seq1 = pF1KE3510.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE3510/gi568815578r_338589.tfa (gi568815578r:338589_562405), 223817 bp

>pF1KE3510 1209
>gi568815578r:338589_562405 (Chr20)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-256  (114332-114517)   100% ->
257-337  (117276-117356)   100% ->
338-524  (120363-120549)   100% ->
525-626  (120717-120818)   100% ->
627-768  (122017-122158)   100% ->
769-956  (123111-123298)   100% ->
957-1209  (123565-123817)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTCCGGAGTGCGCAGGGCGACGGCCCCACCTCCGGCCACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTCCGGAGTGCGCAGGGCGACGGCCCCACCTCCGGCCACTGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCGCGGAGAAGGCAG         ACTTTAACGCCAAAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGGCGCGGAGAAGGCAGGTA...CAGACTTTAACGCCAAAAGGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAAGTGGCAGAGATACACCAGGCTCTGAACAGTGATCCCACTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114353 AGAAAGTGGCAGAGATACACCAGGCTCTGAACAGTGATCCCACTGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCCCTTAGACGCATGGCTATCAGTGAAGGAGGGCTCCTGACTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114403 GCTGCCCTTAGACGCATGGCTATCAGTGAAGGAGGGCTCCTGACTGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATCAGACGAAAAGTGTGGCCCAAGCTCCTCAATGTCAATGCCAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114453 GATCAGACGAAAAGTGTGGCCCAAGCTCCTCAATGTCAATGCCAATGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCTCCTATATCAG         GGAAGAACCTACGGCAGATGAGCAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114503 CACCTCCTATATCAGGTA...TAGGGAAGAACCTACGGCAGATGAGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTACCAACAAGTGTTGCTGGACGTCCGGCGGTCATTGCGGCGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117302 GACTACCAACAAGTGTTGCTGGACGTCCGGCGGTCATTGCGGCGGTTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTG         GCATGCCAGAGGAACAGAGAGAAGGGCTCCAGGAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117352 TCCTGGTG...CAGGCATGCCAGAGGAACAGAGAGAAGGGCTCCAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACTGATTGACATCATCCTCCTCATCTTGGAGCGCAACCCTCAGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120399 AACTGATTGACATCATCCTCCTCATCTTGGAGCGCAACCCTCAGCTGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACTACCAGGGCTACCATGACATTGTGGTCACATTTCTGCTGGTGGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120449 TACTACCAGGGCTACCATGACATTGTGGTCACATTTCTGCTGGTGGTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAGAGGCTGGCAACATCCCTGGTAGAAAAATTATCTACCCACCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120499 CGAGAGGCTGGCAACATCCCTGGTAGAAAAATTATCTACCCACCACCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 G         GGATTTTATGGATCCAACAATGGACAACACCAAGCATATA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120549 GGTA...CAGGGATTTTATGGATCCAACAATGGACAACACCAAGCATATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTAAACTATCTGATGCCCATCATTGACCAGGTGAATCCAGAGCTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120757 TTAAACTATCTGATGCCCATCATTGACCAGGTGAATCCAGAGCTCCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTCATGCAGAG         TGCTGAGGTAGGGACCATCTTTGCCCTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120807 CTTCATGCAGAGGTA...TAGTGCTGAGGTAGGGACCATCTTTGCCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTGGCTCATCACCTGGTTTGGGCATGTCCTGTCTGACTTCAGGCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122046 GCTGGCTCATCACCTGGTTTGGGCATGTCCTGTCTGACTTCAGGCACGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCGGTTATATGACTTCTTCCTGGCCTGCCACCCACTGATGCCGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122096 GTGCGGTTATATGACTTCTTCCTGGCCTGCCACCCACTGATGCCGATTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTTGCAGCCGTG         ATTGTGTTGTATCGCGAGCAGGAAGTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122146 CTTTGCAGCCGTGGTA...CAGATTGTGTTGTATCGCGAGCAGGAAGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGACTGTGACTGTGACATGGCCTCGGTCCACCACCTGTTGTCCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123139 TGGACTGTGACTGTGACATGGCCTCGGTCCACCACCTGTTGTCCCAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTCAGGACTTGCCCTATGAGACACTGATCAGCAGAGCAGGAGACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123189 CCTCAGGACTTGCCCTATGAGACACTGATCAGCAGAGCAGGAGACCTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTTCAGTTTCCCCCATCCGAACTTGCTCGGGAGGCCGCTGCCCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123239 TGTTCAGTTTCCCCCATCCGAACTTGCTCGGGAGGCCGCTGCCCAACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGCTGAGAG         GACGGCAGCCTCTACTTTCAAAGACTTTGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123289 AAGCTGAGAGGTG...CAGGACGGCAGCCTCTACTTTCAAAGACTTTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGCATCAGCCCAGCAGAGGCCTGATATGGTGCTGCGGCAGCGGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123596 CTGGCATCAGCCCAGCAGAGGCCTGATATGGTGCTGCGGCAGCGGTTTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGACTTCTGCGGCCTGAAGATCGAACAAAAGATGTCCTGACCAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123646 GGGACTTCTGCGGCCTGAAGATCGAACAAAAGATGTCCTGACCAAGCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGACCAACCGCTTTGTGAAATTGGCAGTGATGGGGCTGACAGTGGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123696 GGACCAACCGCTTTGTGAAATTGGCAGTGATGGGGCTGACAGTGGCACTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAGCGGCTGCACTGGCTGTGGTGAAAAGTGCCCTGGAATGGGCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123746 GGAGCGGCTGCACTGGCTGTGGTGAAAAGTGCCCTGGAATGGGCCCCTAA

   1250     .    :    .    :
   1188 GTTTCAGCTGCAGCTGTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||
 123796 GTTTCAGCTGCAGCTGTTTCCC