Result of FASTA (omim) for
pF1KE2061
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2061, 705 aa
1>>>pF1KE2061 705 - 705 aa - 705 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
61127809 residues in 85815 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 18.7054+/-0.000511; mu= -40.9607+/- 0.032
mean_var=932.1373+/-194.365, 0's: 0 Z-trim(125.8): 135 B-trim: 968 in 1/61
Lambda= 0.042008
statistics sampled from 50347 (50581) to 50347 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.816), E-opt: 0.2 (0.589), width: 16
Scan time: 14.500
The best scores are: opt bits E(85815)
NP_008881 (OMIM: 300491,313440) synapsin-1 isoform ( 705) 4884 311.6 6.9e-84
NP_598006 (OMIM: 300491,313440) synapsin-1 isoform ( 669) 4601 294.4 9.7e-79
NP_598328 (OMIM: 181500,600755) synapsin-2 isoform ( 582) 2173 147.2 1.7e-34
NP_003169 (OMIM: 181500,600755) synapsin-2 isoform ( 478) 2072 141.0 1e-32
XP_006713374 (OMIM: 181500,600755) PREDICTED: syna ( 511) 2034 138.7 5.3e-32
NP_001129246 (OMIM: 602705) synapsin-3 isoform III ( 579) 1895 130.4 2e-29
XP_016884453 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 579) 1895 130.4 2e-29
XP_016884450 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_011528709 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_016884451 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_011528708 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_016884449 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_016884452 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_011528707 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
XP_011528710 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
NP_003481 (OMIM: 602705) synapsin-3 isoform IIIa [ ( 580) 1883 129.6 3.3e-29
NP_598344 (OMIM: 602705) synapsin-3 isoform IIIc [ ( 444) 1679 117.2 1.4e-25
XP_011528712 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 462) 1659 116.0 3.4e-25
XP_006713375 (OMIM: 181500,600755) PREDICTED: syna ( 421) 1384 99.3 3.3e-20
XP_006713376 (OMIM: 181500,600755) PREDICTED: syna ( 325) 1068 80.1 1.6e-14
XP_016862576 (OMIM: 181500,600755) PREDICTED: syna ( 358) 1064 79.8 2e-14
XP_016884454 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 ( 305) 910 70.5 1.1e-11
NP_006239 (OMIM: 168810) basic salivary proline-ri ( 416) 502 45.8 0.0004
NP_005030 (OMIM: 180989) basic salivary proline-ri ( 331) 492 45.2 0.00051
NP_006240 (OMIM: 168840) basic salivary proline-ri ( 309) 467 43.6 0.0014
>>NP_008881 (OMIM: 300491,313440) synapsin-1 isoform Ia (705 aa)
initn: 4884 init1: 4884 opt: 4884 Z-score: 1627.0 bits: 311.6 E(85815): 6.9e-84
Smith-Waterman score: 4884; 100.0% identity (100.0% similar) in 705 aa overlap (1-705:1-705)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVVRSLKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVVRSLKP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 DFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKLG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 TEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 YATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 YATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDTC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 SEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALPR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGPQRQGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 QRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGPQRQGPP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRPVAGGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRPVAGGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 GAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPPGPAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPPGPAGP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 TRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGPPHPQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 TRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGPPHPQL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KE2 NKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
670 680 690 700
>>NP_598006 (OMIM: 300491,313440) synapsin-1 isoform Ib (669 aa)
initn: 5020 init1: 4601 opt: 4601 Z-score: 1534.7 bits: 294.4 E(85815): 9.7e-79
Smith-Waterman score: 4601; 99.7% identity (99.8% similar) in 663 aa overlap (1-663:1-663)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVVRSLKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVVRSLKP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 DFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKLG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 TEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 YATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 YATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDTC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 SEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALPR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGPQRQGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 QRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGPQRQGPP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRPVAGGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 LQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRPVAGGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 GAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPPGPAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 GAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPPGPAGP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 TRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGPPHPQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 TRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGPPHPQL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KE2 NKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
. :
NP_598 KASPAQAQP
>>NP_598328 (OMIM: 181500,600755) synapsin-2 isoform IIa (582 aa)
initn: 1739 init1: 1739 opt: 2173 Z-score: 740.3 bits: 147.2 E(85815): 1.7e-34
Smith-Waterman score: 2252; 54.8% identity (69.7% similar) in 710 aa overlap (1-705:2-582)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQP----PPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSS
::.::::::::.:.::::::::::::::.: :::::: . .:. .: ::.
