Result of FASTA (ccds) for pF1KB5968
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5968, 556 aa
  1>>>pF1KB5968 556 - 556 aa - 556 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4171+/-0.000884; mu= 13.9412+/- 0.053
 mean_var=96.0457+/-18.958, 0's: 0 Z-trim(108.0): 126  B-trim: 2 in 1/52
 Lambda= 0.130869
 statistics sampled from 9778 (9906) to 9778 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.304), width:  16
 Scan time:  2.890

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556) 3807 729.3  3e-210
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 548) 3384 649.4 3.2e-186
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 468) 3124 600.3 1.7e-171
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 523) 3113 598.2 7.8e-171
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9            ( 459) 1967 381.8 9.5e-106
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1           ( 497)  950 189.8 6.4e-48
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1            ( 518)  950 189.8 6.7e-48
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17         ( 614)  438 93.2 9.7e-19
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3          ( 579)  428 91.3 3.4e-18
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9           ( 461)  419 89.6 9.1e-18
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  417 89.2 1.2e-17
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  415 88.8 1.3e-17
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  415 88.8 1.5e-17
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  415 88.8 1.5e-17
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  407 87.3 4.4e-17
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  407 87.3 4.4e-17
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462)  399 85.8 1.3e-16
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  399 85.8 1.3e-16
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  399 85.8 1.3e-16
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12          ( 603)  399 85.8 1.6e-16
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 477)  396 85.2 1.9e-16
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 505)  396 85.2   2e-16
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22         ( 468)  389 83.9 4.7e-16
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1           ( 340)  385 83.1 6.1e-16
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 541)  387 83.6 6.9e-16
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1            ( 463)  385 83.1 7.8e-16
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5           ( 423)  384 82.9 8.3e-16
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6            ( 533)  385 83.2 8.8e-16
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6           ( 537)  385 83.2 8.9e-16
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1          ( 469)  380 82.2 1.5e-15
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 495)  380 82.2 1.6e-15
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 475)  379 82.0 1.8e-15
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 476)  379 82.0 1.8e-15
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 414)  377 81.6   2e-15
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 626)  374 81.1 4.3e-15
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 637)  374 81.1 4.3e-15
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 480)  372 80.7 4.4e-15
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 361)  369 80.1 5.2e-15
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 402)  369 80.1 5.7e-15
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 410)  369 80.1 5.7e-15
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 441)  369 80.1 6.1e-15
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 451)  369 80.1 6.2e-15
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 490)  369 80.1 6.7e-15
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3            ( 461)  364 79.2 1.2e-14
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  363 79.0 1.3e-14
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  362 78.8 1.4e-14
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6           ( 385)  353 77.1 4.4e-14
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6          ( 422)  353 77.1 4.8e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2           ( 598)  351 76.8 8.3e-14
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14          ( 508)  349 76.4 9.4e-14


>>CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (556 aa)
 initn: 3807 init1: 3807 opt: 3807  Z-score: 3888.2  bits: 729.3 E(32554): 3e-210
Smith-Waterman score: 3807; 100.0% identity (100.0% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-556)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARRDELFGILQILHQCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARRDELFGILQILHQCI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 LSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
              490       500       510       520       530       540

              550      
pF1KB5 KELFTSEFEPAMQIDG
       ::::::::::::::::
CCDS10 KELFTSEFEPAMQIDG
              550      

>>CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (548 aa)
 initn: 3417 init1: 3117 opt: 3384  Z-score: 3456.7  bits: 649.4 E(32554): 3.2e-186
Smith-Waterman score: 3384; 91.5% identity (94.1% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-548)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARRDELFGILQILHQCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .   . :. :   .
CCDS10 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARSSSTCSSLSRL---F
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 LSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
        :. . .   :.  .   : .  .:      .  .  .::::::::::::::::::::::
CCDS10 WSQLEHINWDGATAKNFINLREFFS-----FLLPALRKAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
        60        70        80             90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
            300       310       320       330       340       350  

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
            360       370       380       390       400       410  

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
            420       430       440       450       460       470  

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
            480       490       500       510       520       530  

