seq1 = pF1KE3263.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KE3263/gi568815588f_888480.tfa (gi568815588f:888480_1117224), 228745 bp

>pF1KE3263 1902
>gi568815588f:888480_1117224 (Chr10)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-219  (104010-104180)   100% ->
220-323  (107450-107553)   100% ->
324-460  (107627-107763)   100% ->
461-561  (108729-108829)   100% ->
562-654  (110524-110616)   100% ->
655-846  (112198-112389)   100% ->
847-912  (112469-112534)   100% ->
913-1002  (117339-117428)   100% ->
1003-1113  (118539-118649)   100% ->
1114-1191  (120479-120556)   100% ->
1192-1243  (121050-121101)   100% ->
1244-1344  (121941-122041)   100% ->
1345-1548  (123986-124187)   98% ->
1549-1608  (125774-125833)   100% ->
1609-1752  (127274-127417)   100% ->
1753-1902  (128596-128745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACATTACAACTTCAAGAAAATTACGGTGGTGCCGTCCGCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCACATTACAACTTCAAGAAAATTACGGTGGTGCCGTCCGCCAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GACTTCATAGACCTCACGTTGTCGAAGACTCAACGAAAGACTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGGACTTCATAGACCTCACGTTGTCGAAGACTCAACGAAAGACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAACCGTTATTCATAAACATTACCAAATACATCGCATTAGACATTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 CAACCGTTATTCATAAACATTACCAAATACATCGCATTAGACATTTTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGAGAAAAGTCAAATTTACTCAACAGAATTACCATGATAGACTTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 ATGAGAAAAGTCAAATTTACTCAACAGAATTACCATGATAGACTTTCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTCTAACAGATTTCCCCAAATTGGAT         GATATTCATCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104153 AATTCTAACAGATTTCCCCAAATTGGATGTA...CAGGATATTCATCCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTATGCTGATTTGATGAATATTCTCTACGACAAGGATCATTACAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107463 TCTATGCTGATTTGATGAATATTCTCTACGACAAGGATCATTACAAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCTGGGGCAAATAAATATTGCCAAAAATTTAGTGGACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107513 GCTCTGGGGCAAATAAATATTGCCAAAAATTTAGTGGACAAGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTGCTAAAGATTATGTGCGACTGATGAAGTATGGCGACTCTCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107627 TGTTGCTAAAGATTATGTGCGACTGATGAAGTATGGCGACTCTCTCTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTGCAAACAGCTGAAGCGTGCGGCCCTGGGACGGATGTGCACAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107677 GCTGCAAACAGCTGAAGCGTGCGGCCCTGGGACGGATGTGCACAGTGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAGGCAGAAGCAGAGTTTGGAGTATTTGGAGCAAG         TGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107727 AAGAGGCAGAAGCAGAGTTTGGAGTATTTGGAGCAAGGTG...TAGTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGCATTTATCCCGTTTGCCAACCATTGATCCGAATACCAGGACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108733 TCAGCATTTATCCCGTTTGCCAACCATTGATCCGAATACCAGGACCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTTGTGTGGGTACCCAAATGTTGGGAAGTCCAGCTTCATCAACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108783 TTTTGTGTGGGTACCCAAATGTTGGGAAGTCCAGCTTCATCAACAAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       GTGACGAGAGCAGACGTGGATGTCCAGCCCTATGCGTTCACAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108833 ...CAGGTGACGAGAGCAGACGTGGATGTCCAGCCCTATGCGTTCACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAGTCTCTGTTTGTTGGGCACATGGATTATAAGTATCTACGTTGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110568 CAAGTCTCTGTTTGTTGGGCACATGGATTATAAGTATCTACGTTGGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         GTTGTAGACACTCCTGGGATCCTGGACCACCCTCTGGAGGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110618 TG...TAGGTTGTAGACACTCCTGGGATCCTGGACCACCCTCTGGAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGGAACACCATCGAGATGCAGGCCATCACTGCCCTGGCCCACCTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112240 AGGAACACCATCGAGATGCAGGCCATCACTGCCCTGGCCCACCTCCGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCGGTCCTGTATGTGATGGATTTGTCTGAGCAGTGTGGGCATGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112290 TGCGGTCCTGTATGTGATGGATTTGTCTGAGCAGTGTGGGCATGGGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGAGCAGCTAGAACTCTTCCAGAACATCAGACCTCTCTTCATCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112340 GGGAGCAGCTAGAACTCTTCCAGAACATCAGACCTCTCTTCATCAACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          CCTCTCATAGTTGTAGCCAACAAATGTGATGTGAAGAGAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112390 