NP_598 MMNFLRRRLSDSSFIANLPNGYMTDLQRPEPQQPPPPPPPGPGAASASAAPPTASPGPER
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 GVAPAASPAA-PSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASR
::..:: :.: : :..::::::.:::::.:.:. . .. . . .:.: ..
NP_598 RPPPASAPAPQPAPTPSVGSSFFSSLSQAVKQTAASAGLV---DAPAPAPAAAR---KAK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 VLLVIDEPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKV
::::.::::.:::: :.:::. :. ::::::::::.:::::::.: ..:::.:::::.::
NP_598 VLLVVDEPHADWAKCFRGKKVLGDYDIKVEQAEFSELNLVAHADGTYAVDMQVLRNGTKV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VRSLKPDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVR
:::..:::::::::::.::.: :.: :.::.::::.::.:::.:.::::::::::::.:
NP_598 VRSFRPDFVLIRQHAFGMAENEDFRHLIIGMQYAGLPSINSLESIYNFCDKPWVFAQLVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LHKKLGTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASV
..: :: :.::::.::.::::::::. :.:::::.::::::::::::.:..::::::::
NP_598 IYKTLGGEKFPLIEQTYYPNHKEMLTLPTFPVVVKIGHAHSGMGKVKVENHYDFQDIASV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 VALTKTYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYK
::::.::::::::::.:::.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_598 VALTQTYATAEPFIDSKYDIRVQKIGNNYKAYMRTSISGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 LWVDTCSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKM
::::::::.:::::::::.:.:::::.:.:.::. ::::::.:: ::.:::.:::..::
NP_598 LWVDTCSEMFGGLDICAVKAVHGKDGKDYIFEVMDCSMPLIGEHQVEDRQLITELVISKM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 AQALPRQRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGP
: : .: :: : : :. :.: . .. :: ::::::::: ::
NP_598 NQLL--SRTPALSPQRPLTTQQPQSGTL----KDPDSSKTPP--QRPPPQGGPGQP----
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 QRQGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSR
: . :: . :: ..: :: : :: :.:. .. .:..:: .:
NP_598 QGMQPPGKVLPP----RRL----PP-GPSLP-----PSSSSSSSSSSSAP--------QR
470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 PVAGGPGAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKP
: ::: . : :.: : .: :: :. :::::
NP_598 P--GGPTTHGDA--PSSSSSLAEAQPPLAA-------------------------PPQKP
510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 PGPAGPTRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGG
NP_598 Q-----------------------------------------------------------
660 670 680 690 700
pF1KE2 PPHPQLNKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
:::::::::::::::.. : . : : ..::.::::::::::::::::::
NP_598 -PHPQLNKSQSLTNAFSFSESSFFRSSANEDEAKAETIRSLRKSFASLFSD
540 550 560 570 580
>>NP_003169 (OMIM: 181500,600755) synapsin-2 isoform IIb (478 aa)
initn: 1707 init1: 1707 opt: 2072 Z-score: 708.4 bits: 141.0 E(85815): 1e-32
Smith-Waterman score: 2072; 66.6% identity (84.5% similar) in 470 aa overlap (1-465:2-457)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQP----PPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSS
::.::::::::.:.::::::::::::::.: :::::: . .:. .: ::.
NP_003 MMNFLRRRLSDSSFIANLPNGYMTDLQRPEPQQPPPPPPPGPGAASASAAPPTASPGPER
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 GVAPAASPAA-PSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASR
::..:: :.: : :..::::::.:::::.:.:. . .. . . .:.: ..
