seq1 = pF1KB7637.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KB7637/gi568815586f_85180262.tfa (gi568815586f:85180262_85401472), 221211 bp

>pF1KB7637 978
>gi568815586f:85180262_85401472 (Chr12)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-531  (103311-103615)   100% ->
532-660  (106592-106720)   100% ->
661-978  (120894-121211)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTTCTGAGCGAGAAGTTTGCCCTCAAGAGCCCTCCGAGTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTTCTGAGCGAGAAGTTTGCCCTCAAGAGCCCTCCGAGTAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGACTTTTACATGGGCGCAGGAGGTCCTCTGGAGCACGTTATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGACTTTTACATGGGCGCAGGAGGTCCTCTGGAGCACGTTATGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGGACAATGAGTCCTTTTACAGCAAAGCGTCTGCAGGCAAATGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGGACAATGAGTCCTTTTACAGCAAAGCGTCTGCAGGCAAATGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCCTTCGGACCCCTGCCCCGCGCCGAGCATCACGTGCGCTTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCCTTCGGACCCCTGCCCCGCGCCGAGCATCACGTGCGCTTGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCTCGCCCTGTCAGGACAGCAGCG         TGAACTATGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 GACCTCGCCCTGTCAGGACAGCAGCGGTG...CAGTGAACTATGGGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTAAAGTAGAAGGACAGCCCCTTCACACCGAACTGAATAGAGCTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 CTAAAGTAGAAGGACAGCCCCTTCACACCGAACTGAATAGAGCTATGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACTGTAACAGTCTCCGAATGTCTCCCGTGAAAGGGATGCAAGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103376 AACTGTAACAGTCTCCGAATGTCTCCCGTGAAAGGGATGCAAGAGAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGCTGGATGAACTTGGGGATAAATGTGATAGCAATGTATCCAGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103426 AGAGCTGGATGAACTTGGGGATAAATGTGATAGCAATGTATCCAGCAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAAACGGAGGCACCGAACCACCTTCACCAGTTTGCAGCTAGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 AGAAACGGAGGCACCGAACCACCTTCACCAGTTTGCAGCTAGAGGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGAAAGTCTTTCAGAAAACTCATTACCCGGATGTGTATGTCAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 GAGAAAGTCTTTCAGAAAACTCATTACCCGGATGTGTATGTCAGAGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTTGCTCTGAGGACAGAGCTCACTGAGGCCAGGGTCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103576 GCTTGCTCTGAGGACAGAGCTCACTGAGGCCAGGGTCCAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTGGTTTCAAAATCGAAGGGCCAAATGGAGAAAAAGGGAACGTTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106593 TTTGGTTTCAAAATCGAAGGGCCAAATGGAGAAAAAGGGAACGTTATGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAAATACAACAAGCGAAAAGCCATTTTGCTGCCACCTATGATATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106643 CAAATACAACAAGCGAAAAGCCATTTTGCTGCCACCTATGATATATCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTTGCCAAGGACTGACAGCTACCCACAG         ATTCAGAACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106693 TTTGCCAAGGACTGACAGCTACCCACAGGTA...CAGATTCAGAACAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTGGGCAGGAAATGCAAGTGGTGGTTCTGTGGTTACTTCATGCATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120907 TGTGGGCAGGAAATGCAAGTGGTGGTTCTGTGGTTACTTCATGCATGTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCACGTGACACTTCCTCCTGTATGACACCTTATTCTCACTCGCCTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120957 CCACGTGACACTTCCTCCTGTATGACACCTTATTCTCACTCGCCTCGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGATTCCAGTTACACGGGGTTTTCAAACCACCAGAACCAGTTCAGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121007 AGATTCCAGTTACACGGGGTTTTCAAACCACCAGAACCAGTTCAGCCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCCCCTCAACAATTTTTTCACTGACTCTCTTCTTACTGGGGCAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121057 TGCCCCTCAACAATTTTTTCACTGACTCTCTTCTTACTGGGGCAACCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGACATGCATTTGAAACAAAGCCAGAGTTTGAAAGGAGGTCTTCCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121107 GGACATGCATTTGAAACAAAGCCAGAGTTTGAAAGGAGGTCTTCCAGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CGCAGTTCTTCGAATGAAAGCCAAGGAGCACACCGCCAATATTTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121157 CGCAGTTCTTCGAATGAAAGCCAAGGAGCACACCGCCAATATTTCATGGG

   1000     .
    974 CCATG
        |||||
 121207 CCATG