Result of FASTA (ccds) for pF1KE2393
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2393, 498 aa
  1>>>pF1KE2393 498 - 498 aa - 498 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6980+/-0.000922; mu= 11.2345+/- 0.055
 mean_var=90.3422+/-17.962, 0's: 0 Z-trim(107.8): 78  B-trim: 71 in 1/50
 Lambda= 0.134936
 statistics sampled from 9704 (9784) to 9704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.301), width:  16
 Scan time:  3.000

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498) 3350 662.4 3.3e-190
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502) 2080 415.1 8.8e-116
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494) 1460 294.4 1.9e-79
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8         ( 479) 1317 266.6 4.4e-71
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489) 1292 261.7 1.3e-69
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505) 1292 261.7 1.3e-69
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627) 1284 260.2 4.8e-69
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529) 1281 259.6 6.2e-69
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514) 1201 244.0 2.9e-64
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458) 1190 241.9 1.2e-63
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 468) 1151 234.3 2.3e-61
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457) 1116 227.4 2.5e-59
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 502) 1052 215.0 1.5e-55
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 531) 1052 215.0 1.6e-55
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  964 197.9 2.1e-50
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2         ( 482)  964 197.9 2.1e-50
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11       ( 450)  953 195.7 8.9e-50
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 231)  780 161.9 6.7e-40
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17        ( 501)  777 161.5   2e-39
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2          ( 502)  765 159.1   1e-38
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 412)  749 156.0 7.4e-38
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  672 141.0 2.7e-33
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  671 140.8 3.2e-33
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2          ( 517)  669 140.4 4.4e-33
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  583 123.7 4.8e-28
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2           ( 517)  564 120.0 6.3e-27
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17         ( 493)  557 118.6 1.6e-26
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  549 117.1 4.3e-26
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  541 115.5 1.3e-25
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 321)  538 114.9 1.4e-25
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  540 115.3 1.4e-25
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  496 106.7 5.3e-23
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 441)  462 100.1 5.2e-21
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  462 100.1 5.3e-21
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 482)  380 84.2 3.6e-16
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 160)  362 80.5 1.5e-15
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  334 75.2 1.7e-13
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  334 75.2 1.9e-13
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440)  327 73.8 4.2e-13
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475)  317 71.9 1.7e-12
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467)  314 71.3 2.6e-12
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462)  310 70.5 4.4e-12
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492)  307 70.0 6.9e-12
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453)  305 69.6 8.4e-12
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554)  305 69.6   1e-11
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  299 68.3 1.3e-11
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456)  300 68.6 1.7e-11
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467)  299 68.4 1.9e-11
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474)  299 68.4   2e-11
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512)  299 68.4 2.1e-11


>>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15             (498 aa)
 initn: 3350 init1: 3350 opt: 3350  Z-score: 3528.3  bits: 662.4 E(32554): 3.3e-190
Smith-Waterman score: 3350; 100.0% identity (100.0% similar) in 498 aa overlap (1-498:1-498)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKLQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKLQL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 SLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLYNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLYNN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 ADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDHTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDHTE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 IDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDPSYVDVTYDFIIKRKPLFYTINLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDPSYVDVTYDFIIKRKPLFYTINLI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 IPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVPLIGKYLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVPLIGKYLM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 FTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPDSSPARAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPDSSPARAF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAGSTPVAIPRDFWLRSSGRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAGSTPVAIPRDFWLRSSGRF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 RQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTVGLFLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTVGLFLP
              430       440       450       460       470       480

              490        
pF1KE2 PLFQTHAASEGPYAAQRD
       ::::::::::::::::::
CCDS10 PLFQTHAASEGPYAAQRD
              490        

>>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1               (502 aa)
 initn: 2087 init1: 1763 opt: 2080  Z-score: 2192.1  bits: 415.1 E(32554): 8.8e-116
Smith-Waterman score: 2080; 64.8% identity (83.1% similar) in 486 aa overlap (7-489:11-489)

                   10        20        30        40        50      
pF1KE2     MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISI
                 :. : :. ::.  .   ...::.:.. ::. .:::.::::::..:.:...
CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLLRLCS--GVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTV
               10        20          30        40        50        

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE2 KLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIV
       .:..::::::::.:::::::::::: ::: ::::::.  ...... .:.:.:.:::::.:
CCDS10 QLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVV
       60        70        80        90       100       110        

