Result of FASTA (omim) for
pF1KB7344
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7344, 1049 aa
1>>>pF1KB7344 1049 - 1049 aa - 1049 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5994+/-0.000509; mu= 11.4181+/- 0.032
mean_var=165.1837+/-35.245, 0's: 0 Z-trim(114.0): 396 B-trim: 536 in 1/54
Lambda= 0.099791
statistics sampled from 23212 (23628) to 23212 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 11.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001933 (OMIM: 125670,148700,615508) desmoglein- (1049) 6963 1015.9 0
NP_817123 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 isofo (1040) 2018 304.0 2.8e-81
NP_001127925 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 is (1059) 2018 304.0 2.8e-81
XP_011524152 (OMIM: 169615) PREDICTED: desmoglein- ( 998) 1807 273.6 3.8e-72
NP_001935 (OMIM: 169615) desmoglein-3 preproprotei ( 999) 1807 273.6 3.8e-72
NP_001934 (OMIM: 125671,610193,612877) desmoglein- (1118) 1302 201.0 3.2e-50
NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 852 136.1 8.1e-31
NP_001932 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 896) 852 136.1 8.6e-31
XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 848 135.5 1.2e-30
XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 848 135.5 1.2e-30
NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 848 135.5 1.3e-30
NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 848 135.5 1.3e-30
NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 839 134.2 3e-30
NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 839 134.2 3.1e-30
NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 824 132.1 1.4e-29
NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 814 130.6 3.4e-29
NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 814 130.6 3.6e-29
XP_005258263 (OMIM: 125645,610476) PREDICTED: desm ( 758) 813 130.4 3.7e-29
NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 811 130.2 4.9e-29
NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 811 130.2 5e-29
NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 811 130.2 5.2e-29
NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 840) 752 121.7 1.8e-26
NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 894) 752 121.7 1.8e-26
NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 746 120.8 3.1e-26
NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 741 120.1 5e-26
XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 741 120.1 5.1e-26
XP_011524129 (OMIM: 607892,607903) PREDICTED: desm ( 574) 716 116.4 4.8e-25
XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 690 112.7 6.7e-24
NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 690 112.7 7.5e-24
NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 690 112.7 7.9e-24
NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 681 111.4 1.8e-23
XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 593 98.8 1.3e-19
XP_016864410 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 593 98.8 1.3e-19
XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 593 98.8 1.3e-19
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 593 98.8 1.3e-19
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 593 98.8 1.3e-19
XP_016864428 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 574) 568 95.1 1.2e-18
NP_001161139 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 2 ( 574) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864429 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 574) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864430 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 574) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864427 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864425 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 568 95.1 1.2e-18
NP_001278886 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 3 ( 575) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864426 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 568 95.1 1.2e-18
XP_011512232 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864424 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 568 95.1 1.2e-18
XP_016864419 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 568 95.2 1.6e-18
XP_016864415 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 568 95.2 1.6e-18
XP_016864413 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 568 95.2 1.6e-18
NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 568 95.2 1.6e-18
>>NP_001933 (OMIM: 125670,148700,615508) desmoglein-1 pr (1049 aa)
