Result of FASTA (ccds) for pF1KE0800
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0800, 1531 aa
  1>>>pF1KE0800 1531 - 1531 aa - 1531 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1604+/-0.00137; mu= 5.6344+/- 0.082
 mean_var=192.4636+/-37.941, 0's: 0 Z-trim(104.8): 43  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.092449
 statistics sampled from 8074 (8088) to 8074 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.248), width:  16
 Scan time:  4.920

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS45672.1 TOP2A gene_id:7153|Hs108|chr17         (1531) 10077 1358.3       0
CCDS82746.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3          (1626) 6650 901.2       0
CCDS46776.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3          (1621) 6648 901.0       0


>>CCDS45672.1 TOP2A gene_id:7153|Hs108|chr17              (1531 aa)
 initn: 10077 init1: 10077 opt: 10077  Z-score: 7272.1  bits: 1358.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 10077; 100.0% identity (100.0% similar) in 1531 aa overlap (1-1531:1-1531)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHILLRPDTYIGSVELVTQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHILLRPDTYIGSVELVTQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 MWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMSCIRVTIDPENNLISIWN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMSCIRVTIDPENNLISIWN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 NGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKLCNIFSTKFTVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKLCNIFSTKFTVE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 TASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITFQPDLSKFKMQSLDKDIVALMV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITFQPDLSKFKMQSLDKDIVALMV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 RRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKLDETGNSLKVIHEQVNHRWEVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKLDETGNSLKVIHEQVNHRWEVC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 LTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVDVVKKKNKGGVAVKAHQVKNHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVDVVKKKNKGGVAVKAHQVKNHM
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 WIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFIKAAIGCGIVESILNWVKFKAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFIKAAIGCGIVESILNWVKFKAQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 VQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLILTEGDSAKTLAVSGLGVVGRDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLILTEGDSAKTLAVSGLGVVGRDK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 YGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKNYEDEDSLKTLRYGKIMIMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKNYEDEDSLKTLRYGKIMIMT
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE0 DQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAFYSLPEFEEWKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAFYSLPEFEEWKS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE0 STPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAISLAFSKKQIDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 STPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAISLAFSKKQIDD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE0 RKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFINKELILFSNSDNERSIPSMVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFINKELILFSNSDNERSIPSMVD
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE0 GLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHHGEMSLMMTIINLAQNFVGSNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHHGEMSLMMTIINLAQNFVGSNN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE0 LNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFPPKDDHTLKFLYDDNQRVEPEW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFPPKDDHTLKFLYDDNQRVEPEW
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE0 YIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRLMDGEEPLPMLPSYKNFKGTIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRLMDGEEPLPMLPSYKNFKGTIE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE0 ELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQVLEPMLNGTEKTPPLITDYREY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQVLEPMLNGTEKTPPLITDYREY
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE0 HTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNSMVLFDHVGCLKKYDTVLDILR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNSMVLFDHVGCLKKYDTVLDILR
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE0 DFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKIDGKIIIENKPKKELIKVLIQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKIDGKIIIENKPKKELIKVLIQR
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE0 GYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVTDSGPTFNYLLDMPLWYLTKEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVTDSGPTFNYLLDMPLWYLTKEK
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE0 KDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELEAVEAKEKQDEQVGLPGKGGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELEAVEAKEKQDEQVGLPGKGGKA
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KE0 KGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKKNKKKIKNENTEGSPQEDGVELEGLKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKKNKKKIKNENTEGSPQEDGVELEGLKQ
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KE0 RLEKKQKREPGTKTKKQTTLAFKPIKKGKKRNPWSDSESDRSSDESNFDVPPRETEPRRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RLEKKQKREPGTKTKKQTTLAFKPIKKGKKRNPWSDSESDRSSDESNFDVPPRETEPRRA
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KE0 ATKTKFTMDLDSDEDFSDFDEKTDDEDFVPSDASPPKTKTSPKLSNKELKPQKSVVSDLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ATKTKFTMDLDSDEDFSDFDEKTDDEDFVPSDASPPKTKTSPKLSNKELKPQKSVVSDLE
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KE0 ADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEITNPVPKKNVTVKKTAAKSQSSTSTTGAKKRAAPKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEITNPVPKKNVTVKKTAAKSQSSTSTTGAKKRAAPKG
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KE0 TKRDPALNSGVSQKPDPAKTKNRRKRKPSTSDDSDSNFEKIVSKAVTSKKSKGESDDFHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TKRDPALNSGVSQKPDPAKTKNRRKRKPSTSDDSDSNFEKIVSKAVTSKKSKGESDDFHM
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530 
pF1KE0 DFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDEDDLF
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDEDDLF
             1510      1520      1530 