              550      
pF1KB5 KELFTSEFEPAMQIDG
       ::::::::::::::::
CCDS10 KELFTSEFEPAMQIDG
            540        

>>CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (468 aa)
 initn: 3124 init1: 3124 opt: 3124  Z-score: 3192.5  bits: 600.3 E(32554): 1.7e-171
Smith-Waterman score: 3124; 99.8% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (97-556:9-468)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KB5 FVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
                                     :.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45                       MMYFVIAAMKAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
                                     10        20        30        

        130       140       150       160       170       180      
pF1KB5 KGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQR
       40        50        60        70        80        90        

        190       200       210       220       230       240      
pF1KB5 DSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSK
      100       110       120       130       140       150        

        250       260       270       280       290       300      
pF1KB5 ADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAEL
      160       170       180       190       200       210        

        310       320       330       340       350       360      
pF1KB5 EHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQY
      220       230       240       250       260       270        

        370       380       390       400       410       420      
pF1KB5 VVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKS
      280       290       300       310       320       330        

        430       440       450       460       470       480      
pF1KB5 LGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLAL
      340       350       360       370       380       390        

        490       500       510       520       530       540      
pF1KB5 QHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTS
      400       410       420       430       440       450        

        550      
pF1KB5 EFEPAMQIDG
       ::::::::::
CCDS45 EFEPAMQIDG
      460        

>>CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (523 aa)
 initn: 3113 init1: 3113 opt: 3113  Z-score: 3180.5  bits: 598.2 E(32554): 7.8e-171
Smith-Waterman score: 3113; 99.8% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (99-556:66-523)

       70        80        90       100       110       120        
pF1KB5 LTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKG
                                     .:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ARKSEPPAPVRRQSYSSTSRGISVTKKTHTSQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKG
          40        50        60        70        80        90     

      130       140       150       160       170       180        
pF1KB5 FFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDS
         100       110       120       130       140       150     

      190       200       210       220       230       240        
pF1KB5 LYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSKAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSKAD
         160       170       180       190       200       210     

      250       260       270       280       290       300        
pF1KB5 SAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEH
         220       230       240       250       260       270     

      310       320       330       340       350       360        
pF1KB5 LAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVV
         280       290       300       310       320       330     

      370       380       390       400       410       420        
pF1KB5 EFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLG
         340       350       360       370       380       390     

      430       440       450       460       470       480        
pF1KB5 CEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQH
         400       410       420       430       440       450     

      490       500       510       520       530       540        
pF1KB5 VLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEF
         460       470       480       490       500       510     

      550      
pF1KB5 EPAMQIDG
       ::::::::
CCDS10 EPAMQIDG
         520   

>>CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9                 (459 aa)
 initn: 1829 init1: 1137 opt: 1967  Z-score: 2012.0  bits: 381.8 E(32554): 9.5e-106
Smith-Waterman score: 1967; 63.9% identity (84.9% similar) in 457 aa overlap (97-547:1-453)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KB5 FVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
                                     : ::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS66                               MRAQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
                                             10        20        30

        130       140       150       160       170       180      
pF1KB5 KGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQR
       :::::::::.::.::::::.:::::::.::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS66 KGFFRRSQQNNASYSCPRQRNCLIDRTNRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQR
               40        50        60        70        80        90

        190       200       210       220        230        240    
pF1KB5 DSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNIS-ANGLTELHDDLSN-YIDGHTPEG
       ::::::::::. :. :...::: :::: :. .:. : .:::..:... :. : .::. . 
CCDS66 DSLYAEVQKHQ-QRLQEQRQQQSGEAEALARVYSSSISNGLSNLNNETSGTYANGHVIDL
              100        110       120       130       140         

          250        260       270          280       290       300
pF1KB5 SKADSAVSSFYLDI-QPSPDQSGLDINGIKP---EPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
        :...    . .:  ::::::::::..:::    ::: : : . ..: : ::.::. .: 
CCDS66 PKSEGY---YNVDSGQPSPDQSGLDMTGIKQIKQEPIYDLTSVPNLFTYSSFNNGQLAPG
     150          160       170       180       190       200      