NP_003 RPPPASAPAPQPAPTPSVGSSFFSSLSQAVKQTAASAGLV---DAPAPAPAAAR---KAK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 VLLVIDEPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKV
::::.::::.:::: :.:::. :. ::::::::::.:::::::.: ..:::.:::::.::
NP_003 VLLVVDEPHADWAKCFRGKKVLGDYDIKVEQAEFSELNLVAHADGTYAVDMQVLRNGTKV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VRSLKPDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVR
:::..:::::::::::.::.: :.: :.::.::::.::.:::.:.::::::::::::.:
NP_003 VRSFRPDFVLIRQHAFGMAENEDFRHLIIGMQYAGLPSINSLESIYNFCDKPWVFAQLVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LHKKLGTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASV
..: :: :.::::.::.::::::::. :.:::::.::::::::::::.:..::::::::
NP_003 IYKTLGGEKFPLIEQTYYPNHKEMLTLPTFPVVVKIGHAHSGMGKVKVENHYDFQDIASV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 VALTKTYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYK
::::.::::::::::.:::.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_003 VALTQTYATAEPFIDSKYDIRVQKIGNNYKAYMRTSISGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 LWVDTCSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKM
::::::::.:::::::::.:.:::::.:.:.::. ::::::.:: ::.:::.:::..::
NP_003 LWVDTCSEMFGGLDICAVKAVHGKDGKDYIFEVMDCSMPLIGEHQVEDRQLITELVISKM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 AQALPRQRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGP
: : .: :: : : :. :.: . .. :: :::::::
NP_003 NQLL--SRTPALSPQRPLTTQQPQSGTL----KDPDSSKTPP--QRPPPQGCLQYILDCN
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 QRQGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSR
NP_003 GIAVGPKQVQAS
470
>>XP_006713374 (OMIM: 181500,600755) PREDICTED: synapsin (511 aa)
initn: 1707 init1: 1707 opt: 2034 Z-score: 695.5 bits: 138.7 E(85815): 5.3e-32
Smith-Waterman score: 2034; 67.0% identity (84.8% similar) in 461 aa overlap (1-456:2-453)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQP----PPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSS
::.::::::::.:.::::::::::::::.: :::::: . .:. .: ::.
XP_006 MMNFLRRRLSDSSFIANLPNGYMTDLQRPEPQQPPPPPPPGPGAASASAAPPTASPGPER
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 GVAPAASPAA-PSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASR
::..:: :.: : :..::::::.:::::.:.:. . .. . . .:.: ..
XP_006 RPPPASAPAPQPAPTPSVGSSFFSSLSQAVKQTAASAGLV---DAPAPAPAAAR---KAK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 VLLVIDEPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKV
::::.::::.:::: :.:::. :. ::::::::::.:::::::.: ..:::.:::::.::
XP_006 VLLVVDEPHADWAKCFRGKKVLGDYDIKVEQAEFSELNLVAHADGTYAVDMQVLRNGTKV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VRSLKPDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVR
:::..:::::::::::.::.: :.: :.::.::::.::.:::.:.::::::::::::.:
XP_006 VRSFRPDFVLIRQHAFGMAENEDFRHLIIGMQYAGLPSINSLESIYNFCDKPWVFAQLVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LHKKLGTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASV
..: :: :.::::.::.::::::::. :.:::::.::::::::::::.:..::::::::
XP_006 IYKTLGGEKFPLIEQTYYPNHKEMLTLPTFPVVVKIGHAHSGMGKVKVENHYDFQDIASV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 VALTKTYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYK
::::.::::::::::.:::.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::::::::
XP_006 VALTQTYATAEPFIDSKYDIRVQKIGNNYKAYMRTSISGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 LWVDTCSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKM
::::::::.:::::::::.:.:::::.:.:.::. ::::::.:: ::.:::.:::..::
XP_006 LWVDTCSEMFGGLDICAVKAVHGKDGKDYIFEVMDCSMPLIGEHQVEDRQLITELVISKM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 AQALPRQRQRDASPGRGSHGQTPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQPGPGP
: : .: :: : : :. . : :: : .:: :
XP_006 NQLL--SRTPALSPQRPLTTQQPQLSIL-LGLQELLSPACLPKATGWHFKVTFDKNPQTL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 QRQGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSR
XP_006 IHGLGFCHRPVISFPIISRANIYHFCKDLAGTKQYTEGMV
480 490 500 510
>>NP_001129246 (OMIM: 602705) synapsin-3 isoform IIIg [H (579 aa)
initn: 2114 init1: 1572 opt: 1895 Z-score: 649.2 bits: 130.4 E(85815): 2e-29
Smith-Waterman score: 2102; 52.3% identity (69.0% similar) in 709 aa overlap (1-705:1-579)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
::.::::::::.::::::::::::::::. ..: .:.. . :: :
NP_001 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD-----------SSTSSPASPAMERRHPQPLA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
:: . ::::: .:::::.:.::. :... . : : .. . : :.:::::
NP_001 ASFS--SPGSS----LFSSLSSAMKQAPQATSGLM-EPPGPSTPIVQR----PRILLVID
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVVRSLKP
. ::::.:::.:::..:::.:.:::::::.:::.:...:: :::.:.:::.:::::.::
