FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2678, 1484 aa 1>>>pF1KE2678 1484 - 1484 aa - 1484 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 64092750 residues in 91774 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6613+/-0.000464; mu= 15.9701+/- 0.028 mean_var=92.0901+/-18.262, 0's: 0 Z-trim(110.3): 122 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.133650 statistics sampled from 19206 (19328) to 19206 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.211), width: 16 Scan time: 7.410 The best scores are: opt bits E(91774) XP_016874708 (OMIM: 138252,613970,616139) glutamat (1484) 10020 1943.7 0 NP_000825 (OMIM: 138252,613970,616139) glutamate r (1484) 10020 1943.7 0 XP_011518931 (OMIM: 138252,613970,616139) glutamat (1484) 10020 1943.7 0 XP_011518930 (OMIM: 138252,613970,616139) glutamat (1484) 10020 1943.7 0 XP_005253408 (OMIM: 138252,613970,616139) glutamat ( 746) 5111 997.1 0 NP_000824 (OMIM: 138253,245570) 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XP_016 LLEGNFYGSLF--SVPSSKLSGKKSSLFPQGLEDSKR-------SKSLLPDHTSDNPFLH 1380 1390 1400 1410 1420 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KE2 TFGDDQCLLHG---SKSYFFRQPTVA-GASKARPDFRALVTNKPVVSALHGAVPARFQKD . ::: :. : : : :. : . : : ..:. .: . . .: ..: XP_016 SHRDDQRLVIGRCPSDPYKHSLPSQAVNDSYLRSSLRS--------TASYCSRDSRGHND 1430 1440 1450 1460 1470 1450 1460 1470 1480 pF1KE2 ICIGNQSNPCVPNNKN----PRAFNGSSNGHVYEKLSSIESDV . :... : . :..: ::..:. :: .::.:. :::::: XP_016 VYISEHVMPYAANKNNMYSTPRVLNSCSNRRVYKKMPSIESDV 1480 1490 1500 1510 >>XP_011520763 (OMIM: 138253,245570) glutamate receptor (1281 aa) initn: 3596 init1: 3338 opt: 4687 Z-score: 4880.0 bits: 915.4 E(91774): 0 Smith-Waterman score: 4687; 57.8% identity (80.0% similar) in 1286 aa overlap (12-1268:6-1262) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MKPRAECCSPKFW--LVLAVLAV---SGSRARSQKSPPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHE .: ::: .: : . : ..:.::...:::.: : : .:. .. . 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