seq1 = pF1KE1908.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE1908/gi568815581f_45707008.tfa (gi568815581f:45707008_45934761), 227754 bp

>pF1KE1908 1245
>gi568815581f:45707008_45934761 (Chr17)

1-33  (77538-77570)   100% ->
34-121  (100003-100090)   100% ->
122-241  (109456-109575)   100% ->
242-327  (114348-114433)   100% ->
328-434  (122208-122314)   100% ->
435-555  (123087-123207)   100% ->
556-709  (123410-123563)   100% ->
710-770  (123873-123933)   100% ->
771-843  (126131-126203)   100% ->
844-929  (126445-126530)   100% ->
930-1065  (126707-126842)   100% ->
1066-1107  (127000-127041)   100% ->
1108-1245  (127617-127754)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGGGCACCCGCAGCTCCGTCTCGTCAAG         GCCCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  77538 ATGGGAGGGCACCCGCAGCTCCGTCTCGTCAAGGTA...CAGGCCCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTTCTGGGGCTGAACCCCGTCTCTGCCTCCCTCCAGGACCAGCACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 CCTTCTGGGGCTGAACCCCGTCTCTGCCTCCCTCCAGGACCAGCACTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGCCTGTCCCTGGCCAGCAACATCTCAG         GACTGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100061 AGAGCCTGTCCCTGGCCAGCAACATCTCAGGTG...CAGGACTGCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACGCATCCGTGGACCTCATTGGCACCTGCTGGCCCCGCAGCCCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109467 AACGCATCCGTGGACCTCATTGGCACCTGCTGGCCCCGCAGCCCTGCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGCTAGTGGTTCGGCCCTGCCCTGCCTTTTTCTATGGTGTCCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109517 GCAGCTAGTGGTTCGGCCCTGCCCTGCCTTTTTCTATGGTGTCCGCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATACCACAA         ACAATGGCTACCGGGAGTGCCTGGCCAATGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109567 ATACCACAAGTA...CAGACAATGGCTACCGGGAGTGCCTGGCCAATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCTGGGCCGCCCGCGTGAATTACTCCGAGTGCCAGGAGATCCTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114380 AGCTGGGCCGCCCGCGTGAATTACTCCGAGTGCCAGGAGATCCTCAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAG         AAAAAAAGCAAGGTGCACTACCATGTCGCAGTCATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114430 GGAGGTG...CAGAAAAAAAGCAAGGTGCACTACCATGTCGCAGTCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAACTACCTGGGCCACTGTATCTCCCTGGTGGCCCTCCTGGTGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122245 TCAACTACCTGGGCCACTGTATCTCCCTGGTGGCCCTCCTGGTGGCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCCTCTTTCTGCGGCTCAG         GAGCATCCGGTGCCTGCGAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122295 GTCCTCTTTCTGCGGCTCAGGTG...CAGGAGCATCCGGTGCCTGCGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATCATCCACTGGAACCTCATCTCCGCCTTCATCCTGCGCAACGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123108 CATCATCCACTGGAACCTCATCTCCGCCTTCATCCTGCGCAACGCCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGTTCGTGGTCCAGCTAACCATGAGCCCCGAGGTCCACCAGAGCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123158 GGTTCGTGGTCCAGCTAACCATGAGCCCCGAGGTCCACCAGAGCAACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556          GGCTGGTGCAGGTTGGTGACAGCCGCCTACAACTACTTCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123208 GTA...CAGGGCTGGTGCAGGTTGGTGACAGCCGCCTACAACTACTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGACCAACTTCTTCTGGATGTTCGGCGAGGGCTGCTACCTGCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123451 TGTGACCAACTTCTTCTGGATGTTCGGCGAGGGCTGCTACCTGCACACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCATCGTGCTCACCTACTCCACTGACCGGCTGCGCAAATGGATGTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123501 CCATCGTGCTCACCTACTCCACTGACCGGCTGCGCAAATGGATGTTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCATTGGCTGGG         GTGTGCCCTTCCCCATCATTGTGGCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123551 TGCATTGGCTGGGGTG...CAGGTGTGCCCTTCCCCATCATTGTGGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCCATTGGGAAGCTGTACTACGACAATGAGAA         GTGCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123901 GGCCATTGGGAAGCTGTACTACGACAATGAGAAGTA...TAGGTGCTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGGCAAAAGGCCTGGGGTGTACACCGACTACATCTACCAGGGCCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126139 TTGGCAAAAGGCCTGGGGTGTACACCGACTACATCTACCAGGGCCCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCCTGGTCCTGCTG         ATCAATTTCATCTTCCTTTTCAACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126189 ATCCTGGTCCTGCTGGTA...CAGATCAATTTCATCTTCCTTTTCAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CGTCCGCATCCTCATGACCAAGCTCCGGGCATCCACCACGTCTGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126471 CGTCCGCATCCTCATGACCAAGCTCCGGGCATCCACCACGTCTGAGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCAGTACAG         GAAGGCTGTGAAAGCCACTCTGGTGCTGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126521 TTCAGTACAGGTA...CAGGAAGGCTGTGAAAGCCACTCTGGTGCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCCCTCCTGGGCATCACCTACATGCTGTTCTTCGTCAATCCCGGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126738 CCCCTCCTGGGCATCACCTACATGCTGTTCTTCGTCAATCCCGGGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGAGGTCTCCCGGGTCGTCTTCATCTACTTCAACTCCTTCCTGGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126788 TGAGGTCTCCCGGGTCGTCTTCATCTACTTCAACTCCTTCCTGGAATCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCCAG         GGCTTCTTTGTGTCTGTGTTCTACTGTTTCCTCAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126838 TCCAGGTA...CAGGGCTTCTTTGTGTCTGTGTTCTACTGTTTCCTCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AGTGAG         GTCCGTTCTGCCATCCGGAAGAGGTGGCACCGGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127036 AGTGAGGTG...CAGGTCCGTTCTGCCATCCGGAAGAGGTGGCACCGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCAGGACAAGCACTCGATCCGTGCCCGAGTGGCCCGTGCCATGTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127652 GCAGGACAAGCACTCGATCCGTGCCCGAGTGGCCCGTGCCATGTCCATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CCACCTCCCCAACCCGTGTCAGCTTTCACAGCATCAAGCAGTCCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127702 CCACCTCCCCAACCCGTGTCAGCTTTCACAGCATCAAGCAGTCCACAGCA

   1350 
   1243 GTC
        |||
 127752 GTC