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
       ..:.:....:::: :::::::::  :::.:..:::   :::. ::.:.::..:: :::.:
CCDS66 ITMTEIDRIAQNIIKSHLETCQYTMEELHQLAWQTHTYEEIKAYQSKSREALWQQCAIQI
        210       220       230       240       250       260      

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
       :.:::::::::::: :::::::::::.:::.: ::::..::::::.  :::: :.:::..
CCDS66 THAIQYVVEFAKRITGFMELCQNDQILLLKSGCLEVVLVRMCRAFNPLNNTVLFEGKYGG
        270       280       290       300       310       320      

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
        ..::.:: .:... .:.:.:.:::..:::.::::::. ::.: ::.:: :  :..:::.
CCDS66 MQMFKALGSDDLVNEAFDFAKNLCSLQLTEEEIALFSSAVLISPDRAWLIEPRKVQKLQE
        330       340       350       360       370       380      

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
       :: .:::::.:::: .:  :.::: :. :. :.:. : :::..::  .:.::   :::::
CCDS66 KIYFALQHVIQKNHLDDETLAKLIAKIPTITAVCNLHGEKLQVFKQSHPEIVNTLFPPLY
        390       400       410       420       430       440      

              550      
pF1KB5 KELFTSEFEPAMQIDG
       ::::. .         
CCDS66 KELFNPDCATGCK   
        450            

>>CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1                (497 aa)
 initn: 1630 init1: 785 opt: 950  Z-score: 973.8  bits: 189.8 E(32554): 6.4e-48
Smith-Waterman score: 1535; 49.6% identity (72.8% similar) in 492 aa overlap (97-549:1-490)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KB5 FVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
                                     : .:::.:::::::::::::::::::::::
CCDS30                               MRTQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
                                             10        20        30

        130       140       150       160       170       180      
pF1KB5 KGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQR
       ::::::::. ::.::: ::.:: :::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS30 KGFFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQR
               40        50        60        70        80        90

        190       200                                210       220 
pF1KB5 DSLYAEVQKHRMQQQQRDHQ-------------------------QQPGEAEPLTPTYNI
       :::.:::::. .:.::....                         : :  . :  :  . 
CCDS30 DSLHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASA
              100       110       120       130       140       150

             230                     240       250       260       
pF1KB5 SANGLTELHDDLSNY--------IDG------HTPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGL
          :: .   .  .:        ..:      ..:: .::..  : .    : .::. ::
CCDS30 CPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGL
              160       170       180       190       200       210

       270       280       290       300       310       320       
pF1KB5 DINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREE
        ..  .   . .   .   .   :: .   .: .:..:.:::.:.. ::. ::::   :.
CCDS30 RFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLED
              220       230       240       250       260       270

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB5 LQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIV
       : .   . : .::. .:: :.   ::. :: ..:::::::::::::..::::::::::::
CCDS30 LLRQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIV
              280       290       300       310       320       330

       390       400       410       420       430       440       
pF1KB5 LLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMH
       :::::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..::: ..:: .:.:..:: ..:
CCDS30 LLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALH
              340       350       360       370       380       390

       450       460       470       480       490       500       
pF1KB5 LTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKV
       ..::::::..:.::..: :  :::: :.:.:: ...::..: : :.::.. ::.::  : 
CCDS30 FSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQS-ILAKLPPK-
              400       410       420       430       440          

       510       520       530       540       550      
pF1KB5 STLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQIDG
       . ::.::..:.:.:. :. ..: .:.  :::::::::..: :       
CCDS30 GKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
      450       460       470       480       490       

>>CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1                 (518 aa)
 initn: 1625 init1: 785 opt: 950  Z-score: 973.5  bits: 189.8 E(32554): 6.7e-48
Smith-Waterman score: 1532; 48.1% identity (72.3% similar) in 509 aa overlap (82-549:5-511)

              60        70        80        90         100         
pF1KB5 ILQILHQCILSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGY--MNAQIEIIPCKIC
                                     :  ... ..:. ..    ..:::.::::::
CCDS10                           MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKIC
                                         10        20        30    