NP_001 DAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVRSFKP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKLG
::.:.::::.::: . :::::::::::.:.:.::::.::::::.:::::.:.... ..::
NP_001 DFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSLG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTKT
:.:::..:::.:::: :... .:::::.::::.::::.::.:: :::::.::::..::
NP_001 PEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAKT
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 YATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDTC
:::.: :::.:::.:.::::.:::::::::.:::::.:::::::::.::..::.::::.:
NP_001 YATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDSC
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALPR
::.:::::::::.:.:.:::::.::::. :::::::.: .::.::...:::.::.: ::
NP_001 SEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQ-LPM
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KE2 QRQRDASPGRGSHGQ---TPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQP-GPGPQR
:: : : . ::: :: : .: : : :::::::: : .: :::
NP_001 PGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSPGQAQLGPQLGQ----P--QPRPPPQGGPRQAQSPQPQR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 QGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRPV
.: : ::: ::::: :: : .::: :: :
NP_001 SGSPSQQRLSPQGQQPLS---PQSGSPQQQRSP---------------------------
460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AGGPGAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPPG
: :: .: .: : .: .:: ::
NP_001 ----------------------GSPQLSRASS--GSSPNQAS--------------KP--
490 500
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 PAGPTRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGPP
: : ::: : : : :.:: . : .::. ::
NP_001 --GAT-LASQPRP-PVQGRSTSQQGEES-------------KKPA-------------PP
510 520 530
660 670 680 690 700
pF1KE2 HPQLNKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
::.:::::::::... . . : . :.::.::::::.:::::::::::
NP_001 HPHLNKSQSLTNSLSTSDTSQ-RGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
540 550 560 570
>>XP_016884453 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 isof (579 aa)
initn: 2114 init1: 1572 opt: 1895 Z-score: 649.2 bits: 130.4 E(85815): 2e-29
Smith-Waterman score: 2102; 52.3% identity (69.0% similar) in 709 aa overlap (1-705:1-579)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
::.::::::::.::::::::::::::::. ..: .:.. . :: :
XP_016 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD-----------SSTSSPASPAMERRHPQPLA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
:: . ::::: .:::::.:.::. :... . : : .. . : :.:::::
XP_016 ASFS--SPGSS----LFSSLSSAMKQAPQATSGLM-EPPGPSTPIVQR----PRILLVID
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVVRSLKP
. ::::.:::.:::..:::.:.:::::::.:::.:...:: :::.:.:::.:::::.::
XP_016 DAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVRSFKP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKLG
::.:.::::.::: . :::::::::::.:.:.::::.::::::.:::::.:.... ..::
XP_016 DFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSLG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTKT
:.:::..:::.:::: :... .:::::.::::.::::.::.:: :::::.::::..::
XP_016 PEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAKT
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 YATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDTC
:::.: :::.:::.:.::::.:::::::::.:::::.:::::::::.::..::.::::.:
XP_016 YATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDSC
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALPR
::.:::::::::.:.:.:::::.::::. :::::::.: .::.::...:::.::.: ::
XP_016 SEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQ-LPM
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KE2 QRQRDASPGRGSHGQ---TPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQP-GPGPQR
:: : : . ::: :: : .: : : :::::::: : .: :::
XP_016 PGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSPGQAQLGPQLGQ----P--QPRPPPQGGPRQAQSPQPQR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 QGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRPV
.: : ::: ::::: :: : .::: :: :
XP_016 SGSPSQQRLSPQGQQPLS---PQSGSPQQQRSP---------------------------
460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AGGPGAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPPG
: :: .: .: : .: .:: ::
XP_016 ----------------------GSPQLSRASS--GSSPNQAS--------------KP--
490 500
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 PAGPTRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGPP
: : ::: : : : :.:: . : .::. ::
XP_016 --GAT-LASQPRP-PVQGRSTSQQGEES-------------KKPA-------------PP
510 520 530
660 670 680 690 700
pF1KE2 HPQLNKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
::.:::::::::... . . : . :.::.::::::.:::::::::::
XP_016 HPHLNKSQSLTNSLSTSDTSQ-RGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