        120       130       140       150       160       170      
pF1KE2 LYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTY
       ::::::: :::: :.: .:  .::..::::::::::::::::.:::::::::.:::::::
CCDS10 LYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTY
      120       130       140       150       160       170        

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE2 DHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDPSYVDVTYDFIIKRKPLFYT
       :.::::.:: . .::.::::::::::::::::::. ::.: .:::.::::::.:::::::
CCDS10 DRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDSTYVDITYDFIIRRKPLFYT
      180       190       200       210       220       230        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE2 INLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVPLIG
       ::::::::: : ::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::.:
CCDS10 INLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSLDVPLVG
      240       250       260       270       280       290        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE2 KYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPDSSP
       ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::  ::.:::..:::..:    . 
CCDS10 KYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQPRHHCAR
      300       310       320       330       340       350        

        360       370       380       390          400       410   
pF1KE2 ARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASA---ASKSPAGSTPVAIPRDFW
        : .   .    .  : :     .    .   ::: ::.   :.   :  .::: :    
CCDS10 QR-LRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPVAGPG---
      360        370       380       390       400       410       

           420       430       440       450       460       470   
pF1KE2 LRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLG
        ::.      ..::..:: :::.::...:.:::: :::::::::.::::::.:.::::.:
CCDS10 -RSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCVFG
           420       430       440       450       460       470   

           480       490            
pF1KE2 TVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD    
       :.:.:: ::::.....             
CCDS10 TIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
           480       490       500  

>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8               (494 aa)
 initn: 1301 init1: 718 opt: 1460  Z-score: 1539.9  bits: 294.4 E(32554): 1.9e-79
Smith-Waterman score: 1460; 45.6% identity (73.8% similar) in 474 aa overlap (21-483:28-488)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE2        MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQL
                                  :    .::.:.  :.  ..::..:::. . :. 
CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLF--SHYNQFIRPVENVSDP
               10        20        30        40          50        

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE2 ISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLP
       ..........:: .:.: .::: ::.::.. :.::.: :.  .:.:.. ::.:: .:: :
CCDS61 VTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
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           120       130       140       150       160       170   
pF1KE2 DIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRS
       :::::::: : ..:   :. ... :: . : ::::.::.: ... .::::.:::.::: :
CCDS61 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
      120       130       140       150       160       170        

           180       190       200       210          220       230
pF1KE2 WTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRR---TVNPQDPSYVDVTYDFIIKR
       ::::..:::....   ..:.::  ..::.:.   : .     :  .  :.:.::.: :.:
CCDS61 WTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRR
      180       190       200       210       220       230        

              240       250       260       270       280       290
pF1KE2 KPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSL
        :.::::::::::.. ..:..::::::::::::.::::::::.:: :::.:.. .: :::
CCDS61 LPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSL
      240       250       260       270       280       290        

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pF1KE2 DVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRP
        :::.:.::.:::..::.:::..: :::.:.:.:.::::  :::  ::. ::  :.:. :
CCDS61 VVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWP
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pF1KE2 -------GPDSSP-ARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAG
              : :. : . :  :.:. .      :.   : ..        .   :.::   .
CCDS61 LDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKL------ASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLS
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pF1KE2 STPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLF
         :.      :.  ...   .:......:.:::..::. .: . : .:::::::::::.:
CCDS61 HQPLQ-----WVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF
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pF1KE2 LWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
       ::::..:::.::.:::: ::.               
CCDS61 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS         
       470       480       490             

>>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8              (479 aa)
 initn: 1216 init1: 597 opt: 1317  Z-score: 1389.7  bits: 266.6 E(32554): 4.4e-71
Smith-Waterman score: 1361; 43.9% identity (71.1% similar) in 474 aa overlap (21-483:28-473)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE2        MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQL
                                  :    .::.:.  :.  ..::..:::. . :. 
CCDS56 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLF--SHYNQFIRPVENVSDP
               10        20        30        40          50        

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE2 ISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLP
       ..........:: .:                :.::.: :.  .:.:.. ::.:: .:: :
CCDS56 VTVHFEVAITQLANVI---------------WNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
       60        70                       80        90       100   

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pF1KE2 DIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRS
       :::::::: : ..:   :. ... :: . : ::::.::.: ... .::::.:::.::: :
CCDS56 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
           110       120       130       140       150       160   

           180       190       200       210          220       230
pF1KE2 WTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRR---TVNPQDPSYVDVTYDFIIKR
       ::::..:::....   ..:.::  ..::.:.   : .     :  .  :.:.::.: :.:
CCDS56 WTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRR
           170       180       190       200       210       220   