initn: 6963 init1: 6963 opt: 6963 Z-score: 5427.7 bits: 1015.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6963; 100.0% identity (100.0% similar) in 1049 aa overlap (1-1049:1-1049)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWSFFRVVAMLFIFLVVVEVNSEFRIQVRDYNTKNGTIKWHSIRRQKREWIKFAAACRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDWSFFRVVAMLFIFLVVVEVNSEFRIQVRDYNTKNGTIKWHSIRRQKREWIKFAAACRE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GEDNSKRNPIAKIHSDCAANQQVTYRISGVGIDQPPYGIFVINQKTGEINITSIVDREVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEDNSKRNPIAKIHSDCAANQQVTYRISGVGIDQPPYGIFVINQKTGEINITSIVDREVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PFFIIYCRALNSMGQDLERPLELRVRVLDINDNPPVFSMATFAGQIEENSNANTLVMILN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFFIIYCRALNSMGQDLERPLELRVRVLDINDNPPVFSMATFAGQIEENSNANTLVMILN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ATDADEPNNLNSKIAFKIIRQEPSDSPMFIINRNTGEIRTMNNFLDREQYGQYALAVRGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATDADEPNNLNSKIAFKIIRQEPSDSPMFIINRNTGEIRTMNNFLDREQYGQYALAVRGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DRDGGADGMSAECECNIKILDVNDNIPYMEQSSYTIEIQENTLNSNLLEIRVIDLDEEFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DRDGGADGMSAECECNIKILDVNDNIPYMEQSSYTIEIQENTLNSNLLEIRVIDLDEEFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ANWMAVIFFISGNEGNWFEIEMNERTNVGILKVVKPLDYEAMQSLQLSIGVRNKAEFHHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ANWMAVIFFISGNEGNWFEIEMNERTNVGILKVVKPLDYEAMQSLQLSIGVRNKAEFHHS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 IMSQYKLKASAISVTVLNVIEGPVFRPGSKTYVVTGNMGSNDKVGDFVATDLDTGRPSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IMSQYKLKASAISVTVLNVIEGPVFRPGSKTYVVTGNMGSNDKVGDFVATDLDTGRPSTT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 VRYVMGNNPADLLAVDSRTGKLTLKNKVTKEQYNMLGGKYQGTILSIDDNLQRTCTGTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRYVMGNNPADLLAVDSRTGKLTLKNKVTKEQYNMLGGKYQGTILSIDDNLQRTCTGTIN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 INIQSFGNDDRTNTEPNTKITTNTGRQESTSSTNYDTSTTSTDSSQVYSSEPGNGAKDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INIQSFGNDDRTNTEPNTKITTNTGRQESTSSTNYDTSTTSTDSSQVYSSEPGNGAKDLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 SDNVHFGPAGIGLLIMGFLVLGLVPFLMICCDCGGAPRSAAGFEPVPECSDGAIHSWAVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDNVHFGPAGIGLLIMGFLVLGLVPFLMICCDCGGAPRSAAGFEPVPECSDGAIHSWAVE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 GPQPEPRDITTVIPQIPPDNANIIECIDNSGVYTNEYGGREMQDLGGGERMTGFELTEGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPQPEPRDITTVIPQIPPDNANIIECIDNSGVYTNEYGGREMQDLGGGERMTGFELTEGV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 KTSGMPEICQEYSGTLRRNSMRECREGGLNMNFMESYFCQKAYAYADEDEGRPSNDCLLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KTSGMPEICQEYSGTLRRNSMRECREGGLNMNFMESYFCQKAYAYADEDEGRPSNDCLLI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 YDIEGVGSPAGSVGCCSFIGEDLDDSFLDTLGPKFKKLADISLGKESYPDLDPSWPPQST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YDIEGVGSPAGSVGCCSFIGEDLDDSFLDTLGPKFKKLADISLGKESYPDLDPSWPPQST
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 EPVCLPQETEPVVSGHPPISPHFGTTTVISESTYPSGPGVLHPKPILDPLGYGNVTVTES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPVCLPQETEPVVSGHPPISPHFGTTTVISESTYPSGPGVLHPKPILDPLGYGNVTVTES
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 YTTSDTLKPSVHVHDNRPASNVVVTERVVGPISGADLHGMLEMPDLRDGSNVIVTERVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YTTSDTLKPSVHVHDNRPASNVVVTERVVGPISGADLHGMLEMPDLRDGSNVIVTERVIA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 PSSSLPTSLTIHHPRESSNVVVTERVIQPTSGMIGSLSMHPELANAHNVIVTERVVSGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSSSLPTSLTIHHPRESSNVVVTERVIQPTSGMIGSLSMHPELANAHNVIVTERVVSGAG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 VTGISGTTGISGGIGSSGLVGTSMGAGSGALSGAGISGGGIGLSSLGGTASIGHMRSSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTGISGTTGISGGIGSSGLVGTSMGAGSGALSGAGISGGGIGLSSLGGTASIGHMRSSSD
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 HHFNQTIGSASPSTARSRITKYSTVQYSK
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HHFNQTIGSASPSTARSRITKYSTVQYSK
1030 1040
>>NP_817123 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 isoform 2 (1040 aa)
initn: 2757 init1: 1799 opt: 2018 Z-score: 1580.2 bits: 304.0 E(85289): 2.8e-81
Smith-Waterman score: 2717; 44.7% identity (68.5% similar) in 1039 aa overlap (1-943:1-1001)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWSFFRVVAMLFIFLVVVEVNSEFRIQVRDYNTKNGTIKWHSIRRQKREWIKFAAACRE
::: ::: . .:.:..::.:::::: ..:.... .::: ::...::::::::::::::::
NP_817 MDWLFFRNICLLIILMVVMEVNSEFIVEVKEFDIENGTTKWQTVRRQKREWIKFAAACRE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GEDNSKRNPIAKIHSDCAANQQVTYRISGVGIDQPPYGIFVINQKTGEINITSIVDREVT
:::::::::::::.::: .::..::::::::::.::::.:.:: .::::::::.::::.:
NP_817 GEDNSKRNPIAKIRSDCESNQKITYRISGVGIDRPPYGVFTINPRTGEINITSVVDREIT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PFFIIYCRALNSMGQDLERPLELRVRVLDINDNPPVFSMATFAGQIEENSNANTLVMILN
:.:.:::::::: :.::::::::::.:.::::: ::::.......:::::.:::::. :
NP_817 PLFLIYCRALNSRGEDLERPLELRVKVMDINDNAPVFSQSVYTASIEENSDANTLVVKLC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ATDADEPNNLNSKIAFKIIRQEPSDSPMFIINRNTGEIRTMNNFLDREQYGQYALAVRGS
:::::: :.::::::.::. :::: .::::.:: :::. ::..::::::...: :.::::
NP_817 ATDADEENHLNSKIAYKIVSQEPSGAPMFILNRYTGEVCTMSSFLDREQHSMYNLVVRGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DRDGGADGMSAECECNIKILDVNDNIPYMEQSSYTIEIQENTLNSNLLEIRVIDLDEEFS
::::.:::.:.::.: ::.::::::.: .:..::. :.:: :.:.:.....:::::: .