GTG...TAGCCTCTCATAGTTGTAGCCAACAAATGTGATGTGAAGAGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCTGAACTTTCTGAAGATGATCAG         AAAATATTTACAGATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112510 AGCTGAACTTTCTGAAGATGATCAGGTA...CAGAAAATATTTACAGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCAGTCTGAAGGATTCCCTGTAATAGAGACCAGCACCCTGACTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117355 TGCAGTCTGAAGGATTCCCTGTAATAGAGACCAGCACCCTGACTGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGTGTTATTAAAGTTAAAACAGAG         GCTTGCGATAGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117405 GGTGTTATTAAAGTTAAAACAGAGGTC...TAGGCTTGCGATAGGCTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCTCATCGAGTGGAAACCAAAATGAAGGGAAATAAAGTGAATGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118556 GGCTCATCGAGTGGAAACCAAAATGAAGGGAAATAAAGTGAATGAGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGAATAGACTGCACCTGGCTATCCCAACCAGGAGGGACGATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118606 TGAATAGACTGCACCTGGCTATCCCAACCAGGAGGGACGATAAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    GAGAGGCCCCCTTTCATCCCTGAAGGAGTGGTGGCTCGCAGGAAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120476 CAGGAGAGGCCCCCTTTCATCCCTGAAGGAGTGGTGGCTCGCAGGAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GATGGAAACTGAGGAGTCCAGGAAGAAGAGG         GAACGAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120526 GATGGAAACTGAGGAGTCCAGGAAGAAGAGGGTA...CAGGAACGAGATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTGAGCTGGAAATGGGAGATGATTATATTTTGGATCTTCAGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121060 TTGAGCTGGAAATGGGAGATGATTATATTTTGGATCTTCAGAGTA...TA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1244  AGTACTGGGATTTAATGAATTTGTCTGAAAAACATGATAAGATACCAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121940 GAGTACTGGGATTTAATGAATTTGTCTGAAAAACATGATAAGATACCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AATCTGGGAAGGCCATAATATAGCTGATTATATTGATCCAGCCATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121990 AATCTGGGAAGGCCATAATATAGCTGATTATATTGATCCAGCCATCATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AG         AAATTGGAAGAATTAGAAAAAGAAGAAGAGCTGAGAACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122040 AGGTT...AAGAAATTGGAAGAATTAGAAAAAGAAGAAGAGCTGAGAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GCTGCTGGAGAGTATGACAGTGTATCTGAGAGTGAAGACGAAGAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124025 GCTGCTGGAGAGTATGACAGTGTATCTGAGAGTGAAGACGAAGAGATGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGAAATCCGACAGCTGGCAAAGCAAATTCGAGAGAAAAAGAAGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124075 GGAAATCCGACAGCTGGCAAAGCAAATTCGAGAGAAAAAGAAGTTGAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TTCTGGAGTCCAAAGAAAAGAATACACAGGGACCCAGGATGCCGCGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124125 TTCTGGAGTCCAAAGAAAAGAATACACAGGGACCCAGGATGCCGCGAACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCTAAGAAGGTTCAG         AGGACAGTTTTGGAGAAGGAGATGCG
        ||||||||||--|| >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124175 GCTAAGAAGG  CAAGTT...CAGAGGACAGTTTTGGAGAAGGAGATGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TAGTCTTGGTGTTGACATGGACGATAAAGACGAT         GCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125800 TAGTCTTGGTGTTGACATGGACGATAAAGACGATGTG...CAGGCCCATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 ACGCAGTCCAGGCAAGAAGATCCCGGAGCATCACTAGGAAAAGAAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127281 ACGCAGTCCAGGCAAGAAGATCCCGGAGCATCACTAGGAAAAGAAAGCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GAAGACTCTGCTCCCCCGTCCTCTGTGGCCCGGAGTGGGAGTTGCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127331 GAAGACTCTGCTCCCCCGTCCTCTGTGGCCCGGAGTGGGAGTTGCTCTCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AACTCCACGTGACGTTTCTGGTCTTAGGGATGTCAAG         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127381 AACTCCACGTGACGTTTCTGGTCTTAGGGATGTCAAGGTC...TAGATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGAAGAAAGCCAAGACTATGATGAAGAATGCTCAGAAGAAGATGAATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128600 TGAAGAAAGCCAAGACTATGATGAAGAATGCTCAGAAGAAGATGAATCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TTGGGGAAGAAAGGGGAGGCGGATAGACACGTGTTTGATATGAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128650 TTGGGGAAGAAAGGGGAGGCGGATAGACACGTGTTTGATATGAAGCCCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1857 GCACTTGCTGTCTGGGAAGAGGAAAGCTGGTAAAAAGGACAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128700 GCACTTGCTGTCTGGGAAGAGGAAAGCTGGTAAAAAGGACAGGAGA