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB5 GDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAV
       :::::::::::::::::::::::::. ::.::: ::.:: :::::::::::::::::::.
CCDS10 GDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLAL
           40        50        60        70        80        90    

     170       180       190       200                             
pF1KB5 GMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQ-----------------------
       ::::::::::::::::::::.:::::. .:.::....                       
CCDS10 GMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLP
          100       110       120       130       140       150    

          210       220       230                     240       250
pF1KB5 --QQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNY--------IDG------HTPEGSKADSA
         : :  . :  :  .    :: .   .  .:        ..:      ..:: .::.. 
CCDS10 DGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGR
          160       170       180       190       200       210    

              260       270       280       290       300       310
pF1KB5 VSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEHLA
        : .    : .::. :: ..  .   . .   .   .   :: .   .: .:..:.:::.
CCDS10 ESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLV
          220       230       240       250       260       270    

              320       330       340       350       360       370
pF1KB5 QNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEF
       :.. ::. ::::   :.: .   . : .::. .:: :.   ::. :: ..::::::::::
CCDS10 QSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEF
          280       290       300       310       320       330    

              380       390       400       410       420       430
pF1KB5 AKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCE
       :::..:::::::::::::::::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..::: 
CCDS10 AKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCS
          340       350       360       370       380       390    

              440       450       460       470       480       490
pF1KB5 DFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVL
       ..:: .:.:..:: ..:..::::::..:.::..: :  :::: :.:.:: ...::..: :
CCDS10 ELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHL
          400       410       420       430       440       450    

              500       510       520       530       540       550
pF1KB5 QKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEP
        :.::.. ::.::  : . ::.::..:.:.:. :. ..: .:.  :::::::::..: : 
CCDS10 CKTHRQS-ILAKLPPK-GKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETES
          460         470       480       490       500       510  

             
pF1KB5 AMQIDG
             
CCDS10 PVGLSK
             

>>CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17              (614 aa)
 initn: 650 init1: 265 opt: 438  Z-score: 449.9  bits: 93.2 E(32554): 9.7e-19
Smith-Waterman score: 770; 32.6% identity (60.7% similar) in 524 aa overlap (79-525:96-610)

       50        60        70        80           90        100    
pF1KB5 LFGILQILHQCILSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQK---EDK-EVQTGYMNAQIE--
                                     ::.:: : .   ::. .:. .  ...:   
CCDS11 RSFGSIPPSLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPPGSLQVAMEDSSRVSPSKSTSNITKL
          70        80        90       100       110       120     

               110       120       130       140        150        
pF1KB5 ---IIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQSNATYS-CPRQKNCLIDRTSRNRC
          .. ::.::: .::.:::: .::::::::::: :.:  :. : ...:: : : .::::
CCDS11 NGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKRCLKNENCSIVRINRNRC
         130       140       150       160       170       180     

      160       170       180       190        200                 
pF1KB5 QHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQK-HRMQQQQRDHQ--------QQP
       :.::..:::.::::::::.:::. :.... . ::.:.   . ..: . :        :.:
CCDS11 QQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMNLANNQLSSQCPLETSPTQHP
         190       200       210       220       230       240     

          210                        220               230         
pF1KB5 -----GEAEP-----------------LTPTYNISANGLTE--------LHDDLSNYID-
            : . :                 :::  . : .  .:         : .. .:   
CCDS11 TPGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRSPSPEPTVEDVISQVARAHREIFTYAHD
         250       260       270       280       290       300     

        240       250                260               270         
pF1KB5 --GHTPEGSKADSAVSS------FYLDIQ---PSPDQSGL--------DINGIKPEPICD
         : .: . .:. : .:         . :   :.:....          .::..  :  .
CCDS11 KLGSSPGNFNANHASGSPPATTPHRWENQGCPPAPNDNNTLAAQRHNEALNGLRQAP-SS
         310       320       330       340       350       360     

     280          290          300       310       320       330   
pF1KB5 YTPASGFFPY---C--SFTNGET-SPTVSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITW
       : :.    :    :  : .::.   ::  .:  :  :   :  . ..        ...  
CCDS11 YPPTWPPGPAHHSCHQSNSNGHRLCPTHVYAAPEGKAPANSPRQGNS--------KNVLL
          370       380       390       400       410              