NP_817 DRDGAADGLSSECDCRIKVLDVNDNFPTLEKTSYSASIEENCLSSELIRLQAIDLDEEGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ANWMAVIFFISGNEGNWFEIEMNERTNVGILKVVKPLDYEAMQSLQLSIGVRNKAEFHHS
::.: ...:::.::::.:. . .:: ::::::: :::: ..::::::.:.:.::.:
NP_817 DNWLAQYLILSGNDGNWFDIQTDPQTNEGILKVVKMLDYEQAPNIQLSIGVKNQADFHYS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB7 IMSQYKLKASAISVTVLNVIEGPVFRPGSKTYVVT-GNMGS---NDKVGDFVATDLDTGR
. ::.... . . . :..: :::.:.:.. .. : : :: : .: ..: :::::
NP_817 VASQFQMHPTPVRIQVVDVREGPAFHPSTMAFSVREGIKGSSLLNYVLGTYTAIDLDTGN
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 PSTTVRYVMGNNPADLLAVDSRTGKLTLKNKVTKEQYNMLGGKYQGTILSIDDNLQRTCT
:.: :::..:.. .. : .:::::.. .. . :.. ...: : . ::.:::. .: :
NP_817 PATDVRYIIGHDAGSWLKIDSRTGEIQFSREFDKKSKYIINGIYTAEILAIDDGSGKTAT
430 440 450 460 470 480
480 490 500
pF1KB7 GTININIQSFGNDDRTNTEPNTK----------ITTNTGRQES-----------------
::: :.. .. :: : :. . :..: :
NP_817 GTICIEVPDI-NDYCPNIFPERRTICIDSPSVLISVNEHSYGSPFTFCVVDEPPGIADMW
490 500 510 520 530
510 520 530
pF1KB7 -TSSTN----------------YDTSTTSTDSS----------QVY------------SS
. ::: :. :: :.: :.
NP_817 DVRSTNATSAILTAKQVLSPGFYEIPILVKDSYNRACELAQMVQLYACDCDDNHMCLDSG
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570
pF1KB7 EPGNGAKDLLSD-------------NVHFGPAGIGLLIMGFLVLGLVPFLMICCDCGGAP
: ..:. .: :: .::::::....:.:.: :.:.:.. : :
NP_817 AAGIYTEDITGDTYGPVTEDQAGVSNVGLGPAGIGMMVLGILLLILAPLLLLLCCCKQRQ
600 610 620 630 640 650
580 590 600 610 620 630
pF1KB7 RSAAG--FEPVPECSDGAIHSWAVEGPQPEPRDITTVIPQIPPDNANIIECIDNSGVYTN
. : : :::: ..:...:: .:: .:: ::.... : .: . .:.: .:::
NP_817 PEGLGTRFAPVPEGGEGVMQSWRIEGAHPEDRDVSNICA--PMTASNTQDRMDSSEIYTN
660 670 680 690 700 710
640 650 660 670 680
pF1KB7 EY--GGREMQDLGGGERMTGFELTEGVKTSGMPEICQEYSGTLRRNS-----MRECREGG
: :: ..: : ::. . :. ..: ::. :. : .:. ..
NP_817 TYAAGGTVEGGVSGVELNTGMGTAVGLMAAGAAGA----SGAARKRSSTMGTLRDYADAD
720 730 740 750 760 770
690 700 710 720 730 740
pF1KB7 LNMNFMESYFCQKAYAYADEDEGRPSNDCLLIYDIEGVGSPAGSVGCCSFIGEDLDDSFL
.:: :..::: .:::::::::::::.:::::::: ::::::.::.::::.: .:::.: .
NP_817 INMAFLDSYFSEKAYAYADEDEGRPANDCLLIYDHEGVGSPVGSIGCCSWIVDDLDESCM
780 790 800 810 820 830
750 760 770 780 790 800
pF1KB7 DTLGPKFKKLADISLGKESYPDLDPSWPPQSTEPVCLPQETEPVVSGHPPISPHFGTTTV
.:: :::. ::.: :. : : .: .. .:.: :. : ..:..
NP_817 ETLDPKFRTLAEICLNTEIEP-----FP---SHQACIPISTD-----LPLLGPNY----F
840 850 860 870
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pF1KB7 ISEST--YPSGPGVLHPKPILDPLGYGNVTVTESYTTSDT-LKPSVHVHDNRPASNVVVT
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540 550 560 570
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