FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2487, 684 aa 1>>>pF1KE2487 684 - 684 aa - 684 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8550+/-0.000838; mu= 16.9472+/- 0.050 mean_var=73.1267+/-14.662, 0's: 0 Z-trim(107.4): 14 B-trim: 293 in 1/51 Lambda= 0.149981 statistics sampled from 9524 (9533) to 9524 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16 Scan time: 3.270 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7506.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10 ( 684) 4618 1008.7 0 CCDS53570.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10 ( 582) 3925 858.8 0 >>CCDS7506.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10 (684 aa) initn: 4618 init1: 4618 opt: 4618 Z-score: 5395.3 bits: 1008.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4618; 100.0% identity (100.0% similar) in 684 aa overlap (1-684:1-684) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MWVLLRSGYPLRILLPLRGEWMGRRGLPRNLAPGPPRRRYRKETLQALDMPVLPVTATEI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 MWVLLRSGYPLRILLPLRGEWMGRRGLPRNLAPGPPRRRYRKETLQALDMPVLPVTATEI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 RQYLRGHGIPFQDGHSCLRALSPFAESSQLKGQTGVTTSFSLFIDKTTGHFLCMTSLAEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 RQYLRGHGIPFQDGHSCLRALSPFAESSQLKGQTGVTTSFSLFIDKTTGHFLCMTSLAEG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 SWEDFQASVEGRGDGAREGFLLSKAPEFEDSEEVRRIWNRAIPLWELPDQEEVQLADTMF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 SWEDFQASVEGRGDGAREGFLLSKAPEFEDSEEVRRIWNRAIPLWELPDQEEVQLADTMF 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GLTKVTDDTLKRFSVRYLRPARSLVFPWFSPGGSGLRGLKLLEAKCQGDGVSYEETTIPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 GLTKVTDDTLKRFSVRYLRPARSLVFPWFSPGGSGLRGLKLLEAKCQGDGVSYEETTIPR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PSAYHNLFGLPLISRRDAEVVLTSRELDSLALNQSTGLPTLTLPRGTTCLPPALLPYLEQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 PSAYHNLFGLPLISRRDAEVVLTSRELDSLALNQSTGLPTLTLPRGTTCLPPALLPYLEQ 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 FRRIVFWLGDDLRSWEAAKLFARKLNPKRCFLVRPGDQQPRPLEALNGGFNLSRILRTAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 FRRIVFWLGDDLRSWEAAKLFARKLNPKRCFLVRPGDQQPRPLEALNGGFNLSRILRTAL 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 PAWHKSIVSFRQLREEVLGELSNVEQAAGLRWSRFPDLNRILKGHRKGELTVFTGPTGSG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 PAWHKSIVSFRQLREEVLGELSNVEQAAGLRWSRFPDLNRILKGHRKGELTVFTGPTGSG 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 KTTFISEYALDLCSQGVNTLWGSFEISNVRLARVMLTQFAEGRLEDQLDKYDHWADRFED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 KTTFISEYALDLCSQGVNTLWGSFEISNVRLARVMLTQFAEGRLEDQLDKYDHWADRFED 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 LPLYFMTFHGQQSIRTVIDTMQHAVYVYDICHVIIDNLQFMMGHEQLSTDRIAAQDYIIG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 LPLYFMTFHGQQSIRTVIDTMQHAVYVYDICHVIIDNLQFMMGHEQLSTDRIAAQDYIIG 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 VFRKFATDNNCHVTLVIHPRKEDDDKELQTASIFGSAKASQEADNVLILQDRKLVTGPGK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 VFRKFATDNNCHVTLVIHPRKEDDDKELQTASIFGSAKASQEADNVLILQDRKLVTGPGK 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE2 RYLQVSKNRFDGDVGVFPLEFNKNSLTFSIPPKNKARLKKIKDDTGPVAKKPSSGKKGAT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 RYLQVSKNRFDGDVGVFPLEFNKNSLTFSIPPKNKARLKKIKDDTGPVAKKPSSGKKGAT 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE2 TQNSEICSGQAPTPDQPDTSKRSK :::::::::::::::::::::::: CCDS75 TQNSEICSGQAPTPDQPDTSKRSK 670 680 >>CCDS53570.1 TWNK gene_id:56652|Hs108|chr10 (582 aa) initn: 3925 init1: 3925 opt: 3925 Z-score: 4586.1 bits: 858.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3925; 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