540 550 560 570
>>XP_016884450 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 isof (580 aa)
initn: 1816 init1: 1274 opt: 1883 Z-score: 645.3 bits: 129.6 E(85815): 3.3e-29
Smith-Waterman score: 2090; 52.3% identity (68.9% similar) in 710 aa overlap (1-705:1-580)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
::.::::::::.::::::::::::::::. ..: .:.. . :: :
XP_016 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD-----------SSTSSPASPAMERRHPQPLA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
:: . ::::: .:::::.:.::. :... . : : .. . : :.:::::
XP_016 ASFS--SPGSS----LFSSLSSAMKQAPQATSGLM-EPPGPSTPIVQR----PRILLVID
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KE2 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVV-RSLK
. ::::.:::.:::..:::.:.:::::::.:::.:...:: :::.:.:::.::: ::.:
XP_016 DAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSFK
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 PDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKL
:::.:.::::.::: . :::::::::::.:.:.::::.::::::.:::::.:.... ..:
XP_016 PDFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSL
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTK
: :.:::..:::.:::: :... .:::::.::::.::::.::.:: :::::.::::..:
XP_016 GPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAK
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 TYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDT
::::.: :::.:::.:.::::.:::::::::.:::::.:::::::::.::..::.::::.
XP_016 TYATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDS
280 290 300 310 320 330
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pF1KE2 CSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALP
:::.:::::::::.:.:.:::::.::::. :::::::.: .::.::...:::.::.: ::
XP_016 CSEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQ-LP
340 350 360 370 380 390
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pF1KE2 RQRQRDASPGRGSHGQ---TPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQP-GPGPQ
:: : : . ::: :: : .: : : :::::::: : .: ::
XP_016 MPGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSPGQAQLGPQLGQ----P--QPRPPPQGGPRQAQSPQPQ
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 RQGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRP
:.: : ::: ::::: :: : .::: :: :
XP_016 RSGSPSQQRLSPQGQQPLS---PQSGSPQQQRSP--------------------------
460 470 480
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pF1KE2 VAGGPGAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPP
: :: .: .: : .: .:: ::
XP_016 -----------------------GSPQLSRASS--GSSPNQAS--------------KP-
490 500
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 GPAGPTRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGP
: : ::: : : : :.:: . : .::. :
XP_016 ---GAT-LASQPRP-PVQGRSTSQQGEES-------------KKPA-------------P
510 520 530
660 670 680 690 700
pF1KE2 PHPQLNKSQSLTNAFNLPEPAPPRPSLSQDEVKAETIRSLRKSFASLFSD
:::.:::::::::... . . : . :.::.::::::.:::::::::::
XP_016 PHPHLNKSQSLTNSLSTSDTSQ-RGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
540 550 560 570 580
>>XP_011528709 (OMIM: 602705) PREDICTED: synapsin-3 isof (580 aa)
initn: 1816 init1: 1274 opt: 1883 Z-score: 645.3 bits: 129.6 E(85815): 3.3e-29
Smith-Waterman score: 2090; 52.3% identity (68.9% similar) in 710 aa overlap (1-705:1-580)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
::.::::::::.::::::::::::::::. ..: .:.. . :: :
XP_011 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD-----------SSTSSPASPAMERRHPQPLA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
:: . ::::: .:::::.:.::. :... . : : .. . : :.:::::
XP_011 ASFS--SPGSS----LFSSLSSAMKQAPQATSGLM-EPPGPSTPIVQR----PRILLVID
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KE2 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVV-RSLK
. ::::.:::.:::..:::.:.:::::::.:::.:...:: :::.:.:::.::: ::.:
XP_011 DAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSFK
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 PDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKL
:::.:.::::.::: . :::::::::::.:.:.::::.::::::.:::::.:.... ..:
XP_011 PDFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSL
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTK
: :.:::..:::.:::: :... .:::::.::::.::::.::.:: :::::.::::..:
XP_011 GPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAK
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 TYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDT
::::.: :::.:::.:.::::.:::::::::.:::::.:::::::::.::..::.::::.
XP_011 TYATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDS
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 CSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALP
:::.:::::::::.:.:.:::::.::::. :::::::.: .::.::...:::.::.: ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]