>>CCDS82746.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3               (1626 aa)
 initn: 6509 init1: 6179 opt: 6650  Z-score: 4801.4  bits: 901.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6939; 69.3% identity (84.4% similar) in 1568 aa overlap (14-1503:28-1584)

                             10        20               30         
pF1KE0               MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNE-------DAKKRLSVERIYQKKTQ
                                  : :  ::.:       :..:.:::::.::::::
CCDS82 MAKSGGCGAGAGVGGGNGALTWVTLFDQNNAAKKEESETANKNDSSKKLSVERVYQKKTQ
               10        20        30        40        50        60

      40        50        60        70        80        90         
pF1KE0 LEHILLRPDTYIGSVELVTQQMWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRD
       :::::::::::::::: .:: :::::::::.: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LEHILLRPDTYIGSVEPLTQFMWVYDEDVGMNCREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRD
               70        80        90       100       110       120

     100       110       120       130       140       150         
pF1KE0 PKMSCIRVTIDPENNLISIWNNGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVT
        .:.::.:.::::.:.:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KNMTCIKVSIDPESNIISIWNNGKGIPVVEHKVEKVYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVT
              130       140       150       160       170       180

     160       170       180       190       200       210         
pF1KE0 GGRNGYGAKLCNIFSTKFTVETASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITF
       ::::::::::::::::::::::: .:::. ::::::.:: ...: ..: :.:::::::::
CCDS82 GGRNGYGAKLCNIFSTKFTVETACKEYKHSFKQTWMNNMMKTSEAKIKHFDGEDYTCITF
              190       200       210       220       230       240

     220       230       240       250       260       270         
pF1KE0 QPDLSKFKMQSLDKDIVALMVRRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKL
       :::::::::..:::::::::.:::::.::: . :::..::.::::.:::::::.:.::::
CCDS82 QPDLSKFKMEKLDKDIVALMTRRAYDLAGSCRGVKVMFNGKKLPVNGFRSYVDLYVKDKL
              250       260       270       280       290       300

     280       290       300       310       320       330         
pF1KE0 DETGNSLKVIHEQVNHRWEVCLTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVD
       :::: .:::::: .:.::.::::.::::::::::::::::.:::::::::.::.: ::..
CCDS82 DETGVALKVIHELANERWDVCLTLSEKGFQQISFVNSIATTKGGRHVDYVVDQVVGKLIE
              310       320       330       340       350       360

     340       350       360       370       380       390         
pF1KE0 VVKKKNKGGVAVKAHQVKNHMWIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFI
       :::::::.::.::  :::::.:.:.: :::::::::::::::::::::::: :::::::.
CCDS82 VVKKKNKAGVSVKPFQVKNHIWVFINCLIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSKCQLSEKFF
              370       380       390       400       410       420

     400       410       420       430       440       450         
pF1KE0 KAAIGCGIVESILNWVKFKAQVQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLIL
       ::: .::::::::::::::::.:::::::.::...:::::::::::::::..: ::::::
CCDS82 KAASNCGIVESILNWVKFKAQTQLNKKCSSVKYSKIKGIPKLDDANDAGGKHSLECTLIL
              430       440       450       460       470       480

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pF1KE0 TEGDSAKTLAVSGLGVVGRDKYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYK
       :::::::.::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TEGDSAKSLAVSGLGVIGRDRYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYK
              490       500       510       520       530       540

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pF1KE0 KNYEDEDSLKTLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVK
       :.:.: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::
CCDS82 KSYDDAESLKTLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLKHGFLEEFITPIVK
              550       560       570       580       590       600

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pF1KE0 VSKNKQEMAFYSLPEFEEWKSSTPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFK
       .::::::..:::.:::.:::.   :.: ::.::::::::::.::::::::::.:::: :.
CCDS82 ASKNKQELSFYSIPEFDEWKKHIENQKAWKIKYYKGLGTSTAKEAKEYFADMERHRILFR
              610       620       630       640       650       660