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pF1KE2 KPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSL
        :.::::::::::.. ..:..::::::::::::.::::::::.:: :::.:.. .: :::
CCDS56 LPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSL
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pF1KE2 DVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRP
        :::.:.::.:::..::.:::..: :::.:.:.:.::::  :::  ::. ::  :.:. :
CCDS56 VVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWP
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pF1KE2 -------GPDSSP-ARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAG
              : :. : . :  :.:. .      :.   : ..        .   :.::   .
CCDS56 LDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKL------ASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLS
           350       360             370       380       390       

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pF1KE2 STPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLF
         :.      :.  ...   .:......:.:::..::. .: . : .:::::::::::.:
CCDS56 HQPLQ-----WVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF
       400            410       420       430       440       450  

            470       480       490        
pF1KE2 LWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
       ::::..:::.::.:::: ::.               
CCDS56 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS         
            460       470                  

>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (489 aa)
 initn: 1310 init1: 670 opt: 1292  Z-score: 1363.2  bits: 261.7 E(32554): 1.3e-69
Smith-Waterman score: 1315; 45.1% identity (73.3% similar) in 450 aa overlap (5-443:15-460)

                         10        20        30        40        50
pF1KE2           MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSS
                     : :.:..:..:   .  :...::..:.. :..   ::..:::... 
CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVA--RASEAEHRLFERLFED--YNEIIRPVANV
               10        20          30        40          50      

               60        70        80        90       100       110
pF1KE2 SQLISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRI
       :. . :....:..::..:.: .::: ::.:::: :.::.: :: : : :....:.::..:
CCDS53 SDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKI
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              120       130       140       150       160       170
pF1KE2 WLPDIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLK
       : ::::::::: : ..:.  :. ... .: : :.::::.::.:::.: ::::: ::::.:
CCDS53 WKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMK
        120       130       140       150       160       170      

              180       190       200       210          220       
pF1KE2 FRSWTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRR---TVNPQDPSYVDVTYDFI
       : ::.::...::.::.  . .. :.  :::: :.  :: .     :  .  : :.::.. 
CCDS53 FGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLY
        180       190       200       210       220       230      

       230       240       250       260       270       280       
pF1KE2 IKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPP
       :.: ::::::::::::.: ..:..::::::::::::.::::::::.:: :::.:.. .: 
CCDS53 IRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPS
        240       250       260       270       280       290      

       290       300       310       320       330       340       
pF1KE2 TSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFM
       ::: .::::.::.:::..::.::: .: :::::.:.:.::::  :::  ::. ::  .::
CCDS53 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFM
        300       310       320       330       340       350      

       350       360              370       380       390       400
pF1KE2 KRPGPDSSPARAFPP-------SKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSP
        ::  . . :.   :       . .: .. :. . . .     :   :  .     :.  
CCDS53 TRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFS
        360       370       380       390       400       410      

              410        420       430       440       450         
pF1KE2 AGSTPVAIPRDF-WLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVD
       :. :  .  ..   . : . .  ...::...:..::..:: ..:                
CCDS53 ANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQQLKRK
        420       430       440       450       460       470      

     460       470       480       490        
pF1KE2 RLFLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
                                              
CCDS53 EKSTETSDQEPGL                          
        480                                   

>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (505 aa)
 initn: 1514 init1: 670 opt: 1292  Z-score: 1363.0  bits: 261.7 E(32554): 1.3e-69
Smith-Waterman score: 1519; 46.5% identity (74.1% similar) in 495 aa overlap (5-488:15-505)

                         10        20        30        40        50
pF1KE2           MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSS
                     : :.:..:..:   .  :...::..:.. :..   ::..:::... 
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVA--RASEAEHRLFERLFED--YNEIIRPVANV
               10        20          30        40          50      

               60        70        80        90       100       110
pF1KE2 SQLISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRI
       :. . :....:..::..:.: .::: ::.:::: :.::.: :: : : :....:.::..:
CCDS10 SDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKI
         60        70        80        90       100       110      

              120       130       140       150       160       170
pF1KE2 WLPDIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLK
       : ::::::::: : ..:.  :. ... .: : :.::::.::.:::.: ::::: ::::.:
CCDS10 WKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMK
        120       130       140       150       160       170      

