Result of FASTA (ccds) for pF1KB8468
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8468, 297 aa
  1>>>pF1KB8468 297 - 297 aa - 297 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4759+/-0.00137; mu= 3.8750+/- 0.077
 mean_var=246.8694+/-57.583, 0's: 0 Z-trim(105.2): 720  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.081628
 statistics sampled from 7458 (8292) to 7458 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.255), width:  16
 Scan time:  2.450

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10           ( 297) 1956 244.1 9.4e-65
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12           ( 298) 1327 170.0 1.9e-42
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17          ( 305) 1322 169.5 2.9e-42
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7           ( 292) 1099 143.2 2.2e-34
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12          ( 523) 1101 143.7 2.7e-34
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12         ( 523) 1101 143.7 2.7e-34
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 496) 1058 138.6 8.8e-33
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 502) 1058 138.7 8.8e-33
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 570) 1058 138.7 9.6e-33
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1          ( 474) 1050 137.7 1.6e-32
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1           ( 504) 1050 137.7 1.7e-32
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 423)  920 122.3 6.2e-28
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7           ( 451)  920 122.3 6.5e-28
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 469)  920 122.4 6.6e-28
CCDS7260.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10            ( 240)  902 119.9 1.9e-27
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7            ( 326)  885 118.0 9.2e-27
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5            ( 346)  852 114.2 1.4e-25
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2          ( 384)  839 112.7 4.4e-25
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2         ( 400)  839 112.7 4.5e-25
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2         ( 429)  839 112.8 4.7e-25
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 748)  840 113.2   6e-25
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 782)  840 113.2 6.2e-25
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 795)  840 113.2 6.3e-25
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 770)  835 112.6 9.2e-25
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 779)  835 112.6 9.3e-25
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 780)  835 112.6 9.3e-25
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 783)  835 112.6 9.3e-25
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 340)  825 111.0 1.3e-24
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9         ( 346)  811 109.4   4e-24
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16         ( 360)  803 108.4 7.9e-24
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12           ( 303)  793 107.2 1.6e-23
CCDS8899.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12           ( 264)  767 104.0 1.2e-22
CCDS9699.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14          ( 358)  768 104.3 1.4e-22
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6            ( 583)  756 103.2 4.9e-22
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6             ( 623)  756 103.2 5.1e-22
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6            ( 648)  756 103.2 5.3e-22
CCDS3570.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4           ( 493)  746 101.9   1e-21
CCDS82933.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4          ( 570)  746 102.0 1.1e-21
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6            ( 632)  742 101.6 1.6e-21
CCDS33184.1 CDKL4 gene_id:344387|Hs108|chr2        ( 315)  725 99.2 4.2e-21
CCDS73637.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14         ( 276)  700 96.2   3e-20
CCDS83458.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX          ( 960)  704 97.3 4.7e-20
CCDS14186.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX          (1030)  704 97.4 4.9e-20
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16         ( 272)  667 92.3 4.4e-19
CCDS47265.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5         ( 455)  664 92.2 7.7e-19
CCDS47264.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5         ( 592)  664 92.3 9.1e-19
CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs108|chr17         ( 816)  641 89.8 7.2e-18
CCDS14089.1 MAPK12 gene_id:6300|Hs108|chr22        ( 367)  630 88.1 1.1e-17
CCDS42149.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16         ( 357)  628 87.8 1.3e-17
CCDS10672.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16         ( 379)  628 87.9 1.3e-17


>>CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10                (297 aa)
 initn: 1956 init1: 1956 opt: 1956  Z-score: 1276.0  bits: 244.1 E(32554): 9.4e-65
Smith-Waterman score: 1956; 99.7% identity (99.7% similar) in 297 aa overlap (1-297:1-297)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 YSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       
pF1KB8 FPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
       :::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
              250       260       270       280       290       

>>CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12                (298 aa)
 initn: 1327 init1: 899 opt: 1327  Z-score: 875.7  bits: 170.0 E(32554): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 1327; 65.8% identity (85.2% similar) in 298 aa overlap (1-297:1-296)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
       ::.. :.:::::::::::::.:.: ::.:::.:::::..: ::::::::::::::::: :
CCDS88 MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90        100       110         
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLD-SIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFC
       ::::.: ::.  ...:::.:::: .::::..: :   :  .   :.::::.:.:::..::
CCDS88 PNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTG--IPLPLIKSYLFQLLQGLAFC
               70        80        90         100       110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB8 HSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSA
       ::.::::::::::::::. .:.:::::::::::::.:.:.:::::::::::.::.:::  
CCDS88 HSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCK
      120       130       140       150       160       170        