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pF1KE0 YSGPEDDAAISLAFSKKQIDDRKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFI
       :.::::::::.::::::.::::::::::::::::::.: ::::..::: .: .:::::::
CCDS82 YAGPEDDAAITLAFSKKKIDDRKEWLTNFMEDRRQRRLHGLPEQFLYGTATKHLTYNDFI
              670       680       690       700       710       720

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pF1KE0 NKELILFSNSDNERSIPSMVDGLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHH
       ::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS82 NKELILFSNSDNERSIPSLVDGFKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSAYHH
              730       740       750       760       770       780

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pF1KE0 GEMSLMMTIINLAQNFVGSNNLNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFP
       ::..:::::.:::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::.:::::::
CCDS82 GEQALMMTIVNLAQNFVGSNNINLLQPIGQFGTRLHGGKDAASPRYIFTMLSTLARLLFP
              790       800       810       820       830       840

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pF1KE0 PKDDHTLKFLYDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRL
         ::. :::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::.:.::::::.::.
CCDS82 AVDDNLLKFLYDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGIGTGWACKLPNYDAREIVNNVRRM
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pF1KE0 MDGEEPLPMLPSYKNFKGTIEELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQV
       .:: .: ::::.::::::::.::. :::..:::. ... .:.::.:::::::::.:::::
CCDS82 LDGLDPHPMLPNYKNFKGTIQELGQNQYAVSGEIFVVDRNTVEITELPVRTWTQVYKEQV
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pF1KE0 LEPMLNGTEKTPPLITDYREYHTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNS
       ::::::::.::: ::.::.::::::::::::::::::::.:: .::::::::::.:::::
CCDS82 LEPMLNGTDKTPALISDYKEYHTDTTVKFVVKMTEEKLAQAEAAGLHKVFKLQTTLTCNS
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pF1KE0 MVLFDHVGCLKKYDTVLDILRDFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKI
       ::::::.::::::.:: :::..::.:::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::
CCDS82 MVLFDHMGCLKKYETVQDILKEFFDLRLSYYGLRKEWLVGMLGAESTKLNNQARFILEKI
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

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pF1KE0 DGKIIIENKPKKELIKVLIQRGYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVT
       .::: :::. ::.::..:.::::.:::::::::::.:. .:   .:..:...  .::: :
CCDS82 QGKITIENRSKKDLIQMLVQRGYESDPVKAWKEAQEKAAEE---DETQNQHDDSSSDSGT
             1090      1100      1110      1120         1130       

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pF1KE0 DSGPTFNYLLDMPLWYLTKEKKDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELE
        ::: :::.:.: :: ::::: .:: . :. : .:.. :::::::::::::::.:.:::.
CCDS82 PSGPDFNYILNMSLWSLTKEKVEELIKQRDAKGREVNDLKRKSPSDLWKEDLAAFVEELD
      1140      1150      1160      1170      1180      1190       

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pF1KE0 AVEAKEKQDEQVGLPGKG-----GKAKGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKK
        ::..:..:  .:. ::.     :: : :: :. :..::: :.:.::.::  :::.: ::
CCDS82 KVESQEREDVLAGMSGKAIKGKVGKPKVKKLQLEETMPSPYGRRIIPEITA-MKADASKK
      1200      1210      1220      1230      1240       1250      

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pF1KE0 NKKKIK------------NENTEGSPQEDGVELEGLKQRLE-------KKQKREPGTKTK
         :: :            .:.  :.: : :.  :.:   .        :..:.::::...
CCDS82 LLKKKKGDLDTAAVKVEFDEEFSGAPVE-GAGEEALTPSVPINKGPKPKREKKEPGTRVR
       1260      1270      1280       1290      1300      1310     

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pF1KE0 KQTTLAFKP-IKKGKKRNPWSDSESDRSSD--ESNFDVPPRETEPRRAAT-KTKFTMDL-
       :  : . ::  :: ::::::::.::   ::  :..  : ::..  ::::. . :.:.:. 
CCDS82 KTPTSSGKPSAKKVKKRNPWSDDESKSESDLEETEPVVIPRDSLLRRAAAERPKYTFDFS
        1320      1330      1340      1350      1360      1370     