              180       190       200       210          220       
pF1KE2 FRSWTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRR---TVNPQDPSYVDVTYDFI
       : ::.::...::.::.  . .. :.  :::: :.  :: .     :  .  : :.::.. 
CCDS10 FGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLY
        180       190       200       210       220       230      

       230       240       250       260       270       280       
pF1KE2 IKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPP
       :.: ::::::::::::.: ..:..::::::::::::.::::::::.:: :::.:.. .: 
CCDS10 IRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPS
        240       250       260       270       280       290      

       290       300       310       320       330       340       
pF1KE2 TSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFM
       ::: .::::.::.:::..::.::: .: :::::.:.:.::::  :::  ::. ::  .::
CCDS10 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFM
        300       310       320       330       340       350      

       350       360              370       380       390       400
pF1KE2 KRPGPDSSPARAFPP-------SKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSP
        ::  . . :.   :       . .: .. :. . . .     :   :  .     :.  
CCDS10 TRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFS
        360       370       380       390       400       410      

              410        420       430       440       450         
pF1KE2 AGSTPVAIPRDF-WLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVD
       :. :  .  ..   . : . .  ...::...:..::..:: ..: . . .::::::::.:
CCDS10 ANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVID
        420       430       440       450       460       470      

     460       470       480       490        
pF1KE2 RLFLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
       :.::::: .::.:::.:::: ::.  . :          
CCDS10 RIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA          
        480       490       500               

>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20             (627 aa)
 initn: 1537 init1: 645 opt: 1284  Z-score: 1353.1  bits: 260.2 E(32554): 4.8e-69
Smith-Waterman score: 1287; 49.4% identity (73.5% similar) in 419 aa overlap (2-405:10-425)

                       10        20           30        40         
pF1KE2         MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRV---ANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATS
                :  : :.:.. ..:  :.. .:   :.:::.:.  :.  . ::.  ::...
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLL-RASSHVETRAHAEERLLKKLF--SGYNKWSRPVAN
               10        20         30        40          50       

      50        60        70        80        90       100         
pF1KE2 SSQLISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKR
        :... ... ::.::::.:.:..:.::::::.:::: ::.: :. . ::.:. .:::.. 
CCDS13 ISDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSEL
        60        70        80        90       100       110       

     110       120       130       140       150       160         
pF1KE2 IWLPDIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTL
       :: ::::::::::: . :.  :.  .  .: : : :::::::.:.:.: .:::::::::.
CCDS13 IWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTM
       120       130       140       150       160       170       

     170       180       190       200       210          220      
pF1KE2 KFRSWTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQD---PSYVDVTYDF
       :: :::::...::.: :   ... ::  :::: ::   :  ..   .     : :.:: :
CCDS13 KFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAF
       180       190       200       210       220       230       

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE2 IIKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVP
       .:.: ::::::::::::.: . :..:::::::.::::.::::::::.:: :::::..:.:
CCDS13 VIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIP
       240       250       260       270       280       290       

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE2 PTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLF
        ::: .::::.::.:::..::.::: .: ::::::::: ::::  ::.: ::  .: .:.
CCDS13 STSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLL
       300       310       320       330       340       350       

        350       360              370       380        390        
pF1KE2 MKRPGPDSSPARAFPPSKSCVT-------KPEATATSTSPS-NFYGNSMYFVNPASA-AS
       ::::.  ..  : .  :   ..       .::.   .:: . ...  :  :  : .. : 
CCDS13 MKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAE
       360       370       380       390       400       410       

       400       410       420       430       440       450       
pF1KE2 KSPAGSTPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMV
        .:. ..:                                                    
CCDS13 PGPSCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEA
       420       430       440       450       460       470       

>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8               (529 aa)
 initn: 1560 init1: 672 opt: 1281  Z-score: 1351.1  bits: 259.6 E(32554): 6.2e-69
Smith-Waterman score: 1540; 50.2% identity (73.9% similar) in 472 aa overlap (27-483:59-525)

                   10        20        30        40        50      
pF1KE2     MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISI
                                     :..:.  :.    ::   ::. ..:... .
CCDS60 AKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRG--YNRWARPVPNTSDVVIV
       30        40        50        60          70        80      

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE2 KLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIV
       .. ::.::::.:.:..:.:::::::::::.::.: :: . . ... ::.:.. ::.::::
CCDS60 RFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIV
         90       100       110       120       130       140      

