>CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110 aa) initn: 1561 init1: 666 opt: 812 Z-score: 358.5 bits: 78.3 E(32554): 1.2e-13 Smith-Waterman score: 1420; 29.8% identity (53.2% similar) in 1200 aa overlap (5-1201:217-1105) 10 20 30 pF1KE3 MARNCSECKEKRAAHILCTYCNRWLCSSCTEEHR :. :... .: .:. :..:::..: : :. 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CCDS87 ------IEL------------IPSVTN-----PENLPSLPDIPP---IQLEDAGSSSLDN 670 680 690 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 LTTSHLQTVPSLVHSTFQSMPNLISDSPQAMASLASDHPQAGPSLMSGHTQAVPSLATCP : . .. : : .: :: ... .:. ::: .: .... . : : CCDS87 LLSRYI----SGSH-----LP------PQPTSTM---NPSPGPSALSPGSSGLSNSHT-P 700 710 720 730 760 770 780 790 800 810 pF1KE3 LQSIPPVSDMQPETGSSSSSGRTSGSLCPRDGADPSLENALCKVKLEEPINLSVKKPPLA .. :: .. :: .:::::. . .. :... ::: .:: . . 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