seq1 = pF1KE2614.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE2614/gi568815591f_5187817.tfa (gi568815591f:5187817_5402936), 215120 bp

>pF1KE2614 1590
>gi568815591f:5187817_5402936 (Chr7)

1-169  (100001-100169)   100% ->
170-301  (102916-103047)   100% ->
302-415  (103308-103421)   100% ->
416-544  (103877-104005)   100% ->
545-619  (107044-107118)   100% ->
620-882  (109120-109382)   100% ->
883-1021  (111172-111310)   100% ->
1022-1209  (111424-111611)   100% ->
1210-1450  (112606-112846)   100% ->
1451-1590  (114981-115120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCCGTGGGGAGCCAGCGCCTTGAGGAGCCCAGCGTGGCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCCGTGGGGAGCCAGCGCCTTGAGGAGCCCAGCGTGGCAGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCAGACCCGGGCGTAGTGATGAGCTTCACCTTCGACAGTCACCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCAGACCCGGGCGTAGTGATGAGCTTCACCTTCGACAGTCACCAGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGGCGGCGGAGGCGGCTCAGGGCCAGGGCCTTAGGGCCAGGGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGGCGGCGGAGGCGGCTCAGGGCCAGGGCCTTAGGGCCAGGGGCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCTTTCACGGATACTA         CATTGGACGAGCCAGTGCCCGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGCTTTCACGGATACTAGTA...TAGCATTGGACGAGCCAGTGCCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCGTTATCACGCCATCTACTTTGCGATGCTGCTGGCTGGCGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102938 TGACCGTTATCACGCCATCTACTTTGCGATGCTGCTGGCTGGCGTGGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTGCTGCCATACAACAGCTTCATCACGGACGTGGACTACCTGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102988 TCCTGCTGCCATACAACAGCTTCATCACGGACGTGGACTACCTGCATCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGTACCCAG         GGACCTCCATCGTGTTTGACATGAGCCTCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103038 AAGTACCCAGGTG...CAGGGACCTCCATCGTGTTTGACATGAGCCTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACATCTTGGTGGCACTGGCAGCTGTCCTCCTGAACAACGTCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103339 CTACATCTTGGTGGCACTGGCAGCTGTCCTCCTGAACAACGTCCTGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGACTGACCCTGCACACCAGGATCACCGCAG         GCTACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103389 AGAGACTGACCCTGCACACCAGGATCACCGCAGGTG...CAGGCTACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAGCCTTGGGCCCTCTCCTTTTTATCAGCATCTGCGACGTGTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103885 TTAGCCTTGGGCCCTCTCCTTTTTATCAGCATCTGCGACGTGTGGCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCTTCTCTCGGGACCAGGCCTACGCCATCAACCTGGCCGCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103935 GCTCTTCTCTCGGGACCAGGCCTACGCCATCAACCTGGCCGCTGTGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGTGGCCTTCGGCTGCACAG         TGCAGCAATCCAGCTTCTAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103985 CCGTGGCCTTCGGCTGCACAGGTA...AAGTGCAGCAATCCAGCTTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGTACACGGGGATGCTGCCCAAGCGGTACACGCAGGGGGTGATGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107064 GGGTACACGGGGATGCTGCCCAAGCGGTACACGCAGGGGGTGATGACCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGA         GCACGGCGGGCGTGATGATCTCTCTGAGCCGCATCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107114 GGAGAGTG...CAGGCACGGCGGGCGTGATGATCTCTCTGAGCCGCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACGAAGCTGCTGCTGCCCGACGAGCGCGCCAGCACGCTCATCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109156 TCACGAAGCTGCTGCTGCCCGACGAGCGCGCCAGCACGCTCATCTTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGTGTCGGTGGCGCTGGAGCTGCTGTGTTTCCTGCTGCACCTGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109206 