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB8 RYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKN
        ::: :::::.: ::::..:.. :: :::::::::::::.::::.. ::: : :. ::: 
CCDS88 YYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKP
      180       190       200       210       220       230        

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB8 TFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM  
       .::::   .... :  :::.: .:::.:: ::: ::::.: :: ::.:.:. . . ..  
CCDS88 SFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
      240       250       260       270       280       290        

>>CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17               (305 aa)
 initn: 1312 init1: 900 opt: 1322  Z-score: 872.4  bits: 169.5 E(32554): 2.9e-42
Smith-Waterman score: 1322; 67.0% identity (86.1% similar) in 288 aa overlap (1-288:1-287)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
       :. . :.:::::::::::::.... :::.::.:::::. : :::::::::::::::::.:
CCDS11 MDMFQKVEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEMEGVPSTAIREISLLKELKH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
       :::: : ::. .. .:::.:::::.:::::.:: : :. .   :.::::.:.:::. :::
CCDS11 PNIVRLLDVVHNERKLYLVFEFLSQDLKKYMDSTP-GSELPLHLIKSYLFQLLQGVSFCH
               70        80        90        100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
       :.::.:::::::::::.. :.:::::::::::::.:.:.:::::::::::.::.::::  
CCDS11 SHRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLWYRAPEILLGSKF
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 YSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNT
       :.: ::::::: ::::..:.: :: ::::::::::::: ::::....:: : .: :::..
CCDS11 YTTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTWPGVTQLPDYKGS
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290          
pF1KB8 FPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM   
       ::::   .:   : ::. .: ::: ..: :::..::..: :: ::::.            
CCDS11 FPKWTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFSSPEPSPAARQYV
     240       250       260       270       280       290         

CCDS11 LQRFRH
     300     

>>CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7                (292 aa)
 initn: 1095 init1: 483 opt: 1099  Z-score: 730.6  bits: 143.2 E(32554): 2.2e-34
Smith-Waterman score: 1099; 57.3% identity (82.3% similar) in 293 aa overlap (1-290:1-289)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
       :. : :.:::::::::.:.:.... : ..::.:..::....:::::.:.::: :::::.:
CCDS47 MQKYEKLEKIGEGTYGTVFKAKNRETHEIVALKRVRLDDDDEGVPSSALREICLLKELKH
               10        20        30        40        50        60

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>>CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12              (523 aa)
 initn: 1103 init1: 593 opt: 1101  Z-score: 729.1  bits: 143.7 E(32554): 2.7e-34
Smith-Waterman score: 1101; 54.4% identity (81.5% similar) in 298 aa overlap (1-297:189-483)

                                             10        20        30
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>>CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX               (496 aa)
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Smith-Waterman score: 1058; 51.7% identity (81.9% similar) in 298 aa overlap (1-297:162-456)

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>>CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX               (502 aa)
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Smith-Waterman score: 1058; 51.7% identity (81.9% similar) in 298 aa overlap (1-297:168-462)

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CCDS48 ALKEIRLE-HEEGAPCTAIREVSLLKDLKHANIVTLHDIIHTEKSLTLVFEYLDKDLKQY
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pF1KB8 LDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLA
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CCDS48 LDDC--GNIINMHNVKLFLFQLLRGLAYCHRQKVLHRDLKPQNLLINERGELKLADFGLA
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pF1KB8 RAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEI
       :: .:: ..:..:::::::: :..::::. ::: .:.:..: :: :.:: .::: :..  
CCDS48 RAKSIPTKTYSNEVVTLWYRPPDILLGSTDYSTQIDMWGVGCIFYEMATGRPLFPGSTVE
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pF1KB8 DQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKN-TFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLT
       .::  ::: ::::..:.:: . : ...:. ..::..  .: ::.  :: .: :::.:.: 
CCDS48 EQLHFIFRILGTPTEETWPGILSNEEFKTYNYPKYRAEALLSHAPRLDSDGADLLTKLLQ
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pF1KB8 YDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM                                
       ..  .:::.. :..::.: .: ..:.:.                                
CCDS48 FEGRNRISAEDAMKHPFFLSLGERIHKLPDTTSIFALKEIQLQKEASLRSSSMPDSGRPA
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>>CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX               (570 aa)
 initn: 912 init1: 568 opt: 1058  Z-score: 701.4  bits: 138.7 E(32554): 9.6e-33
Smith-Waterman score: 1058; 51.7% identity (81.9% similar) in 298 aa overlap (1-297:236-530)

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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