        120       130       140       150       160       170      
pF1KE2 LYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTY
       ::::::: . :. .:.  . :.:.: :.:::::::.:.:.: .:::::::: .:: ::::
CCDS60 LYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTY
        150       160       170       180       190       200      

        180       190       200       210          220       230   
pF1KE2 DHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQD---PSYVDVTYDFIIKRKPL
       :...::.  :  :... :.  :::: ::   :  . .  :     : :::: :.:.: ::
CCDS60 DKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPL
        210       220       230       240       250       260      

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE2 FYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVP
       ::::::::::.: . :..::::::::::::.::::::::.:: :::::..:.: ::: .:
CCDS60 FYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIP
        270       280       290       300       310       320      

           300       310       320       330       340       350   
pF1KE2 LIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPD
       :::.::.:::..::.::: .: ::::::::::::::  ::.  .:  .: .:.:.:: : 
CCDS60 LIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRPPPP
        330       340       350       360       370       380      

               360           370       380         390       400   
pF1KE2 ---SSPAR-AFPPS----KSCVTKPEATATSTSPSNFY--GNSMYFVNPASAASKSPAGS
            : :  . ::    .: :   :  ..    . .   :.    :.   . ..  .:.
CCDS60 VELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGA
        390       400       410       420       430       440      

           410       420         430       440       450       460 
pF1KE2 TPVAIPRDFWLRSSGRF--RQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRL
       .    :.   : . :..     .:.::::: .::.:....: :.:: :::::::::.::.
CCDS60 SG---PKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRI
           450       460       470       480       490       500   

             470       480       490        
pF1KE2 FLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
       :::.:..:: :::.::::::..               
CCDS60 FLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI           
           510       520                    

>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8              (514 aa)
 initn: 1483 init1: 621 opt: 1201  Z-score: 1267.1  bits: 244.0 E(32554): 2.9e-64
Smith-Waterman score: 1460; 51.7% identity (74.2% similar) in 431 aa overlap (68-483:83-510)

        40        50        60        70        80        90       
pF1KE2 TRYNNLIRPATSSSQLISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRY
                                     :.:..:.:::::::::::.::.: :: . .
CCDS64 GSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDF
             60        70        80        90       100       110  

       100       110       120       130       140       150       
pF1KE2 EGVNILRIPAKRIWLPDIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEV
        ... ::.:.. ::.::::::::::: . :. .:.  . :.:.: :.:::::::.:.:.:
CCDS64 GNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDV
            120       130       140       150       160       170  

       160       170       180       190       200       210       
pF1KE2 KYFPFDQQNCTLKFRSWTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQD-
        .:::::::: .:: :::::...::.  :  :... :.  :::: ::   :  . .  : 
CCDS64 TFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDC
            180       190       200       210       220       230  

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE2 --PSYVDVTYDFIIKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLAL
           : :::: :.:.: ::::::::::::.: . :..::::::::::::.::::::::.:
CCDS64 CAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSL
            240       250       260       270       280       290  

          280       290       300       310       320       330    
pF1KE2 TFFLLLISKIVPPTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVK
       : :::::..:.: ::: .::::.::.:::..::.::: .: ::::::::::::::  ::.
CCDS64 TVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVR
            300       310       320       330       340       350  

          340       350           360           370       380      
pF1KE2 RCFLHKLPTFLFMKRPGPD---SSPAR-AFPPS----KSCVTKPEATATSTSPSNFY--G
         .:  .: .:.:.:: :      : :  . ::    .: :   :  ..    . .   :
CCDS64 GALLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAG
            360       370       380       390       400       410  

          390       400       410       420         430       440  
pF1KE2 NSMYFVNPASAASKSPAGSTPVAIPRDFWLRSSGRF--RQDVQEALEGVSFIAQHMKNDD
       .    :.   . ..  .:..    :.   : . :..     .:.::::: .::.:....:
CCDS64 HVAPSVGTLCSHGHLHSGASG---PKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSED
            420       430          440       450       460         

            450       460       470       480       490        
pF1KE2 EDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
        :.:: :::::::::.::.:::.:..:: :::.::::::..               
CCDS64 ADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI           
     470       480       490       500       510               

>>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8               (458 aa)
 initn: 1229 init1: 667 opt: 1190  Z-score: 1256.4  bits: 241.9 E(32554): 1.2e-63
Smith-Waterman score: 1294; 43.0% identity (71.7% similar) in 467 aa overlap (19-482:21-450)

                 10        20        30        40        50        
pF1KE2   MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKL
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