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pF1KE0 --------DSDEDFSDFDE--------KTDDED-FVPSDA--------SPPKTKTSPKLS
               :.:.: .:..:         .: :: :::::.        :: :.:..:. :
CCDS82 EEEDDDADDDDDDNNDLEELKVKASPITNDGEDEFVPSDGLDKDEYTFSPGKSKATPEKS
        1380      1390      1400      1410      1420      1430     

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pF1KE0 NKELKPQK--SVVS----DLEADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEI--TNPVPKKNVTVK
        .. : :   .. :    . ...: ...   .    :. :     .  :. ::.:.:   
CCDS82 LHDKKSQDFGNLFSFPSYSQKSEDDSAKFDSNEEDSASVFSPSFGLKQTDKVPSKTV---
        1440      1450      1460      1470      1480      1490     

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pF1KE0 KTAAKSQSSTSTTGAKKRAAPKGTKRDPALNS------GVSQKPDPAKTKNR--RKRKPS
         :::. . .: :  : . :::  :   :.::      :. .:    : :.:  .::: :
CCDS82 --AAKKGKPSSDTVPKPKRAPKQKKVVEAVNSDSDSEFGIPKKTTTPKGKGRGAKKRKAS
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pF1KE0 TSDD-SDSNFEKIVSKAVTSKKSKGESDDFHMDFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDED
        :.. .: :  . .::. :::: :  : :   : :                         
CCDS82 GSENEGDYNPGRKTSKT-TSKKPKKTSFDQDSDVDIFPSDFPTEPPSLPRTGRARKEVKY
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pF1KE0 DLF              
                        
CCDS82 FAESDEEEDDVDFAMFN
    1610      1620      

>>CCDS46776.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3               (1621 aa)
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pF1KE0            MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHILLRPDT
                                     :: :..:.:::::.::::::::::::::::
CCDS46 CGAGAGVGGGNGALTWVNNAAKKEESETANKN-DSSKKLSVERVYQKKTQLEHILLRPDT
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pF1KE0 YIGSVELVTQQMWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMSCIRVTI
       :::::: .:: :::::::::.: ::::::::::::::::::::::::::: .:.::.:.:
CCDS46 YIGSVEPLTQFMWVYDEDVGMNCREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDKNMTCIKVSI
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pF1KE0 DPENNLISIWNNGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKL
       :::.:.:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DPESNIISIWNNGKGIPVVEHKVEKVYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKL
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pF1KE0 CNIFSTKFTVETASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITFQPDLSKFKMQ
       ::::::::::::: .:::. ::::::.:: ...: ..: :.::::::::::::::::::.
CCDS46 CNIFSTKFTVETACKEYKHSFKQTWMNNMMKTSEAKIKHFDGEDYTCITFQPDLSKFKME
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pF1KE0 SLDKDIVALMVRRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKLDETGNSLKVI
       .:::::::::.:::::.::: . :::..::.::::.:::::::.:.:::::::: .::::
CCDS46 KLDKDIVALMTRRAYDLAGSCRGVKVMFNGKKLPVNGFRSYVDLYVKDKLDETGVALKVI
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       :: .:.::.::::.::::::::::::::::.:::::::::.::.: ::..:::::::.::
CCDS46 HELANERWDVCLTLSEKGFQQISFVNSIATTKGGRHVDYVVDQVVGKLIEVVKKKNKAGV
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pF1KE0 AVKAHQVKNHMWIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFIKAAIGCGIVE
       .::  :::::.:.:.: :::::::::::::::::::::::: :::::::.::: .:::::
CCDS46 SVKPFQVKNHIWVFINCLIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSKCQLSEKFFKAASNCGIVE
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pF1KE0 SILNWVKFKAQVQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLILTEGDSAKTLA
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CCDS46 SILNWVKFKAQTQLNKKCSSVKYSKIKGIPKLDDANDAGGKHSLECTLILTEGDSAKSLA
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       ::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: .:::
CCDS46 VSGLGVIGRDRYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKSYDDAESLK
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pF1KE0 TLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::.::::::..:
CCDS46 TLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLKHGFLEEFITPIVKASKNKQELSF
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pF1KE0 YSLPEFEEWKSSTPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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