           340       350       360       370       380       390   
pF1KB5 QTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGS
          ..   .. ...  . .:.  ....: :.. ::::::.: :: .: :.::..:::::.
CCDS11 ACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAKHIPGFRDLSQHDQVTLLKAGT
        420       430       440       450       460       470      

           400       410        420       430       440       450  
pF1KB5 LEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYA-SPDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDE
       .::...:.   :. ...::.: .. . : . . ..:  :..: .:.:...: :. :::.:
CCDS11 FEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQELGAMGMGDLLSAMFDFSEKLNSLALTEEE
        480       490       500       510       520       530      

            460       470       480       490        500       510 
pF1KB5 IALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNHR-EDGILTKLICKVSTLR
       ..::.: ::.::::: .......:.::. .  ::. .. ::.  : . .:::. :.  ::
CCDS11 LGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRALVLKNRPLETSRFTKLLLKLPDLR
        540       550       560       570       580       590      

             520       530       540       550      
pF1KB5 ALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQIDG
       .: . :.:::..:.                               
CCDS11 TLNNMHSEKLLSFRVDAQ                           
        600       610                               

>>CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3               (579 aa)
 initn: 544 init1: 248 opt: 428  Z-score: 440.1  bits: 91.3 E(32554): 3.4e-18
Smith-Waterman score: 823; 34.0% identity (63.2% similar) in 486 aa overlap (103-529:100-579)

             80        90       100       110       120       130  
pF1KB5 CCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRR
                                     .. ::.::: .::.:::: .::::::::::
CCDS33 DRIDCSMKTSKSSAPGMTKSHSGVTKFSGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRR
      70        80        90       100       110       120         

            140        150       160       170       180       190 
pF1KB5 SQQSNATYS-CPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYA
       : :.:  :. : ...:: : : .:::::.::..:::.::::::::.:::. :.... .  
CCDS33 SIQQNIQYKKCLKNENCSIMRMNRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLI
     130       140       150       160       170       180         

                200                   210           220            
pF1KB5 EVQ---KHRMQQQ-----QRD----HQQQ---PGEAE----PLTPTYNISANG-------
       :.:   :  :..:     : :    :..:   :.. .    :     ::....       
CCDS33 EMQSAMKTMMNSQFSGHLQNDTLVEHHEQTALPAQEQLRPKPQLEQENIKSSSPPSSDFA
     190       200       210       220       230       240         

                230               240        250       260         
pF1KB5 -------LTELHDDL--------SNYIDGHTPE-GSKADSAVSSFYLDIQPSPD------
              .:. : :          :  ..  :. : .  . . .. :. .   .      
CCDS33 KEEVIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENSAESMQPQRGERIPKNMEQYNLNHDHCGNGLSSHF
     250       260       270       280       290       300         

              270        280          290        300       310     
pF1KB5 ---QSGLDING-IKPEPICDYTPASGFF---PYC-SFTNGETSPTVSMAELEHLAQNISK
          .:   .:: .: . :  :  . ..     .: .:.:. :. . . . .. ..:: .:
CCDS33 PCSESQQHLNGQFKGRNIMHYPNGHAICIANGHCMNFSNAYTQRVCDRVPIDGFSQNENK
     310       320       330       340       350       360         

         320       330       340       350       360       370     
pF1KB5 SHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRID
       .     .:: .   ..     ...      .:. . .:.  ....: :.. :::::::: 
CCDS33 N-----SYLCNTGGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEFAKRIP
     370            380       390       400       410       420    

         380       390       400       410        420       430    
pF1KB5 GFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYF-DGKYASPDVFKSLGCEDFIS
       :: .: :.::. :::::..::...:.   ::... :: : .::  : : ..:.:  :...
CCDS33 GFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGAGDLLN
          430       440       450       460       470       480    

          440       450       460       470       480       490    
pF1KB5 FVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNH
        .:::...: ...:...:..::.: ::.::::: ...  ..: ::. .  ::. ...:::
CCDS33 SMFEFSEKLNALQLSDEEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIRALRTLIMKNH
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