CTGGTGTCGGTGGCGCTGGAGCTGCTGTGTTTCCTGCTGCACCTGTTAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGGCGCAGCCGCTTCGTGCTCTTCTATACCACACGGCCGCGTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109256 GCGGCGCAGCCGCTTCGTGCTCTTCTATACCACACGGCCGCGTGACAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCGGGGCAGGCCAGGCCTGGGCAGGGGCTATGGCTACCGCGTGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109306 ACCGGGGCAGGCCAGGCCTGGGCAGGGGCTATGGCTACCGCGTGCACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACGTTGTCGCCGGGGACGTCCACTTC         GAGCACCCAGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109356 GACGTTGTCGCCGGGGACGTCCACTTCGTA...CAGGAGCACCCAGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCCCTGGCCCCCAACGAGTCCCCAAAGGACAGCCCAGCCCACGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111186 GGCCCTGGCCCCCAACGAGTCCCCAAAGGACAGCCCAGCCCACGAGGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGGCAGCGGCGGGGCCTACATGCGCTTTGATGTGCCGCGGCCAAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111236 CCGGCAGCGGCGGGGCCTACATGCGCTTTGATGTGCCGCGGCCAAGGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGCGCAGCTGGCCCACCTTCAGAG         CCCTGTTACTGCACCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111286 CAGCGCAGCTGGCCCACCTTCAGAGGTG...CAGCCCTGTTACTGCACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTACGTGGTGGCGCGGGTGATCTGGGCCGACATGCTCTCCATCGCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111440 CTACGTGGTGGCGCGGGTGATCTGGGCCGACATGCTCTCCATCGCCGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCTACTTCATCACGCTGTGCCTGTTCCCCGGCCTCGAGTCTGAGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111490 CCTACTTCATCACGCTGTGCCTGTTCCCCGGCCTCGAGTCTGAGATCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CACTGCATCCTGGGCGAGTGGCTGCCCATCCTCATCATGGCTGTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111540 CACTGCATCCTGGGCGAGTGGCTGCCCATCCTCATCATGGCTGTGTTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCTGTCAGACTTCGTGGGCAAG         ATCCTGGCAGCCCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111590 CCTGTCAGACTTCGTGGGCAAGGTG...CAGATCCTGGCAGCCCTGCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGACTGGCGGGGCACCCACCTGCTGGCCTGCTCCTGCCTGCGTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112625 TGGACTGGCGGGGCACCCACCTGCTGGCCTGCTCCTGCCTGCGTGTGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTCATCCCCCTCTTCATCCTGTGCGTCTACCCCAGCGGCATGCCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112675 TTCATCCCCCTCTTCATCCTGTGCGTCTACCCCAGCGGCATGCCCGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCGTCACCCCGCCTGGCCCTGCATCTTCTCACTGCTCATGGGCATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112725 CCGTCACCCCGCCTGGCCCTGCATCTTCTCACTGCTCATGGGCATCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACGGCTACTTCGGCAGCGTGCCCATGATCCTGGCGGCAGGCAAAGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112775 ACGGCTACTTCGGCAGCGTGCCCATGATCCTGGCGGCAGGCAAAGTGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCCAAGCAGCGGGAGCTGGCAG         GGAACACCATGACCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112825 CCCAAGCAGCGGGAGCTGGCAGGTG...CAGGGAACACCATGACCGTGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTACATGTCAGGGCTGACGCTGGGGTCCGCCGTGGCCTACTGCACCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115000 CTACATGTCAGGGCTGACGCTGGGGTCCGCCGTGGCCTACTGCACCTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCCTCACCCGCGACGCTCACGGCAGCTGCCTGCACGCCTCCACCGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115050 GCCTCACCCGCGACGCTCACGGCAGCTGCCTGCACGCCTCCACCGCCAAT

   1650     .    :    .    :
   1570 GGTTCCATCCTCGCAGGCCTC
        |||||||||||||||||||||
 115100 GGTTCCATCCTCGCAGGCCTC